MYB (ген) - MYB (gene)

Myb-подобный ДНК-связывающий домен
Идентификаторы
Символ	Myb_DNA-связывание
Pfam	PF00249
ИнтерПро	IPR001005
CATH	1irz
SCOP2	1irz / Объем / СУПФАМ
CDD	cd00167
Доступные белковые структуры: Pfam   структуры / ECOD   PDB RCSB PDB; PDBe; PDBj PDBsum резюме структуры

MYB
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 1GUU, 1GV2, 1GV5, 1ГВД, 1H88, 1H89, 1IDY, 1IDZ, 1MBE, 1 МБФ, 1 МБГ, 1 МБ / ч, 1 МБДж, 1 МБК, 1MSE, 1MSF, 1SB0, 2AGH
Идентификаторы
Псевдонимы	MYB, Cmyb, c-myb, c-myb_CDS, efg, протоонкоген MYB, фактор транскрипции
Внешние идентификаторы	OMIM: 189990 MGI: 97249 ГомолоГен: 31311 Генные карты: MYB
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 6 (человек)[1] Группа 6q23.3 Начинать 135,181,308 бп[1] Конец 135,219,173 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 10 (мышь)[2] Группа 10 A3 | 10 9,75 см Начинать 21,124,935 бп[2] Конец 21,160,984 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • Связывание ДНК • GO: 0001077, GO: 0001212, GO: 0001213, GO: 0001211, GO: 0001205 Активность ДНК-связывающего активатора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • GO: 0001948 связывание с белками • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II Сотовый компонент • ядерная матрица • ядро клетки • нуклеоплазма Биологический процесс • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • ремоделирование хроматина • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция метилирования гистона H3-K4 • транскрипция, ДНК-шаблон • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция метилирования гистона H3-K9 • положительная регуляция дифференцировки Т-хелперных клеток • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • GO: 0007067 митотический клеточный цикл • ответ на гипоксию • положительная регуляция процесса биосинтеза коллагена • положительная регуляция апоптотического процесса нейронов • положительное регулирование пролиферации гладкомышечных клеток • положительная регуляция пролиферации глиальных клеток • клеточный ответ на перекись водорода • клеточный ответ на ретиноевую кислоту • положительное регулирование производства бета трансформирующего фактора роста • положительная регуляция гибели нейронов • положительное регулирование пролиферации звездчатых клеток печени • положительная регуляция активации звездчатых клеток печени • положительная регуляция секреции тестостерона • регуляция дифференцировки гемопоэтических стволовых клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	4602	17863
Ансамбль	ENSG00000118513	ENSMUSG00000019982
UniProt	P10242 Q708E1	P06876
RefSeq (мРНК)	NM_001130172 NM_001130173 NM_001161656 NM_001161657 NM_001161658 NM_001161659 NM_001161660 NM_005375	NM_001198914 NM_010848 NM_033597
RefSeq (белок)	NP_001123644 NP_001123645 NP_001155128 NP_001155129 NP_001155130 NP_001155131 NP_001155132 NP_005366	NP_001185843 NP_034978
Расположение (UCSC)	Chr 6: 135.18 - 135.22 Мб	Chr 10: 21.12 - 21.16 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Myb гены являются частью большого генная семья из факторы транскрипции содержится в животных и растениях. У человека он включает Myb протоонкоген типа 1 и Myb-родственный белок B в добавление к MYB правильный.^[5][6] Члены расширенного SANT / Myb семья также включает SANT домен и другие подобные цельнозубые гомеобокс -подобные домены.

Функция

Популярный

Семейство генов Myb названо в честь одноименного гена в Вирус миелобластоза птиц. Вирусный Myb (v-Myb, P01104) распознает последовательность 5'-YAACKГ-3 '. Вызывает миелобластоз (миелоидный лейкоз) у кур.^[7] По сравнению с клетками Myb нормального животного (c-myb), v-myb содержит делеции в С-концевом регуляторном домене, что приводит к аберрантной активации других онкогенов.^[8]

Животные

Протоонкоген Myb является членом MYB (мойЭлобlastosis) семейство факторы транскрипции. Белок содержит три домена: N-концевой ДНК-связывающий домен, центральный домен активации транскрипции и C-концевой домен, участвующий в транскрипционном подавление. Он может играть роль в регуляции клеточного цикла. Как и вирусная версия, этот ген онкоген, а перестройки гена (часто включающие делецию в C-концевом домене) вызывают рак.^[8]

