Цинковый палец - Zinc finger

Рисунок цинкового пальца Cys2His2, состоящий из α спираль и антипараллельный β лист. В цинк ион (зеленый) координируется двумя гистидин остатки и два цистеин остатки.
Мультфильм представление белка Zif268 (синий), содержащий три цинковых пальца в комплексе с ДНК (оранжевый). Координирующие аминокислотные остатки и ионы цинка (зеленый) выделены.

А цинковый палец это маленький белок структурный мотив который характеризуется координация одного или нескольких цинк ионы (Zn2+), чтобы стабилизировать складку. Первоначально придуман для описания пальцеобразного внешнего вида предполагаемой структуры из Xenopus laevis фактор транскрипции IIIA, название «цинковый палец» теперь охватывает большое количество различных белковых структур.[1] Xenopus laevis Первоначально было продемонстрировано, что TFIIIA содержит цинк и требует этого металла для функционирования в 1983 году, что стало первым заявленным требованием цинка для белка, регулирующего ген.[2][3] Часто появляется как металлсвязывающий домен в многодоменных белках.[3]

Белки, содержащие цинковые пальцы (белки цинковых пальцев) подразделяются на несколько различных структурных семейств. В отличие от многих других четко определенных сверхвторичные структуры Такие как Греческие ключи или же β шпильки, существует несколько типов цинковых пальцев, каждый из которых имеет уникальную трехмерную архитектуру. Конкретный класс белка цинкового пальца определяется этой трехмерной структурой, но он также может быть распознан на основе первичной структуры белка или идентичности лиганды координирующий ион цинка. Однако, несмотря на большое разнообразие этих белков, подавляющее большинство обычно функционируют как модули взаимодействия, связывающие ДНК, РНК, белки или другие небольшие полезные молекулы и вариации в структуре служат, прежде всего, для изменения специфичности связывания конкретного белка.

С момента своего первоначального открытия и выяснения их структуры эти модули взаимодействия оказались повсеместными в биологическом мире и могут быть обнаружены в 3% генов генома человека.[4] Кроме того, цинковые пальцы стали чрезвычайно полезными в различных терапевтических и исследовательских целях. Разработка цинковых пальцев, чтобы иметь сходство с определенной последовательностью, является областью активных исследований, и нуклеазы цинковых пальцев и факторы транскрипции цинкового пальца являются двумя из наиболее важных приложений, которые предстоит реализовать на сегодняшний день.

История

Цинковые пальцы были впервые обнаружены при исследовании транскрипции в Африканская когтистая лягушка, Xenopus laevis в лаборатории Аарон Клуг. Изучение транскрипции определенной последовательности РНК показало, что сила связывания небольшого фактор транскрипции (фактор транскрипции IIIA; TFIIIA) был обусловлен присутствием координирующих цинк структур, похожих на пальцы.[5] Аминокислотное секвенирование TFIIIA выявило девять тандемных последовательностей из 30 аминокислот, включая две инвариантные пары остатков цистеина и гистидина. Расширенная тонкая структура поглощения рентгеновских лучей подтвердили идентичность цинковых лигандов: два цистеина и два гистидина.[4] Считалось, что ДНК-связывающая петля, образованная координацией этих лигандов цинком, напоминает пальцы, отсюда и название.[1] Более поздняя работа по характеристике белков у различных организмов показала важность ионов цинка в стабилизации полипептидов.[6][7]

Кристаллические структуры комплексов цинковый палец-ДНК, решенные в 1991 и 1993 годах, выявили канонический паттерн взаимодействия цинковых пальцев с ДНК.[8][9] Установлено, что связывание цинкового пальца отличается от многих других ДНК-связывающих белков, которые связывают ДНК посредством 2-кратной симметрии двойной спирали, вместо этого цинковые пальцы связаны линейно в тандеме для связывания последовательностей нуклеиновых кислот различной длины.[4] Цинковые пальцы часто связываются с последовательностью ДНК, известной как Коробка GC.[10] Модульная природа мотива цинкового пальца позволяет связывать большое количество комбинаций последовательностей ДНК и РНК с высокой степенью аффинности и специфичности, и поэтому идеально подходит для создания белка, который может быть нацелен на определенные последовательности ДНК и связывать их. В 1994 году было показано, что искусственно созданный белок с тремя пальцами может блокировать экспрессию онкогена в линии клеток мыши. С тех пор были сконструированы цинковые пальцы, слитые с различными другими эффекторными доменами, некоторые из которых имеют терапевтическое значение.[4]

