Протопорфириногеноксидаза - Protoporphyrinogen oxidase

PPOX
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3НК, 4IVM, 4IVO
Идентификаторы
Псевдонимы	PPOX, PPO, V290M, VP, протопорфириногеноксидаза
Внешние идентификаторы	OMIM: 600923 MGI: 104968 ГомолоГен: 262 Генные карты: PPOX
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1q23.3 Начинать 161,166,056 бп[1] Конец 161,178,013 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 1 (мышь)[2] Группа 1 | 1 H3 Начинать 171,275,990 бп[2] Конец 171,281,186 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание флавинаденин динуклеотидов • оксидоредуктазная активность • кислородзависимая активность протопорфириногеноксидазы Сотовый компонент • митохондриальная внутренняя мембрана • митохондриальное межмембранное пространство • внутренний компонент внутренней мембраны митохондрий • мембрана • митохондрия • неотъемлемый компонент внутренней митохондриальной мембраны • митохондриальные мембраны Биологический процесс • процесс биосинтеза гема • протопорфириноген IX метаболический процесс • окислительно-восстановительный процесс • биосинтетический процесс протопорфириногена IX • ответ на наркотик • процесс биосинтеза порфиринсодержащих соединений Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	5498	19044
Ансамбль	ENSG00000143224	ENSMUSG00000062729
UniProt	P50336	P51175
RefSeq (мРНК)	NM_000309 NM_001122764 NM_001350128 NM_001350129 NM_001350130 NM_001350131 NM_001365398 NM_001365399 NM_001365400 NM_001365401	NM_008911
RefSeq (белок)	NP_000300 NP_001116236 NP_001337057 NP_001337058 NP_001337059 NP_001337060	NP_032937
Расположение (UCSC)	Chr 1: 161.17 - 161.18 Мб	Chr 1: 171.28 - 171.28 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

протопорфириногеноксидаза
Синтез гема - обратите внимание, что некоторые реакции происходят в цитоплазма и некоторые в митохондрия (желтый)
Идентификаторы
Номер ЕС	1.3.3.4
Количество CAS	53986-32-6
Базы данных
IntEnz	Просмотр IntEnz
БРЕНДА	BRENDA запись
ExPASy	Просмотр NiceZyme
КЕГГ	Запись в KEGG
MetaCyc	метаболический путь
ПРИАМ	профиль
PDB структуры	RCSB PDB PDBe PDBsum
Генная онтология	AmiGO / QuickGO
Поиск ЧВК статьи PubMed статьи NCBI белки

Протопорфириногеноксидаза является фермент что у людей кодируется PPOX ген.^[5][6][7]

Протопорфириногеноксидаза отвечает за седьмой этап биосинтеза протопорфирин IX. Этот порфирин является предшественником гемоглобин, то кислород переносчик в животных и хлорофилл, краситель в растениях. Фермент катализирует дегидрирование (удаление водород атомов) протопорфириногена IX (продукт шестой стадии производства гема) с образованием протопорфирина IX. Еще один фермент должен модифицировать протопорфирин IX, прежде чем он станет гемом. Ингибирование этого фермента - стратегия, используемая в некоторых гербициды.

Ген

Ген PPOX расположен на длинном (q) плече хромосома 1 в позиции 22, от базовая пара 157 949 266 к базовой паре 157 954 082.

Функция

Этот ген кодирует предпоследний фермент биосинтеза гема, который катализирует 6-электронное окисление протопорфириноген IX формировать протопорфирин IX. Этот белок представляет собой флавопротеин связанные с внешней поверхностью внутренняя митохондриальная мембрана.^[7]

Путь биосинтеза гема

Следующие гены кодируют ферменты, которые катализируют различные стадии гема. биосинтетический путь:

• ALAD: аминолевулинат, дельта-, дегидратаза
• ALAS1: аминолевулинат, дельта-, синтаза 1
• ALAS2: аминолевулинат, дельта-, синтаза 2 (сидеробластная / гипохромная анемия)
• CPOX: копропорфириногеноксидаза
• FECH: феррохелатаза (протопорфирия)
• HMBS: гидроксиметилбилансинтаза
• PPOX: протопорфириногеноксидаза
• UROD: уропорфириноген декарбоксилаза
• UROS: синтаза уропорфириноген III (врожденная эритропоэтическая порфирия)

Клиническое значение

Разнообразная порфирия вызвано мутациями в гене PPOX. В гене PPOX идентифицировано более 100 мутаций, которые могут вызывать пеструю порфирию. Одна мутация, замена аминокислота триптофан за аргинин в позиции 59 (также обозначаемой как Arg59Trp или R59W) встречается примерно в 95 процентах Южноафриканский семьи с пестролистной порфирией. Мутации в гене PPOX снижают активность фермента, вырабатываемого этим геном, позволяя побочным продуктам производства гема накапливаться в организме. Это накопление в сочетании с негенетическими факторами (такими как некоторые лекарства, алкоголь и диета), вызывает этот тип порфирии.

