Homeobox - Homeobox

Homeodomain
Homeodomain-dna-1ahd.png
В Антеннапедия гомеодоменный белок из Drosophila melanogaster привязанный к фрагменту ДНК.[1] Спираль распознавания и неструктурированный N-конец связаны в большой и малой бороздках соответственно.
Идентификаторы
СимволHomeodomain
PfamPF00046
Pfam кланCL0123
ИнтерПроIPR001356
УМНЫЙSM00389
PROSITEPDOC00027
SCOP21ahd / Объем / СУПФАМ

А гомеобокс это Последовательность ДНК, около 180 пар оснований длинный, найденный внутри гены которые участвуют в регуляции паттернов анатомического развития (морфогенез ) в животные, грибы, растения, и многочисленные одноклеточные эукариоты.[2] Гены гомеобокса кодируют гомеодомен белок продукты, которые факторы транскрипции разделяя характеристику белковая складка структура, которая связывает ДНК для регулирования экспрессии целевых генов.[3][4][2] Белки гомеодомена регулируют экспрессию генов и дифференциацию клеток на раннем этапе эмбрионального развития, поэтому мутации в генах гомеобокса могут вызывать нарушения развития.[5]

Гомеоз это термин, придуманный Уильям Бейтсон чтобы описать прямую замену отдельной части тела другой частью тела, например антеннапедия - замена антенны на голове плодовой мушки с ногами.[6] Префикс «гомео-» в словах «гомеобокс» и «гомеодомен» происходит от этого мутационный фенотип, что наблюдается, когда некоторые из этих генов мутируют в животные. Домен homeobox был впервые идентифицирован в ряде Дрозофила гомеотический и белки сегментации, но теперь известно, что они хорошо сохраняются у многих других животных, включая позвоночные.[3][7][8]

Открытие

Дрозофила с антеннапедия мутантный фенотип демонстрирует гомеотическую трансформацию усиков в ножеподобные структуры на голове.

Существование генов гомеобокса было впервые обнаружено в Дрозофила путем выделения гена, ответственного за гомеотическую трансформацию, при которой ноги растут из головы вместо ожидаемых усиков. Вальтер Геринг идентифицировал ген под названием антеннапедия что вызвало этот гомеотический фенотип.[9] Анализ антеннапедия показали, что этот ген содержит последовательность из 180 пар оснований, которая кодирует ДНК-связывающий домен, который Уильям МакГиннис назвал «гомеобоксом».[10] Наличие дополнительных Дрозофила гены, содержащие антеннапедия о последовательности гомеобокса независимо сообщил Эрнст Хафен, Майкл Левин, Уильям МакГиннис, и Уолтер Якоб Геринг из Базельский университет в Швейцария и Мэтью П. Скотт и Эми Вайнер из Университет Индианы в Блумингтон в 1984 г.[11][12] Выделение гомологичных генов методом Эдвард де Робертис и Уильям МакГиннис выявили, что гомеобокс содержится в многочисленных генах разных видов.[13][14] Последующие филогенетический исследования, детализирующие эволюционные отношения между гомеобокс-содержащими генами, показали, что эти гены присутствуют во всех двухсторонний животные.

Гомеодоменная структура

Характерный гомеодомен белковая складка состоит из 60-аминокислота длинный домен, состоящий из трех альфа-спиралей. Ниже показаны консенсус гомеодомен (~ 60 аминокислотной цепи):[15]

            Helix 1 Helix 2 Helix 3/4 ______________ __________ _________________ RRRKRTAYTRYQLLELEKEFHFNRYLTRRRRIELAHSLNLTERHIKIWFQNRRMKWKKEN .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | .... | 10 20 30 40 50 60
Комплекс гомеодомен-ДНК vnd / NK-2. Спираль 3 гомеодомена связывается в большой бороздке ДНК, а N-концевое плечо связывается в малой бороздке, по аналогии с другими комплексами гомеодомен-ДНК.

