Кинурениназа - Kynureninase

кинурениназа
Кристаллическая структура Homo sapiens кинурениназа.[1]
Идентификаторы
Номер ЕС	3.7.1.3
Количество CAS	9024-78-6
Базы данных
IntEnz	Просмотр IntEnz
БРЕНДА	BRENDA запись
ExPASy	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	Запись в KEGG
MetaCyc	метаболический путь
ПРИАМ	профиль
PDB структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	AmiGO / QuickGO
Поиск ЧВК статьи PubMed статьи NCBI белки

KYNU
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2HZP, 3E9K
Идентификаторы
Псевдонимы	KYNU, KYNUU, кинурениназа, VCRL2
Внешние идентификаторы	OMIM: 605197 MGI: 1918039 ГомолоГен: 2925 Генные карты: KYNU
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[2] Группа 2q22.2 Начинать 142,877,657 бп[2] Конец 143,055,833 бп[2]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[3] Группа 2 | 2 млрд Начинать 43,555,329 бп[3] Конец 43,682,715 бп[3]
Генная онтология Молекулярная функция • активность гомодимеризации белков • кинурениназная активность • каталитическая активность • пиридоксальфосфатное связывание • гидролазная активность • 3-гидроксикинурениназная активность Сотовый компонент • цитозоль • митохондрия • цитоплазма • нуклеоплазма Биологический процесс • процесс биосинтеза пиридиновых нуклеотидов • ответ на витамин B6 • ответ на интерферон-гамма • катаболический процесс триптофана до ацетил-КоА • Катаболический процесс L-кинуренина • катаболический процесс триптофана • катаболический процесс триптофана до кинуренина • биосинтетический процесс хинолината • антранилатный метаболический процесс • Процесс биосинтеза НАД • Процесс биосинтеза НАД из триптофана de novo • старение Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	8942	70789
Ансамбль	ENSG00000115919	ENSMUSG00000026866
UniProt	Q16719	Q9CXF0
RefSeq (мРНК)	NM_001032998 NM_001199241 NM_003937	NM_027552 NM_001289593 NM_001289594
RefSeq (белок)	NP_001028170 NP_001186170 NP_003928	NP_001276522 NP_001276523 NP_081828
Расположение (UCSC)	Chr 2: 142,88 - 143,06 Мб	Chr 2: 43,56 - 43,68 Мб
PubMed поиск	[4]	[5]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Кинурениназа или L-кинуренингидролаза (KYNU) (EC 3.7.1.3 ) это PLP зависимый фермент что катализирует расщепление кинуренин (Кын) в антраниловая кислота (Муравей). Он также может действовать на 3hKyn (производить 3hAnt ) и некоторые другие (3-арилкарбонил) -аланины. У человека экспрессируется один фермент кинурениназа, который кодируется KYNU ген расположен на хромосоме 2.^[6][7]

KYNU - это часть пути к катаболизм из Trp и биосинтез НАД кофакторы из триптофан (Трп).

Кинурениназа катализирует следующую реакцию:

• L-кинуренин + H₂O = антранилат + L-аланин

Структура

Кинурениназа относится к класс V группа аспартатаминотрансфераза надсемейство структурно гомологичного пиридоксаль-5'-фосфата (PLP ) зависимые ферменты. На сегодняшний день две структуры кинурениназы человека определены методом дифракции рентгеновских лучей с разрешением 2,0 и 1,7 Å.^[1][8] Сорок процентов аминокислот расположены в виде альфа-спирали, а двенадцать процентов - в виде бета-листов. Закрепление кинуренинового субстрата в активном сайте предполагает, что Asn-333 и His-102 участвуют в связывании субстрата.^[1]

Функция

В реакции KYNU PLP способствует C_β-C_γ разрыв связи. Реакция выполняется так же, как и трансаминирование реакция, но не гидролизует таутомеризованный База Шиффа. Предлагаемый механизм реакции включает атаку фермента. нуклеофил на карбонильном углероде (C_γ) таутомеризованного основания Шиффа 3hKyn-PLP. Далее следует C_β-C_γ разрыв связи с образованием промежуточного соединения ацил-фермент вместе с таутомеризованным аддуктом Ala-PLP. Затем гидролиз ацил-фермента дает 3hAnt.

