Y-бокс-связывающий белок 1 - Y box binding protein 1

YBX1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1H95
Идентификаторы
Псевдонимы	YBX1, BP-8, CSDA2, CSDB, DBPB, MDR-NF1, NSEP-1, NSEP1, YB-1, YB1, CBF-A, EFI-A, Y-бокс-связывающий белок 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 154030 MGI: 99146 ГомолоГен: 88707 Генные карты: YBX1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п34.2 Начинать 42,682,418 бп[1] Конец 42,703,805 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 4 (мышь)[2] Группа 4 | 4 D2.1 Начинать 119,277,981 бп[2] Конец 119,294,604 бп[2]
Генная онтология Молекулярная функция • Связывание ДНК • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание РНК • связывание нуклеиновой кислоты • Связывание GTPase • связывание двухцепочечной ДНК • связывание одноцепочечной ДНК • связывание хроматина • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфичность к РНК-полимеразе II Сотовый компонент • цитоплазма • CRD-опосредованный комплекс стабильности мРНК • не мембрана • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • Сплайсосомальный комплекс типа U12 • нуклеоплазма • внеклеточная область • Гранула стресса • внеклеточная экзосома • ядро клетки • 3'-концевой процессинговый комплекс гистоновых пре-мРНК • цитозоль • рибонуклеопротеин Биологический процесс • CRD-опосредованная стабилизация мРНК • Сплайсинг мРНК через сплайсосомы • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • обработка мРНК • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • локализация белка в цитоплазматической стрессовой грануле • транскрипция, ДНК-шаблон • положительная регуляция деления клеток • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • внутриутробное эмбриональное развитие • Сплайсинг РНК • отрицательная регуляция дифференцировки поперечно-полосатых мышечных клеток • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • Notch сигнальный путь • клеточный ответ на интерлейкин-7 Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	4904	22608
Ансамбль	ENSG00000065978	ENSMUSG00000028639
UniProt	P67809	P62960
RefSeq (мРНК)	NM_004559	NM_011732
RefSeq (белок)	NP_004550	NP_035862
Расположение (UCSC)	Chr 1: 42.68 - 42.7 Мб	Chr 4: 119.28 - 119.29 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Y-бокс-связывающий белок 1 также известен как Фактор транскрипции Y-бокса или же белок-связывающий элемент, чувствительный к нуклеазе 1 это белок что у людей кодируется YBX1 ген.^[5]

Клиническое значение

YBX1 является потенциальной лекарственной мишенью для лечения рака.^[6] YB-1 помогает репликации аденовирус тип 5, обычно используемый вектор в генная терапия.^[6] Таким образом, YB-1 может вызвать «онколитический» эффект в YB-1 положительных раковых клетках, обработанных аденовирусами.

Взаимодействия

Y-бокс-связывающий белок 1, как было показано, взаимодействовать с:

• ANKRD2,^[7]
• CTCF,^[8]
• P53,^[7][9]
• PCNA,^[10]
• RBBP6,^[11] и
• SFRS9.^[12]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000065978 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000028639 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: YBX1 Y-бокс-связывающий белок 1».
6. Lage H, Surowiak P, Holm PS (ноябрь 2008 г.). «[YB-1 как потенциальная цель в терапии рака]». Патолог (на немецком). 29 Дополнение 2: 187–90. Дои:10.1007 / s00292-008-1030-2. PMID  18773210.
7. Kojic S, Medeot E, Guccione E, Krmac H, Zara I, Martinelli V, Valle G, Faulkner G (2004). «Белок Ankrd2, связующее звено между саркомером и ядром скелетных мышц». J. Mol. Биол. 339 (2): 313–25. Дои:10.1016 / j.jmb.2004.03.071. PMID  15136035.
8. Чернухин И.В., Шамсуддин С., Робинсон А.Ф., Карне А.Ф., Пауль А., Эль-Кады А.И., Лобаненков В.В., Кленова Е.М. (2000). «Физическое и функциональное взаимодействие между двумя плюрипотентными белками, Y-боксом, ДНК / РНК-связывающим фактором, YB-1, и многовалентным фактором цинкового пальца, CTCF». J. Biol. Chem. 275 (38): 29915–21. Дои:10.1074 / jbc.M001538200. PMID  10906122.
9. Окамото Т., Изуми Х., Имамура Т., Такано Х., Исэ Т, Учиуми Т., Кувано М., Коно К. (2000). «Прямое взаимодействие p53 с Y-бокс-связывающим белком, YB-1: механизм регуляции экспрессии генов человека». Онкоген. 19 (54): 6194–202. Дои:10.1038 / sj.onc.1204029. PMID  11175333.
10. Исэ Т., Нагатани Дж., Имамура Т., Като К., Такано Х., Номото М, Изуми Х., Омори Х., Окамото Т, Охга Т, Учиуми Т, Кувано М, Коно К. (1999). «Y-бокс-связывающий белок 1 фактора транскрипции связывается преимущественно с ДНК, модифицированной цисплатином, и взаимодействует с ядерным антигеном пролиферирующих клеток». Рак Res. 59 (2): 342–6. PMID  9927044.
11. Чиби М., Мейер М., Скепу А., Дж. Рис диджей, Мулман-Смук Дж. К., Пью Диджей (2008). «RBBP6 взаимодействует с многофункциональным белком YB-1 через свой домен RING-пальца, что приводит к убиквитинированию и протеосомной деградации YB-1». J. Mol. Биол. 384 (4): 908–16. Дои:10.1016 / j.jmb.2008.09.060. PMID  18851979.
12. Раффетседер У., Фрай Б., Рауэн Т., Юршотт К., Ройер HD, Янсен П.Л., Мертенс П.Р. (2003). «Взаимодействие фактора сплайсинга SRp30c с Y-бокс-белком-1 обеспечивает перенос ядерного YB-1 и выбор альтернативного сайта сплайсинга». J. Biol. Chem. 278 (20): 18241–8. Дои:10.1074 / jbc.M212518200. PMID  12604611.