Спираль 2 и спираль 3 образуют так называемый спираль-поворот-спираль (HTH) структура, где два альфа спирали соединены областью короткой петли. В N-концевой две спирали гомеодомена антипараллельный и чем дольше C-терминал спираль примерно перпендикулярна осям, установленным первыми двумя. Именно эта третья спираль напрямую взаимодействует с ДНК через ряд водородных связей и гидрофобных взаимодействий, а также косвенные взаимодействия через молекулы воды, которые происходят между определенными боковые цепи и разоблаченные базы в пределах большая канавка ДНК.[7]

Гомеодоменные белки обнаружены в эукариоты.[2] Благодаря мотиву HTH они имеют ограниченное сходство последовательностей и структурное сходство с прокариотическими факторами транскрипции,[16] такие как лямбда-фаг белки, которые изменяют экспрессию генов в прокариоты. Мотив HTH демонстрирует некоторое сходство последовательностей, но аналогичную структуру в широком диапазоне ДНК-связывающих белков (например, Cro и белки-репрессоры, гомеодоменные белки и др.). Одно из принципиальных различий между мотивами HTH в этих разных белках проистекает из стереохимической потребности в глицин в свою очередь, что необходимо, чтобы избежать стерический вмешательство бета-углерода в основную цепь: для белков cro и репрессоров глицин, по-видимому, является обязательным, тогда как для многих гомеотических и других ДНК-связывающих белков это требование ослаблено.

Специфичность последовательности

Гомеодомены могут связываться как специфически, так и неспецифически с B-ДНК с C-концевой спиралью узнавания, выстраивающейся в большой бороздке ДНК, и неструктурированным пептидным «хвостом» на N-конце, выстраивающимся в малой бороздке. Спираль узнавания и петли между спиралями богаты аргинин и лизин остатки, образующие водородные связи в основу ДНК. Сохранено гидрофобный Остатки в центре спирали распознавания способствуют стабилизации упаковки спирали. Гомеодоменные белки отдают предпочтение последовательности ДНК 5'-TAAT-3 '; Последовательно-независимое связывание происходит со значительно более низким сродством. Специфичности одного гомеодоменного белка обычно недостаточно для распознавания промоторов специфического гена-мишени, что делает связывание кофактора важным механизмом для контроля специфичности связывающей последовательности и экспрессии гена-мишени. Для достижения более высокой целевой специфичности белки гомеодомена образуют комплексы с другими факторами транскрипции для распознавания промоутер регион конкретного гена-мишени.

Биологическая функция

Гомеодоменные белки функционируют как факторы транскрипции из-за свойств связывания ДНК консервативного мотива HTH. Гомеодоменные белки считаются главными управляющими генами, а это означает, что один белок может регулировать экспрессию многих генов-мишеней. Белки гомеодомена направляют формирование осей тела и структур тела во время раннее эмбриональное развитие.[17] Многие гомеодоменные белки вызывают клеточная дифференциация инициируя каскады корегулируемых генов, необходимых для производства отдельных ткани и органы. Другие белки в семействе, такие как NANOG участвуют в поддержании плюрипотентность и предотвращение дифференцировки клеток.

Регулирование

Hox-гены и связанные с ними микроРНК являются высококонсервативными главными регуляторами развития с жестким тканеспецифическим пространственно-временным контролем. Эти гены, как известно, не регулируются при некоторых видах рака и часто контролируются метилированием ДНК.[18][19] Регуляция Hox-генов очень сложна и включает реципрокные взаимодействия, в основном тормозящие. Дрозофила известно использование поликомбина и триторакс комплексы для поддержания экспрессии Hox-генов после подавления генов парного правила и гэпа, которое происходит во время личиночного развития. Белки группы поликомб может заставить замолчать гены HOX путем модуляции хроматин структура.[20]

Мутации

Мутации в генах гомеобокса могут приводить к легко видимым фенотипический изменения идентичности сегментов тела, такие как фенотипы мутантов Antennapedia и Bithorax в Дрозофила. Дупликация генов гомеобокса может давать новые сегменты тела, и такие дупликации, вероятно, были важны для эволюция сегментированных животных.

