CDX2 - CDX2

CDX2
Идентификаторы
Псевдонимы	CDX2, CDX-3, CDX2 / AS, CDX3, гомеобокс 2 каудального типа, Cdx2
Внешние идентификаторы	OMIM: 600297 MGI: 88361 ГомолоГен: 968 Генные карты: CDX2
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 13 (человек)[1] Группа 13q12.2 Начинать 27,960,918 бп[1] Конец 27,969,315 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 5 (мышь)[2] Группа 5 G3 | 5 86,86 см Начинать 147,300,805 бп[2] Конец 147,307,270 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • Связывание ДНК • последовательное связывание ДНК • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • GO: 0001131, GO: 0001151, GO: 0001130, GO: 0001204 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции • GO: 0001078, GO: 0001214, GO: 0001206 ДНК-связывающая активность репрессора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание двухцепочечной ДНК • GO: 0001200, GO: 0001133, GO: 0001201 Активность ДНК-связывающего фактора транскрипции, специфично для РНК-полимеразы II • связывание метил-CpG • Связывание ДНК, специфичное для последовательности регуляторной области РНК-полимеразы II Сотовый компонент • транскрипционный репрессорный комплекс • нуклеоплазма • конденсированная ядерная хромосома • ядро клетки • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • процесс спецификации шаблона • дифференциация клеток • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • регуляция сомитогенеза • поддержание популяции соматических стволовых клеток • транспорт от эндосомы к лизосомам • плацентация • регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • развитие лабиринтного слоя • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция с промотора РНК-полимеразы II • транскрипция, ДНК-шаблон • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • развитие многоклеточного организма • развитие кровеносных сосудов • дифференцировка трофэктодермальных клеток • установление или поддержание апикальной / базальной полярности эпителиальных клеток • положительное регулирование дифференцировки клеток • дифференцировка кишечных эпителиальных клеток • положительное регулирование пролиферации клеток • морфогенез органов животных • спецификация передней / задней оси • развитие бластоцисты • спецификация переднего / заднего рисунка Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	1045	12591
Ансамбль	ENSG00000165556	ENSMUSG00000029646
UniProt	Q99626	P43241
RefSeq (мРНК)	NM_001265 NM_001354700	NM_007673
RefSeq (белок)	NP_001256 NP_001341629	NP_031699
Расположение (UCSC)	Chr 13: 27.96 - 27.97 Мб	Chr 5: 147.3 - 147.31 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гомеобокс протеин CDX-2 это белок что у людей кодируется CDX2 ген. Белок CDX2 представляет собой гомеобокс фактор транскрипции выражается в ядрах кишечника эпителиальные клетки,^[5][6] играет важную роль в развитии и функционировании пищеварительная система. CDX2 часть ParaHox кластер генов, группа из трех высококонсервативных генов развития, присутствующих в большинстве позвоночное животное разновидность.^[7] Вместе с CDX1 и CDX4, CDX2 один из трех каудальный -связанные гены в геноме человека.

Функция

Подобно двум другим генам Cdx, CDX2 регулирует несколько важных процессов в развитии и функционировании нижних отделов. желудочно-кишечный тракт (от двенадцатиперстной кишки к анальному отверстию) у позвоночных. У позвоночных эмбриональное развитие, CDX2 становится активным в энтодермальные клетки кзади от развивающегося желудка.^[6] Эти клетки в конечном итоге образуют кишечную эпителий. Активность CDX2 на этом этапе важна для правильного формирования кишечника и заднего прохода.^[8][9] CDX2 также требуется для разработки плацента.^[9]

На более позднем этапе развития CDX2 экспрессируется в эпителиальных стволовых клетках кишечника, которые представляют собой клетки, которые непрерывно дифференцируются в клетки, образующие слизистую оболочку кишечника. Эта дифференциация зависит от CDX2,^[10][11] как показано в экспериментах, в которых экспрессия этого гена была нокаутирована или сверхэкспрессирована у мышей. Гетерозиготные нокауты CDX2 имеют поражения кишечника, вызванные дифференцировкой кишечных клеток в эпителий желудка; это можно рассматривать как форму гомеотической трансформации.^[12] И наоборот, сверхэкспрессия CDX2 приводит к образованию кишечного эпителия в желудке.^[13]

