COPA (ген) - COPA (gene)

COPA
Доступные конструкции
PDB	Поиск ортолога: PDBe RCSB
Список идентификационных кодов PDB
	5A1U, 5A1V, 5A1W, 5A1X, 5A1Y
Идентификаторы
Псевдонимы	COPA, HEP-COP, AILJK, субъединица альфа-комплекса белка-катомера, альфа-COP, субъединица альфа-комплекса оболочки COPI
Внешние идентификаторы	OMIM: 601924 MGI: 1334462 ГомолоГен: 3218 Генные карты: COPA
Расположение гена (человек)
Chr.	Хромосома 1 (человек)
Конец	160,343,273 бп
Расположение гена (Мышь)
Chr.	Хромосома 1 (мышь)
Конец	172,122,330 бп
Экспрессия РНК шаблон
	; ;
	Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология
Молекулярная функция	• гормональная активность; • структурная молекулярная активность;
Сотовый компонент	• цитоплазма; • цитозоль; • аппарат Гольджи; • мембрана; • Мембрана Гольджи; • Мембрана везикул, покрытая COPI; • транспортная везикула; • внеклеточная область; • мембранное пальто; • Покрытие везикул COPI; • внеклеточная экзосома; • цитоплазматический пузырек; • мембрана эндоплазматического ретикулума; • внеклеточный;
Биологический процесс	• ретроградный везикулярный транспорт, Гольджи в ER; • секреция панкреатического сока; • ER в пузырьки Гольджи-опосредованный транспорт; • транспорт белка; • внутриклеточный транспорт белка; • опосредованный пузырьками Гольджи транспорт; • везикулярный транспорт; • транспорт; • регуляция рецепторной активности; • преобразование сигнала;
	Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
	1314
	12847
	ENSG00000122218
	ENSMUSG00000026553
	P53621
	Q8CIE6
	NM_004371; NM_001098398
	NM_009938
	NP_001091868; NP_004362
	NP_034068
	Викиданные
Просмотр / редактирование человека	Просмотр / редактирование мыши

Субъединица коатомера альфа это белок что у людей кодируется COPA ген.^[5]^[6]

Функция

В эукариотических клетках транспорт белков между эндоплазматическим ретикулумом и компартментами Гольджи частично опосредуется белками везикулярной оболочки (COP), не покрытыми клатрином. Было идентифицировано семь белков оболочки, и они представляют собой субъединицы комплекса, известного как коатомер. Субъединицы обозначены альфа-КС, бета-КС, бета-прайм-КС, гамма-КС, дельта-КС, эпсилон-КС, и дзета-КС. Альфа-СОР, кодируемый COPA, имеет высокое сходство последовательностей с RET1, гомологичной альфа-субъединицей комплекса коатомеров у дрожжей.^[7] Кроме того, 25 N-концевых аминокислот альфа-СОР кодируют биоактивный пептид, ксенин, который стимулирует экзокринную секрецию поджелудочной железы и может действовать как желудочно-кишечный гормон. Альтернативный сплайсинг приводит к множественным формам сплайсинга, кодирующим различные изоформы.^[6]

Взаимодействия

COPA (ген) показал взаимодействовать с участием СПРАВИТЬСЯ^[8]^[9]^[10] и COPB1.^[11]

использованная литература

^ ^а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000122218 - Ансамбль, Май 2017
^ ^а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026553 - Ансамбль, Май 2017
^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
^ Chow VT, Quek HH (июль 1996 г.). «HEP-COP, новый ген человека, продукт которого в высокой степени гомологичен альфа-субъединице комплекса белков-покровителей дрожжей». Ген. 169 (2): 223–7. Дои:10.1016/0378-1119(95)00738-5. PMID 8647451.
^ ^а ^б «Ген Entrez: комплекс белка-катомера COPA, альфа-субъединица».
^ Герих Б., Орчи Л., Чохнер Х., Лоттспайх Ф., Раваццола М., Амхердт М., Виланд Ф., Хартер С. (апрель 1995 г.). «Неклатриновый белок оболочки альфа является консервативной субъединицей катомера и в Saccharomyces cerevisiae необходим для роста». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (8): 3229–33. Bibcode:1995PNAS ... 92.3229G. Дои:10.1073 / пнас.92.8.3229. ЧВК 42139. PMID 7724544.
^ Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070.
^ Eugster A, Frigerio G, Dale M, Duden R (август 2000 г.). «Домены COP I, необходимые для целостности коатомера и новых взаимодействий с ARF и ARF-GAP». EMBO J. 19 (15): 3905–17. Дои:10.1093 / emboj / 19.15.3905. ЧВК 306616. PMID 10921873.
^ Faulstich D, Auerbach S, Orci L, Ravazzola M, Wegchingel S, Lottspeich F, Stenbeck G, Harter C, Wieland FT, Tschochner H (октябрь 1996). «Архитектура катомера: молекулярная характеристика дельта-COP и белковых взаимодействий в комплексе». J. Cell Biol. 135 (1): 53–61. Дои:10.1083 / jcb.135.1.53. ЧВК 2121028. PMID 8858162.
^ Лоу М., Крейс Т.Э. (ноябрь 1996 г.). «Сборка in vivo катомера, предшественника покрытия COP-I». J. Biol. Chem. 271 (48): 30725–30. Дои:10.1074 / jbc.271.48.30725. PMID 8940050.

