TRAF6 - TRAF6

TRAF6
Белок TRAF6 PDB 1lb4.png
Доступные конструкции
PDBПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыTRAF6, MGC: 3310, RNF85, фактор 6, связанный с рецептором TNF
Внешние идентификаторыOMIM: 602355 MGI: 108072 ГомолоГен: 3395 Генные карты: TRAF6
Расположение гена (человек)
Хромосома 11 (человек)
Chr.Хромосома 11 (человек)[1]
Хромосома 11 (человек)
Геномное расположение TRAF6
Геномное расположение TRAF6
Группа11p12Начинать36,483,769 бп[1]
Конец36,510,272 бп[1]
Экспрессия РНК шаблон
PBB GE TRAF6 205558 в формате fs.png
Дополнительные данные эталонного выражения
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Entrez
Ансамбль
UniProt
RefSeq (мРНК)

NM_145803
NM_004620

NM_009424
NM_001303273

RefSeq (белок)

NP_004611
NP_665802

NP_001290202
NP_033450

Расположение (UCSC)Chr 11: 36,48 - 36,51 МбChr 2: 101,68 - 101,7 Мб
PubMed поиск[3][4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человекаПросмотр / редактирование мыши

TRAF6 это TRAF человеческий белок.

Функция

Белок, кодируемый этим геном, является членом семейства белков фактора, ассоциированного с рецептором TNF (TRAF). Белки TRAF связаны и опосредуют передачу сигнала от членов суперсемейства рецепторов TNF. Этот белок опосредует передачу сигналов не только от членов суперсемейства рецепторов TNF, но также от членов семейства Toll / IL-1. Было показано, что сигналы от рецепторов, таких как CD40, TNFSF11 / TRANCE / RANKL и IL-1, опосредуются этим белком. Этот белок также взаимодействует с различными протеинкиназами, включая ИРАК1 / ИРАК, SRC и PKCzeta, который обеспечивает связь между отдельными сигнальными путями. Этот белок функционирует как преобразователь сигнала в пути NF-kappaB, который активирует киназу IkappaB (IKK) в ответ на провоспалительные цитокины. Было обнаружено, что взаимодействие этого белка с UBE2N / UBC13 и UBE2V1 / UEV1A, которые представляют собой конъюгированные с убиквитином ферменты, катализирующие образование полиубиквитиновых цепей, необходимо для активации IKK этим белком. Сообщалось о двух альтернативно сплайсированных вариантах транскриптов, кодирующих идентичные белки.[5]

Сигнальный путь толл-подобных рецепторов. Пунктирные серые линии представляют неизвестные ассоциации

Взаимодействия

TRAF6 был показан взаимодействовать с:

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции TRAF6. Условный нокаутирующая мышь линия называется Traf6tm2a (EUCOMM) Wtsi был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.[44] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг[45] для определения последствий удаления.[46][47][48][49] Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование[50]