Растения

Факторы MYB представляют собой семейство белков, которые включают консервативный ДНК-связывающий домен MYB. Растения содержат подсемейство белков MYB, которое характеризуется доменом MYB типа R2R3.^[9]

В кукурузе флобафены синтезируются путем синтеза флавоноидов^[10] от полимеризации флаван-4-олы^[11][12] который кодирует R2R3 myb-подобный активатор транскрипции^[13] гена A1, кодирующего дигидрофлавонол-4-редуктаза (сокращение дигидрофлавонолы в флаван-4-олы)^[14] в то время как другой ген (супрессор пигментации перикарпия 1 или SPP1) действует как подавитель.^[15] Ген P кукурузы кодирует гомолог Myb, который распознает последовательность CCWACC, что резко контрастирует с YAACGG, связанным с белками Myb позвоночных.^[16]

У сорго соответствующий ген желтого семени 1 (y1)^[17] также кодирует белок домена Myb типа R2R3, который регулирует экспрессию халкон-синтаза, халкон-изомераза и дигидрофлавонолредуктаза гены, необходимые для биосинтеза 3-дезоксифлавоноиды.^[18]

Рубин является активатором транскрипции MYB генов, производящих антоцианы в цитрусовых. В большинстве сортов цитрусовых рубин не функционирует, но в апельсинах он активирует выработку антоцианов, чтобы дать плодам характерный красный цвет.^[19]

Смотрите также

• EZH1

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000118513 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000019982 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Чен И, Сюй Х, Лю Дж, Чжан С., Лейтц А., Мо Х (июль 2007 г.). «C-Myb функционирует как нижележащая мишень для PDGF-опосредованного сигнала выживания в гладкомышечных клетках сосудов». Biochem Biophys Res Commun. 360 (2): 433–6. Дои:10.1016 / j.bbrc.2007.06.078. PMID  17599807.
6. «Ген Entrez: гомолог вирусного онкогена миелобластоза v-myb (птичий)».
7. Клемпнауэр К. Х., Симондс Г., Эван Г. И., Епископ Дж. М. (июнь 1984 г.). «Субклеточная локализация белков, кодируемых онкогенами вируса птичьего миелобластоза и вируса птичьего лейкоза E26, а также куриным геном c-myb». Клетка. 37 (2): 537–47. Дои:10.1016/0092-8674(84)90384-2. PMID  6327074. S2CID  46196167.
8. Джордж О.Л., Несс С.А. (октябрь 2014 г.). «Ситуационная осведомленность: регулирование фактора транскрипции myb в дифференцировке, клеточном цикле и онкогенезе». Рак. 6 (4): 2049–71. Дои:10.3390 / раки6042049. ЧВК  4276956. PMID  25279451.
9. Stracke R, Werber M, Weisshaar B (октябрь 2001 г.). «Семейство генов R2R3-MYB в Arabidopsis thaliana». Curr. Мнение. Биол растений. 4 (5): 447–56. Дои:10.1016 / с 1369-5266 (00) 00199-0. PMID  11597504.
10. Хими Э., Марес Д. Д., Янагисава А., Нода К. (июль 2002 г.). «Влияние гена окраски зерна (R) на состояние покоя зерна и чувствительность эмбриона к абсцизовой кислоте (ABA) в пшенице». J. Exp. Бот. 53 (374): 1569–74. Дои:10.1093 / jxb / erf005. PMID  12096095.
11. Винкель-Ширли Б. (июнь 2001 г.). «Биосинтез флавоноидов. Красочная модель для генетики, биохимии, клеточной биологии и биотехнологии». Физиология растений. 126 (2): 485–93. Дои:10.1104 / стр. 126.2.485. ЧВК  1540115. PMID  11402179.
12. Chopra S, Cocciolone SM, Bushman S, Sangar V, McMullen MD, Peterson T (март 2003 г.). «Фактор нестабильности кукурузы для апельсина1 является доминантным эпигенетическим модификатором тканевого специфически молчащего аллеля цвета околоплодника1». Генетика. 163 (3): 1135–46. ЧВК  1462483. PMID  12663550.
13. Структурный и транскрипционный анализ сложного кластера P1-wr кукурузы. Вольфганг Гёттель, Иоахим Мессинг. XVI конференция по геномам растений и животных В архиве 2012-02-18 в Wayback Machine
14. Донг X, Браун Э.Л., Гротевольд Э. (сентябрь 2001 г.). «Функциональная консервация вторичных метаболических ферментов растений, выявленная путем дополнения мутантов флавоноидов Arabidopsis генами кукурузы» (PDF). Физиология растений. 127 (1): 46–57. Дои:10.1104 / стр.127.1.46. ЧВК  117961. PMID  11553733.
15. Ли EA, Харпер V (2002). «Супрессор пигментации перикарпия 1 (SPP1), новый ген, участвующий в накоплении флобафена в перикарпиях кукурузы (Zea mays L.)». Майдика. 47 (1): 51–58. ИНИСТ:13772300
16. Гротевольд Э, Драммонд Б. Дж., Боуэн Б., Петерсон Т. (1994). «Ген Р, гомологичный myb, контролирует пигментацию флобафена в органах цветков кукурузы, напрямую активируя субнабор гена биосинтеза флавоноидов». Клетка. 76 (3): 543–554. Дои:10.1016/0092-8674(94)90117-1. PMID  8313474. S2CID  42197232.
17. Бодду Дж., Свабек С., Ибрагим Ф., Джонс А.Д., Чопра С. (2005). «Характеристика делеционного аллеля желтых семян гена сорго Myb, показывающая потерю 3-дезоксифлавоноидов». Растениеводство. 169 (3): 542–552. Дои:10.1016 / j.plantsci.2005.05.007. ИНИСТ:16983977
18. Бодду Дж., Цзян К., Сангар В., Олсон Т., Петерсон Т., Чопра С. (январь 2006 г.). «Сравнительная структурная и функциональная характеристика дупликаций сорго и кукурузы, содержащих ортологичные регуляторы транскрипции myb для биосинтеза 3-дезоксифлавоноидов». Завод Мол. Биол. 60 (2): 185–99. Дои:10.1007 / s11103-005-3568-1. PMID  16429259. S2CID  23841582.
19. Бутелли Э., Личчарделло С., Чжан Ю., Лю Дж., Маккей С., Бейли П., Рефорджато-Рекуперо Дж., Мартин С. (2012). «Ретротранспозоны контролируют специфическое для фруктов, зависимое от холода накопление антоцианов в кровяных апельсинах». Растительная клетка. 24 (3): 1242–55. Дои:10.1105 / tpc.111.095232. ЧВК  3336134. PMID  22427337.