дальнейшее чтение

• Коллури Р., Торри Т.А., Киннибург А.Дж. (1992). «Белок, связывающий элемент промотора СТ: определение двухцепочечного и нового одноцепочечного ДНК-связывающего мотива». Нуклеиновые кислоты Res. 20 (1): 111–6. Дои:10.1093 / nar / 20.1.111. ЧВК  5356827. PMID  1738588.
• Коллури Р., Киннибург А.Дж. (1991). «Полноразмерная последовательность кДНК, кодирующая ДНК-связывающий белок, чувствительный к нуклеазе». Нуклеиновые кислоты Res. 19 (17): 4771. Дои:10.1093 / nar / 19.17.4771. ЧВК  328725. PMID  1891370.
• Сакура Х., Маэкава Т., Имамото Ф. и др. (1989). «Два гена человека, выделенные новым методом, кодируют ДНК-связывающие белки, содержащие общую область гомологии». Ген. 73 (2): 499–507. Дои:10.1016/0378-1119(88)90514-8. PMID  2977358.
• Didier DK, Schiffenbauer J, Woulfe SL и др. (1988). «Характеристика кДНК, кодирующей белок, связывающийся с Y-боксом класса II главного комплекса гистосовместимости». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 85 (19): 7322–6. Bibcode:1988PNAS ... 85.7322D. Дои:10.1073 / пнас.85.19.7322. ЧВК  282178. PMID  3174636.
• Кудо С., Маттей М.Г., Фукуда М. (1995). «Характеристика гена dbpA, члена семейства белков, связывающих нуклеиновые кислоты, содержащих домен холодового шока». Евро. J. Biochem. 231 (1): 72–82. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1995.tb20672.x. PMID  7628487.
• Льоберас Дж., Маки Р.А., Селада А. (1995). «Подавление экспрессии бета-гена основного комплекса гистосовместимости I-A белками dbpA и dbpB (mYB-1)». Мол. Клетка. Биол. 15 (9): 5092–9. Дои:10.1128 / mcb.15.9.5092. ЧВК  230756. PMID  7651426.
• Чен Н.Н., Чанг С.Ф., Галлия Г.Л. и др. (1995). «Совместное действие клеточных белков YB-1 и Pur альфа с опухолевым антигеном полиомавируса JC человека определяет их взаимодействие с элементом вирусного литического контроля». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 92 (4): 1087–91. Bibcode:1995PNAS ... 92.1087C. Дои:10.1073 / пнас.92.4.1087. ЧВК  42642. PMID  7862639.
• Хорвиц Э.М., Мэлони К.А., Лей Т.Дж. (1994). «Человеческий белок, содержащий домен« холодового шока », специфически связывается с H-ДНК выше генов гамма-глобина человека». J. Biol. Chem. 269 (19): 14130–9. PMID  8188694.
• Kashanchi F, Duvall JF, Dittmer J, et al. (1994). «Участие фактора транскрипции YB-1 в экспрессии базального гена Т-клеточного лимфотропного вируса I типа». Дж. Вирол. 68 (1): 561–5. Дои:10.1128 / JVI.68.1.561-565.1994. ЧВК  236322. PMID  8254772.
• Макино Ю., Охга Т., То С. и др. (1996). «Структурный и функциональный анализ промотора гена человеческого Y-бокс-связывающего белка (YB-1)». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (10): 1873–8. Дои:10.1093 / nar / 24.10.1873. ЧВК  145870. PMID  8657568.
