Изофермент липоамидкиназы пируватдегидрогеназы 1 - Pyruvate dehydrogenase lipoamide kinase isozyme 1

Не путать с мастер-киназой PDK1, 3-фосфоинозитид-зависимая протеинкиназа (PDPK1).

PDK1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2Q8F, 2Q8G, 2Q8H
Идентификаторы
Псевдонимы	PDK1, entrez: 5163, пируватдегидрогеназа киназа 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 602524 MGI: 1926119 ГомолоГен: 134437 Генные карты: PDK1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[1] Группа 2q31.1 Начинать 172,555,373 бп[1] Конец 172,608,669 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 C3 Начинать 71,873,224 бп[2] Конец 71,903,858 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Онтология генов Молекулярная функция • трансферазная активность • связывание нуклеотидов • активность протеинкиназы • киназная активность • GO: 0001948 связывание с белками • Связывание АТФ • активность пируватдегидрогеназы (ацетилпереносящей) киназы Сотовый компонент • митохондриальный пируватдегидрогеназный комплекс • митохондриальный матрикс • ядро клетки • ядрышко • митохондрия Биологический процесс • внутренний апоптотический сигнальный путь в ответ на окислительный стресс • фосфорилирование • сигнальный путь альфа-фактора, индуцируемого гипоксией • регуляция процесса биосинтеза ацетил-КоА из пирувата • регулирование метаболического процесса глюкозы • метаболический процесс глюкозы • клеточная пролиферация • фосфорилирование белков • углеводный обмен Источники:Амиго / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5163	228026
Ансамбль	ENSG00000152256	ENSMUSG00000006494
UniProt	Q15118	Q8BFP9
RefSeq (мРНК)	NM_001278549 NM_002610	NM_172665 NM_001360002
RefSeq (белок)	NP_001265478 NP_002601	NP_766253 NP_001346931
Расположение (UCSC)	Chr 2: 172,56 - 172,61 Мб	Chr 2: 71,87 - 71,9 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Изофермент 1 липоамидкиназы пируватдегидрогеназы, митохондриальный является фермент что у людей кодируется PDK1 ген.^[5][6] Он кодирует изофермент из киназа пируватдегидрогеназы (ПДК).

Пируватдегидрогеназа (PDH) является частью митохондриальный мультиферментный комплекс, который катализирует окислительное декарбоксилирование пирувата и является одним из основных ферментов, ответственных за регуляцию гомеостаз углеводного топлива у млекопитающих. Ферментативная активность регулируется фосфорилирование / цикл дефосфорилирования. Фосфорилирование PDH специфической киназой пируватдегидрогеназы (PDK) приводит к инактивации.^[6]

Структура

Зрелый белок, кодируемый PDK4 ген содержит 407 аминокислоты в своей последовательности. Чтобы сформировать активный белок, две полипептидные цепи объединяются, образуя открытую конформацию.^[6] В каталитический домен PDK1 может существовать отдельно в клетках и важен для регуляции субстрата PDK1. Исследования кристаллической структуры предполагают, что PIF-карман также расположен в каталитическом домене.^[7]

Функция

Комплекс пируватдегидрогеназы (ПДГ) должен строго регулироваться из-за его центральной роли в общем метаболизме. Внутри комплекса есть три остатка серина в компоненте E1, которые являются сайтами фосфорилирования; это фосфорилирование инактивирует комплекс. У людей было четыре изоферменты киназы пируватдегидрогеназы, которые, как было показано, фосфорилируют эти три сайта: PDK1, PDK2, PDK3, и PDK4. PDK1 - единственный фермент, способный фосфорилировать 3-й сайт серина. Когда тиаминпирофосфатаза (TPP) кофермент связывается, скорость фосфорилирования всеми четырьмя изоферментами резко снижается; в частности, включение фосфатных групп PDK1 в сайты 2 и 3 значительно снижается.^[8]

Регулирование

Семейство пируватдегидрогеназ, являющееся первичными регуляторами решающего этапа центрального метаболического пути, жестко регулируется множеством факторов. Было показано, что активность PDK снижается у людей, потребляющих диету с высоким содержанием n-3 жирные кислоты; однако активность PDH осталась неизменной.^[9] Кроме того, PDK1 ингибируется AZD7545 и дихлоруксусная кислота (DCA); механизмом было обнаружено, что трифторметилпропанамидный конец AZD7545 выступает в липоил-связывающий карман PDK1. Дихлоруксусная кислота обнаружена возле пучка спиралей в N-концевой домен PDK1. Связанный DCA способствует локальным конформационным изменениям, которые передаются как в нуклеотид-связывающие, так и в липоил-связывающие карманы PDK1, что приводит к инактивации киназной активности.^[10]