Эволюция

Сам гомеобокс мог развиться из не связывающегося с ДНК трансмембранного домена на С-конце фермента MraY. Это основано на метагеномных данных, полученных от переходного архея, Локиархей, который считается прокариотом, ближайшим к предку всех эукариот.[21][ненадежный источник? ]

Филогенетический анализ последовательностей генов гомеобокса и структур гомеодоменных белков предполагает, что последний общий предок растений, грибов и животных имел по крайней мере два гомеобокса.[22] Молекулярные данные показывают, что некоторое ограниченное количество Hox-генов существовало в Книдария так как до самой ранней истины Билатера, что делает эти гены пре-Палеозой.[23] Принято считать, что три основных кластера класса ANTP у животных, Hox, ParaHox и NK (MetaHox), являются результатом сегментарных дупликаций. Первое дублирование создало MetaHox и ProtoHox, последние из которых позже дублировались в Hox и ParaHox. Сами кластеры были созданы тандемными дупликациями одного гомеобокса класса ANTP.[24] Дублирование гена с последующим неофункционализация отвечает за многие гены гомеобокса, обнаруженные у эукариот.[25][26] Сравнение генов гомеобокса и кластеров генов было использовано для понимания эволюции структуры генома и морфологии тела у многоклеточных животных.[27]

Типы генов гомеобокса

Hox-гены

Экспрессия гена Hox в Drosophila melanogaster.
Основная статья: Hox ген

Hox-гены являются наиболее широко известной подгруппой гомеобоксов. Они необходимы многоклеточный гены, определяющие идентичность эмбриональных регионов вдоль передне-задней оси.[28] Первый Hox-ген позвоночных был выделен у Ксенопус от Эдвард Де Робертис и его коллеги в 1984 году.[29] Основной интерес к этому набору генов проистекает из их уникального поведения и расположения в геноме. Hox-гены обычно находятся в организованном кластере. Линейный порядок Hox-генов в кластере напрямую коррелирует с порядком, в котором они экспрессируются как во времени, так и в пространстве во время развития. Это явление называется колинеарностью.

Мутации в этих гомеотические гены вызывают смещение сегментов тела во время эмбрионального развития. Это называется эктопия. Например, когда один ген теряется, сегмент развивается в более передний, в то время как мутация, которая приводит к усилению функции, заставляет сегмент развиваться в более задний. Известные примеры Антеннапедия и биторакс в Дрозофила, что может вызвать развитие ног вместо усиков и развитие удвоения грудной клетки соответственно.[30]

У позвоночных четыре паралог кластеры частично дублируют функции, но также приобрели несколько производных функций. Например, HoxA и HoxD определяют идентичность сегмента вдоль конечность ось.[31][32] Определенные члены семейства Hox были вовлечены в ремоделирование сосудов, ангиогенез и болезнь за счет управления изменениями деградации матрикса, интегринов и компонентов ECM.[33] HoxA5 участвует в развитии атеросклероза.[34][35] HoxD3 и HoxB3 являются проинвазивными ангиогенными генами, которые активируют интегрины b3 и a5 и Efna1 в ЭК, соответственно.[36][37][38][39] HoxA3 индуцирует эндотелиальный миграция клеток (ЕС) за счет активации MMP14 и uPAR. Напротив, HoxD10 и HoxA5 обладают противоположным эффектом подавления миграции ЭК и ангиогенеза, а также стабилизации адгезивных соединений за счет усиления TIMP1 / подавления uPAR и MMP14, а также за счет усиления Tsp2 / подавления VEGFR2, Efna1, Hif1alpha и COX-2, соответственно.[40][41] HoxA5 также активирует опухолевый супрессор p53 и Akt1 за счет подавления PTEN.[42] Было показано, что подавление HoxA5 ослабляет гемангиома рост.[43] HoxA5 имеет далеко идущие эффекты на экспрессию генов, вызывая активацию ~ 300 генов при его индукции в клеточных линиях рака молочной железы.[43] Сверхэкспрессия домена трансдукции белка HoxA5 предотвращает воспаление, проявляющееся в ингибировании связывания TNF-альфа-индуцируемых моноцитов с HUVEC.[44][45]

Гены LIM

Основная статья: LIM домен

Гены LIM (названные по начальным буквам названий трех белков, в которых впервые был идентифицирован характерный домен) кодируют два домена LIM из 60 аминокислот, содержащих цистеин и богатый гистидином, и гомеодомен. Домены LIM действуют во взаимодействии белок-белок и могут связывать молекулы цинка. Белки домена LIM обнаруживаются как в цитозоле, так и в ядре. Они участвуют в ремоделировании цитоскелета, в местах фокальной адгезии, как каркас для белковых комплексов и как факторы транскрипции.[46]

