Лигаза - Ligase

Эта статья про общие лигазы. Для ДНК-специфических лигаз см. ДНК-лигаза.

В биохимия, а лигаза является фермент это может катализировать соединение двух больших молекул путем образования нового химическая связь, обычно с сопровождающим гидролиз небольшой боковой химической группы на одной из более крупных молекул или фермента, катализирующего связывание двух соединений, например, ферментов, которые катализируют соединение C-O, C-S, C-N и т. д. Как правило, лигаза катализирует следующую реакцию:

Ab + C → A – C + b

или иногда

Ab + cD → A – D + b + c + d + e + f

где строчные буквы могут обозначать небольшие зависимые группы. Лигаза может соединять два комплементарных фрагмента нуклеиновой кислоты и восстанавливать одноцепочечные разрывы, возникающие в двухцепочечной ДНК во время репликации.

Номенклатура

Общие названия лигаз часто включают слово «лигаза», например ДНК-лигаза, фермент, обычно используемый в молекулярной биологии лаборатории объединиться ДНК фрагменты. Другие распространенные названия лигаз включают слово «синтетаза», потому что они используются для синтезировать новые молекулы.

Биохимическая номенклатура иногда отличала синтетазы от синтазы и иногда трактовал слова как синонимы. Согласно одному определению, синтазы не использовать энергию из нуклеозидтрифосфаты (например, ATP, GTP, CTP, TTP и UTP), тогда как синтетазы делать используйте нуклеозидтрифосфаты. Также говорят, что синтаза - это лиазе (лиаза - это фермент, который катализирует разрыв различных химических связей другими способами, кроме гидролиза и окисления, часто образуя новую двойную связь или новую кольцевую структуру) и не требует энергии, тогда как синтетаза - это лигаза (лигаза представляет собой фермент, который связывает два химических вещества или соединения) и, следовательно, требует энергии. Тем не менее Совместная комиссия по биохимической номенклатуре (JCBN) диктует, что «синтаза» может использоваться с любым ферментом, катализирующим синтез (независимо от того, используются ли в нем нуклеозидтрифосфаты), тогда как «синтетаза» должна использоваться как синоним.[1]

Классификация

Лигазы классифицируются как 6 по К.Э. в Номер ЕС классификация ферментов. Лигазы можно разделить на шесть подклассов:

  • EC 6.1 включает лигазы, используемые для образования углерод-кислородных связей
  • EC 6.2 включает лигазы, используемые для образования углерод-серных связей
  • EC 6.3 включает лигазы, используемые для образования углерод-азотных связей (в том числе аргининосукцинатсинтетаза )
  • EC 6.4 включает лигазы, используемые для образования углерод-углеродных связей
  • EC 6.5 включает лигазы, используемые для образования фосфорный эфир облигации
  • 6.6 по К.Э. включает лигазы, используемые для образования связей азот-металл, как в хелатазы

Мембранно-ассоциированные лигазы

Некоторые лигазы ассоциируются с биологические мембраны в качестве белки периферической мембраны или закреплен через один трансмембранная спираль,[2] например некоторые убиквитинлигаза родственные белки.

Этимология и произношение

Слово лигаза использует комбинирование форм из лиг- (от латинский глагол лигаре, «связать» или «связать вместе») + -ase (обозначает фермент), что дает «связывающий фермент».

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ «Синтазы и лигазы». chem.qmul.ac.uk. Архивировано из оригинал 15 октября 2012 г.. Получено 28 июля, 2013.
  2. ^ Надсемейства однопроходных трансмембранных лигаз в База данных мембран