Коллекция базы данных BioCyc - BioCyc database collection

BioCyc
Database.png
Содержание
ОписаниеИнструменты для навигации, визуализации и анализа базовых данных, а также для анализа данных omics
Контакт
Исследовательский центрSRI International
АвторыПитер Карп и другие
Дата выхода1997
Доступ
Интернет сайтбиоцикл.org

Биоцик база данных коллекция представляет собой набор специфических для организма Pathway / Геном Базы данных (PGDB). Они предоставляют ссылку на информацию о геноме и метаболических путях тысяч организмов.[1] По состоянию на декабрь 2016 года в BioCyc насчитывается 9300 баз данных. SRI International,[2] базируется в Менло-Парке, Калифорния, поддерживает семейство баз данных BioCyc.

Категории баз данных в BioCyc:

На основании выполненного вручную куратора семейство баз данных BioCyc разделено на 3 уровня:

1-го уровня: Базы данных, прошедшие не менее одного года ручного кураторства на основе литературы. В настоящее время на уровне 1 находится семь баз данных. Из семи MetaCyc это большая база данных, которая содержит почти 2500 метаболических путей многих организмов.[1][3] Другой важной базой данных уровня 1 является HumanCyc, которая содержит около 300 метаболических путей, обнаруженных у людей.[4] Остальные пять баз данных включают EcoCyc (Кишечная палочка),[5] AraCyc (Arabidopsis thaliana), YeastCyc (Saccharomyces cerevisiae), LeishCyc (Leishmania major Friedlin) и TrypanoCyc (Trypanosoma brucei).

Уровень 2: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений, но подверглись умеренному ручному лечению (большинство из них - от 1 до 4 месяцев). Базы данных уровня 2 доступны для ручного лечения учеными, которые интересуются каким-либо конкретным организмом. Базы данных уровня 2 в настоящее время содержат 43 различных базы данных организмов.

Уровень 3: Базы данных, которые были предсказаны с помощью вычислений с помощью PathoLogic и не обрабатывались вручную. Как и в случае с уровнем 2, базы данных уровня 3 также доступны для изучения заинтересованными учеными.

Программные инструменты в BioCyc:

Веб-сайт BioCyc содержит множество программных инструментов для поиска, визуализации, сравнения и анализа информации о геноме и путях. Он включает в себя браузер генома, а также браузеры для обмена веществ и регулирующие сети. На веб-сайте также есть инструменты для нанесения крупномасштабных («омических») наборов данных на метаболические и регуляторные сети, а также на геном.

Использование коллекции базы данных BioCyc в исследованиях:

Поскольку семейство баз данных BioCyc включает в себя длинный список баз данных по конкретным организмам, а также данные на разных уровнях системы в живой системе, их использование в исследованиях происходило в самых разных контекстах. Здесь выделены два исследования, которые показывают два разных варианта использования: одно в масштабе генома, а другое - по идентификации конкретных SNP (Полиморфизмы одиночных нуклеотидов ) в геноме.

AlgaGEM

AlgaGEM - это модель метаболической сети в масштабе генома для компартментализованной клетки водорослей, разработанная Gomes de Oliveira Dal’Molin et al.[6] на основе Хламидомонада Reinhardtii геном. Он имеет 866 уникальных ORF, 1862 метаболита, 2499 записей ассоциации ген-фермент-реакция и 1725 уникальных реакций. Одна из баз данных Pathway, используемых для реконструкции, - MetaCyc.

SNP

В исследовании Shimul Chowdhury et al.[7] показали, что связь материнских SNP и метаболитов, участвующих в путях гомоцистеина, фолиевой кислоты и транссульфурации, различается в случаях с врожденными пороками сердца (ВПС), в отличие от контроля. В исследовании использовался HumanCyc для выбора генов-кандидатов и SNP.

Рекомендации

  1. ^ а б Caspi, R .; Альтман, Т .; Dreher, K .; Fulcher, C.A .; Subhraveti, P .; Кеселер, И. М .; Kothari, A .; Krummenacker, M .; Latendresse, M .; Мюллер, Л. А .; Онг, Q .; Paley, S .; Pujar, A .; Shearer, A. G .; Трэверс, М .; Weerasinghe, D .; Zhang, P .; Карп, П. Д. (2011). "Мета Цикл база данных метаболических путей и ферментов и Bio Цикл сборник баз данных путей / генома ". Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Выпуск базы данных): D742–53. Дои:10.1093 / nar / gkr1014. ЧВК  3245006. PMID  22102576.
  2. ^ Домашняя страница из SRI International
  3. ^ Карп, Питер Д .; Каспи, Рон (2011). "Обзор метаболических баз данных с акцентом на мета Цикл семья". Архив токсикологии. 85 (9): 1015–33. Дои:10.1007 / s00204-011-0705-2. ЧВК  3352032. PMID  21523460.
  4. ^ Ромеро, Педро; Вагг, Джонатан; Грин, Мишель Л; Кайзер, Дейл; Крамменакер, Маркус; Карп, Питер Д. (2004). «Вычислительное предсказание метаболических путей человека на основе полного генома человека». Геномная биология. 6 (1): R2. Дои:10.1186 / gb-2004-6-1-r2. ЧВК  549063. PMID  15642094.
  5. ^ Кеселер, И. М .; Collado-Vides, J .; Сантос-Завалета, А .; Перальта-Гил, М .; Гама-Кастро, С .; Muniz-Rascado, L .; Bonavides-Martinez, C .; Paley, S .; Krummenacker, M .; Альтман, Т .; Kaipa, P .; Сполдинг, А .; Pacheco, J .; Latendresse, M .; Fulcher, C .; Саркер, М .; Shearer, A. G .; MacKie, A .; Paulsen, I .; Gunsalus, R.P .; Карп, П. Д. (2010). «Эко Цикл: Полная база данных по биологии кишечной палочки ". Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D583–90. Дои:10.1093 / nar / gkq1143. ЧВК  3013716. PMID  21097882.
  6. ^ Dal'Molin, C.G .; Quek, L.E .; Palfreyman, R.W .; Нильсен, Л. К. (2011). «AlgaGEM - метаболическая реконструкция водорослей в масштабе генома на основе генома Chlamydomonas reinhardtii». BMC Genomics. 12 Дополнение 4: S5. Дои:10.1186 / 1471-2164-12-S4-S5. ЧВК  3287588. PMID  22369158.
  7. ^ Чоудхури, S; Hobbs, C.A .; MacLeod, S.L .; Cleves, M. A .; Мельник, С; Джеймс, С. Дж .; Ху, П; Эриксон, С. В. (2012). «Связь между материнскими генотипами и метаболитами, участвующими в врожденных пороках сердца». Молекулярная генетика и метаболизм. 107 (3): 596–604. Дои:10.1016 / j.ymgme.2012.09.022. ЧВК  3523122. PMID  23059056.