SATB1 - SATB1

SATB1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1YSE, 2L1P, 2O49, 2O4A, 3NZL, 3TUO, 2MW8
Идентификаторы
Псевдонимы	SATB1, SATB homeobox 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 602075 MGI: 105084 ГомолоГен: 2232 Генные карты: SATB1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 3 (человек)[1] Группа 3п24.3 Начните 18,345,377 бп[1] Конец 18,445,588 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 17 (мышь)[2] Группа 17 | 17 С Начните 51,736,187 бп[2] Конец 51,833,290 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • Связывание ДНК, специфичное для последовательности регуляторной области РНК-полимеразы II • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • связывание хроматина • GO: 0001948 связывание с белками • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание двухцепочечной ДНК • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • последовательное связывание ДНК Сотовый компонент • Тело PML • ядерная матрица • нуклеоплазма • ядерный гетерохроматин • хроматин • ядро клетки • ядерное тело Биологический процесс • рефлекс • CD4-положительная дифференцировка альфа-бета Т-клеток • CD8-позитивная дифференцировка альфа-бета Т-клеток • ремоделирование хроматина • активированная пролиферация Т-клеток • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • организация хроматина • транскрипция, ДНК-шаблон • развитие эпидермиса • метилирование гистонов • GO: 0022415 вирусный процесс • Активация Т-клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	6304	20230
Ансамбль	ENSG00000182568	ENSMUSG00000023927
UniProt	Q01826	Q60611
RefSeq (мРНК)	NM_001131010 NM_001195470 NM_002971 NM_001322871 NM_001322872 NM_001322873 NM_001322874 NM_001322875 NM_001322876	NM_001163630 NM_001163631 NM_001163632 NM_009122 NM_001357636 NM_001357637 NM_001357638 NM_001357640
RefSeq (белок)	NP_001124482 NP_001182399 NP_001309800 NP_001309801 NP_001309802 NP_001309803 NP_001309804 NP_001309805 NP_002962	NP_001157102 NP_001157103 NP_001157104 NP_033148 NP_001344565 NP_001344566 NP_001344567 NP_001344569
Расположение (UCSC)	Chr 3: 18.35 - 18.45 Мб	Chr 17: 51,74 - 51,83 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

SATB1 (специальный АТ-богатый связывающий последовательность белок-1) это белок который у человека кодируется SATB1 ген.^[5]

Функция

SATB1, глобальный хроматин организатор и фактор транскрипции, стал ключевым фактором интеграции архитектуры хроматина более высокого порядка с регуляцией генов.^[6] Недавние исследования раскрыли роль SATB1 в организации «петлевого пейзажа» хроматина и его динамическую природу в ответ на физиологические стимулы.^[7] На уровне всего генома, SATB1, по-видимому, играет роль в организации транскрипционно сбалансированного хроматина. SATB1 организует локус MHC класса I в отдельные петли хроматина, привязывая MAR к ядерному матриксу на фиксированных расстояниях. Отключение звука SATB1 имитирует эффекты IFN-γ лечение архитектуры петли хроматина MHC класс I локус и измененная экспрессия генов внутри локуса. Было также показано, что SATB1 вызывает рост и метастазирование опухоли рака груди за счет изменения экспрессии большого числа генов.

Взаимодействия

SATB1 был показан взаимодействовать с участием:

• BAZ1A,^[8]
• CHD4,^[8]
• CUTL1,^[9]
• HDAC1,^[8]
• MTA2,^[8]
• POLR2J^[10] и
• SMARCA5.^[8]