Домен

Цинковый палец (Znf) домены относительно малы белковые мотивы которые содержат несколько пальцевидных выступов, которые тандемно контактируют со своей молекулой-мишенью. Некоторые из этих доменов связывать цинк, но многие этого не делают, вместо этого связывая другие металлы, такие как железо, или вообще не связывают металл. Например, некоторые члены семьи образуют соляные мосты для стабилизации пальцевидного складки. Впервые они были идентифицированы как ДНК-связывающий мотив в фактор транскрипции TFIIIA из Xenopus Laevis (Африканская когтистая лягушка), однако теперь признано, что они связывают ДНК, РНК, белок и / или липид субстраты.[11][12][13][14][15] Их связывающие свойства зависят от аминокислотная последовательность доменов finger и на линкере между пальцами, а также на высших структуры и количество пальцев. Домены Znf часто встречаются в кластерах, где пальцы могут иметь различную специфичность связывания. Мотивы Znf встречаются в нескольких не связанных между собой белковые суперсемейства, различающиеся как по последовательности, так и по структуре. Они демонстрируют значительную гибкость в способах связывания даже между членами одного и того же класса (например, некоторые связывают ДНК, другие - белок), что позволяет предположить, что Znf мотивы устойчивые леса, которые имеют развился специализированные функции. Например, Znf-содержащие белки функционируют в ген транскрипция, трансляция, трафик мРНК, цитоскелет организация эпителиальный разработка, клеточная адгезия, сворачивание белка, хроматин ремоделирование и определение цинка, и это лишь некоторые из них.[16] Цинк-связывающие мотивы представляют собой стабильные структуры, и они редко подвергаются конформационные изменения при связывании своей цели.

Классы

Первоначально термин «цинковый палец» использовался исключительно для описания ДНК-связывающего мотива, обнаруженного в Xenopus laevis; однако в настоящее время он используется для обозначения любого числа структур, связанных координацией иона цинка. Как правило, цинковые пальцы координируют ионы цинка с комбинацией цистеин и гистидин остатки. Первоначально количество и порядок этих остатков использовались для классификации различных типов цинковых пальцев (например, Cys2Его2, Cys4, и Cys6). Совсем недавно вместо этого для классификации белков цинкового пальца был использован более систематический метод. Этот метод классифицирует белки с цинковыми пальцами на «складчатые группы» на основе общей формы белкового остова в сложенном домене. Наиболее распространенными «складками» цинковых пальцев являются Cys2Его2-подобный («классический цинковый палец»), скрипичный ключ и цинковая лента.[17]

Следующая таблица[17] показывает различные конструкции и их основные особенности:

Сложите группуПредставительная структураРазмещение лиганда
Cys2Его2PDB 1zaa EBI.jpgДва лиганда от сустава и еще два от С-конца спирали.
Кляп костяшкиPDB 1ncp EBI.jpgДва лиганда от сустава и еще два от короткой спирали или петли.
Скрипичный ключДва лиганда от сустава и еще два от N-конца спирали.
Цинковая лентаPDB 1pft EBI.jpgПо два лиганда от двух суставов.
Zn2/ Cys6PDB 1d66 EBI.jpgДва лиганда от N-конца спирали и еще два от петли.
Домен TAZ2 нравитсяДва лиганда с концов двух спиралей.

Cys2Его2

Цинковый палец, тип C2H2
Идентификаторы
Символzf-C2H2
PfamPF00096
Pfam кланCL0361
ИнтерПроIPR007087
PROSITEPS00028

Cys2Его2-подобная складчатая группа (C2H2), безусловно, является наиболее охарактеризованным классом цинковых пальцев и обычна для факторов транскрипции млекопитающих. Такие домены имеют простую складку ββα и содержат аминокислотную мотив последовательности:[18]

Икс2-Cys-X2,4-Cys-X12-Его-X3,4,5-Его

Этот класс цинковых пальцев может выполнять множество функций, таких как связывание РНК и опосредование белок-белковых взаимодействий, но наиболее известен своей ролью в специфичных для последовательности ДНК-связывающих белках, таких как Zif268 (Egr1). В таких белках отдельные домены с цинковыми пальцами обычно встречаются в виде тандемных повторов с двумя, тремя или более пальцами, составляющими ДНК-связывающий домен белка. Эти тандемные массивы могут связываться в большой бороздке ДНК и обычно расположены с интервалом в 3 п.н. Α-спираль каждого домена (часто называемая «спираль узнавания») может устанавливать специфичные для последовательности контакты с основаниями ДНК; остатки от единственной спирали распознавания могут контактировать с четырьмя или более основаниями, давая перекрывающийся узор контактов с соседними цинковыми пальцами.

Кляп

Цинковая костяшка
Идентификаторы
Символzf-CCHC
PfamPF00098
ИнтерПроIPR001878
УМНАЯSM00343
PROSITEPS50158

Эта группа складок определяется двумя короткими β-тяжами, соединенными витком (цинковая кулак), за которым следует короткая спираль или петля, и напоминает классический Cys2Его2 мотив с большой частью спирали и усеченной β-шпилькой.