Гены pax

Основная статья: Гены pax

Большинство генов Pax содержат гомеобокс и парный домен, который также связывает ДНК для повышения специфичности связывания, хотя некоторые гены Pax потеряли всю или часть последовательности гомеобокса.[47] Гены Pax функционируют у эмбриона сегментация, нервная система развитие, генерация лобные поля глаза, скелетный развитие и формирование структур лица. Человек 6 является главным регулятором развития глаза, поэтому ген необходим для развития глазного пузыря и последующих структур глаза.[48]

Гены POU

Основная статья: Семья ПОУ

Белки, содержащие область POU, состоят из гомеодомена и отдельной структурно гомологичен Домен POU, содержащий два спираль-поворот-спираль мотивы, а также связывает ДНК. Два домена связаны гибкой петлей, которая достаточно длинна, чтобы растягиваться вокруг спирали ДНК, позволяя двум доменам связываться на противоположных сторонах целевой ДНК, совместно покрывая сегмент из восьми оснований с консенсусная последовательность 5'-ATGCAAAT-3 '. Отдельные домены белков POU только слабо связывают ДНК, но при связывании обладают сильным сродством к последовательности. Сам домен POU имеет значительное структурное сходство с репрессорами, выраженными в бактериофаги особенно лямбда-фаг.

Гены гомеобокса растений

Как и у животных, гены гомеобокса растений кодируют типичный ДНК-связывающий гомеодомен длиной 60 аминокислот или, в случае TALE (удлинение петли из трех аминокислот), гены гомеобокса «атипичный» гомеодомен, состоящий из 63 аминокислот. В соответствии с их консервативной структурой интрон-экзон и уникальной архитектурой кодоменов они были сгруппированы в 14 различных классов: HD-ZIP с I по IV, BEL, KNOX, PLINC, WOX, PHD, DDT, NDX, LD, SAWADEE и PINTOX.[25] Сохранение кодоменов предполагает общее эукариотическое происхождение TALE[49] и гомеодоменные белки, не относящиеся к TALE.[50]

Гены гомеобокса человека

Гены Hox у человека организованы в четыре хромосомных кластера:

имяхромосомаген
HOXA (или иногда HOX1) - HOXA @хромосома 7HOXA1, HOXA2, HOXA3, HOXA4, HOXA5, HOXA6, HOXA7, HOXA9, HOXA10, HOXA11, HOXA13
HOXB - HOXB @хромосома 17HOXB1, HOXB2, HOXB3, HOXB4, HOXB5, HOXB6, HOXB7, HOXB8, HOXB9, HOXB13
HOXC - HOXC @хромосома 12HOXC4, HOXC5, HOXC6, HOXC8, HOXC9, HOXC10, HOXC11, HOXC12, HOXC13
HOXD - HOXD @хромосома 2HOXD1, HOXD3, HOXD4, HOXD8, HOXD9, HOXD10, HOXD11, HOXD12, HOXD13

ParaHox гены аналогичным образом обнаруживаются в четырех областях. Они включают CDX1, CDX2, CDX4; GSX1, GSX2; и PDX1. Другие гены, которые считаются Hox-подобными, включают: EVX1, EVX2; GBX1, GBX2; MEOX1, MEOX2; и MNX1. NK-подобные (NKL) гены, некоторые из которых считаются «MetaHox», сгруппированы с Hox-подобными генами в большую ANTP-подобную группу.[51][52]

У людей есть семейство "без дистальных гомеобоксов": DLX1, DLX2, DLX3, DLX4, DLX5, и DLX6. Гены Dlx участвуют в развитии нервной системы и конечностей.[53] Они считаются подмножеством NK-подобных генов.[51]

Гены гомеобокса TALE (расширение трех аминокислотной петли) для «атипичного» гомеодомена состоят из 63, а не из 60 аминокислот:IRX1, IRX2, IRX3, IRX4, IRX5, IRX6; MEIS1, MEIS2, MEIS3; MKX; АТС1, АТС2, PBX3, PBX4; PKNOX1, PKNOX2; TGIF1, TGIF2, TGIF2LX, TGIF2LY.[51]

Кроме того, у человека есть следующие гены и белки гомеобокса:[51]

  1. ^ Сгруппированы как Lmx 1/5, 2/9, 3/4 и 6/8.
  2. ^ Сгруппированы как шесть 1/2, 3/6 и 4/5.
  3. ^ Под вопросом, за [51]
  4. ^ В Гены pax. Сгруппированы как Pax2 / 5/8, Pax3 / 7 и Pax4 / 6.
  5. ^ Nk4.
  6. ^ Nk5.

