Инструмент для исследования простой модульной архитектуры - Simple Modular Architecture Research Tool

УМНАЯ
Содержание
ОписаниеСхема идентификации за белковые домены.
Типы данных
захвачен		Белковые домены
Организмывсе
Контакт
Исследовательский центрЕвропейская лаборатория молекулярной биологии
Основное цитированиеPMID  18978020
Доступ
Интернет сайтhttp://smart.embl-heidelberg.de
Разное
ЛицензияБесплатно для ученых, но не для коммерческих пользователей
Версия7
Политика курированияда

Простой инструмент исследования модульной архитектуры (УМНАЯ) это биологическая база данных который используется при идентификации и анализе белковые домены внутри белковых последовательностей.[1][2] SMART использует марковские модели со скрытым профилем построен из множественное выравнивание последовательностей для обнаружения белковых доменов в белковых последовательностях. Самый последний выпуск SMART содержит 1204 модели предметной области.[3] Данные SMART использовались при создании Сохраненная база данных домена коллекции, а также распространяется как часть ИнтерПро база данных.[4] База данных размещена на Европейская лаборатория молекулярной биологии в Гейдельберге.

Рекомендации

  1. ^ Шульц Дж., Милпец Ф., Борк П., Понтинг С.П. (май 1998 г.). «SMART, простой инструмент исследования модульной архитектуры: определение доменов сигнализации» (PDF). Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (11): 5857–64. Bibcode:1998PNAS ... 95.5857S. Дои:10.1073 / пнас.95.11.5857. ЧВК  34487. PMID  9600884.
  2. ^ Letunic I, Doerks T, Bork P (январь 2009 г.). «SMART 6: последние обновления и новые разработки». Нуклеиновые кислоты Res. 37 (Выпуск базы данных): D229–32. Дои:10.1093 / nar / gkn808. ЧВК  2686533. PMID  18978020.
  3. ^ Летунич, Ивица; Доеркс, Тобиас; Борк, Пер (январь 2015 г.). «SMART: последние обновления, новые разработки и статус в 2015 году». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D257–260. Дои:10.1093 / нар / gku949. ISSN  1362-4962. ЧВК  4384020. PMID  25300481.
  4. ^ Малдер Н.Дж., Апвейлер Р., Аттвуд Т.К. и др. (Сентябрь 2002 г.). «InterPro: интегрированный ресурс документации для семейств белков, доменов и функциональных сайтов». Краткий. Биоинформатика. 3 (3): 225–35. Дои:10.1093 / bib / 3.3.225. PMID  12230031.

внешняя ссылка