дальнейшее чтение

• О, я, Редди EP (1999). «Семейство генов myb в росте, дифференцировке и апоптозе клеток». Онкоген. 18 (19): 3017–33. Дои:10.1038 / sj.onc.1202839. PMID  10378697.
• Николаидес NC, Гуальди Р., Касадеваль С., Манцелла Л., Калабретта Б. (1991). «Положительная ауторегуляция экспрессии c-myb через сайты связывания Myb в 5'-фланкирующей области гена c-myb человека». Мол. Клетка. Биол. 11 (12): 6166–76. Дои:10.1128 / mcb.11.12.6166. ЧВК  361795. PMID  1944282.
• Калькбреннер Ф, Геманн С., Мёллинг К. (1990). «Активация транскрипции человеческими генами c-myb и v-myb». Онкоген. 5 (5): 657–61. PMID  2189102.
• Вестин Э. Х., Горс К. М., Кларк М. Ф. (1990). «Альтернативный сплайсинг человеческого гена c-myb». Онкоген. 5 (8): 1117–24. PMID  2202948.
• Дасгупта П., Редди EP (1990). «Идентификация альтернативно сплайсированных транскриптов человеческого c-myb: молекулярное клонирование и анализ последовательности последовательностей экзона 9A человеческого c-myb». Онкоген. 4 (12): 1419–23. PMID  2687764.
• Янссен Дж. В., Верноле П., де Бур П. А., Остерхейс Дж. В., Коллард Дж. Г. (1986). «Сублокализация c-myb на 6q21 ---- q23 посредством гибридизации in situ и экспрессии c-myb в тератокарциноме человека с перестройками 6q». Cytogenet. Cell Genet. 41 (3): 129–35. Дои:10.1159/000132217. PMID  3007038.
• Slamon DJ, Boone TC, Murdock DC, Keith DE, Press MF, Larson RA, Souza LM (1986). «Исследования человеческого гена c-myb и его продукта при острых лейкозах человека». Наука. 233 (4761): 347–51. Bibcode:1986Sci ... 233..347S. Дои:10.1126 / science.3014652. PMID  3014652.
• Majello B, Kenyon LC, Dalla-Favera R (1987). «Протоонкоген c-myb человека: нуклеотидная последовательность кДНК и организация геномного локуса». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 83 (24): 9636–40. Дои:10.1073 / пнас.83.24.9636. ЧВК  387195. PMID  3540945.
• Щилик С., Скорски Т., Ку Д.Х., Николаидес Н.С., Вен С.К., Рудницка Л., Бонати А., Малагуарнера Л., Калабретта Б. (1993). «Регулирование пролиферации и экспрессии цитокинов фибробластов костного мозга: роль c-myb». J. Exp. Med. 178 (3): 997–1005. Дои:10.1084 / jem.178.3.997. ЧВК  2191153. PMID  7688794.
• Krieg J, Oelgeschläger M, Janknecht R, Lüscher B (1995). «Связывание ДНК с высоким сродством нативного полноразмерного c-Myb и дифференциальная протеолитическая чувствительность его N- и C-концевых доменов». Онкоген. 10 (11): 2221–8. PMID  7784067.
• Джейкобс С.М., Горс К.М., Вестин Э.Х. (1994). «Идентификация второго промотора в протоонкогене c-myb человека». Онкоген. 9 (1): 227–35. PMID  8302584.