Клиническое значение

PDK1 актуален при различных клинических состояниях во всем организме. Поскольку PDK1 регулирует комплекс PDH, было доказано, что он является важным регулятором в некоторых клетках, включая бета-клетки в островках поджелудочной железы. Чтобы оптимизировать стимулирование глюкозы инсулин секреция (GSIS), основная функция поджелудочной железы, должна поддерживаться низкая активность PDK1, чтобы поддерживать PDH в дефосфорилированном и активном состоянии.^[11]Поддержание низкого уровня PDK1 также оказалось полезным в определенных областях мозга, поскольку придает высокую толерантность к амилоид бета, метаболит, который напрямую связан с развитием Болезнь Альцгеймера.^[12]

Рак

Повсеместная роль этого гена позволяет участвовать в различных патологиях болезней, включая рак. PDK1 мРНК экспрессия в значительной степени связана с прогрессированием опухоли; Фактически, присутствие PDK1 может служить прогностическим маркером, указывающим на уровень успеха, которого может достичь пациент. В частности, это может служить биомаркером у пациентов с рак желудка. В координации ингибитор дихлоруксусная кислота может использоваться в будущем в качестве варианта лечения пациентов с этим типом рака.^[13] PDK1, поскольку он регулирует гипоксия и лактат продукции, связана с плохим исходом у пациентов с плоскоклеточный рак головы и шеи.^[14][15] Накопление гликолитических метаболитов может способствовать Фактор, индуцирующий гипоксию (HIF) активация, которая создает прямая связь петля для прогрессирования злокачественного новообразования. Таким образом, использование HIF-1 в качестве метаболита для регуляции PDK1 рассматривается как еще один потенциальный способ лечения этого типа рака, либо отдельно, либо в тандеме с другими методами лечения.^[16][17] В дальнейшем разработанном исследовании комбинировали PDK1 и CHK1 было показано, что ингибирование необходимо для уничтожения глиобластома стволовые клетки in vitro и in vivo.^[18]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000152256 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000006494 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Гуди Р., Боукер-Кинли М.М., Кедишвили Н.Ю., Чжао Ю., Попов К.М. (январь 1996 г.). «Разнообразие семейства генов киназы пируватдегидрогеназы у людей». J Biol Chem. 270 (48): 28989–94. Дои:10.1074 / jbc.270.48.28989. PMID  7499431.
6. «Ген Entrez: киназа пируватдегидрогеназы PDK1, изофермент 1».
7. Пак Дж., Ли И, Ким С.Х., Конг Дж., Шреста Р., Тран Кью, Хонг Дж., Хур Г.М., Хеммингс Б.А., Ку Б.С., Пак Дж. (Ноябрь 2013 г.). «Характеристика фрагментированной 3-фосфоинситид-зависимой протеинкиназы-1 (PDK1) фосфозит-специфическими антителами». Науки о жизни. 93 (18–19): 700–6. Дои:10.1016 / j.lfs.2013.09.007. PMID  24044887.
8. Колобова Е., Туганова А., Булатников И., Попов К.М. (август 2001 г.). «Регулирование активности пируватдегидрогеназы посредством фосфорилирования в нескольких сайтах». Биохимический журнал. 358 (Пт 1): 69–77. Дои:10.1042/0264-6021:3580069. ЧВК  1222033. PMID  11485553.
9. Turvey EA, Heigenhauser GJ, Parolin M, Peters SJ (январь 2005 г.). «Повышенное содержание n-3 жирных кислот в диете с высоким содержанием жиров ослабляет увеличение активности киназы PDH, но не активности PDH в скелетных мышцах человека». Журнал прикладной физиологии. 98 (1): 350–5. Дои:10.1152 / japplphysiol.00604.2005. PMID  15591305.
10. Като М., Ли Дж., Чуанг Дж. Л., Чуанг Д. Т. (август 2007 г.). «Четкие структурные механизмы ингибирования изоформ киназы пируватдегидрогеназы с помощью AZD7545, дихлорацетата и радицикола». Структура. 15 (8): 992–1004. Дои:10.1016 / j.str.2007.07.001. ЧВК  2871385. PMID  17683942.
11. Крус Ю., Котова О., Шпегель П., Халлгард Э., Шаройко В.В., Ведин А., Мориц Т., Сагден М.С., Кук Т., Малдер Х. (июль 2010 г.). «Пируватдегидрогеназа киназа 1 контролирует митохондриальный метаболизм и секрецию инсулина в клональных бета-клетках INS-1 832/13» (PDF). Биохимический журнал. 429 (1): 205–13. Дои:10.1042 / BJ20100142. PMID  20415663.
12. Ньюингтон Дж. Т., Раппон Т., Альберс С., Вонг Д. Я., Рилетт Р. Дж., Камминг Р. К. (октябрь 2012 г.). «Сверхэкспрессия киназы 1 пируватдегидрогеназы и лактатдегидрогеназы A в нервных клетках придает устойчивость к амилоиду β и другим токсинам за счет снижения митохондриального дыхания и продукции активных форм кислорода». Журнал биологической химии. 287 (44): 37245–58. Дои:10.1074 / jbc.M112.366195. ЧВК  3481323. PMID  22948140.
13. Hur H, Xuan Y, Kim YB, Lee G, Shim W, Yun J, Ham IH, Han SU (январь 2013 г.). «Экспрессия киназы-1 пируватдегидрогеназы при раке желудка как потенциальная терапевтическая мишень». Международный журнал онкологии. 42 (1): 44–54. Дои:10.3892 / ijo.2012.1687. ЧВК  3583751. PMID  23135628.
14. Вигфилд С.М., Винтер СК, Гиатроманолаки А., Тейлор Дж., Кукуракис М.Л., Харрис А.Л. (июнь 2008 г.). «PDK-1 регулирует выработку лактата при гипоксии и связан с плохим прогнозом при плоскоклеточном раке головы и шеи». Британский журнал рака. 98 (12): 1975–84. Дои:10.1038 / sj.bjc.6604356. ЧВК  2441961. PMID  18542064.
15. Hitosugi T, Fan J, Chung TW, Lythgoe K, Wang X, Xie J, Ge Q, Gu TL, Polakiewicz RD, Roesel JL, Chen GZ, Boggon TJ, Lonial S, Fu H, Khuri FR, Kang S, Chen J (Декабрь 2011 г.). «Фосфорилирование тирозина митохондриальной киназы пируватдегидрогеназы 1 важно для метаболизма рака». Молекулярная клетка. 44 (6): 864–77. Дои:10.1016 / j.molcel.2011.10.015. ЧВК  3246218. PMID  22195962.
16. Ким Дж. В., Чернышёв И., Семенза Г. Л., Данг CV (март 2006 г.). «HIF-1-опосредованная экспрессия киназы пируватдегидрогеназы: метаболический переключатель, необходимый для клеточной адаптации к гипоксии». Клеточный метаболизм. 3 (3): 177–85. Дои:10.1016 / j.cmet.2006.02.002. PMID  16517405.
17. McFate T, Mohyeldin A, Lu H, Thakar J, Henriques J, Halim ND, Wu H, Schell MJ, Tsang TM, Teahan O, Zhou S, Califano JA, Jeoung NH, Harris RA, Verma A (август 2008 г.). «Активность комплекса пируватдегидрогеназы контролирует метаболический и злокачественный фенотип в раковых клетках». Журнал биологической химии. 283 (33): 22700–8. Дои:10.1074 / jbc.M801765200. ЧВК  2504897. PMID  18541534.
18. Синьор M, Pelacchi F, ди Мартино S, Runci D, Biffoni M, Giannetti S, Morgante L, De Majo M, Petricoin EF, Stancato L, Larocca LM, De Maria R, Pallini R, Ricci-Vitiani L (8 мая 2014 г. ). «Комбинированное ингибирование PDK1 и CHK1 необходимо для уничтожения стволовых клеток глиобластомы in vitro и in vivo». Смерть и болезнь клеток. 5 (5): e1223. Дои:10.1038 / cddis.2014.188. ЧВК  4047898. PMID  24810059.