Белок ретровирусного нуклеокапсида (NC) из ВИЧ и других родственных ретровирусов является примером белков, обладающих этими мотивами. Цинковый палец с затылком в белке NC ВИЧ является мишенью для класса лекарств, известных как ингибиторы цинковых пальцев.

Скрипичный ключ

Мотив скрипичного ключа состоит из β-шпильки на N-конце и α-спирали на C-конце, каждый из которых вносит два лиганда для связывания цинка, хотя петля и вторая β-шпилька различной длины и конформации могут между N-концевой β-шпилькой и C-концевой α-спиралью. Эти пальцы присутствуют в разнообразной группе белков, которые часто не имеют общих последовательностей или функционального сходства друг с другом. Наиболее охарактеризованными белками, содержащими цинковые пальцы скрипичного ключа, являются рецепторы ядерных гормонов.

Цинковая лента

Цинк-связывающий TFIIB
Идентификаторы
СимволTF_Zn_Ribbon
PfamPF08271
Pfam кланZn_Beta_Ribbon
ИнтерПроIPR013137
PROSITEPS51134

Складка из цинковой ленты характеризуется двумя бета-шпильками, образующими два структурно похожих участка связывания цинка.

Zn2/ Cys6

Биядерный кластерный домен Zn (2) -Cys (6) грибов
Идентификаторы
СимволZn_clus
PfamPF00172
ИнтерПроIPR001138
УМНАЯGAL4
PROSITEPS00463
CDDcd00067

Канонические члены этого класса содержат биядерный кластер цинка, в котором два иона цинка связаны шестью цистеин остатки. Эти цинковые пальцы можно найти в нескольких факторах транскрипции, включая дрожжевой Gal4 белок.

zf-C2HC
PDB 1pxe EBI.jpg
структура раствора cchhc домена нервного фактора цинкового пальца-1
Идентификаторы
Символzf-C2HC
PfamPF01530
ИнтерПроIPR002515
zf-C2HC5
Идентификаторы
Символzf-C2HC5
PfamPF06221
ИнтерПроIPR009349

Разное

zf-C2HC
PDB 1pxe EBI.jpg
структура раствора cchhc домена нервного фактора цинкового пальца-1
Идентификаторы
Символzf-C2HC
PfamPF01530
ИнтерПроIPR002515
zf-C2HC5
Идентификаторы
Символzf-C2HC5
PfamPF06221
ИнтерПроIPR009349

В цинковый палец противовирусный белок (ZAP) связывается с сайтом CpG. Он используется у млекопитающих для противовирусной защиты.[19][20]

Приложения

Разные белковая инженерия методы могут быть использованы для изменения специфичности связывания ДНК цинковых пальцев[18] и тандемные повторы таких сконструированных цинковых пальцев могут быть использованы для нацеливания на желаемые последовательности геномной ДНК.[21] Слияние второго белкового домена, такого как активатор или репрессор транскрипции, с массивом сконструированных цинковых пальцев, которые связываются рядом с промотором данного гена, можно использовать для изменения транскрипции этого гена.[21] Слияния сконструированных массивов цинковых пальцев и белковых доменов, которые расщепляют или иным образом модифицируют ДНК, также можно использовать для нацеливания этих активностей на желаемые геномные локусы.[21] Наиболее распространенные применения для матриц цинковых пальцев включают: факторы транскрипции цинкового пальца и нуклеазы цинковых пальцев, но были описаны и другие приложения. Типичные сконструированные массивы цинковых пальцев имеют от 3 до 6 отдельных мотивов цинковых пальцев и связывают сайты-мишени в диапазоне от 9 пар оснований до 18 пар оснований в длину. Массивы с 6 мотивами цинковых пальцев особенно привлекательны, потому что они связывают целевой сайт, который достаточно длинный, чтобы иметь хорошие шансы быть уникальным в геноме млекопитающих.[22]

Нуклеазы цинковых пальцев

Сконструированные массивы цинковых пальцев часто сливаются с доменом расщепления ДНК (обычно с доменом расщепления FokI ) чтобы генерировать нуклеазы цинковых пальцев. Такие слияния цинкового пальца и FokI стали полезными реагентами для манипулирования геномами многих высших организмов, включая Drosophila melanogaster, Caenorhabditis elegans, табак, кукуруза,[23] данио,[24] различные типы клеток млекопитающих,[25] и крысы.[26] Нацеливание двухцепочечного разрыва на желаемый геномный локус может быть использовано для введения мутаций со сдвигом рамки считывания в кодирующую последовательность гена из-за подверженности ошибкам природы негомологичного пути репарации ДНК. Если также используется «донорская последовательность» гомологичной ДНК, то геномный локус может быть преобразован в определенную последовательность посредством пути гомологически направленной репарации. Текущее клиническое исследование оценивает Нуклеазы цинковых пальцев которые разрушают ген CCR5 в CD4+ человеческие Т-клетки как потенциальное лечение за ВИЧ / СПИД.[27]