• Funke B, Zuleger B, Benavente R, et al. (1996). «Мышиный поли (С) -связывающий белок существует в нескольких изоформах и взаимодействует с несколькими РНК-связывающими белками». Нуклеиновые кислоты Res. 24 (19): 3821–8. Дои:10.1093 / nar / 24.19.3821. ЧВК  146158. PMID  8871564.
• Койке К., Учиуми Т., Охга Т. и др. (1998). «Ядерная транслокация связывающего белка Y-бокса ультрафиолетовым облучением». FEBS Lett. 417 (3): 390–4. Дои:10.1016 / S0014-5793 (97) 01296-9. PMID  9409758. S2CID  24656107.
• То С., Накамура Т., Охга Т. и др. (1998). «Геномная организация гена белка Y-бокса человека (YB-1)». Ген. 206 (1): 93–7. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00570-2. PMID  9461420.
• Савая Б.Е., Халили К., Амини С. (1998). «Транскрипция промотора вируса иммунодефицита человека типа 1 (ВИЧ-1) в клетках центральной нервной системы: влияние YB-1 на экспрессию длинного концевого повтора ВИЧ-1». J. Gen. Virol. 79. (Pt 2) (2): 239–46. Дои:10.1099/0022-1317-79-2-239. PMID  9472608.
• Мертенс П.Р., Альфонсо-Жауме М.А., Штейнманн К., Ловетт Д.Х. (1999). «Синергетическое взаимодействие факторов транскрипции AP2 и YB-1 регулирует транскрипцию, зависимую от энхансера желатиназы A». J. Biol. Chem. 273 (49): 32957–65. Дои:10.1074 / jbc.273.49.32957. PMID  9830047.
• Исэ Т., Нагатани Дж., Имамура Т. и др. (1999). «Y-бокс-связывающий белок 1 фактора транскрипции связывается преимущественно с ДНК, модифицированной цисплатином, и взаимодействует с ядерным антигеном пролиферирующих клеток». Рак Res. 59 (2): 342–6. PMID  9927044.
• Сафак М, Галлия Г.Л., Халили К. (1999). «Взаимное взаимодействие между двумя клеточными белками, Puralpha и YB-1, модулирует транскрипционную активность JCVCY в глиальных клетках». Мол. Клетка. Биол. 19 (4): 2712–23. Дои:10.1128 / mcb.19.4.2712. ЧВК  84064. PMID  10082537.
• Келм Р.Дж., Коган Дж.Г., старейшина П.К. и др. (1999). «Молекулярные взаимодействия между одноцепочечными ДНК-связывающими белками, связанными с важным элементом MCAT в промоторе альфа-актина гладких мышц мыши». J. Biol. Chem. 274 (20): 14238–45. Дои:10.1074 / jbc.274.20.14238. PMID  10318844.
• Сафак М., Галлия Г.Л., Ансари С.А., Халили К. (1999). «Физическое и функциональное взаимодействие между Y-бокс-связывающим белком YB-1 и большим Т-антигеном вируса полиомавируса JC человека». Дж. Вирол. 73 (12): 10146–57. Дои:10.1128 / JVI.73.12.10146-10157.1999. ЧВК  113067. PMID  10559330.
• Ансари С.А., Сафак М., Галлия Г.Л. и др. (1999). «Взаимодействие YB-1 с Tat вируса иммунодефицита человека 1 типа и TAR РНК модулирует активность вирусного промотора». J. Gen. Virol. 80. (Pt 10) (10): 2629–38. Дои:10.1099/0022-1317-80-10-2629. PMID  10573156.
• Басаки Ю., Хосой Ф., Ода Ю. и др. (2007). «Akt-зависимая ядерная локализация Y-бокс-связывающего белка 1 при приобретении злокачественных характеристик клетками рака яичников человека». Онкоген. 26 (19): 2736–46. Дои:10.1038 / sj.onc.1210084. PMID  17072343.

внешняя ссылка

• YBX1 + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.