• Фавье Д., Гонда Т.Дж. (1994). «Обнаружение белков, которые связываются с мотивом лейциновой молнии c-Myb». Онкоген. 9 (1): 305–11. PMID  8302594.
• Глейзер Р., Лафуз В.П., Бонно Р.Х., Аткинсон С., Киколт-Глейзер Дж.К. (1993). «Стресс-ассоциированная модуляция экспрессии протоонкогена в лейкоцитах периферической крови человека». Behav. Неврологи. 107 (3): 525–9. Дои:10.1037/0735-7044.107.3.525. PMID  8329139.
• Dash AB, Orrico FC, Ness SA (1996). «Мотив EVES опосредует как межмолекулярную, так и внутримолекулярную регуляцию c-Myb». Genes Dev. 10 (15): 1858–69. Дои:10.1101 / gad.10.15.1858. PMID  8756344.
• Форбрюгген Г., Ловрич Дж., Мёллинг К. (1997). «Функциональный анализ фосфорилирования серина 532 человеческого c-Myb с помощью MAP-киназы». Биол. Chem. 377 (11): 721–30. Дои:10.1515 / bchm3.1996.377.11.721. PMID  8960373.
• Тавнер Ф.Дж., Симпсон Р., Таширо С., Фавье Д., Дженкинс Н.А., Гилберт Д.Дж., Коупленд Н.Г., Макмиллан Э.М., Лютвиче Дж., Кео Р.А., Исии С., Гонда Т.Дж. (1998). «Молекулярное клонирование показывает, что белок p160, связывающий Myb, представляет собой новый, преимущественно ядрышковый белок, который может играть роль в трансактивации Myb». Мол. Клетка. Биол. 18 (2): 989–1002. Дои:10.1128 / MCB.18.2.989. ЧВК  108811. PMID  9447996.
• Хедж С.П., Кумар А., Куршнер С., Шапиро Л.Х. (1998). «c-Maf взаимодействует с c-Myb, чтобы регулировать транскрипцию раннего миелоидного гена во время дифференцировки». Мол. Клетка. Биол. 18 (5): 2729–37. Дои:10.1128 / mcb.18.5.2729. ЧВК  110652. PMID  9566892.
• Леверсон Дж. Д., Коскинен П. Дж., Оррико Ф. К., Райнио Е. М., Ялканен К. Дж., Даш А. Б., Эйзенман Р. Н., Несс С. А. (1998). «Киназа Pim-1 и p100 взаимодействуют для усиления активности c-Myb». Мол. Клетка. 2 (4): 417–25. Дои:10.1016 / S1097-2765 (00) 80141-0. PMID  9809063.
• Томпсон М.А., Розенталь М.А., Эллис С.Л., Френд А.Дж., Зорбас М.И., Уайтхед Р.Х., Рамзи Р.Г. (1998). «Подавление c-Myb связано с дифференцировкой клеток толстой кишки человека, апоптозом и снижением экспрессии Bcl-2». Рак Res. 58 (22): 5168–75. PMID  9823328.
• Вербеек В., Гомбарт А.Ф., Чумаков А.М., Мюллер С., Фридман А.Д., Кёффлер Х.П. (1999). «C / EBPepsilon напрямую взаимодействует с ДНК-связывающим доменом c-myb и кооперативно активирует транскрипцию миелоидных промоторов». Кровь. 93 (10): 3327–37. Дои:10.1182 / blood.V93.10.3327. PMID  10233885.

внешняя ссылка

• MYB + белок, + человек в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
• Дрозофила Myb онкогеноподобный - Интерактивная муха
• Arabidospsis thaliana Семейство MYB в базе данных факторов транскрипции арабидопсиса (DATF)

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.