Методы проектирования массивов цинковых пальцев

Большинство сконструированных массивов цинковых пальцев основано на домене цинковых пальцев мышиного фактора транскрипции Zif268, хотя некоторые группы использовали массивы цинковых пальцев на основе человеческого фактора транскрипции SP1. Zif268 имеет три отдельных мотива «цинковые пальцы», которые вместе связывают последовательность из 9 пар оснований с высокой аффинностью.[28] Структура этого белка, связанного с ДНК, была решена в 1991 г.[8] и стимулировали большое количество исследований в области создания матриц цинковых пальцев. В 1994 и 1995 годах ряд групп использовали фаговый дисплей для изменения специфичности цинкового пальца Zif268.[29][30][31][32] В настоящее время существует два основных метода, используемых для создания специально разработанных массивов цинковых пальцев, модульная сборка и система отбора бактерий, и есть некоторые споры о том, какой метод лучше всего подходит для большинства приложений.[33][34]

Самый простой метод создания новых массивов цинковых пальцев - это объединение меньших «модулей» из цинковых пальцев с известной специфичностью. Структура белка цинкового пальца Zif268, связанного с ДНК, описанная Павлетичем и Пабо в их публикации 1991 г., была ключевой для большей части этой работы и описывает концепцию получения пальцев для каждого из 64 возможных триплетов пар оснований, а затем смешивания и сопоставления этих пальцы для разработки белков с любой желаемой специфичностью последовательности.[8]Наиболее распространенный процесс модульной сборки включает объединение отдельных цинковых пальцев, каждый из которых может распознавать последовательность ДНК из 3 пар оснований для создания массивов из 3, 4, 5 или 6 пальцев, которые распознают целевые сайты в диапазоне от 9 пар оснований до 18 пар оснований в длина. Другой метод использует модули с двумя пальцами для создания массивов цинковых пальцев из шести отдельных цинковых пальцев.[23] Лаборатория Барбаса Исследовательского института Скриппса использовала фаговый дисплей для разработки и характеристики доменов цинковых пальцев, которые распознают большинство последовательностей триплетов ДНК[35][36][37] в то время как другая группа выделила и охарактеризовала отдельные пальцы из генома человека.[38] Потенциальным недостатком модульной сборки в целом является то, что особенности отдельных цинковых пальцев могут перекрываться и могут зависеть от контекста окружающих цинковых пальцев и ДНК. Недавнее исследование продемонстрировало, что большая часть массивов цинковых пальцев с 3 пальцами, генерируемых модульной сборкой, не связывается с намеченной мишенью с достаточной аффинностью в бактериальном двухгибридном анализе и не может функционировать как нуклеазы цинковых пальцев, но вероятность успеха была несколько выше, когда целью были сайты вида GNNGNNGNN.[39]

В последующем исследовании использовалась модульная сборка для создания нуклеазы цинковых пальцев как с матрицами с 3 пальцами, так и с матрицами с 4 пальцами, и наблюдал гораздо более высокий уровень успеха с массивами с 4 пальцами.[40] Также сообщалось о варианте модульной сборки, которая учитывает контекст соседних пальцев, и этот метод имеет тенденцию давать белки с улучшенными характеристиками по сравнению со стандартной модульной сборкой.[41]

Для создания массивов цинковых пальцев, способных нацеливать желаемые последовательности, использовались многочисленные методы отбора. Использованы первоначальные усилия по отбору фаговый дисплей для выбора белков, которые связывают данную мишень ДНК из большого пула частично рандомизированных массивов цинковых пальцев. Эту технику сложно использовать более чем на одном цинковом пальце одновременно, поэтому был разработан многоэтапный процесс, который генерировал полностью оптимизированный массив из трех пальцев путем добавления и оптимизации одного цинкового пальца за раз.[42] В более поздних попытках использовались дрожжевые одногибридные системы, бактериальные одногибридные и двугибридные системы и клетки млекопитающих. Новый многообещающий метод выбора новых матриц цинковых пальцев с 3 пальцами использует бактериальную двухгибридную систему и был назван его создателями «ОТКРЫТЫМ».[43] Эта система объединяет предварительно выбранные пулы отдельных цинковых пальцев, каждый из которых был выбран для связывания данного триплета, а затем использует второй раунд отбора для получения массивов из трех пальцев, способных связывать желаемую последовательность из 9 пар оснований. Эта система была разработана Zinc Finger Consortium в качестве альтернативы коммерческим источникам инженерных матриц цинковых пальцев. Непосредственно сравнивать связывающие свойства белков, полученных с помощью этого метода, с белками, полученными путем модульной сборки, довольно сложно, поскольку профили специфичности белков, полученных с помощью метода OPEN, никогда не сообщались.

