WD40 повторить - WD40 repeat

Домен WD, повтор G-beta
1erj 7bladed beta propeller.png
Ленточная диаграмма C-концевого домена WD40 Tup1 (транскрипционный корепрессор в дрожжах), который использует 7-лопастной бета-винт складывать. Лента окрашена в синий цвет (N-конец ) в красный (C-конец ).[1]
Идентификаторы
СимволWD40
PfamPF00400
Pfam кланCL0186
ИнтерПроIPR001680
PROSITEPDOC00574
SCOP21gp2 / Объем / СУПФАМ
CDDcd00200

В WD40 повторить (также известный как WD или же бета-трансдуцин повтор) является коротким структурный мотив примерно 40 аминокислоты, часто заканчивающиеся триптофан -аспарагиновая кислота (W-D) дипептид.[2] Тандемные копии этих повторов обычно складываются вместе, образуя круглую форму соленоидный белковый домен называется WD40 домен.

Структура

Белки, содержащие домен WD40, имеют от 4 до 16 повторяющихся единиц, все из которых, как считается, образуют кольцевую форму. бета-винт структура (см. рисунок справа).[3][4] Домен WD40 состоит из нескольких повторов, вариабельной области примерно из 20 остатков в начале, за которой следует более общий повторяющийся набор остатков. Эти повторы обычно образуют четырехжильный антипараллельный бета-лист или лезвие. Эти лопасти собираются вместе, чтобы сформировать пропеллер, наиболее распространенным из которых является 7-лопастной винт бета-версии. Лезвия сцепляются так, что последняя бета-нить одного повтора формируется с первыми тремя из следующего повтора, образуя трехмерную структуру лезвия.

Функция

Белки с WD40-повторами представляют собой большое семейство, обнаруженное во всех эукариоты и участвуют во множестве функций, начиная от преобразование сигнала и регулирование транскрипции к клеточный цикл контроль, аутофагия и апоптоз.[5] Основная общая функция всех белков с повторами WD40 заключается в координации многобелковых комплексных сборок, в которых повторяющиеся единицы служат как жесткие строительные леса для белковых взаимодействий. Специфичность белков определяется последовательностями вне самих повторов. Примеры таких комплексов: G белки (бета-субъединица - бета-пропеллер), TAFII фактор транскрипции и Убиквитинлигаза E3.[3][4]

Примеры

Согласно первоначальному анализу генома человека повторы WD40 являются восьмым по величине семейством белков. Всего было идентифицировано 277 белков, содержащих их.[6] Гены человека, кодирующие белки, содержащие этот домен, включают:

Гены WDR человека и связанные с ними заболевания
Ген WDRдругие имена геновNCBI Entrez
Идентификатор гена		Болезни человека, связанные с мутациями
WDR1AIP1; НОРИ-1; HEL-S-529948
WDR2CORO2A; IR10; CLIPINB7464
WDR3DIP2; UTP1210885
WDR4TRM82; TRMT8210785
WDR5SWD3; БОЛЬШОЙ-3; CFAP8911091
WDR611180
WDR7TRAG; KIAA0541; Рабконнектин 3 бета23335
WDR8WRAP7349856
WDR9BRWD1; N143; C21orf10754014
WDR10IFT122; CED; САУ; CED1; WDR10p; WDR14055764Синдром Сенсенбреннера
WDR11DR11; HH14; BRWD2; WDR1555717Синдром Каллмана
WDR12YTM155759
WDR13MG2164743
WDR14GNB1L; GY2; FKSG1; WDVCF; DGCRK354584
WDR15WDR11
WDR16CFAP52; WDRPUH146845
WDR17116966
WDR18Ipi357418
WDR19ATD5; CED4; DYF-2; ORF26; Oseg6; PWDMP; SRTD5; IFT144; НПХП1357728Синдром Сенсенбреннера, Синдром Jeune
WDR20DMR91833
WDR21DCAF4; WDR21A26094
WDR22DCAF5; BCRG2; BCRP28816
WDR23DCAF11; GL014; PRO238980344
WDR24JFP7; C16orf2184219
WDR25C14orf6779446
WDR26CDW2; GID7; MIP280232
WDR27253769
WDR28GRWD1; CDW4; GRWD; RRB183743
WDR29SPAG16; PF2079582
WDR30ATG16L1; IBD10; APG16L; ATG16A; ATG16L55054Болезнь Крона
WDR31114987
WDR32DCAF1079269
WDR33NET14; WDC14655339
WDR34DIC5; FAP133; SRTD1189891Синдром Jeune
WDR35CED2; IFTA1; SRTD7; IFT12157539Синдром Сенсенбреннера
WDR36GLC1G; UTP21; TAWDRP; TA-WDRP134430Первичная открытоугольная глаукома
WDR3722884
WDR38401551
WDR39CIAO1; CIA19391
WDR40ADCAF12; CT102; TCC52; KIAA189225853
WDR41MSTP04855255
WDR43UTP5; NET1223160
WDR44RPH11; RAB11BP54521
WDR45JM5; NBIA4; NBIA5; WDRX1; WIPI4; WIPI-411152Бета-пропеллерная белковая нейродегенерация (BPAN)
WDR46UTP7; BING4; FP221; C6orf119277
WDR47НЕМИТИН; KIAA089322911
WDR48P80; UAF1; SPG6057599
WDR49151790
WDR50UTP18; CGI-4851096
WDR52CFAP4455779
WDR53348793
WDR5484058
WDR5554853
WDR56IFT80; ATD2; SRTD257560Синдром Jeune
WDR57SNRNP40; SPF38; PRP8BP; HPRP8BP; PRPF8BP9410
WDR58THOC6; BBIS; fSAP3579228
WDR59FP97779726
WDR60SRPS6; SRTD8; FAP16355112Синдром Jeune
WDR61SKI8; REC1480349
WDR62MCPH2; C19orf14284403микроцефалия
WDR63DIC3; NYD-SP29126820
WDR64128025
WDR65CFAP57; VWS2149465Синдром Ван дер Вуда
WDR66CaM-IP4144406
WDR67TBC1D31; Gm8593594
WDR68DCAF7; AN11; HAN11; ЛЕБЕДЬ-110238
WDR69DAW1; ОПР16164781
WDR7055100
WDR71PAAF1; PAAF; Rpn1480227
WDR72AI2A3256764Несовершенный амелогенез
WDR73HSPC26484942
WDR7454663
WDR75NET16; UTP1784128
WDR76CDW1479968
WDR77p44; MEP50; МЭП-50; HKMT1069; Nbla10071; p44 / Mep5079084
WDR78DIC479819
WDR79WRAP53; DKCB3; TCAB155135
WDR80ATG16L; ATG16B89849
WDR81CAMRQ2; PPP1R166124997мозжечковая атаксия, умственная отсталость и синдром дисбаланса-2
WDR82SWD2; MST107; WDR82A; MSTP107; PRO2730; TMEM113; PRO3404780335
WDR83MORG184292
WDR84PAK1IP1; PIP1; MAK1155003
WDR85DPH7; RRT2; C9orf11292715
WDR86349136
WDR87NYD-SP1183889
WDR88PQWD126248
WDR89MSTP050; C14orf150112840
WDR90C16orf15; C16orf16; C16orf17; C16orf18; C16orf19197335
WDR91HSPC04929062
WDR92МОНАДА116143
WDR9356964
WDR94AMBRA1; DCAF355626
WDR96CFAP43; C10orf7980217

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ PDB: 1erj​; Sprague ER, Redd MJ, Johnson AD, Wolberger C (июнь 2000 г.). «Структура C-концевого домена Tup1, корепрессора транскрипции у дрожжей». EMBO J. 19 (12): 3016–27. Дои:10.1093 / emboj / 19.12.3016. ЧВК  203344. PMID  10856245.
  2. ^ Нир Э.Дж., Шмидт С.Дж., Намбудрипад Р., Смит Т.Ф. (сентябрь 1994 г.). «Древнее семейство регуляторных белков WD-повторов». Природа. 371 (6495): 297–300. Bibcode:1994Натура.371..297Н. Дои:10.1038 / 371297a0. PMID  8090199. S2CID  600856.
  3. ^ а б Смит Т.Ф., Гайтацес К., Саксена К., Нир Э.Дж. (май 1999 г.). «Повторение WD40: общая архитектура для различных функций». Trends Biochem. Наука. 24 (5): 181–5. Дои:10.1016 / S0968-0004 (99) 01384-5. PMID  10322433.
  4. ^ а б Ли Д., Робертс Р. (декабрь 2001 г.). «Белки с WD-повторами: структурные характеристики, биологическая функция и их участие в заболеваниях человека». Клетка. Мол. Life Sci. 58 (14): 2085–97. Дои:10.1007 / PL00000838. PMID  11814058. S2CID  20646422.
  5. ^ Стирниманн К.Ю., Петсалаки Э., Рассел Р. Б., Мюллер К. В. (май 2010 г.). «Белки WD40 продвигают клеточные сети». Trends Biochem. Наука. 35 (10): 565–74. Дои:10.1016 / j.tibs.2010.04.003. PMID  20451393.
  6. ^ Лендер Э.С., Линтон Л.М., Биррен Б. и др. (Февраль 2001 г.). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома" (PDF). Природа. 409 (6822): 860–921. Дои:10.1038/35057062. PMID  11237011.

внешняя ссылка

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR001680