внешние ссылки

Человек COPA расположение генома и COPA страница сведений о генах в Браузер генома UCSC.

дальнейшее чтение

Feurle GE (1998). «Ксенин - обзор». Пептиды. 19 (3): 609–15. Дои:10.1016 / S0196-9781 (97) 00378-1. PMID 9533652.
Feurle GE, Hamscher G, Kusiek R, et al. (1992). «Идентификация ксенина, родственного ксенопсину пептида, в слизистой оболочке желудка человека и его влияние на экзокринную секрецию поджелудочной железы». J. Biol. Chem. 267 (31): 22305–9. PMID 1429581.
Оркл Л., Палмер Д. Д., Амхердт М., Ротман Д. Э. (1993). «Сборка покрытых везикул в Golgi требует только коатомера и белков ARF из цитозоля». Природа. 364 (6439): 732–4. Bibcode:1993Натура.364..732O. Дои:10.1038 / 364732a0. PMID 8355790.
Лоу М., Крейс Т.Э. (1996). «Сборка и разборка покрытий in vitro». J. Biol. Chem. 270 (52): 31364–71. Дои:10.1074 / jbc.270.52.31364. PMID 8537409.
Fiedler K, Veit M, Stamnes MA, Rothman JE (1996). «Бимодальное взаимодействие катомера с семейством предполагаемых грузовых рецепторов p24». Наука. 273 (5280): 1396–9. Bibcode:1996 Наука ... 273.1396F. Дои:10.1126 / science.273.5280.1396. PMID 8703076.
Фолстих Д., Ауэрбах С., Орчи Л. и др. (1996). «Архитектура катомера: молекулярная характеристика дельта-COP и белковых взаимодействий в комплексе». J. Cell Biol. 135 (1): 53–61. Дои:10.1083 / jcb.135.1.53. ЧВК 2121028. PMID 8858162.
Лоу М., Крейс Т.Э. (1997). «Сборка in vivo катомера, предшественника покрытия COP-I». J. Biol. Chem. 271 (48): 30725–30. Дои:10.1074 / jbc.271.48.30725. PMID 8940050.
Quek HH, Чоу VT (1997). «Молекулярные и клеточные исследования человеческого гомолога альфа-субъединицы 160 кДа белкового комплекса катомера». ДНК клетки биол. 16 (3): 275–80. Дои:10.1089 / dna.1997.16.275. PMID 9115636.
Quek HH, Чоу В.Т. (1997). «Геномная организация и картирование человеческого гена HEP-COP (COPA) на 1q». Cytogenet. Cell Genet. 76 (3–4): 139–43. Дои:10.1159/000134532. PMID 9186507.
Хансен К., Рённстранд Л., Рорсман С. и др. (1997). «Ассоциация белков-куртомеров с бета-рецептором фактора роста тромбоцитов». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 235 (3): 455–60. Дои:10.1006 / bbrc.1997.6821. PMID 9207175.
Чоу VT, Quek HH (1997). «Альфа-белок оболочки COPA (HEP-COP): наличие Alu-повтора в кДНК и идентичность аминоконца ксенину». Анна. Гм. Genet. 61 (Pt 4): 369–73. Дои:10.1046 / j.1469-1809.1997.6140369.x. PMID 9365789.
Павел Дж, Хартер С., Виланд Ф.Т. (1998). «Обратимая диссоциация катомера: функциональная характеристика субкомплекса β / δ-белка оболочки». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (5): 2140–5. Bibcode:1998ПНАС ... 95.2140П. Дои:10.1073 / пнас.95.5.2140. ЧВК 19276. PMID 9482852.
Хартер С., Виланд Ф. Т. (1998). «Единый сайт связывания для мотивов поиска дилизина и p23 в субъединице γ катомера». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 95 (20): 11649–54. Bibcode:1998PNAS ... 9511649H. Дои:10.1073 / pnas.95.20.11649. ЧВК 21695. PMID 9751720.
Чжан Т., Хун В (2001). «Ykt6 образует комплекс SNARE с синтаксином 5, GS28 и Bet1 и участвует на поздней стадии в транспорте эндоплазматического ретикулума-Гольджи». J. Biol. Chem. 276 (29): 27480–7. Дои:10.1074 / jbc.M102786200. PMID 11323436.
Ян Дж. С., Ли Си, Гао М. и др. (2002). «ARFGAP1 способствует образованию везикул COPI, что предполагает его функцию как компонент шерсти». J. Cell Biol. 159 (1): 69–78. Дои:10.1083 / jcb.200206015. ЧВК 2173491. PMID 12379802.
Сюй Y, Мартин С., Джеймс Д.Э., Хонг В. (2003). «GS15 образует комплекс SNARE с синтаксином 5, GS28 и Ykt6 и участвует в движении в ранних цистернах аппарата Гольджи» (PDF). Мол. Биол. Ячейка. 13 (10): 3493–507. Дои:10.1091 / mbc.E02-01-0004. ЧВК 129961. PMID 12388752.
Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК 139241. PMID 12477932.
Вонг Н., Чан А., Ли С.В. и др. (2003). «Позиционное картирование для амплифицированных последовательностей ДНК на 1q21-q22 при гепатоцеллюлярной карциноме указывает на сверхэкспрессию генов-кандидатов». J. Hepatol. 38 (3): 298–306. Дои:10.1016 / S0168-8278 (02) 00412-9. PMID 12586295.