Примеры

Эта запись представляет домен цинкового пальца типа CysCysHisCys (C2HC), обнаруженный в эукариоты. Белки содержащие эти домены включают:

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б Клуг А., Родос Д. (1987). «Цинковые пальцы: новая белковая складка для распознавания нуклеиновых кислот». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии. 52: 473–82. Дои:10.1101 / sqb.1987.052.01.054. PMID  3135979.
  2. ^ Hanas JS, Hazuda DJ, Bogenhagen DF, Wu FY, Wu CW (декабрь 1983 г.). «Фактору транскрипции Xenopus требуется цинк для связывания с геном 5S РНК». Журнал биологической химии. 258 (23): 14120–5. PMID  6196359.
  3. ^ а б Берг Дж. М. (апрель 1990 г.). «Цинковые пальцы и другие металлсвязывающие домены. Элементы для взаимодействия между макромолекулами». Журнал биологической химии. 265 (12): 6513–6. PMID  2108957.
  4. ^ а б c d Клуг А (2010). «Открытие цинковых пальцев и их применение в регуляции генов и манипуляции геномом». Ежегодный обзор биохимии. 79: 213–31. Дои:10.1146 / annurev-biochem-010909-095056. PMID  20192761. - через Annual Reviews (требуется подписка)
  5. ^ Миллер Дж., Маклахлан А.Д., Клуг А. (июнь 1985 г.). «Повторяющиеся цинк-связывающие домены в белке фактора транскрипции IIIA из ооцитов Xenopus». Журнал EMBO. 4 (6): 1609–14. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1985.tb03825.x. ЧВК  554390. PMID  4040853.
  6. ^ Миллер Ю., Ма Б., Нусинов Р. (май 2010 г.). «Ионы цинка способствуют агрегации при болезни Альцгеймера-Абета через популяционный сдвиг полиморфных состояний». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 107 (21): 9490–5. Bibcode:2010ПНАС..107.9490М. Дои:10.1073 / pnas.0913114107. ЧВК  2906839. PMID  20448202.
  7. ^ Low LY, Эрнандес Х., Робинсон CV, О'Брайен Р., Гроссманн JG, Ladbury JE, Луизи Б. (май 2002 г.). «Металл-зависимая укладка и стабильность ДНК-связывающих доменов ядерного гормона рецептора». Журнал молекулярной биологии. 319 (1): 87–106. Дои:10.1016 / S0022-2836 (02) 00236-X. PMID  12051939.
  8. ^ а б c Павлетич Н.П., Пабо КО (май 1991 г.). «Распознавание цинкового пальца-ДНК: кристаллическая структура комплекса Zif268-ДНК при 2,1 А». Наука. 252 (5007): 809–17. Bibcode:1991Наука ... 252..809П. Дои:10.1126 / наука.2028256. PMID  2028256. S2CID  38000717.
  9. ^ Fairall L, Schwabe JW, Chapman L, Finch JT, Rhodes D (декабрь 1993 г.). «Кристаллическая структура пептида с двумя цинковыми пальцами демонстрирует расширение правил распознавания цинковых пальцев и ДНК». Природа. 366 (6454): 483–7. Bibcode:1993Натура.366..483F. Дои:10.1038 / 366483a0. PMID  8247159. S2CID  4371511.
  10. ^ Лундин, М .; Nehlin, J. O .; Ронне, Х. (1994-03-01). «Важность фланкирующей AT-богатой области в распознавании сайта-мишени GC-бокс-связывающим белком цинкового пальца MIG1». Молекулярная и клеточная биология. 14 (3): 1979–1985. Дои:10.1128 / MCB.14.3.1979. ISSN  0270-7306. ЧВК  358557. PMID  8114729.
  11. ^ Клуг А. (октябрь 1999 г.). «Пептиды цинковых пальцев для регуляции экспрессии генов». Журнал молекулярной биологии. 293 (2): 215–8. Дои:10.1006 / jmbi.1999.3007. PMID  10529348.
  12. ^ Холл TM (июнь 2005 г.). «Множественные способы распознавания РНК белками цинкового пальца». Текущее мнение в структурной биологии. 15 (3): 367–73. Дои:10.1016 / j.sbi.2005.04.004. PMID  15963892.
  13. ^ Коричневый RS (февраль 2005 г.). «Белки цинкового пальца: захват РНК». Текущее мнение в структурной биологии. 15 (1): 94–8. Дои:10.1016 / j.sbi.2005.01.006. PMID  15718139.