Смотрите также

• порфирин

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000143224 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000062729 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Такетани С., Инадзава Дж., Абэ Т., Фурукава Т., Коно Х., Токунага Р., Нисимура К., Инокучи Х. (октябрь 1995 г.). «Ген протопорфириногеноксидазы человека (PPOX): организация и расположение в хромосоме 1». Геномика. 29 (3): 698–703. Дои:10.1006 / geno.1995.9949. PMID  8575762.
6. Фрэнк Дж., МакГрат Дж. А., По-Фитцпатрик МБ, Хок Дж. Л., Кристиано А. М. (июль 1999 г.). «Мутации в кодоне инициации трансляции гена протопорфириногеноксидазы лежат в основе разнообразной порфирии». Клиническая и экспериментальная дерматология. 24 (4): 296–301. Дои:10.1046 / j.1365-2230.1999.00484.x. PMID  10457135.
7. «Ген Entrez: протопорфириногеноксидаза PPOX».

дальнейшее чтение

• Старейшина Г.Х. (1998). «Генетические дефекты порфирий: типы и значение». Клиники дерматологии. 16 (2): 225–33. Дои:10.1016 / S0738-081X (97) 00202-2. PMID  9554235.
• Манели М.Х., Корригалл А.В., Кламп Х.Х., Дэвидс Л.М., Кирш Р.Э., Мейснер П.Н. (август 2003 г.). «Кинетическая и физическая характеристика рекомбинантных дикого типа и мутантных протопорфириногеноксидаз человека». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Белки и протеомика. 1650 (1–2): 10–21. Дои:10.1016 / с1570-9639 (03) 00186-9. PMID  12922165.
• Морган Р.Р., Эррингтон Р., старейшина Г.Х. (январь 2004 г.). «Идентификация последовательностей, необходимых для импорта протопорфириногеноксидазы человека в митохондрии». Биохимический журнал. 377 (Чт 2): 281–7. Дои:10.1042 / BJ20030978. ЧВК  1223874. PMID  14535846.
• Sassa S, Kappas A (февраль 2000 г.). «Молекулярные аспекты наследственных порфирий». Журнал внутренней медицины. 247 (2): 169–78. Дои:10.1046 / j.1365-2796.2000.00618.x. PMID  10692079.
• Нисимура К., Такетани С., Инокучи Х. (апрель 1995 г.). «Клонирование человеческой кДНК для протопорфириногеноксидазы путем комплементации in vivo мутанта hemG Escherichia coli». Журнал биологической химии. 270 (14): 8076–80. Дои:10.1074 / jbc.270.14.8076. PMID  7713909.
• Дейли Т.А., Мейснер П., Дейли А.А. (январь 1994 г.). «Экспрессия клонированной протопорфириногеноксидазы». Журнал биологической химии. 269 (2): 813–5. PMID  8288631.
• Дейли Т.А., Дейли Х.А., Мейснер П., Прасад АР (декабрь 1995 г.). «Клонирование, последовательность и экспрессия протопорфириногеноксидазы мыши». Архивы биохимии и биофизики. 324 (2): 379–84. Дои:10.1006 / abbi.1995.0051. PMID  8554330.
• Meissner PN, Dailey TA, Hift RJ, Ziman M, Corrigall AV, Roberts AG, Meissner DM, Kirsch RE, Dailey HA (май 1996). «Мутация R59W в протопорфириногеноксидазе человека приводит к снижению ферментативной активности и распространена у южноафриканцев с пестрой порфирией». Природа Генетика. 13 (1): 95–7. Дои:10.1038 / ng0596-95. PMID  8673113.
• Дейли Т.А., Дейли Х.А. (январь 1996 г.). «Протопорфириногеноксидаза человека: экспрессия, очистка и характеристика клонированного фермента». Белковая наука. 5 (1): 98–105. Дои:10.1002 / pro.5560050112. ЧВК  2143237. PMID  8771201.
• Пюи Х., Робро А.М., Росипал Р., Нордманн Ю., Дейбах Дж. С. (сентябрь 1996 г.). «Протопорфириногеноксидаза: полная геномная последовательность и полиморфизмы в гене человека». Сообщения о биохимических и биофизических исследованиях. 226 (1): 226–30. Дои:10.1006 / bbrc.1996.1337. PMID  8806618.
• Deybach JC, Puy H, Robréau AM, Lamoril J, Da Silva V, Grandchamp B, Nordmann Y (март 1996). «Мутации в гене протопорфириногеноксидазы у пациентов с пестрой порфирией». Молекулярная генетика человека. 5 (3): 407–10. Дои:10.1093 / hmg / 5.3.407. PMID  8852667.