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ PDB: 1AHD​; Billeter M, Qian YQ, Otting G, Müller M, Gehring W, Wüthrich K (декабрь 1993 г.). «Определение структуры раствора ядерного магнитного резонанса комплекса гомеодомен-ДНК Antennapedia». Журнал молекулярной биологии. 234 (4): 1084–93. Дои:10.1006 / jmbi.1993.1661. PMID  7903398.
  2. ^ а б c Bürglin TR, Affolter M (июнь 2016 г.). «Гомеодоменные белки: обновление». Хромосома. 125 (3): 497–521. Дои:10.1007 / s00412-015-0543-8. ЧВК  4901127. PMID  26464018.
  3. ^ а б Геринг WJ (август 1992 г.). «Гомеобокс в перспективе». Тенденции в биохимических науках. 17 (8): 277–80. Дои:10.1016 / 0968-0004 (92) 90434-Б. PMID  1357790.
  4. ^ Геринг WJ (декабрь 1993 г.). «Изучение гомеобокса». Ген. 135 (1–2): 215–21. Дои:10.1016 / 0378-1119 (93) 90068-Е. PMID  7903947.
  5. ^ Справка, Дом генетики. «Гомеобоксы». Домашний справочник по генетике.
  6. ^ Материалы для изучения изменчивости с особым вниманием к неоднородности происхождения видов Уильям Бейтсон 1861–1926. Лондон: Macmillan 1894 xv, 598 стр.
  7. ^ а б Шофилд П.Н. (1987). «Паттерны, головоломки и парадигмы - Загадка гомеобокса». Тенденции Neurosci. 10: 3–6. Дои:10.1016/0166-2236(87)90113-5. S2CID  53188259.
  8. ^ Скотт М.П., ​​Тамкун Дж. В., Хартцелл Г. В. (июль 1989 г.). «Структура и функции гомеодомена». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Обзоры на рак. 989 (1): 25–48. Дои:10.1016 / 0304-419x (89) 90033-4. PMID  2568852.
  9. ^ Гарбер Р.Л., Куроива А., Геринг В.Дж. (1983). «Геномные и кДНК-клоны гомеотического локуса Antennapedia у дрозофилы». Журнал EMBO. 2 (11): 2027–36. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1983.tb01696.x. ЧВК  555405. PMID  6416827.
  10. ^ "Уолтер Якоб Геринг (1939-2014) | Энциклопедия проекта эмбриона". embryo.asu.edu. Получено 2019-12-09.
  11. ^ Макгиннис В., Левин М.С., Хафен Э., Куроива А., Геринг В.Дж. (1984). «Консервативная последовательность ДНК в гомеотических генах комплексов Drosophila Antennapedia и bithorax». Природа. 308 (5958): 428–33. Bibcode:1984Натура.308..428М. Дои:10.1038 / 308428a0. PMID  6323992. S2CID  4235713.
  12. ^ Скотт MP, Вайнер AJ (июль 1984 г.). «Структурные отношения между генами, контролирующими развитие: гомология последовательностей между локусами Antennapedia, Ultrabithorax и fushi tarazu дрозофилы». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 81 (13): 4115–9. Bibcode:1984ПНАС ... 81.4115С. Дои:10.1073 / пнас.81.13.4115. ЧВК  345379. PMID  6330741.
  13. ^ Карраско, Андрес Э .; Макгиннис, Уильям; Геринг, Уолтер Дж .; Де Робертис, Эдди М. (1984). «Клонирование гена X. laevis, экспрессированного во время раннего эмбриогенеза, кодирующего пептидную область, гомологичную гомеотическим генам дрозофилы». Ячейка. 37 (2): 409–414. Дои:10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID  6327066. S2CID  30114443.
  14. ^ Макгиннис В., Гарбер Р.Л., Вирц Дж., Куроива А., Геринг В.Дж. (июнь 1984 г.). «Гомологичная кодирующая белок последовательность в гомеотических генах дрозофилы и ее сохранение у других многоклеточных животных». Ячейка. 37 (2): 403–8. Дои:10.1016/0092-8674(84)90370-2. PMID  6327065. S2CID  40456645.