  14. ^ Gamsjaeger R, Liew CK, Loughlin FE, Crossley M, Mackay JP (февраль 2007 г.). «Липкие пальцы: цинковые пальцы как мотивы распознавания белков». Тенденции в биохимических науках. 32 (2): 63–70. Дои:10.1016 / j.tibs.2006.12.007. PMID  17210253.
  15. ^ Мэтьюз Дж. М., Сунде М. (декабрь 2002 г.). «Цинковые пальцы - складки на много раз». IUBMB Life. 54 (6): 351–5. Дои:10.1080/15216540216035. PMID  12665246.
  16. ^ Лэйти Дж. Х., Ли Б. М., Райт ЧП (февраль 2001 г.). «Белки цинкового пальца: новое понимание структурного и функционального разнообразия». Текущее мнение в структурной биологии. 11 (1): 39–46. Дои:10.1016 / S0959-440X (00) 00167-6. PMID  11179890.
  17. ^ а б Кришна С.С., Маджумдар I, Гришин Н.В. (январь 2003 г.). «Структурная классификация цинковых пальцев: обзор и резюме». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (2): 532–50. Дои:10.1093 / nar / gkg161. ЧВК  140525. PMID  12527760.
  18. ^ а б Pabo CO, Peisach E, Grant RA (2001). «Разработка и выбор новых белков цинкового пальца Cys2His2». Ежегодный обзор биохимии. 70: 313–40. Дои:10.1146 / annurev.biochem.70.1.313. PMID  11395410.
  19. ^ Сюйхуа Ся: Крайний геномный дефицит CpG у SARS-CoV-2 и уклонение от противовирусной защиты хозяина. В: Молекулярная биология и эволюция, Academic Press, 14 апреля 2020 г., DOI: 10.1093 / molbev / msaa094
  20. ^ Доказательства того, что бродячие собаки могут стать причиной пандемии COVID-19. На: SciTechDaily, 14 апреля 2020 г. Источник: Университет Оттавы
  21. ^ а б c Джеймисон А.С., Миллер Дж. С., Пабо Колорадо (май 2003 г.). «Открытие лекарств с использованием искусственных белков цинковых пальцев». Обзоры природы. Открытие наркотиков. 2 (5): 361–8. Дои:10.1038 / nrd1087. PMID  12750739. S2CID  6417869.
  22. ^ Лю Кью, Сигал Диджей, Джиара Дж. Б., Барбас К. Ф. (май 1997 г.). «Дизайн полидактильных белков с цинковыми пальцами для уникальной адресации в сложных геномах». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (11): 5525–30. Bibcode:1997PNAS ... 94.5525L. Дои:10.1073 / пнас.94.11.5525. ЧВК  20811. PMID  9159105.
  23. ^ а б Shukla VK, Doyon Y, Miller JC, DeKelver RC, Moehle EA, Worden SE, Mitchell JC, Arnold NL, Gopalan S, Meng X, Choi VM, Rock JM, Wu YY, Katibah GE, Zhifang G, McCaskill D, Simpson MA , Блейксли Б., Гринвалт С.А., Батлер Х.Дж., Хинкли С.Дж., Чжан Л., Ребар Э.Дж., Грегори П.Д., Урнов Ф.Д. (май 2009 г.). «Точная модификация генома сельскохозяйственных культур Zea mays с использованием нуклеаз типа« цинковые пальцы »». Природа. 459 (7245): 437–41. Bibcode:2009Натура.459..437S. Дои:10.1038 / природа07992. PMID  19404259. S2CID  4323298.
  24. ^ Рейнольдс И.Дж., Миллер Р.Дж. (декабрь 1988 г.). «Связывание [3H] MK801 с рецептором N-метил-D-аспартата выявляет лекарственные взаимодействия с сайтами связывания цинка и магния». Журнал фармакологии и экспериментальной терапии. 247 (3): 1025–31. PMID  2849655.
  25. ^ Кэрролл Д. (ноябрь 2008 г.). «Успехи и перспективы: нуклеазы цинковых пальцев как средства генной терапии». Генная терапия. 15 (22): 1463–8. Дои:10.1038 / gt.2008.145. ЧВК  2747807. PMID  18784746.
  26. ^ Geurts AM, Cost GJ, Freyvert Y, Zeitler B, Miller JC, Choi VM, Jenkins SS, Wood A, Cui X, Meng X, Vincent A, Lam S, Michalkiewicz M, Schilling R, Foeckler J, Kalloway S, Weiler H , Менорет С., Анегон И., Дэвис Г.Д., Чжан Л., Ребар Е.Дж., Грегори П.Д., Урнов Ф.Д., Джейкоб Г.Дж., Бюлоу Р. (июль 2009 г.). «Нокаут крысы с помощью микроинъекции эмбрионов нуклеаз цинкового пальца». Наука. 325 (5939): 433. Bibcode:2009Sci ... 325..433G. Дои:10.1126 / science.1172447. ЧВК  2831805. PMID  19628861.