Рекомендации

  1. ^ а б c ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000175104 - Ансамбль, Май 2017
  2. ^ а б c GRCm38: выпуск ансамбля 89: ENSMUSG00000027164 - Ансамбль, Май 2017
  3. ^ "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  4. ^ "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
  5. ^ «Ген Entrez: фактор 6, связанный с рецептором TRAF6 TNF».
  6. ^ Нишито Х., Сайто М., Мочида Й., Такеда К., Накано Х., Роте М., Миядзоно К., Итиджо Х. (сентябрь 1998 г.). «ASK1 необходим для активации JNK / SAPK с помощью TRAF2». Мол. Клетка. 2 (3): 389–95. Дои:10.1016 / с1097-2765 (00) 80283-х. PMID  9774977.
  7. ^ Хёфлич К.П., Йе В.К., Яо З., Мак Т.В., Вудгетт-младший (октябрь 1999 г.). «Посредничество эффекторных функций фактора, связанного с рецептором TNF, с помощью киназы-1, регулирующей сигнал апоптоза (ASK1)». Онкоген. 18 (42): 5814–20. Дои:10.1038 / sj.onc.1202975. PMID  10523862.
  8. ^ а б Мочида Ю., Такеда К., Сайто М., Нишито Х., Амагаса Т., Ниномия-Цудзи Дж., Мацумото К., Ичидзё Х. (октябрь 2000 г.). «ASK1 ингибирует индуцированную интерлейкином-1 активность NF-каппа B за счет нарушения взаимодействия TRAF6-TAK1». J. Biol. Chem. 275 (42): 32747–52. Дои:10.1074 / jbc.M003042200. PMID  10921914.
  9. ^ Цукамото Н., Кобаяши Н., Адзума С., Ямамото Т., Иноуэ Дж. (Февраль 1999 г.). «Два по-разному регулируемые пути активации ядерного фактора kappaB, запускаемые цитоплазматическим хвостом CD40». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 96 (4): 1234–9. Дои:10.1073 / pnas.96.4.1234. ЧВК  15446. PMID  9990007.
  10. ^ Рой Н., Деверо К.Л., Такахаши Р., Сальвесен Г.С., Рид Дж.С. (декабрь 1997 г.). «Белки c-IAP-1 и c-IAP-2 являются прямыми ингибиторами конкретных каспаз». EMBO J. 16 (23): 6914–25. Дои:10.1093 / emboj / 16.23.6914. ЧВК  1170295. PMID  9384571.
  11. ^ Бай С., Чжа Дж., Чжао Х., Росс Ф.П., Тейтельбаум С.Л. (ноябрь 2008 г.). «Фактор 6, связанный с рецептором фактора некроза опухоли, представляет собой внутриядерный коактиватор транскрипции в остеокластах». J. Biol. Chem. 283 (45): 30861–7. Дои:10.1074 / jbc.M802525200. ЧВК  2662164. PMID  18768464.
  12. ^ У И, Лю Дж, Чжан З, Хуанг Х, Шэнь Дж, Чжан С., Цзян Ю, Ло Л, Инь З (январь 2009 г.). «HSP27 регулирует активацию IKK, стимулированную IL-1, взаимодействуя с TRAF6 и влияя на его убиквитинирование». Клетка. Сигнал. 21 (1): 143–50. Дои:10.1016 / j.cellsig.2008.10.001. PMID  18950704.
  13. ^ а б Виндхейм М., Стаффорд М., Пегги М., Коэн П. (март 2008 г.). «Интерлейкин-1 (IL-1) индуцирует Lys63-связанное полиубиквитинирование киназы 1, связанной с рецептором IL-1, для облегчения связывания NEMO и активации киназы IkappaBalpha». Мол. Клетка. Биол. 28 (5): 1783–91. Дои:10.1128 / MCB.02380-06. ЧВК  2258775. PMID  18180283.
  14. ^ а б Ламот Б., Кампос А.Д., Вебстер В.К., Гопинатан А., Хур Л., Дарней Б.Г. (сентябрь 2008 г.). «Домен RING и первый цинковый палец TRAF6 координируют передачу сигналов интерлейкином-1, липополисахаридом и RANKL». J. Biol. Chem. 283 (36): 24871–80. Дои:10.1074 / jbc.M802749200. ЧВК  2529010. PMID  18617513.
  15. ^ а б Chen F, Du Y, Zhang Z, Chen G, Zhang M, Shu HB, Zhai Z, Chen D (апрель 2008 г.). «Синтенин негативно регулирует TRAF6-опосредованную передачу сигналов IL-1R / TLR4». Клетка. Сигнал. 20 (4): 666–74. Дои:10.1016 / j.cellsig.2007.12.002. PMID  18234474.