Эта статья о ген на хромосома человека 1 это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это.

[refGRCh38Ensembl-1] а ^б ^c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000122218 - Ансамбль, Май 2017

[refGRCm38Ensembl-2] а ^б ^c GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026553 - Ансамбль, Май 2017

[3] "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[4] "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.

[pmid8647451-5] Chow VT, Quek HH (июль 1996 г.). «HEP-COP, новый ген человека, продукт которого в высокой степени гомологичен альфа-субъединице комплекса белков-покровителей дрожжей». Ген. 169 (2): 223–7. Дои:10.1016/0378-1119(95)00738-5. PMID 8647451.

[entrez-6] а ^б «Ген Entrez: комплекс белка-катомера COPA, альфа-субъединица».

[pmid7724544-7] Герих Б., Орчи Л., Чохнер Х., Лоттспайх Ф., Раваццола М., Амхердт М., Виланд Ф., Хартер С. (апрель 1995 г.). «Неклатриновый белок оболочки альфа является консервативной субъединицей катомера и в Saccharomyces cerevisiae необходим для роста». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (8): 3229–33. Bibcode:1995PNAS ... 92.3229G. Дои:10.1073 / пнас.92.8.3229. ЧВК 42139. PMID 7724544.

[pmid16169070-8] Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID 16169070.

[pmid10921873-9] Eugster A, Frigerio G, Dale M, Duden R (август 2000 г.). «Домены COP I, необходимые для целостности коатомера и новых взаимодействий с ARF и ARF-GAP». EMBO J. 19 (15): 3905–17. Дои:10.1093 / emboj / 19.15.3905. ЧВК 306616. PMID 10921873.

[pmid8858162-10] Faulstich D, Auerbach S, Orci L, Ravazzola M, Wegchingel S, Lottspeich F, Stenbeck G, Harter C, Wieland FT, Tschochner H (октябрь 1996). «Архитектура катомера: молекулярная характеристика дельта-COP и белковых взаимодействий в комплексе». J. Cell Biol. 135 (1): 53–61. Дои:10.1083 / jcb.135.1.53. ЧВК 2121028. PMID 8858162.

[pmid8940050-11] Лоу М., Крейс Т.Э. (ноябрь 1996 г.). «Сборка in vivo катомера, предшественника покрытия COP-I». J. Biol. Chem. 271 (48): 30725–30. Дои:10.1074 / jbc.271.48.30725. PMID 8940050.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]