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000182568 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000023927 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Entrez Gene: SATB1 SATB homeobox 1".
6. Паван Кумар П., Пурби П.К., Синха С.К., Нотани Д., Лимае А., Джаяни Р.С., Галанде С. (апрель 2006 г.). «Фосфорилирование SATB1, глобального регулятора гена, действует как молекулярный переключатель, регулирующий его транскрипционную активность in vivo». Молекулярная клетка. 22 (2): 231–43. Дои:10.1016 / j.molcel.2006.03.010. PMID  16630892.
7. Галанде С., Пурби П.К., Нотани Д., Кумар П.П. (октябрь 2007 г.). «Третье измерение генной регуляции: организация динамической петли хроматина с помощью SATB1». Текущее мнение в области генетики и развития. 17 (5): 408–14. Дои:10.1016 / j.gde.2007.08.003. PMID  17913490.
8. Ясуи Д., Мияно М., Цай С., Варга-Вайс П., Кохви-Шигемацу Т. (октябрь 2002 г.). «SATB1 нацелен на ремоделирование хроматина, чтобы регулировать гены на больших расстояниях». Природа. 419 (6907): 641–5. Дои:10.1038 / природа01084. PMID  12374985. S2CID  25822700.
9. Лю Дж., Барнетт А., Нойфельд Э. Дж., Дадли Дж. П. (июль 1999 г.). «Взаимодействие гомеопротеинов CDP и SATB1: потенциал для тканеспецифической регуляции». Молекулярная и клеточная биология. 19 (7): 4918–26. Дои:10.1128 / mcb.19.7.4918. ЧВК  84297. PMID  10373541.
10. Дуррин Л.К., Кронтирис Т.Г. (июнь 2002 г.). «Тимоцит-специфический связывающий белок MAR, SATB1, взаимодействует in vitro с новым вариантом ДНК-направленной РНК-полимеразы II, субъединица 11». Геномика. 79 (6): 809–17. Дои:10.1006 / geno.2002.6772. PMID  12036295.