  16. ^ а б Wesche H, Gao X, Li X, Kirschning CJ, Stark GR, Cao Z (июль 1999 г.). «IRAK-M является новым членом семейства киназ, ассоциированных с рецептором Pelle / интерлейкина-1 (IRAK)». J. Biol. Chem. 274 (27): 19403–10. Дои:10.1074 / jbc.274.27.19403. PMID  10383454.
  17. ^ а б Муцио М., Ни Дж., Фенг П., Диксит В.М. (ноябрь 1997 г.). «Член семейства IRAK (Pelle), IRAK-2 и MyD88 как проксимальные медиаторы передачи сигналов IL-1». Наука. 278 (5343): 1612–5. Дои:10.1126 / science.278.5343.1612. PMID  9374458.
  18. ^ Цянь Й, Комман М., Ниномия-Цудзи Дж, Мацумото К., Ли Х (ноябрь 2001 г.). «IRAK-опосредованная транслокация TRAF6 и TAB2 в индуцированной интерлейкином-1 активации NFkappa B». J. Biol. Chem. 276 (45): 41661–7. Дои:10.1074 / jbc.M102262200. PMID  11518704.
  19. ^ Цао З., Сюн Дж., Такеучи М., Курама Т., Геддел Д.В. (октябрь 1996 г.). «TRAF6 - преобразователь сигнала интерлейкина-1». Природа. 383 (6599): 443–6. Дои:10.1038 / 383443a0. PMID  8837778. S2CID  4269027.
  20. ^ Такацуна Х., Като Х., Года Дж., Акияма Т., Мория А., Окамото Ю., Ямагата Ю., Оцука М., Умедзава К., Семба К., Иноуэ Дж. (Апрель 2003 г.). «Идентификация TIFA как адаптивного белка, который связывает фактор 6, связанный с рецептором фактора некроза опухоли (TRAF6), с киназой-1, связанной с рецептором интерлейкина-1 (IL-1) (IRAK-1), в передаче сигналов рецептора IL-1». J. Biol. Chem. 278 (14): 12144–50. Дои:10.1074 / jbc.M300720200. PMID  12566447.
  21. ^ Ли С., Стрелов А., Фонтана Э. Дж., Веше Х (апрель 2002 г.). «IRAK-4: новый член семейства IRAK со свойствами IRAK-киназы». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (8): 5567–72. Дои:10.1073 / pnas.082100399. ЧВК  122810. PMID  11960013.
  22. ^ а б Линг Л., Геддел Д.В. (август 2000 г.). «T6BP, белок, взаимодействующий с TRAF6, участвующий в передаче сигналов IL-1». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 97 (17): 9567–72. Дои:10.1073 / pnas.170279097. ЧВК  16905. PMID  10920205.
  23. ^ а б c Такаэсу Г., Ниномия-Цудзи Дж., Кишида С., Ли Икс, Старк Г.Р., Мацумото К. (апрель 2001 г.). «Киназа, связанная с рецептором интерлейкина-1 (IL-1), приводит к активации TAK1, вызывая транслокацию TAB2 в сигнальном пути IL-1». Мол. Клетка. Биол. 21 (7): 2475–84. Дои:10.1128 / MCB.21.7.2475-2484.2001. ЧВК  86880. PMID  11259596.
  24. ^ а б c Такаэсу Г., Кишида С., Хияма А., Ямагути К., Сибуя Х., Ирие К., Ниномия-Цудзи Дж., Мацумото К. (апрель 2000 г.). «TAB2, новый адаптерный белок, опосредует активацию TAK1 MAPKKK, связывая TAK1 с TRAF6 в пути передачи сигнала IL-1». Мол. Клетка. 5 (4): 649–58. Дои:10.1016 / с1097-2765 (00) 80244-0. PMID  10882101.
  25. ^ а б c Уолш М.К., Ким Г.К., Маурицио П.Л., Мольнар Е.Е., Чой Й. (2008). Unutmaz D (ред.). «Независимая от аутоубиквитинирования TRAF6 активация путей NFkappaB и MAPK в ответ на IL-1 и RANKL». PLOS ONE. 3 (12): e4064. Дои:10.1371 / journal.pone.0004064. ЧВК  2603309. PMID  19112497.
  26. ^ а б Ниномия-Цудзи Дж., Кисимото К., Хияма А., Иноуэ Дж., Цао З., Мацумото К. (март 1999 г.). «Киназа TAK1 может активировать NIK-I kappaB, а также каскад киназ MAP в пути передачи сигнала IL-1». Природа. 398 (6724): 252–6. Дои:10.1038/18465. PMID  10094049. S2CID  4421236.