Помимо роли в энтодерме, CDX2 также экспрессируется на очень ранних стадиях эмбрионального развития мыши и человека, специфически маркируя трофэктодерма происхождение клеток в бластоциста мыши и человека. Клетки трофэктодермы способствуют плацента.^[9]

Патология

Об эктопической экспрессии CDX2 сообщалось более чем у 85% пациентов с острый миелоидный лейкоз (AML). Эктопическая экспрессия Cdx2 в костном мозге мышей индуцировала AML у мышей и усиливала гены Hox в предшественниках костного мозга.^[14][15] CDX2 также участвует в патогенезе Пищевод Барретта где было показано, что компоненты гастроэзофагеального рефлюкса, такие как желчные кислоты способны индуцировать экспрессию программы дифференцировки кишечника посредством активации NF-κB и CDX2.^[16]

Биомаркер рака кишечника

CDX2 также используется в диагностической хирургической патологии в качестве маркера желудочно-кишечной дифференцировки, особенно колоректальной.^[17]

Возможное использование в исследовании стволовых клеток

Этот ген (или, точнее, эквивалентный ген у людей) был предложен в Президентский совет по биоэтике, как решение стволовая клетка полемика.^[18] Согласно одному из предложенных планов, путем деактивации гена невозможно сформировать должным образом организованный эмбрион, таким образом обеспечивая стволовые клетки, не требуя уничтожения эмбриона.^[19] Другие гены, которые были предложены для этой цели, включают: Hnf4, что требуется для гаструляция.^[18][20]

