Кельч мотив - Kelch motif

Кельч мотив
Структура галактозооксидазы, содержащей кельч-повторы.[1]
Идентификаторы
Символ	Кельч_1
Pfam	PF01344
ИнтерПро	IPR006652
УМНАЯ	Кельч
SCOP2	1гоф / Объем / СУПФАМ
OPM суперсемейство	319
Белок OPM	3ii7
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Кельч мотив
Идентификаторы
Символ	Кельч_2
Pfam	PF07646
Pfam клан	CL0186
ИнтерПро	IPR011498
SCOP2	1гоф / Объем / СУПФАМ
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Галактозооксидаза, центральный домен
Идентификаторы
Символ	Кельч_3
Pfam	PF13415
Pfam клан	CL0186
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Галактозооксидаза, центральный домен
Идентификаторы
Символ	Кельч_4
Pfam	PF13418
Pfam клан	CL0186
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Кельч мотив
Идентификаторы
Символ	Кельч_5
Pfam	PF13854
Pfam клан	CL0186
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

Кельч мотив
Идентификаторы
Символ	Кельч_6
Pfam	PF13964
Pfam клан	CL0186
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

В Кельч мотив это регион белковая последовательность широко встречается в белках из бактерии и эукариоты.^[2] Этот мотив последовательности состоит примерно из 50 аминокислота остатки, образующие структуру четырехниточного бета-листового «лезвия». Этот мотив последовательности находится между пятью и восемью тандемные копии на белок, который складывать вместе, чтобы сформировать больший круг соленоид структура называется бета-винт домен.

Белки, содержащие мотивы Кельха

Мотив Кельча широко встречается у эукариотических и бактериальных видов. Примечательно, что геном человека содержит около 100 белков, содержащих мотив Кельча. В отдельных белках мотив встречается несколько раз. Например, мотив появляется 6 раз в Дрозофила регуляторный белок яичной камеры. Мотив также содержится в белке мыши. МИПП^[3] и в ряде поксвирусы. Кроме того, кельч повторяет были обнаружены в альфа- и бета-скруинах,^[4][5] в галактозооксидазе гриба Dactylium dendroides^[6][7] и в кишечная палочка Белок NanM, то есть мутаротаза сиаловой кислоты.^[8]

Структура

Структура галактозооксидазы показывает, что повторяющийся мотив последовательности Келча соответствует 4-нитевому антипараллельному мотиву бета-листа, который формирует повторяющуюся единицу в структурной складке супербарабана, обычно известной как бета-пропеллер.^[9]

Функция

Известные функции белков, содержащих кельч, разнообразны:

• скряга представляет собой сшивающий актин белок;
• галактозооксидаза катализирует окисление гидроксильной группы в положении C6 в D-галактозе;
• нейраминидаза гидролизует остатки сиаловой кислоты из гликопротеинов;
• NanM представляет собой мутаротазу сиаловой кислоты, участвующую в эффективном использовании сиаловой кислоты бактериями;
• кельч может выполнять функцию цитоскелета, поскольку он расположен в богатых актином кольцевых каналах, которые соединяют 15 клеток-медсестер с развивающимися ооцит у дрозофилы.^[4]

Смотрите также

• WD40 повторить
• Кельч протеин

Рекомендации

1. Ито Н., Филлипс С.Е., Стивенс С. и др. (Март 1991 г.). «Новая тиоэфирная связь, обнаруженная кристаллической структурой 1,7А галактозооксидазы». Природа. 350 (6313): 87–90. Дои:10.1038 / 350087a0. PMID  2002850. S2CID  4345713.
2. Адамс Дж., Келсо Р., Кули Л. (январь 2000 г.). «Суперсемейство белков кельча-повторов: движители клеточной функции». Тенденции Cell Biol. 10 (1): 17–24. Дои:10.1016 / S0962-8924 (99) 01673-6. PMID  10603472.
3. Сюэ Ф, Кули Л. (1993). «Кельч кодирует компонент межклеточных мостиков в яйцевых камерах дрозофилы». Клетка. 72 (5): 681–693. Дои:10.1016/0092-8674(93)90397-9. PMID  8453663.
4. Путь М., Сандерс М., Мацудаира П., Чафель М., Рыцарь А., Ту Й.Х. (1995). «Бета-скруин, гомолог скруина сшивающего актин белка, локализован в акросомном пузырьке сперматозоидов Limulus». J. Cell Sci. 108: 3155–3162. PMID  7593276.
5. Путь М., Сакаи Дж., Сандерс М., Гарсия К., Мацудаира П. (1995). «Последовательность и доменная организация скруина, белка, перекрестно связывающего актин, в акросомном отростке сперматозоидов Limulus». J. Cell Biol. 128 (1): 51–60. Дои:10.1083 / jcb.128.1.51. ЧВК  2120335. PMID  7822422.
6. Дулитл РФ, Борк П. (1994). «Мотив Drosophila kelch происходит из общей ферментативной складки». J. Mol. Биол. 236 (5): 1277–1282. Дои:10.1016/0022-2836(94)90056-6. PMID  8126718.
7. Кин Дж. Н., Ито Н., Филлипс С. Е., Стивенс С., Огель З. Б., Макферсон М. Дж., Ядав К. Д., Ноулз П. Ф. (1991). «Новая тиоэфирная связь, обнаруженная кристаллической структурой 1,7А галактозооксидазы». Природа. 350 (6313): 87–90. Дои:10.1038 / 350087a0. PMID  2002850. S2CID  4345713.
8. Севери Э., Мюллер А., Поттс Дж. Р., Пиявка А., Уильямсон Д., Уилсон К. С., Томас Г. Х. (2008). "Мутаротация сиаловой кислоты катализируется кишечная палочка бета-пропеллерный белок YjhT ". J. Biol. Chem. 283 (8): 4841–4849. Дои:10.1074 / jbc.m707822200. PMID  18063573.
9. Ито Н, Филлипс С.Е., Ядав К.Д., Ноулз П.Ф. (1994). «Кристаллическая структура свободнорадикального фермента галактозооксидазы». J. Mol. Биол. 238 (5): 794–814. Дои:10.1006 / jmbi.1994.1335. PMID  8182749.

внешняя ссылка

• Ресурс Eukaryotic Linear Motif класс мотива LIG_HCF-1_HBM_1

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR006652

Эта статья включает текст из общественного достояния Pfam и ИнтерПро: IPR011498