Механизм реакции KYNU. Цветовая гамма следующая: KYNU, PLP, названия субстратов, неорганические молекулы, Фрагмент 3hAn, Часть Алы

Рекомендации

1. PDB: 2HZP​; Лима С., Христофоров Р., Моманы С., Филлипс Р.С. (март 2007 г.). «Кристаллическая структура кинурениназы Homo sapiens». Биохимия. 46 (10): 2735–44. Дои:10.1021 / bi0616697. ЧВК  2531291. PMID  17300176.
2. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000115919 - Ансамбль, Май 2017
3. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026866 - Ансамбль, Май 2017
4. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
6. Альберати-Джани Д., Бучли Р., Малхерб П., Брогер С., Ланг Г., Келер С., Лам Х. В., Цесура А. М. (июль 1996 г.). «Выделение и экспрессия клона кДНК, кодирующего кинурениназу человека». Евро. J. Biochem. 239 (2): 460–8. Дои:10.1111 / j.1432-1033.1996.0460u.x. PMID  8706755.
7. Тома С., Накамура М., Тоне С., Окуно Е., Кидо Р., Бретон Дж., Аванзи Н., Коззи Л., Специале С., Мостардини М., Гатти С., Бенатти Л. (май 1997 г.). «Клонирование и рекомбинантная экспрессия кинурениназы крысы и человека». FEBS Lett. 408 (1): 5–10. Дои:10.1016 / S0014-5793 (97) 00374-8. PMID  9180257. S2CID  36265922.
8. PDB: 3E9K​; Лима С., Кумар С., Гаванди В., Момани С., Филлипс Р.С. (январь 2009 г.). «Кристаллическая структура комплекса ингибиторов кинурениназы-3-гидроксигиппуровой кислоты Homo sapiens: понимание молекулярных основ субстратной специфичности кинурениназы». J. Med. Chem. 52 (2): 389–96. Дои:10.1021 / jm8010806. PMID  19143568.

дальнейшее чтение

• Лима С., Христофоров Р., Моманы С., Филлипс Р.С. (2007). «Кристаллическая структура кинурениназы Homo sapiens». Биохимия. 46 (10): 2735–2744. Дои:10.1021 / bi0616697. ЧВК  2531291. PMID  17300176.
• Привет, член парламента, Чен Си, майор Е.О., Сайто К. (1997). «Различные ферменты кинуренинового пути ограничивают образование хинолиновой кислоты различными типами клеток человека». Biochem. J. 326 (2): 351–6. Дои:10.1042 / bj3260351. ЧВК  1218677. PMID  9291104.
• Rose JE, Behm FM, Drgon T и др. (2010). «Персонализированный отказ от курения: взаимосвязь между дозой никотина, зависимостью и оценкой генотипа успеха в отказе от курения». Мол. Med. 16 (7–8): 247–53. Дои:10.2119 / молмед.2009.00159. ЧВК  2896464. PMID  20379614.
• Zhang Y, Zhang KX, He X и др. (2005). «[Полиморфизм гена кинурениназы в хромосомной области-кандидате от гипертонии связан с эссенциальной гипертензией]». Чжунхуа Синь Сюэ Гуань Бин За Чжи. 33 (7): 588–91. PMID  16080802.
• Инада Дж, Окуно Э, Кимура М, Кидо Р. (1984). «Внутриклеточная локализация и характеристика 3-гидроксикинурениназы в печени человека». Int. J. Biochem. 16 (6): 623–8. Дои:10.1016 / 0020-711x (84) 90031-4. PMID  6468727.
• Ubbink JB, Vermaak WJ, Bissbort SH (1991). «Высокоэффективный жидкостный хроматографический анализ уровней активности кинурениназы лимфоцитов человека». J. Chromatogr. 566 (2): 369–75. Дои:10.1016/0378-4347(91)80253-9. PMID  1939450.
• Маруяма К., Сугано С. (1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Ген. 138 (1–2): 171–4. Дои:10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
• Магни Дж., Амичи А., Эмануэли М. и др. (2004). «Энзимология гомеостаза НАД + у человека». Клетка. Мол. Life Sci. 61 (1): 19–34. Дои:10.1007 / s00018-003-3161-1. PMID  14704851. S2CID  22041610.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2002). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.
• Кристенсен М., Дуно М., Лунд А.М. и др. (2007). «Ксантуреновая ацидурия из-за мутации в KYNU, кодирующей кинурениназу». J. Inherit. Метаб. Дис. 30 (2): 248–55. Дои:10.1007 / s10545-007-0396-2. PMID  17334708. S2CID  13295336.
• Уолш Х.А., Боттинг Н.П. (2002). «Очистка и биохимическая характеристика некоторых свойств рекомбинантной кинурениназы человека». Евро. J. Biochem. 269 (8): 2069–74. Дои:10.1046 / j.1432-1033.2002.02854.x. PMID  11985583.
• Судзуки Ю., Ёситомо-Накагава К., Маруяма К. и др. (1997). «Создание и характеристика полноразмерной библиотеки кДНК, обогащенной по 5'-концу». Ген. 200 (1–2): 149–56. Дои:10.1016 / S0378-1119 (97) 00411-3. PMID  9373149.

внешняя ссылка

• PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для кинурениназы человека