  15. ^ Bürglin TR. "Страница хомеобокса" (gif). Каролинкский институт.
  16. ^ "CATH суперсемейство 1.10.10.60". www.cathdb.info. Получено 27 марта 2018.
  17. ^ Corsetti MT, Briata P, Sanseverino L, Daga A, Airoldi I, Simeone A и др. (Сентябрь 1992 г.). «Дифференциальные свойства связывания ДНК трех гомеодоменных белков человека». Исследования нуклеиновых кислот. 20 (17): 4465–72. Дои:10.1093 / nar / 20.17.4465. ЧВК  334173. PMID  1357628.
  18. ^ Данн Дж., Табет С., Джо Х. (июль 2015 г.). «Поточно-зависимое эпигенетическое метилирование ДНК в экспрессии эндотелиальных генов и атеросклерозе». Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов. 35 (7): 1562–9. Дои:10.1161 / ATVBAHA.115.305042. ЧВК  4754957. PMID  25953647.
  19. ^ Бхатлекар С., Филдс Дж. З., Боман Б. М. (август 2014 г.). «Гены HOX и их роль в развитии рака человека». Журнал молекулярной медицины. 92 (8): 811–23. Дои:10.1007 / s00109-014-1181-y. PMID  24996520. S2CID  17159381.
  20. ^ Портосо М., Кавалли Дж. (2008). «Роль РНКи и некодирующих РНК в опосредованном Polycomb контроле экспрессии генов и геномного программирования». РНК и регуляция экспрессии генов: скрытый уровень сложности. Caister Academic Press. ISBN  978-1-904455-25-7.
  21. ^ Бозоргмехр JH (2018). «Происхождение Homeobox на С-конце MraY в Локиархее». Дои:10.13140 / RG.2.2.35941.65760 - через ResearchGate. Цитировать журнал требует | журнал = (Помогите)
  22. ^ Бхаратхан Г., Янссен Б.Дж., Келлог Е.А., Синха Н. (декабрь 1997 г.). «Дублировались ли гомеодоменные белки до появления покрытосеменных, грибов и многоклеточных растений?». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (25): 13749–53. Bibcode:1997PNAS ... 9413749B. Дои:10.1073 / пнас.94.25.13749. JSTOR  43805. ЧВК  28378. PMID  9391098.
  23. ^ Райан Дж. Ф., Мазза М. Е., Панг К., Матус Д. К., Баксеванис А. Д., Мартиндейл М. К., Финнерти-младший (январь 2007 г.). «Добилатерийское происхождение Hox-кластера и Hox-кода: свидетельства морского анемона, Nematostella vectensis». PLOS ONE. 2 (1): e153. Bibcode:2007PLoSO ... 2..153R. Дои:10.1371 / journal.pone.0000153. ЧВК  1779807. PMID  17252055.
  24. ^ Гарсия-Фернандес Дж (декабрь 2005 г.). «Генезис и эволюция кластеров генов гомеобокса». Природа Обзоры Генетика. 6 (12): 881–92. Дои:10.1038 / nrg1723. PMID  16341069. S2CID  42823485.
  25. ^ а б Mukherjee K, Brocchieri L, Bürglin TR (декабрь 2009 г.). «Комплексная классификация и эволюционный анализ генов гомеобокса растений». Молекулярная биология и эволюция. 26 (12): 2775–94. Дои:10.1093 / молбев / msp201. ЧВК  2775110. PMID  19734295.
  26. ^ Голландия PW (2013). «Эволюция генов гомеобокса». Междисциплинарные обзоры Wiley: биология развития. 2 (1): 31–45. Дои:10.1002 / wdev.78. PMID  23799629. S2CID  44396110.
  27. ^ Феррье, Дэвид Э. К. (2016). «Эволюция генных кластеров гомеобокса у животных: гигакластер и первичная против вторичной кластеризации». Границы экологии и эволюции. 4. Дои:10.3389 / fevo.2016.00036. ISSN  2296-701X.
  28. ^ Алонсо ЧР (ноябрь 2002 г.). «Hox-белки: моделирование частей тела за счет активации локальной гибели клеток». Текущая биология. 12 (22): R776-8. Дои:10.1016 / S0960-9822 (02) 01291-5. PMID  12445403. S2CID  17558233.