дальнейшее чтение

• Sugden MC, Холнесс MJ (2003). «Последние достижения в механизмах, регулирующих окисление глюкозы на уровне пируватдегидрогеназного комплекса с помощью PDK». Являюсь. J. Physiol. Эндокринол. Метаб. 284 (5): E855–62. Дои:10.1152 / ajpendo.00526.2002. PMID  12676647.
• Лю С., Бейкер Дж. С., Эндрюс П.С., Рош TE (1995). «Рекомбинантная экспрессия и оценка липоильных доменов дигидролипоилацетилтрансферазного компонента пируватдегидрогеназного комплекса человека». Arch. Biochem. Биофизы. 316 (2): 926–40. Дои:10.1006 / abbi.1995.1124. PMID  7864652.
• Колобова Е., Туганова А., Булатников И., Попов К.М. (2001). «Регулирование активности пируватдегидрогеназы посредством фосфорилирования в нескольких сайтах». Biochem. J. 358 (Пт 1): 69–77. Дои:10.1042/0264-6021:3580069. ЧВК  1222033. PMID  11485553.
• Короткина Л.Г., Патель М.С. (2001). «Сайт-специфичность четырех изоферментов киназы пируватдегидрогеназы по отношению к трем сайтам фосфорилирования пируватдегидрогеназы человека». J. Biol. Chem. 276 (40): 37223–9. Дои:10.1074 / jbc.M103069200. PMID  11486000.
• Туганова А, Булатников И, Попов К.М. (2002). «Взаимодействие между отдельными изоферментами киназы пируватдегидрогеназы и внутренним липоил-несущим доменом трансацетилазного компонента пируватдегидрогеназного комплекса». Biochem. J. 366 (Пт 1): 129–36. Дои:10.1042 / BJ20020301. ЧВК  1222743. PMID  11978179.