Взаимодействия

CDX2 был показан взаимодействовать с EP300,^[21] и PAX6.^[21]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000165556 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000029646 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. German MS, Wang J, Fernald AA, Espinosa R, Le Beau MM, Bell GI (ноябрь 1994 г.). «Локализация генов, кодирующих два фактора транскрипции, LMX1 и CDX3, регулирующих экспрессию гена инсулина в хромосомах 1 и 13 человека». Геномика. 24 (2): 403–4. Дои:10.1006 / geno.1994.1639. PMID  7698771.
6. Бек, Ф .; Erler, T .; Russell, A .; Джеймс, Р. (1995). «Экспрессия Cdx-2 в эмбрионе мыши и плаценте: возможная роль в формировании паттерна внеэмбриональных мембран». Динамика развития. 204 (3): 219–227. Дои:10.1002 / aja.1002040302.
7. Брук, Нина М .; Гарсия-Фернандес, Хорди; Голландия, Питер В. Х. (1998). «Кластер генов ParaHox является эволюционной сестрой кластера генов Hox». Природа. 392 (6679): 920–922. Дои:10.1038/31933. ISSN  0028-0836.
8. Chawengsaksophak, K .; James, R .; Hammond, V.E .; Köntgen, F .; Бек, Ф. (1997). «Гомеоз и опухоли кишечника у мутантных мышей Cdx2». Природа. 386 (6620): 84–87. Дои:10.1038 / 386084a0. ISSN  1476-4687.
9. Chawengsaksophak K, de Graaff W, Rossant J, Deschamps J, Beck F (май 2004 г.). «Cdx2 необходим для удлинения оси у мышей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (20): 7641–5. Bibcode:2004PNAS..101.7641C. Дои:10.1073 / pnas.0401654101. ЧВК  419659. PMID  15136723.
10. Симмини, Сальваторе; Бялецкая, Моника; Huch, Meritxell; Кестер, Леннарт; ван де Ветеринг, Марк; Сато, Тоширо; Бек, Феликс; ван Ауденаарден, Александр; Умные, Ганс; Дешам, Жаклин (11 декабря 2014 г.). «Трансформация стволовых клеток кишечника в стволовые клетки желудка при потере фактора транскрипции Cdx2». Nature Communications. 5 (1): 5728. Дои:10.1038 / ncomms6728. ISSN  2041-1723.
11. Стрингер, Эмма Дж .; Дулюк, Изабель; Саанди, Туэйба; Дэвидсон, Ирвин; Бялецкая, Моника; Сато, Тоширо; Баркер, Ник; Умные, Ганс; Pritchard, Catrin A .; Винтон, Дуг Дж .; Райт, Николас А. (01.02.2012). «Cdx2 определяет судьбу постнатальной энтодермы кишечника». Разработка. 139 (3): 465–474. Дои:10.1242 / dev.070722. ISSN  0950-1991. PMID  22190642.
12. Бек, Феликс; Чавенгсаксопхак, Каллайани; Уоринг, Пол; Плейфорд, Раймонд Дж .; Фернесс, Джон Б. (1999-06-22). «Перепрограммирование дифференцировки кишечника и интеркалярной регенерации у мутантных мышей Cdx2». Труды Национальной академии наук. 96 (13): 7318–7323. Дои:10.1073 / пнас.96.13.7318. ISSN  0027-8424. PMID  10377412.
13. Муто, Хироюки; Хакамата, Йоджи; Сато, Киичи; Эда, Акаши; Янака, Ичиро; Хонда, Саяка; Осава, Хироюки; Канеко, Йошинари; Сугано, Кентаро (2002). «Превращение слизистой оболочки желудка в кишечную метаплазию у трансгенных мышей, экспрессирующих Cdx2». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 294 (2): 470–479. Дои:10.1016 / s0006-291x (02) 00480-1. ISSN  0006-291X.
14. Рават В.П., Кусан М., Дешпанде А., Хиддеманн В., Кинтанилья-Мартинес Л., Хамфрис Р.К., Боландер С.К., Феуринг-Буске М., Буске С. (январь 2004 г.). «Эктопическая экспрессия гена гомеобокса CDX2 является трансформирующим событием в мышиной модели острого миелоидного лейкоза t (12; 13) (p13; q12)». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 101 (3): 817–22. Bibcode:2004ПНАС..101..817Р. Дои:10.1073 / pnas.0305555101. ЧВК  321764. PMID  14718672.
15. Scholl C, Bansal D, Döhner K, Eiwen K, Huntly BJ, Lee BH, Rücker FG, Schlenk RF, Bullinger L, Döhner H, Gilliland DG, Fröhling S (апрель 2007 г.). «Ген гомеобокса CDX2 аномально экспрессируется в большинстве случаев острого миелоидного лейкоза и способствует лейкемогенезу». Журнал клинических исследований. 117 (4): 1037–48. Дои:10.1172 / JCI30182. ЧВК  1810574. PMID  17347684.
16. Дебрюн П.Р., Витек М., Гонг Л., Бирбе Р., Червонева И., Джин Т., Домон-ячейка С., Палаццо Дж. П., Фройнд Дж. Н., Ли П., Питари Г. М., Шульц С., Вальдман С. А. (апрель 2006 г.). «Желчные кислоты индуцируют эктопическую экспрессию кишечной гуанилциклазы C через ядерный фактор-каппаB и Cdx2 в клетках пищевода человека». Гастроэнтерология. 130 (4): 1191–206. Дои:10.1053 / j.gastro.2005.12.032. PMID  16618413.
17. Лю Кью, Те М., Ито К., Шах Н, Ито Й, Йео КГ (декабрь 2007 г.). «Экспрессия CDX2 прогрессивно снижается при метаплазии, дисплазии и раке желудочно-кишечного тракта человека». Современная патология. 20 (12): 1286–97. Дои:10.1038 / modpathol.3800968. PMID  17906616.
18. Hurlbut WB (2004). «Передача измененных ядер как морально приемлемый способ приобретения человеческих эмбриональных стволовых клеток». Президентский совет по биоэтике. Белый дом Соединенных Штатов Америки. Архивировано из оригинал 17 мая 2008 г.. Получено 2008-07-16.
19. Салетан, Уильям (2004-12-06). «Жуткое решение дебатов о стволовых клетках». Шифер. Архивировано из оригинал 14 февраля 2007 г.. Получено 2008-07-16.
20. Hurlbut WB (2007). «Этика и исследование эмбриональных стволовых клеток: изменение переноса ядер как путь вперед». BioDrugs. 21 (2): 79–83. Дои:10.2165/00063030-200721020-00002. PMID  17402791. S2CID  26102470.
21. Хуссейн М.А., Хабенер Дж.Ф. (октябрь 1999 г.). «Активация транскрипции гена глюкагона, опосредованная синергетическим взаимодействием pax-6 и cdx-2 с коактиватором p300». Журнал биологической химии. 274 (41): 28950–7. Дои:10.1074 / jbc.274.41.28950. PMID  10506141.