  29. ^ Карраско А.Е., Макгиннис В., Геринг В.Дж., Де Робертис Е.М. (июнь 1984 г.). «Клонирование гена X. laevis, экспрессированного во время раннего эмбриогенеза, кодирующего пептидную область, гомологичную гомеотическим генам дрозофилы». Ячейка. 37 (2): 409–14. Дои:10.1016/0092-8674(84)90371-4. PMID  6327066. S2CID  30114443.
  30. ^ Schneuwly S, Klemenz R, Gehring WJ (1987). «Изменение плана тела Drosophila путем эктопической экспрессии гомеотического гена Antennapedia». Природа. 325 (6107): 816–8. Bibcode:1987Натура.325..816С. Дои:10.1038 / 325816a0. PMID  3821869. S2CID  4320668.
  31. ^ Fromental-Ramain C, Warot X, Messadecq N, LeMeur M, Dollé P, Chambon P (октябрь 1996). «Hoxa-13 и Hoxd-13 играют решающую роль в формировании паттерна автопода конечности». Развитие. 122 (10): 2997–3011. PMID  8898214.
  32. ^ Zákány J, Duboule D (апрель 1999 г.). «Hox-гены в развитии и эволюции пальцев». Исследования клеток и тканей. 296 (1): 19–25. Дои:10.1007 / s004410051262. PMID  10199961. S2CID  3192774.
  33. ^ Горски Д.Х., Уолш К. (ноябрь 2000 г.). «Роль генов гомеобокса в ремоделировании сосудов и ангиогенезе». Циркуляционные исследования. 87 (10): 865–72. Дои:10.1161 / 01.res.87.10.865. PMID  11073881.
  34. ^ Данн Дж., Табет С., Джо Х. (июль 2015 г.). «Поточно-зависимое эпигенетическое метилирование ДНК в экспрессии эндотелиальных генов и атеросклерозе». Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов. 35 (7): 1562–9. Дои:10.1161 / ATVBAHA.115.305042. ЧВК  4754957. PMID  25953647.
  35. ^ Данн Дж., Симмонс Р., Табет С., Джо Х. (октябрь 2015 г.). «Роль эпигенетики в реакции эндотелиальных клеток на стресс сдвига и атеросклерозе». Международный журнал биохимии и клеточной биологии. 67: 167–76. Дои:10.1016 / j.biocel.2015.05.001. ЧВК  4592147. PMID  25979369.
  36. ^ Будро Н., Эндрюс С., Сребров А., Раванпай А., Череш Д.А. (октябрь 1997 г.). «Индукция ангиогенного фенотипа Hox D3». Журнал клеточной биологии. 139 (1): 257–64. Дои:10.1083 / jcb.139.1.257. ЧВК  2139816. PMID  9314544.
  37. ^ Boudreau NJ, Varner JA (февраль 2004 г.). «Фактор транскрипции гомеобокса Hox D3 способствует экспрессии и функции интегрина альфа5бета1 во время ангиогенеза». Журнал биологической химии. 279 (6): 4862–8. Дои:10.1074 / jbc.M305190200. PMID  14610084.
  38. ^ Майерс К., Шарбоно А., Будро Н. (январь 2000 г.). «Homeobox B3 способствует морфогенезу и ангиогенезу капилляров». Журнал клеточной биологии. 148 (2): 343–51. Дои:10.1083 / jcb.148.2.343. ЧВК  2174277. PMID  10648567.
  39. ^ Чен И, Сюй Б., Ардериу Г., Хашимото Т., Янг В.Л., Будро Н., Ян Г.Й. (ноябрь 2004 г.). «Ретровирусная доставка гена гомеобокса D3 индуцирует церебральный ангиогенез у мышей». Журнал церебрального кровотока и метаболизма. 24 (11): 1280–7. Дои:10.1097 / 01.WCB.0000141770.09022.AB. PMID  15545924.
  40. ^ Майерс К., Шарбоно А., Чунг И., Хэнкс Д., Будро Н. (декабрь 2002 г.). «Устойчивая экспрессия гомеобокса D10 ингибирует ангиогенез». Американский журнал патологии. 161 (6): 2099–109. Дои:10.1016 / S0002-9440 (10) 64488-4. ЧВК  1850921. PMID  12466126.