  27. ^ Тебас П., Стейн Д. (2009). «Аутологичные Т-клетки, генетически модифицированные в гене CCR5 нуклеазами цинковых пальцев SB-728 для ВИЧ». ClinicalTrials.gov.
  28. ^ Кристи Б., Натанс Д. (ноябрь 1989 г.). «Сайт связывания ДНК белка, индуцируемого фактором роста Zif268». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 86 (22): 8737–41. Bibcode:1989PNAS ... 86.8737C. Дои:10.1073 / pnas.86.22.8737. ЧВК  298363. PMID  2510170.
  29. ^ Rebar EJ, Pabo CO (февраль 1994 г.). «Фаг цинкового пальца: аффинный отбор пальцев с новыми специфичностями связывания ДНК». Наука. 263 (5147): 671–3. Bibcode:1994Наука ... 263..671R. Дои:10.1126 / наука.8303274. PMID  8303274.
  30. ^ Джеймисон А.С., Ким С.Х., Уэллс Дж.А. (май 1994 г.). «Отбор in vitro цинковых пальцев с измененной специфичностью связывания ДНК». Биохимия. 33 (19): 5689–95. Дои:10.1021 / bi00185a004. PMID  8180194.
  31. ^ Choo Y, Klug A (ноябрь 1994 г.). «К коду взаимодействия цинковых пальцев с ДНК: выбор рандомизированных пальцев, отображаемых на фаге». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 91 (23): 11163–7. Bibcode:1994PNAS ... 9111163C. Дои:10.1073 / пнас.91.23.11163. ЧВК  45187. PMID  7972027.
  32. ^ Ву Х, Ян В.П., Барбас С.Ф. (январь 1995 г.). «Создание цинковых пальцев путем селекции: к терапевтическому применению». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 92 (2): 344–8. Bibcode:1995PNAS ... 92..344Вт. Дои:10.1073 / пнас.92.2.344. ЧВК  42736. PMID  7831288.
  33. ^ Ким Дж. С., Ли Х. Дж., Кэрролл Д. (февраль 2010 г.). «Редактирование генома модульно собранными нуклеазами типа" цинковые пальцы "». Методы природы. 7 (2): 91, ответ автора 91–2. Дои:10.1038 / nmeth0210-91a. ЧВК  2987589. PMID  20111032.
  34. ^ Джунг Дж. К., Войтас Д. Ф., Катомен Т. (февраль 2010 г.). "Ответ" на редактирование генома с помощью модульной сборки нуклеаз типа "цинковые пальцы""". Nat. Методы. 7 (2): 91–2. Дои:10.1038 / nmeth0210-91b. ЧВК  2987589.
  35. ^ Сегал DJ, Драйер Б., Бирли Р.Р., Барбас С.Ф. (март 1999 г.). «На пути к произвольному контролю экспрессии генов: отбор и создание доменов« цинковые пальцы », распознающих каждую из целевых последовательностей ДНК 5'-GNN-3 '». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (6): 2758–63. Bibcode:1999PNAS ... 96.2758S. Дои:10.1073 / пнас.96.6.2758. ЧВК  15842. PMID  10077584.
  36. ^ Драйер Б., Фуллер Р.П., Сегал Д.Д., Лунд К.В., Бланкафорт П., Хубер А., Кокш Б., Барбас С.Ф. (октябрь 2005 г.). «Разработка доменов цинкового пальца для распознавания последовательностей ДНК семейства 5'-CNN-3 'и их использование в создании искусственных факторов транскрипции». Журнал биологической химии. 280 (42): 35588–97. Дои:10.1074 / jbc.M506654200. PMID  16107335.
  37. ^ Драйер Б., Бирли Р. Р., Сигал Д. Д., Флиппин Д. Д., Барбас К. Ф. (август 2001 г.). «Разработка доменов с цинковыми пальцами для распознавания семейства последовательностей ДНК 5'-ANN-3 'и их использование в создании искусственных факторов транскрипции». Журнал биологической химии. 276 (31): 29466–78. Дои:10.1074 / jbc.M102604200. PMID  11340073.
  38. ^ Bae KH, Kwon YD, Shin HC, Hwang MS, Ryu EH, Park KS, Yang HY, Lee DK, Lee Y, Park J, Kwon HS, Kim HW, Yeh BI, Lee HW, Sohn SH, Yoon J, Seol W , Ким Дж.С. (март 2003 г.). «Человеческие цинковые пальцы как строительные блоки в создании искусственных факторов транскрипции». Природа Биотехнологии. 21 (3): 275–80. Дои:10.1038 / nbt796. PMID  12592413. S2CID  29575555.