дальнейшее чтение

• Сух Э., Чен Л., Тейлор Дж., Трабер П. Г. (ноябрь 1994 г.). «Белок гомеодомена, относящийся к каудальному отделу, регулирует транскрипцию специфичного для кишечника гена». Молекулярная и клеточная биология. 14 (11): 7340–51. Дои:10.1128 / mcb.14.11.7340. ЧВК  359269. PMID  7935448.
• Иноуэ Х., Риггс А.С., Танизава Й., Уэда К., Кувано А., Лю Л., Донис-Келлер Х., Пермутт М.А. (июнь 1996 г.). «Выделение, характеристика и хромосомное картирование гена фактора 1 промотора инсулина человека (IPF-1)». Сахарный диабет. 45 (6): 789–94. Дои:10.2337 / диабет.45.6.789. PMID  8635654.
• Mallo GV, Rechreche H, Frigerio JM, Rocha D, Zweibaum A, Lacasa M, Jordan BR, Dusetti NJ, Dagorn JC, Iovanna JL (февраль 1997 г.). «Молекулярное клонирование, секвенирование и экспрессия мРНК, кодирующей гомеобокс Cdx1 и Cdx2 человека. Подавление экспрессии мРНК Cdx1 и Cdx2 во время колоректального канцерогенеза». Международный журнал рака. 74 (1): 35–44. Дои:10.1002 / (SICI) 1097-0215 ​​(19970220) 74: 1 <35 :: AID-IJC7> 3.0.CO; 2-1. PMID  9036867.
• Чавенгсаксофак К., Джеймс Р., Хаммонд В. Е., Кентген Ф., Бек Ф. (март 1997 г.). «Гомеоз и опухоли кишечника у мутантных мышей Cdx2». Природа. 386 (6620): 84–7. Bibcode:1997 Натур.386 ... 84C. Дои:10.1038 / 386084a0. PMID  9052785. S2CID  4252265.
• Уолтерс Дж. Р., Ховард А., Рамбл Х. Э., Праталингам С. Р., Шоу-Смит С. Дж., Легон С. (август 1997 г.). «Различия в экспрессии факторов транскрипции гомеобокса в проксимальном и дистальном отделах тонкой кишки человека». Гастроэнтерология. 113 (2): 472–7. Дои:10.1053 / gast.1997.v113.pm9247466. PMID  9247466.
• Драммонд Ф., Путт В., Фокс М., Эдвардс Ю. Х. (сентябрь 1997 г.). «Клонирование и определение хромосом гена CDX2 человека». Анналы генетики человека. 61 (Pt 5): 393–400. Дои:10.1046 / j.1469-1809.1997.6150393.x. PMID  9459001. S2CID  45461007.
• Ямамото Х., Миямото К., Ли Б., Такетани И., Китано М., Иноуэ И., Морита К., Пайк Дж. В., Такеда Е. (февраль 1999 г.). «Каудальный гомеодоменный белок Cdx-2 регулирует экспрессию гена рецептора витамина D в тонком кишечнике». Журнал исследований костей и минералов. 14 (2): 240–7. Дои:10.1359 / jbmr.1999.14.2.240. PMID  9933478.
• Хуссейн М.А., Хабенер Дж.Ф. (октябрь 1999 г.). «Активация транскрипции гена глюкагона, опосредованная синергетическим взаимодействием pax-6 и cdx-2 с коактиватором p300». Журнал биологической химии. 274 (41): 28950–7. Дои:10.1074 / jbc.274.41.28950. PMID  10506141.
• Митчелмор С., Трельсен Дж. Т., Сподсберг Н., Шёстрём Н., Норен О. (март 2000 г.). «Взаимодействие между гомеодоменными белками Cdx2 и HNF1alpha опосредует экспрессию гена лактазы-флоризингидролазы». Биохимический журнал. 346 (2): 529–35. Дои:10.1042/0264-6021:3460529. ЧВК  1220882. PMID  10677375.
