MetaCyc - MetaCyc

MetaCyc
Содержание
Описание	База данных метаболические пути и ферменты
Контакт
Исследовательский центр	SRI International
Авторы	Р. Каспи, Х. Ферстер, К.А. Фулчер, Л.А. Мюллер, Питер Карп
Основное цитирование	Caspi et al. (2014)
Дата выхода	1997
Доступ
Интернет сайт	метацик.org

В MetaCyc база данных одна из самых больших метаболические пути и ферменты базы данных в настоящее время доступны. Данные в базе данных собраны вручную из научной литературы и охватывают все области жизни. MetaCyc содержит обширную информацию о химических соединениях, реакциях, метаболических путях и ферментах. Данные собраны из более чем 58 000 публикаций.^[1]^[2]^[3]

MetaCyc был разработан для нескольких типов использования. Его часто используют как обширную онлайн-энциклопедию метаболизма. Кроме того, MetaCyc используется в качестве набора справочных данных для компьютерного прогнозирования метаболической сети организмов на основе их секвенированных геномов; он использовался для прогнозирования путей распространения для тысяч организмов, в том числе в Коллекция базы данных BioCyc. MetaCyc также используется в метаболическая инженерия и метаболомика исследование.

MetaCyc включает мини-обзоры путей и ферментов, которые предоставляют справочную информацию, а также соответствующие ссылки на литературу. Он также предоставляет обширные данные об отдельных ферментах с описанием их субъединичной структуры, кофакторов, активаторов и ингибиторов, субстратной специфичности и, при наличии, кинетических констант. Данные MetaCyc на метаболиты включает химические структуры, прогнозируемую стандартную энергию образования и ссылки на внешние базы данных. Реакции в MetaCyc представлены на визуальном дисплее, который включает в себя структуры всех компонентов. Реакции сбалансированы и включают числа EC, направление реакции, предсказанные сопоставления атомов, которые описывают соответствие между атомами в реагирующих соединениях и соединениях продукта, и вычисленные Свободная энергия Гиббса.

Все объекты в MetaCyc кликабельны и обеспечивают легкий доступ к связанным объектам. Например, на странице L-лизина перечислены все реакции, в которых участвует L-лизин, а также ферменты, которые их катализируют, и пути, по которым эти реакции происходят.

Рекомендации

^ ^а ^б Каспи Р., Альтман Т., Биллингтон Р., Дреер К., Ферстер Х., Фулчер Калифорния, Голландия Т.А., Кеселер И.М., Котари А., Кубо А., Крамменакер М., Латендресс М., Мюллер Л.А., Онг К., Палей С., Субхравети П., Уивер Д.С. , Вирасингхе Д., Чжан П., Карп П.Д. (январь 2014 г.). «База данных метаболических путей и ферментов MetaCyc и коллекция баз данных путей / генома BioCyc». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D473–9. Дои:10.1093 / нар / gkp875. ЧВК 2808959. PMID 19850718.
^ "Публикации MetaCyc".
^ Карп П.Д., Каспи Р. (сентябрь 2011 г.). «Обзор метаболических баз данных с акцентом на семейство MetaCyc». Arch. Токсикол. 85 (9): 1015–33. Дои:10.1007 / s00204-011-0705-2. ЧВК 3352032. PMID 21523460.

[pmid24225315-1] а ^б Каспи Р., Альтман Т., Биллингтон Р., Дреер К., Ферстер Х., Фулчер Калифорния, Голландия Т.А., Кеселер И.М., Котари А., Кубо А., Крамменакер М., Латендресс М., Мюллер Л.А., Онг К., Палей С., Субхравети П., Уивер Д.С. , Вирасингхе Д., Чжан П., Карп П.Д. (январь 2014 г.). «База данных метаболических путей и ферментов MetaCyc и коллекция баз данных путей / генома BioCyc». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D473–9. Дои:10.1093 / нар / gkp875. ЧВК 2808959. PMID 19850718.

[metacyc.org-2] "Публикации MetaCyc".

[pmid21523460-3] Карп П.Д., Каспи Р. (сентябрь 2011 г.). «Обзор метаболических баз данных с акцентом на семейство MetaCyc». Arch. Токсикол. 85 (9): 1015–33. Дои:10.1007 / s00204-011-0705-2. ЧВК 3352032. PMID 21523460.

[1]

[2]

[3]