Сохраненная база данных домена - Conserved Domain Database

CDD
Содержание
Описание	База данных консервативных доменов для функциональной аннотации белков.
Связаться с нами
Исследовательский центр	Национальный центр биотехнологической информации
Авторы	Арон Марчлер-Бауэр
Основное цитирование	Марчлер-Бауэр и др. (2013)
Дата выхода	2003
Доступ
Интернет сайт	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/cdd.shtml

В Сохраненная база данных домена (CDD) - это база данных хорошо аннотированных множественное выравнивание последовательностей модели и производные модели поиска по базам данных, для древних домены и полноразмерные белки.^[1]

Философия

Домены можно рассматривать как отдельные функциональные и / или структурные единицы белка. Фактически, эти две классификации довольно часто совпадают, и то, что обнаруживается как независимо сворачивающаяся единица полипептидной цепи, также несет определенную функцию. Домены часто идентифицируются как повторяющиеся (последовательность или структура) единицы, которые могут существовать в различных контекстах. В молекулярной эволюции такие домены могут быть использованы в качестве строительных блоков и могут быть рекомбинированы в различных схемах для модуляции функции белка. CDD определяет консервативные домены как повторяющиеся единицы в молекулярной эволюции, протяженность которых может быть определена с помощью анализа последовательности и структуры.

Цель проекта курирования сохраняемых доменов NCBI - предоставить пользователям базы данных понимание того, как закономерности сохранения остатков и расхождения в семействе связаны с функциональными свойствами, и предоставить полезные ссылки на более подробную информацию, которая может помочь понять эту последовательность / структуру. / функциональные отношения. Для этого кураторы CDD включают следующие типы информации, чтобы дополнить и обогатить традиционные множественные выравнивания последовательностей, которые составляют основу доменных моделей: трехмерные структуры и консервативные основные мотивы, консервативные особенности / сайты, филогенетическая организация, ссылки на электронные литературные ресурсы.

Содержание

Контент CDD включает вручную курируемые NCBI модели предметной области и модели предметной области, импортированные из ряда внешних исходных баз данных (Pfam, SMART, COG, PRK, ТИГРФАМ ). Уникальность доменов, курируемых NCBI, заключается в том, что они используют информацию о трехмерной структуре для явного определения границ домена, выравнивания блоков, изменения деталей выравнивания и обеспечения понимания взаимосвязей последовательность / структура / функция. Модели, созданные вручную, организованы иерархически, если они описывают семейства доменов, которые явно связаны общим происхождением. Чтобы обеспечить неизбыточное представление данных, CDD объединяет похожие модели предметной области из различных источников в суперсемейства.

Поиск в базе данных

Коллекция также является частью NCBI's Entrez система запросов и поиска, связанная с множеством других ресурсов. CDD обеспечивает аннотацию следов домена и консервативных функциональных сайтов на белковых последовательностях. Предварительно рассчитанная аннотация домена может быть получена для белковых последовательностей, отслеживаемых в системе Entrez NCBI, а коллекция моделей CDD может быть запрошена с новыми белковыми последовательностями через * "Сервис поиска компакт-дисков". Национальный центр биотехнологической информации США., или в* "Пакетный поиск компакт-дисков". Национальный центр биотехнологической информации США., что позволяет вычислять и загружать аннотации для больших наборов белковых запросов.

использованная литература

^ ^а ^б Marchler-Bauer, A .; Zheng, C .; Чицаз, Ф .; Дербишир, М. К .; Geer, L. Y .; Geer, R.C .; Gonzales, N.R .; Gwadz, M .; Hurwitz, D. I .; Lanczycki, C.J .; Лу, Ф .; Lu, S .; Marchler, G.H .; Song, J. S .; Thanki, N .; Yamashita, R.A .; Zhang, D .; Брайант, С. Х. (2012). «CDD: консервативные домены и трехмерная структура белка». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D348 – D352. Дои:10.1093 / нар / гкс1243. ЧВК 3531192. PMID 23197659.

внешние ссылки

«База данных сохраненных доменов (CDD) и группа ресурсов». Национальный центр биотехнологической информации США.

[CDD_reference-1] а ^б Marchler-Bauer, A .; Zheng, C .; Чицаз, Ф .; Дербишир, М. К .; Geer, L. Y .; Geer, R.C .; Gonzales, N.R .; Gwadz, M .; Hurwitz, D. I .; Lanczycki, C.J .; Лу, Ф .; Lu, S .; Marchler, G.H .; Song, J. S .; Thanki, N .; Yamashita, R.A .; Zhang, D .; Брайант, С. Х. (2012). «CDD: консервативные домены и трехмерная структура белка». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D348 – D352. Дои:10.1093 / нар / гкс1243. ЧВК 3531192. PMID 23197659.

[1]