• Sivagnanasundaram S, Islam I, Talbot I, Drummond F, Walters JR, Edwards YH (январь 2001 г.). «Ген гомеобокса CDX2 при колоректальной карциноме: генетический анализ». Британский журнал рака. 84 (2): 218–25. Дои:10.1054 / bjoc.2000.1544. ЧВК  2363702. PMID  11161380.
• Rings EH, Boudreau F, Taylor JK, Moffett J, Suh ER, Traber PG (декабрь 2001 г.). «Фосфорилирование остатка серина 60 в домене активации Cdx2 опосредует его способность к трансактивации». Гастроэнтерология. 121 (6): 1437–50. Дои:10.1053 / gast.2001.29618. PMID  11729123.
• Хинои Т., Тани М., Лукас ПК, Кака К., Данн Р.Л., Макри Э, Лода М., Аппельман HD, Чо К.Р., Fearon ER (декабрь 2001 г.). «Потеря экспрессии CDX2 и микросателлитная нестабильность являются характерными чертами крупноклеточных минимально дифференцированных карцином толстой кишки». Американский журнал патологии. 159 (6): 2239–48. Дои:10.1016 / S0002-9440 (10) 63074-X. ЧВК  1850596. PMID  11733373.
• Мизошита Т., Инада К., Цукамото Т., Кодера Ю., Ямамура Ю., Хираи Т., Като Т., Джох Т., Ито М., Татэмацу М. (2002). «Экспрессия мРНК Cdx1 и Cdx2 и важность этой экспрессии для дифференцировки в слизистой оболочке желудочно-кишечного тракта человека - с особым акцентом на участие в кишечной метаплазии желудка человека». Рак желудка. 4 (4): 185–91. Дои:10.1007 / PL00011741. PMID  11846061.
• Эда А., Осава Х., Янака И., Сато К., Муто Х., Кихира К., Сугано К. (2002). «Экспрессия гена гомеобокса CDX2 предшествует экспрессии CDX1 во время прогрессирования кишечной метаплазии». Журнал гастроэнтерологии. 37 (2): 94–100. Дои:10.1007 / s005350200002. PMID  11871772. S2CID  20514893.
• Qualtrough D, Hinoi T, Fearon E, Paraskeva C (август 2002 г.). «Экспрессия CDX2 в нормальной и опухолевой ткани толстой кишки человека и во время дифференциации модельной системы in vitro». Кишечник. 51 (2): 184–90. Дои:10.1136 / гут.51.2.184. ЧВК  1773308. PMID  12117877.
• Moucadel V, Totaro MS, Dell CD, Soubeyran P, Dagorn JC, Freund JN, Iovanna JL (сентябрь 2002 г.). «Ген гомеобокса Cdx1 принадлежит к сети p53-p21 (WAF) -Bcl-2 в эпителиальных клетках кишечника». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 297 (3): 607–15. Дои:10.1016 / S0006-291X (02) 02250-7. PMID  12270138.
• Song BL, Qi W, Wang CH, Yang JB, Yang XY, Lin ZX, Li BL (январь 2003 г.). «Приготовление антитела против Cdx-2 для анализа связывания Cdx-2 различных видов с промотором acat2». Шэн Ву Хуа Сюэ Ю Шэн Ву Ву Ли Сюэ Бао Acta Biochimica et Biophysica Sinica. 35 (1): 6–12. PMID  12518221.

внешняя ссылка

• CDX2 + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
• Человек CDX2 расположение генома и CDX2 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.