  27. ^ а б Иситани Т., Такаэсу Г., Ниномия-Цудзи Дж., Сибуя Х., Гейнор Р. Б., Мацумото К. (декабрь 2003 г.). «Роль TAB2-родственного белка TAB3 в передаче сигналов IL-1 и TNF». EMBO J. 22 (23): 6277–88. Дои:10.1093 / emboj / cdg605. ЧВК  291846. PMID  14633987.
  28. ^ а б Ма Кью, Чжоу Л., Ши Х, Хо К. (июнь 2008 г.). «NUMBL взаимодействует с TAB2 и ингибирует TNFalpha и IL-1beta-индуцированную активацию NF-kappaB». Клетка. Сигнал. 20 (6): 1044–51. Дои:10.1016 / j.cellsig.2008.01.015. PMID  18299187.
  29. ^ Соррентино А., Такур Н., Гримсби С., Маркуссон А., фон Бюлов В., Шустер Н., Чжан С., Хелдин С. К., Ландстрем М. (октябрь 2008 г.). «Рецептор TGF-бета типа I задействует TRAF6 для активации TAK1 независимым от рецепторной киназы образом». Nat. Cell Biol. 10 (10): 1199–207. Дои:10.1038 / ncb1780. PMID  18758450. S2CID  22984417.
  30. ^ а б Чен Л., Донг В., Цзоу Т., Оуян Л., Хэ Г, Лю И, Ци Ю. (август 2008 г.). «Протеиновая фосфатаза 4 негативно регулирует каскад ЛПС, ингибируя убиквитинирование TRAF6». FEBS Lett. 582 (19): 2843–9. Дои:10.1016 / j.febslet.2008.07.014. PMID  18634786. S2CID  27700566.
  31. ^ Мизуками Дж., Такаэсу Г., Акацука Х., Сакураи Х., Ниномия-Цудзи Дж., Мацумото К., Сакураи Н. (февраль 2002 г.). «Рецепторный активатор лиганда NF-kappaB (RANKL) активирует киназу киназы митоген-активируемой протеинкиназы TAK1 через сигнальный комплекс, содержащий RANK, TAB2 и TRAF6». Мол. Клетка. Биол. 22 (4): 992–1000. Дои:10.1128 / mcb.22.4.992-1000.2002. ЧВК  134634. PMID  11809792.
  32. ^ Дарней Б.Г., Харидас В., Ни Дж., Мур ПА, Аггарвал Б.Б. (август 1998 г.). «Характеристика внутриклеточного домена активатора рецептора NF-kappaB (RANK). Взаимодействие с факторами, связанными с рецептором фактора некроза опухоли, и активация NF-kappab и N-концевой киназы c-Jun». J. Biol. Chem. 273 (32): 20551–5. Дои:10.1074 / jbc.273.32.20551. PMID  9685412.
  33. ^ Darnay BG, Ni J, Moore PA, Aggarwal BB (март 1999 г.). «Для активации NF-kappaB с помощью RANK требуется фактор, связанный с рецептором фактора некроза опухоли (TRAF) 6 и киназа, индуцирующая NF-kappaB. Идентификация нового мотива взаимодействия TRAF6». J. Biol. Chem. 274 (12): 7724–31. Дои:10.1074 / jbc.274.12.7724. PMID  10075662.
  34. ^ Галиберт Л., Томецко М.Е., Андерсон Д.М., Косман Д., Дугал В.К. (декабрь 1998 г.). «Участие факторов, ассоциированных с множественными рецепторами фактора некроза опухоли (TNFR), в сигнальных механизмах активатора рецептора NF-kappaB, члена суперсемейства TNFR». J. Biol. Chem. 273 (51): 34120–7. Дои:10.1074 / jbc.273.51.34120. PMID  9852070.
  35. ^ Kim HH, Lee DE, Shin JN, Lee YS, Jeon YM, Chung CH, Ni J, Kwon BS, Lee ZH (январь 1999 г.). «Рецепторный активатор NF-kappaB набирает множество адаптеров семейства TRAF и активирует N-концевую киназу c-Jun». FEBS Lett. 443 (3): 297–302. Дои:10.1016 / s0014-5793 (98) 01731-1. PMID  10025951. S2CID  46210019.
  36. ^ Уолд Д., Цинь Дж., Чжао З., Цянь Ю., Нарамура М., Тиан Л., Таун Дж., Симс Дж. Э., Старк Г. Р., Ли Х (сентябрь 2003 г.). «SIGIRR, негативный регулятор передачи сигналов Toll-подобный рецептор-интерлейкин-1». Nat. Иммунол. 4 (9): 920–7. Дои:10.1038 / ni968. PMID  12925853. S2CID  25246605.