  39. ^ Рамирес К.Л., Фоли Дж. Э., Райт Д. А., Мюллер-Лерх Ф., Рахман С. Х., Корню Т. И., Уинфри Р. Дж., Сандер Дж. Д., Фу Ф., Таунсенд Дж. А., Катомен Т., Войтас Д. Ф., Джунг Дж. К. (май 2008 г.). «Неожиданная частота отказов для модульной сборки инженерных цинковых пальцев». Методы природы. 5 (5): 374–5. Дои:10.1038 / nmeth0508-374. PMID  18446154. S2CID  30677821.
  40. ^ Ким Х.Дж., Ли Х.Дж., Ким Х., Чо С.В., Ким Дж.С. (июль 2009 г.). «Целевое редактирование генома в клетках человека с помощью нуклеаз цинковых пальцев, сконструированных посредством модульной сборки». Геномные исследования. 19 (7): 1279–88. Дои:10.1101 / гр.089417.108. ЧВК  2704428. PMID  19470664.
  41. ^ Сандер Д.Д., Дальборг Э.Д., Гудвин М.Дж., Кейд Л., Чжан Ф., Сифуэнтес Д., Куртин С.Дж., Блэкберн Д.С., Тибодо-Беганни С., Ци Й., Пиерик С.Дж., Хоффман Е., Мейдер М.Л., Хайтер С., Рейон Д., Доббс Д. Лангенау Д.М., Ступар Р.М., Гиралдез А.Дж., Войтас Д.Ф., Петерсон Р.Т., Йе-Дж. Р., Джунг Дж. К. (январь 2011 г.). «Конструирование нуклеаз цинкового пальца без отбора путем контекстно-зависимой сборки (CoDA)». Методы природы. 8 (1): 67–9. Дои:10.1038 / nmeth.1542. ЧВК  3018472. PMID  21151135.
  42. ^ Greisman HA, Pabo CO (январь 1997 г.). «Общая стратегия выбора высокоаффинных белков цинкового пальца для различных целевых участков ДНК». Наука. 275 (5300): 657–61. Дои:10.1126 / science.275.5300.657. PMID  9005850. S2CID  46237752.
  43. ^ Maeder ML, Thibodeau-Beganny S, Osiak A, Wright DA, Anthony RM, Eichtinger M, Jiang T, Foley JE, Winfrey RJ, Townsend JA, Unger-Wallace E, Sander JD, Müller-Lerch F, Fu F, Pearlberg J , Göbel C, Dassie JP, Pruett-Miller SM, Porteus MH, Sgroi DC, Iafrate AJ, Dobbs D, McCray PB, Cathomen T, Voytas DF, Joung JK (июль 2008 г.). «Быстрая» разработка с открытым исходным кодом индивидуальных нуклеаз типа «цинковые пальцы» для высокоэффективной модификации генов ». Молекулярная клетка. 31 (2): 294–301. Дои:10.1016 / j.molcel.2008.06.016. ЧВК  2535758. PMID  18657511.
  44. ^ Смит А.Т., Такер-Самарас С.Д., Фэрламб А.Х., Салливан В.Дж. (декабрь 2005 г.). "Семейство гистоновых ацетилтрансфераз MYST у простейшего паразита Toxoplasma gondii". Эукариотическая клетка. 4 (12): 2057–65. Дои:10.1128 / EC.4.12.2057-2065.2005. ЧВК  1317489. PMID  16339723.
  45. ^ Ахтар А., Беккер ПБ (февраль 2001 г.). «Гистон H4 ацетилтрансфераза MOF использует цинковый палец C2HC для распознавания субстрата». EMBO отчеты. 2 (2): 113–8. Дои:10.1093 / embo-reports / kve022. ЧВК  1083818. PMID  11258702.
  46. ^ Ким Дж. Г., Армстронг Р. К., против Агостона Д., Робински А., Визе С., Нэгл Дж., Хадсон Л. Д. (октябрь 1997 г.). «Фактор транскрипции миелина 1 (Myt1) линии олигодендроцитов, наряду с тесно связанным цинковым пальцем CCHC, экспрессируется в развивающихся нейронах центральной нервной системы млекопитающих». Журнал неврологических исследований. 50 (2): 272–90. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-4547 (19971015) 50: 2 <272 :: AID-JNR16> 3.0.CO; 2-A. PMID  9373037.
  47. ^ Джандриг Б., Зейтц С., Хинцманн Б., Арнольд В., Мишель Б., Кёльбл К., Зиберт Р., Шварц А., Рюккер К., Шлаг П. М., Шернек С., Розенталь А. (декабрь 2004 г.). «ST18 - это ген-супрессор рака груди в хромосоме 8q11.2 человека». Онкоген. 23 (57): 9295–302. Дои:10.1038 / sj.onc.1208131. PMID  15489893.

внешняя ссылка