• Лам Х., Драган Л., Цоу Х.С., Мерк Х., Пикок М., Герц Г., Сасса С., По-Фитцпатрик М., Бикерс Д.Р., Кристиано А.М. (январь 1997 г.). «Молекулярная основа пестрой порфирии: мутация вставки de novo в гене протопорфириногеноксидазы». Генетика человека. 99 (1): 126–9. Дои:10.1007 / s004390050325. PMID  9003509.
• Дейли Х.А., Дейли Т.А. (февраль 1997 г.). «Характеристики протопорфириногеноксидазы человека в контроле и пестрые порфирии». Клеточная и молекулярная биология. 43 (1): 67–73. PMID  9074790.
• Франк Дж., По-Фитцпатрик МБ, Кинг Л. Е., Кристиано А. М. (август 1998 г.). «Генетическая основа пестрой порфирии« Scarsdale Gourmet Diet »: миссенс-мутация в гене протопорфириногеноксидазы». Архив дерматологических исследований. 290 (8): 441–5. Дои:10.1007 / s004030050333. PMID  9763307.
• Робертс А.Г., Пуй Х., Дейли Т.А., Морган Р.Р., Ватли С.Д., Дейли Х.А., Мартасек П., Нордманн Ю., Дейбах Дж. К., старейшина Г. Х. (ноябрь 1998 г.). «Молекулярная характеристика гомозиготной пестрой порфирии». Молекулярная генетика человека. 7 (12): 1921–5. Дои:10.1093 / hmg / 7.12.1921. PMID  9811936.
• Ватли С.Д., Пуй Х., Морган Р.Р., Робро А.М., Робертс А.Г., Нордманн Ю., старейшина Г.Х., Дейбах Дж.С. (октябрь 1999 г.). «Разнообразная порфирия в Западной Европе: выявление мутаций гена PPOX в 104 семьях, степень аллельной гетерогенности и отсутствие корреляции между фенотипом и типом мутации». Американский журнал генетики человека. 65 (4): 984–94. Дои:10.1086/302586. ЧВК  1288269. PMID  10486317.
• Сузуки Ю., Исихара Д., Сасаки М., Накагава Х., Хата Х, Цунода Т., Ватанабэ М., Комацу Т., Ота Т., Исогай Т., Суяма А., Сугано С. (март 2000 г.). «Статистический анализ 5'-нетранслируемой области мРНК человека с использованием библиотек кДНК« олиго-кэпированных »». Геномика. 64 (3): 286–97. Дои:10.1006 / geno.2000.6076. PMID  10756096.
• Корригалл А.В., Хифт Р.Дж., Дэвидс Л.М., Хэнкок В., Мейснер Д., Кирш Р.Э., Мейснер П.Н. (апрель 2000 г.). «Гомозиготная пестролистная порфирия в Южной Африке: генотипический анализ в двух случаях». Молекулярная генетика и метаболизм. 69 (4): 323–30. Дои:10.1006 / мг.2000.2975. PMID  10870850.
• Кауппинен Р., Тимонен К., фон унд цу Фраунберг М., Лайтинен Э., Ахола Х., Тенхунен Р., Такетани С., Мустайоки П. (апрель 2001 г.). «Гомозиготная пестрая порфирия: наблюдение через 20 лет и характеристика молекулярного дефекта». Журнал следственной дерматологии. 116 (4): 610–3. Дои:10.1046 / j.1523-1747.2001.01293.x. PMID  11286631.
• Палмер Р.А., старейшина Г.Х., Барретт Д.Ф., Кеохан С.Г. (апрель 2001 г.). «Гомозиготная пестрая порфирия: сложная гетерозигота с новыми мутациями в гене протопорфириногеноксидазы». Британский журнал дерматологии. 144 (4): 866–9. Дои:10.1046 / j.1365-2133.2001.04147.x. PMID  11298551.
• Корригалл А.В., Хифт Р.Дж., Дэвидс Л.М., Хэнкок В., Мейснер Д., Кирш Р.Э., Майснер П.Н. (май 2001 г.). «Идентификация первой мутации пестрой порфирии у коренных чернокожих южноафриканцев и дальнейшее доказательство гетерогенности пестрой порфирии». Молекулярная генетика и метаболизм. 73 (1): 91–6. Дои:10.1006 / mgme.2001.3163. PMID  11350188.
• Доннелли Дж. Г., Детомб С., Хиндмарш Дж. Т. (2002). «Одноцепочечный конформационный полиморфизм и денатурирующий градиентный гель-электрофорез в скрининге на разнообразную порфирию: идентификация двух новых мутаций». Анналы клинической и лабораторной науки. 32 (2): 107–13. PMID  12017191.

внешняя ссылка

• PDBe-KB предоставляет обзор всей структурной информации, доступной в PDB для протопорфириногеноксидазы человека