дальнейшее чтение

• Дикинсон Л.А., Джо Т., Кохви Ю., Кохви-Шигемацу Т. (август 1992 г.). «Ткань-специфический ДНК-связывающий белок MAR / SAR с необычным распознаванием сайта связывания». Ячейка. 70 (4): 631–45. Дои:10.1016 / 0092-8674 (92) 90432-С. PMID  1505028. S2CID  41115832.
• Робертсон Н.Г., Хетарпал У., Гутьеррес-Эспелета Г.А., Бибер Ф.Р., Мортон С.К. (сентябрь 1994 г.). «Выделение новых и известных генов из библиотеки кДНК улитки человеческого плода с использованием субтрактивной гибридизации и дифференциального скрининга». Геномика. 23 (1): 42–50. Дои:10.1006 / geno.1994.1457. PMID  7829101.
• Накагоми К., Кохви И., Дикинсон Л.А., Кохви-Шигемацу Т. (март 1994 г.). «Новый ДНК-связывающий мотив в ДНК-связывающем белке прикрепления ядерного матрикса SATB1». Молекулярная и клеточная биология. 14 (3): 1852–60. Дои:10.1128 / MCB.14.3.1852. ЧВК  358543. PMID  8114718.
• Xu L, Deng HX, Xia JH, Yang Y, Fan CH, Hung WY, Siddque T (1997). «Отнесение SATB1 к полосе хромосомы человека 3p23 путем гибридизации in situ». Цитогенетика и клеточная генетика. 77 (3–4): 205–6. Дои:10.1159/000134577. PMID  9284917.
• Редди PH, Stockburger E, Gillevet P, Tagle DA (декабрь 1997 г.). «Картирование и характеристика новых (CAG) n-повторов кДНК из мозга взрослого человека, полученных методом захвата олигонуклеотидов». Геномика. 46 (2): 174–82. Дои:10.1006 / geno.1997.5044. PMID  9417904.
• Escalier D, Allenet B, Badrichani A, Garchon HJ (январь 1999 г.). «Высокий уровень экспрессии ядерного белка Xlr в незрелых тимоцитах и ​​совместная локализация с связывающим с матриксом областью белка SATB1». Журнал иммунологии. 162 (1): 292–8. PMID  9886398.
• Лю Дж., Барнетт А., Нойфельд Э. Дж., Дадли Дж. П. (июль 1999 г.). «Взаимодействие гомеопротеинов CDP и SATB1: потенциал для тканеспецифической регуляции». Молекулярная и клеточная биология. 19 (7): 4918–26. Дои:10.1128 / mcb.19.7.4918. ЧВК  84297. PMID  10373541.
• Галанде С., Дикинсон Л.А., Миан И.С., Сикорска М., Кохви-Шигемацу Т. (август 2001 г.). «Расщепление SATB1 каспазой 6 нарушает опосредованную доменом PDZ димеризацию, вызывая отслоение от хроматина на ранней стадии апоптоза Т-клеток». Молекулярная и клеточная биология. 21 (16): 5591–604. Дои:10.1128 / MCB.21.16.5591-5604.2001. ЧВК  87280. PMID  11463840.
• Киффер Л.Дж., Греалли Д.М., Ландрес И., Наг С., Накадзима Ю., Кохви-Шигемацу Т., Каватас ПБ (апрель 2002 г.). «Идентификация регуляторной области-кандидата в генном комплексе CD8 человека путем совместной локализации участков гиперчувствительности к ДНКазе I и областей прикрепления матрикса, которые связывают SATB1 и GATA-3». Журнал иммунологии. 168 (8): 3915–22. Дои:10.4049 / jimmunol.168.8.3915. PMID  11937547.
• Дуррин Л.К., Кронтирис Т.Г. (июнь 2002 г.). «Тимоцит-специфический связывающий белок MAR, SATB1, взаимодействует in vitro с новым вариантом ДНК-направленной РНК-полимеразы II, субъединица 11». Геномика. 79 (6): 809–17. Дои:10.1006 / geno.2002.6772. PMID  12036295.
• Ясуи Д., Мияно М., Цай С., Варга-Вайс П., Кохви-Шигемацу Т. (октябрь 2002 г.). «SATB1 нацелен на ремоделирование хроматина, чтобы регулировать гены на больших расстояниях». Природа. 419 (6907): 641–5. Дои:10.1038 / природа01084. PMID  12374985. S2CID  25822700.
• Цай С., Хан Х. Дж., Кохви-Шигемацу Т. (май 2003 г.). «Тканеспецифическая ядерная архитектура и экспрессия генов, регулируемые SATB1». Природа Генетика. 34 (1): 42–51. Дои:10,1038 / ng1146. PMID  12692553. S2CID  974648.
• Фудзи Ю., Куматори А., Накамура М. (2004). «SATB1 образует комплекс с p300 и подавляет активность промотора gp91 (phox)». Микробиология и иммунология. 47 (10): 803–11. Дои:10.1111 / j.1348-0421.2003.tb03438.x. PMID  14605447. S2CID  6138288.
• Gocke CB, Yu H, Kang J (февраль 2005 г.). «Систематическая идентификация и анализ субстратов малых убиквитиноподобных модификаторов млекопитающих». Журнал биологической химии. 280 (6): 5004–12. Дои:10.1074 / jbc.M411718200. PMID  15561718.
• Вен Дж, Хуанг С., Роджерс Х., Дикинсон Л.А., Кохви-Шигемацу Т., Ногучи, Коннектикут (апрель 2005 г.). «Белок семейства SATB1, экспрессируемый во время ранней дифференцировки эритроидов, изменяет экспрессию гена глобина». Кровь. 105 (8): 3330–9. Дои:10.1182 / кровь-2004-08-2988. PMID  15618465.
• Seo J, Lozano MM, Dudley JP (июль 2005 г.). «Связывание с ядерным матриксом регулирует опосредованную SATB1 репрессию транскрипции». Журнал биологической химии. 280 (26): 24600–9. Дои:10.1074 / jbc.M414076200. PMID  15851481.
• Накаяма Ю., Миан И.С., Кохви-Шигемацу Т., Огава Т. (август 2005 г.). «Детерминанта ядерного нацеливания для SATB1, организатора генома в линии Т-клеток». Клеточный цикл. 4 (8): 1099–106. Дои:10.4161 / cc.4.8.1862. PMID  15970696.
• Руал Дж. Ф., Венкатесан К., Хао Т., Хирозане-Кишикава Т., Дрикот А., Ли Н., Беррис Г. Ф., Гиббонс Ф. Д., Дрезе М., Айви-Гедехуссу Н., Клитгорд Н., Саймон К., Боксем М., Мильштейн С., Розенберг Дж., Голдберг DS, Zhang LV, Wong SL, Franklin G, Li S, Albala JS, Lim J, Fraughton C, Llamosas E, Cevik S, Bex C, Lamesch P, Sikorski RS, Vandenhaute J, Zoghbi HY, Smolyar A, Bosak S, Sequerra R, Doucette-Stamm L, Cusick ME, Hill DE, Roth FP, Vidal M (октябрь 2005 г.). «К карте протеомного масштаба сети взаимодействия белка и белка человека». Природа. 437 (7062): 1173–8. Дои:10.1038 / природа04209. PMID  16189514. S2CID  4427026.