  41. ^ Мейс К.А., Хансен С.Л., Майерс К., Янг Д.М., Будро Н. (июнь 2005 г.). «HOXA3 индуцирует миграцию клеток в эндотелиальных и эпителиальных клетках, способствуя ангиогенезу и заживлению ран». Журнал клеточной науки. 118 (Pt 12): 2567–77. Дои:10.1242 / jcs.02399. PMID  15914537.
  42. ^ Роадс К., Ардериу Г., Шарбоно А., Хансен С.Л., Хоффман В., Будро Н. (2005). «Роль Hox A5 в регуляции ангиогенеза и формирования сосудистого паттерна». Лимфатические исследования и биология. 3 (4): 240–52. Дои:10.1089 / lrb.2005.3.240. PMID  16379594.
  43. ^ а б Ардериу Г., Куэвас И., Чен А., Каррио М., Восток Л., Будро, штат Нью-Джерси (2007). «HoxA5 стабилизирует спаечные соединения за счет увеличения Akt1». Адгезия и миграция клеток. 1 (4): 185–95. Дои:10.4161 / cam.1.4.5448. ЧВК  2634105. PMID  19262140.
  44. ^ Zhu Y, Cuevas IC, Gabriel RA, Su H, Nishimura S, Gao P, et al. (Июнь 2009 г.). «Восстановление экспрессии фактора транскрипции HoxA5 подавляет рост экспериментальных гемангиом в головном мозге». Журнал невропатологии и экспериментальной неврологии. 68 (6): 626–32. Дои:10.1097 / NEN.0b013e3181a491ce. ЧВК  2728585. PMID  19458547.
  45. ^ Чен Х, Рубин Э, Чжан Х, Чунг С., Цзе СС, Гаррет Э и др. (Май 2005 г.). «Идентификация транскрипционных мишеней HOXA5». Журнал биологической химии. 280 (19): 19373–80. Дои:10.1074 / jbc.M413528200. PMID  15757903.
  46. ^ Кадрмас JL, Beckerle MC (ноябрь 2004 г.). «Домен LIM: от цитоскелета к ядру». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 5 (11): 920–31. Дои:10.1038 / nrm1499. PMID  15520811. S2CID  6030950.
  47. ^ Грусс П., Вальтер С. (май 1992 г.). «Пакс в разработке». Ячейка. 69 (5): 719–22. Дои:10.1016 / 0092-8674 (92) 90281-Г. PMID  1591773. S2CID  44613005.
  48. ^ Вальтер С., Грусс П. (декабрь 1991 г.). «Pax-6, мышиный парный бокс-ген, экспрессируется в развивающейся ЦНС». Развитие. 113 (4): 1435–49. PMID  1687460.
  49. ^ Bürglin TR (ноябрь 1997 г.). «Анализ генов гомеобокса суперкласса TALE (MEIS, PBC, KNOX, Iroquois, TGIF) обнаруживает новый домен, сохраняемый между растениями и животными». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (21): 4173–80. Дои:10.1093 / nar / 25.21.4173. ЧВК  147054. PMID  9336443.
  50. ^ Дерелль Р., Лопес П., Ле Гуядер Х, Мануэль М. (2007). «Гомеодоменные белки принадлежат к древнему молекулярному набору эукариот». Эволюция и развитие. 9 (3): 212–9. Дои:10.1111 / j.1525-142X.2007.00153.x. PMID  17501745. S2CID  9530210.
  51. ^ а б c d е Holland PW, Booth HA, Bruford EA (октябрь 2007 г.). «Классификация и номенклатура всех генов гомеобокса человека». BMC Биология. 5 (1): 47. Дои:10.1186/1741-7007-5-47. ЧВК  2211742. PMID  17963489.
  52. ^ Курье, Франсуа; Поповичи, Корнел; Вилле, Режис; Бирнбаум, Даниэль (15 декабря 2000 г.). «Кластеры генов MetaHox». Журнал экспериментальной зоологии. 288 (4): 345–351. Дои:10.1002 / 1097-010X (20001215) 288: 4 <345 :: AID-JEZ7> 3.0.CO; 2-Y. PMID  11144283.
  53. ^ Краус П., Луфкин Т. (июль 2006 г.). «Контроль гена гомеобокса Dlx конечностей и черепно-лицевого развития млекопитающих». Американский журнал медицинской генетики. Часть А. 140 (13): 1366–74. Дои:10.1002 / ajmg.a.31252. PMID  16688724. S2CID  32619323.

дальнейшее чтение

внешние ссылки

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR001356