  37. ^ Sanz L, Diaz-Meco MT, Nakano H, Moscat J (апрель 2000 г.). «Атипичный PKC-взаимодействующий белок p62 каналы активации NF-kappaB с помощью пути IL-1-TRAF6». EMBO J. 19 (7): 1576–86. Дои:10.1093 / emboj / 19.7.1576. ЧВК  310227. PMID  10747026.
  38. ^ Heyninck K, Beyaert R (январь 1999 г.). «Цитокин-индуцируемый белок цинкового пальца А20 ингибирует индуцированную IL-1 активацию NF-kappaB на уровне TRAF6». FEBS Lett. 442 (2–3): 147–50. Дои:10.1016 / s0014-5793 (98) 01645-7. PMID  9928991. S2CID  19072203.
  39. ^ Evans PC, Taylor ER, Coadwell J, Heyninck K, Beyaert R, Kilshaw PJ (август 2001 г.). «Выделение и характеристика двух новых A20-подобных белков». Biochem. J. 357 (Пт 3): 617–23. Дои:10.1042/0264-6021:3570617. ЧВК  1221992. PMID  11463333.
  40. ^ Xia XZ, Treanor J, Senaldi G, Khare SD, Boone T, Kelley M, Theill LE, Colombero A, Solovyev I, Lee F, McCabe S, Elliott R, Miner K, Hawkins N, Guo J, Stolina M, Yu G , Ван Дж., Делани Дж., Мэн С.Ю., Бойл В.Дж., Сюй Х. (июль 2000 г.). «TACI представляет собой TRAF-взаимодействующий рецептор для TALL-1, члена семейства факторов некроза опухоли, участвующего в регуляции В-клеток». J. Exp. Med. 192 (1): 137–43. Дои:10.1084 / jem.192.1.137. ЧВК  1887716. PMID  10880535.
  41. ^ Дэн Л., Ван С., Спенсер Э, Ян Л., Браун А., Ю Дж, Слотер С., Пикарт С., Чен З. Дж. (Октябрь 2000 г.). «Активация киназного комплекса IkappaB с помощью TRAF6 требует наличия димерного комплекса убиквитин-конъюгированного фермента и уникальной полиубиквитиновой цепи». Клетка. 103 (2): 351–61. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 00126-4. PMID  11057907. S2CID  18154645.
  42. ^ Ньютон К., Мацумото М.Л., Вертц И.Е., Киркпатрик Д.С., Лилль-Дж. , Химовиц С.Г., Келли Р.Ф., Диксит В.М. (август 2008 г.). «Редактирование убиквитиновой цепи, выявленное с помощью антител, специфичных для полиубиквитиновой связи». Клетка. 134 (4): 668–78. Дои:10.1016 / j.cell.2008.07.039. PMID  18724939. S2CID  3955385.
  43. ^ Conze DB, Wu CJ, Thomas JA, Landstrom A, Ashwell JD (май 2008 г.). «Lys63-связанное полиубиквитинирование IRAK-1 необходимо для активации NF-kappaB, опосредованной рецептором интерлейкина-1 и толл-подобным рецептором». Мол. Клетка. Биол. 28 (10): 3538–47. Дои:10.1128 / MCB.02098-07. ЧВК  2423148. PMID  18347055.
  44. ^ Гердин А.К. (2010). «Программа генетики мыши Сэнгера: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
  45. ^ а б «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
  46. ^ Скарнес В.К., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
  47. ^ Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
  48. ^ Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
  49. ^ White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Salisbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Sanger Institute Проект генетики мышей, Таннахилл Д., Логан Д.В., Макартур Д.Г., Флинт Дж., Махаджан В.Б., Цанг С.Х., Смит I, Ватт FM, Скарнес В.К., Дуган Джи, Адамс DJ, Рамирес-Солис Р., Брэдли А., Сталь КП (2013) . «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
  50. ^ а б «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».

дальнейшее чтение

внешняя ссылка