PDBsum - PDBsum

PDBSum
Pdbsum logo.gif
Содержание
ОписаниеОбзор структур, содержащихся в банке данных белков.
Типы данных
захвачен		Белковые структуры
Организмывсе
Контакт
Исследовательский центрЕвропейский институт биоинформатики (EBI)
АвторыРоман Ласковский и др. (1997)
Основное цитированиеPMID  9433130
Доступ
Интернет сайтwww.ebi.ac.Великобритания/ pdbsum/
Разное
Закладки
сущности		да

PDBsum представляет собой базу данных, которая предоставляет обзор содержимого каждого 3D макромолекулярный структура, депонированная в Банк данных белков.[1][2][3][4] Первоначальная версия базы данных была разработана примерно в 1995 году Романом Ласковски и сотрудниками компании Университетский колледж Лондона.[5] По состоянию на 2014 год PDBsum поддерживается Ласковски и его сотрудниками в лаборатории Джанет Торнтон на Европейский институт биоинформатики (EBI).

Каждая структура в базе данных PDBsum включает изображение структуры (основной вид, вид снизу и вид справа), молекулярные компоненты, содержащиеся в комплексе (структура), диаграмму ферментативных реакций, если это необходимо, Генная онтология функциональные назначения, одномерная последовательность, аннотированная Pfam и ИнтерПро назначение доменов, описание связанных молекул и графики, показывающие взаимодействия между белком и вторичной структурой, схематические диаграммы белок-белковые взаимодействия, анализ трещин в структуре и ссылки на внешние базы данных.[6] В РасМол и Jmol Программное обеспечение для молекулярной графики используется для обеспечения трехмерного изображения молекул и их взаимодействий в PDBsum.[5]

С момента выпуска Проект 1000 геномов в октябре 2012 года все варианты отдельных аминокислот, идентифицированные в рамках проекта, были сопоставлены с соответствующими последовательностями белков в банке данных по белкам. Эти варианты также отображаются в PDBsum с перекрестными ссылками на соответствующие UniProt идентификатор.[6] PDBsum содержит ряд белковых структур, которые могут представлять интерес для дизайн лекарств на основе структуры. Одна ветвь PDBsum, известная как DrugPort, фокусируется на этих моделях и связана с DrugBank база данных мишеней лекарств.[6][7]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Ласковски Р.А., Хатчинсон Э.Г., Мичи А.Д., Уоллес А.С., Джонс М.Л., Торнтон Дж.М. (декабрь 1997 г.). «PDBsum: веб-база данных сводок и анализов всех структур PDB». Тенденции в биохимических науках. 22 (12): 488–90. Дои:10.1016 / S0968-0004 (97) 01140-7. PMID  9433130.
  2. ^ Ласковский Р.А. (январь 2001 г.). «PDBsum: резюме и анализ структур PDB». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (1): 221–2. Дои:10.1093 / nar / 29.1.221. ЧВК  29784. PMID  11125097.
  3. ^ Ласковский Р.А., Чистяков В.В., Торнтон Дж.М. (январь 2005 г.). «PDBsum more: новые обзоры и анализы известных трехмерных структур белков и нуклеиновых кислот». Исследования нуклеиновых кислот. 33 (Проблема с базой данных): D266-8. Дои:10.1093 / нар / gki001. ЧВК  539955. PMID  15608193.
  4. ^ Ласковский Р.А. (январь 2009 г.). "PDBsum обновки". Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с базой данных): D355-9. Дои:10.1093 / nar / gkn860. ЧВК  2686501. PMID  18996896.
  5. ^ а б "Документация PDBsum: О PDBsum". Европейская лаборатория молекулярной биологии - Европейский институт биоинформатики. Получено 9 сентября 2014.
  6. ^ а б c де Бир Т.А., Берка К., Торнтон Дж.М., Ласковски Р.А. (январь 2014 г.). "Дополнения PDBsum". Исследования нуклеиновых кислот. 42 (Проблема с базой данных): D292-6. Дои:10.1093 / nar / gkt940. ЧВК  3965036. PMID  24153109.
  7. ^ Нокс С., Ло В., Джуисон Т., Лю П., Ли С., Фролкис А., Пон А., Банко К., Мак С., Невеу В., Джумбоу И., Эйснер Р., Гуо А.С., Уишарт Д.С. (январь 2011 г.). «DrugBank 3.0: исчерпывающий ресурс для исследования лекарств« омикс »». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D1035-41. Дои:10.1093 / nar / gkq1126. ЧВК  3013709. PMID  21059682.

внешняя ссылка