Складной @ дома - Folding@home

Складной @ дома
F @ H Logo 2012.png
Оригинальный автор (ы)Виджай Панде
Разработчики)Лаборатория Панде, Sony, Nvidia, ATI Technologies, Джозеф Коффланд, Cauldron Development[1]
изначальный выпуск1 октября 2000 г.; 20 лет спустя (2000-10-01)
Стабильный выпуск
7.6.21 / 23 октября 2020 г.; 54 дней назад (2020-10-23)[2]
Операционная системаМайкрософт Виндоус, macOS, Linux
ПлатформаIA-32, x86-64
Доступно ванглийский
ТипРаспределенных вычислений
ЛицензияПроприетарное программное обеспечение[3]
Интернет сайтскладной дом.org

Складной @ дома (FAH или же F @ h) это распределенных вычислений Проект направлен на то, чтобы помочь ученым разработать новые терапевтические препараты для различных заболеваний путем моделирования динамики белков. Это включает в себя процесс сворачивания белков и движения белков и зависит от моделирования, выполняемого на персональных компьютерах добровольцев.[4] Folding @ home в настоящее время находится в Вашингтонский университет в Сент-Луисе и под руководством Грега Боумена, бывшего студента Виджай Панде.[5]

В проекте используется центральные процессоры (Процессоры), графические процессоры (GPU), PlayStation 3s, Интерфейс передачи сообщений (используется для вычислений на многоядерные процессоры ), и немного Сони Иксперия смартфоны для распределенных вычислений и научных исследований. В проекте используются статистические симуляция методология, которая является смена парадигмы от традиционных вычислительных методов.[6] В рамках клиент-серверная модель сетевая архитектура, каждая из добровольных машин получает части моделирования (рабочие единицы), завершает их и возвращает их в проектную серверы баз данных, где единицы компилируются в общую симуляцию. Волонтеры могут отслеживать свой вклад на веб-сайте Folding @ home, что делает участие волонтеров конкурентоспособным и поощряет долгосрочное участие.

Folding @ home - одна из самых быстрых компьютерных систем в мире. С повышенным интересом к проекту в результате COVID-19 пандемия,[7] система достигла скорости примерно 1,22 экзафлопс к концу марта 2020 г. и к 12 апреля 2020 г. достигла 2,43 экзафлопс,[8] сделать это первым в мире exaflop вычислительная система. Такой уровень производительности крупномасштабной вычислительной сети позволил исследователям запускать вычислительно затратный Моделирование сворачивания белка на атомном уровне в тысячи раз дольше, чем это было достигнуто ранее. С момента запуска 1 октября 2000 года Pande Lab произвела 225 научные исследования как прямой результат Folding @ home.[9] Результаты моделирования проекта хорошо согласуются с экспериментами.[10][11][12]

Фон

Дальнейшая информация: Сворачивание белков
Белок до и после сворачивания. Это начинается в нестабильном случайный катушки состояние и заканчивается в его родном состоянии конформации.

Белки являются важным компонентом многих биологических функций и участвуют практически во всех процессах внутри биологические клетки. Они часто действуют как ферменты, проведение биохимических реакций, в том числе клеточная сигнализация, молекулярный транспорт и клеточная регуляция. В качестве структурных элементов некоторые белки действуют как тип каркас для клеток, и, как антитела, а другие белки участвуют в иммунная система. Прежде чем белок сможет взять на себя эти роли, он должен превратиться в функциональную трехмерная структура, процесс, который часто происходит спонтанно и зависит от взаимодействия внутри его аминокислота последовательность и взаимодействие аминокислот с их окружением. Сворачивание белка обусловлено поиском наиболее энергетически выгодной конформации белка, т. Е. Его родное государство. Таким образом, понимание сворачивания белка имеет решающее значение для понимания того, что делает белок и как он работает, и считается святым Граалем вычислительная биология.[13][14] Несмотря на то, что складывание происходит внутри переполненная клеточная среда, как правило, все проходит гладко. Однако из-за химических свойств белка или других факторов белки могут неправильно сложить, то есть свернуть неправильный путь и в конечном итоге деформироваться. Если клеточные механизмы не могут разрушать или повторно укладывать неправильно свернутые белки, они могут впоследствии совокупность и вызывают множество изнурительных заболеваний.[15] Лабораторные эксперименты, изучающие эти процессы, могут быть ограничены по объему и атомным деталям, что побуждает ученых использовать основанные на физике вычислительные модели, которые, дополняя эксперименты, стремятся предоставить более полную картину сворачивания, неправильного сворачивания и агрегации белков.[16][17]

Из-за сложности конформации белков или конфигурационное пространство (набор возможных форм, которые может принимать белок) и ограничения в вычислительной мощности, моделирование молекулярной динамики всего атома сильно ограничено во временных масштабах, которые они могут изучать. Хотя большинство белков обычно сворачиваются за миллисекунды,[16][18] до 2010 года моделирование могло достигать масштабов времени от наносекунд до микросекунд.[10] Общее назначение суперкомпьютеры были использованы для моделирования сворачивания белков, но такие системы по сути дороги и обычно используются многими исследовательскими группами. Кроме того, поскольку вычисления в кинетических моделях происходят последовательно, сильная масштабирование Традиционное молекулярное моделирование этих архитектур исключительно сложно.[19][20] Более того, поскольку сворачивание белка является случайный процесс (т. е. случайным образом) и может статистически меняться во времени, сложно с вычислительной точки зрения использовать длительное моделирование для полного представления процесса складывания.[21][22]

Folding @ home использует Марковские государственные модели, как показано на диаграмме, чтобы смоделировать возможные формы и пути сворачивания, которые белок может принять, когда он конденсируется из своего начального случайно свернутого состояния (слева) в свою естественную трехмерную структуру (справа).

Сворачивание белка не происходит за один этап.[15] Вместо этого белки проводят большую часть времени сворачивания, в некоторых случаях почти 96%,[23] ожидающий в различных промежуточных конформационный штаты, каждый местный термодинамическая свободная энергия минимум в белке энергетический ландшафт. Через процесс, известный как адаптивная выборка, эти конформации используются Folding @ home в качестве отправных точек для набор траекторий моделирования. По мере того, как моделирование обнаруживает больше конформаций, траектории возобновляются с них, и Марковская модель государства (MSM) постепенно создается из этого циклического процесса. МСМ дискретное время главное уравнение модели, которые описывают конформационный и энергетический ландшафт биомолекулы как набор отдельных структур и короткие переходы между ними. Метод модели марковского состояния с адаптивной выборкой значительно повышает эффективность моделирования, так как он позволяет избежать вычислений внутри самого локального минимума энергии и подходит для распределенных вычислений (включая GPUGRID ), поскольку это позволяет статистическое агрегирование коротких независимых траекторий моделирования.[24] Время, необходимое для построения модели состояния Маркова, обратно пропорционально количеству запускаемых параллельных симуляций, то есть количеству доступных процессоров. Другими словами, достигается линейная распараллеливание, что приводит к примерно четырем порядки величины сокращение общего времени серийного расчета. Завершенный МСМ может содержать десятки тысяч состояний образца из белков фазовое пространство (все конформации, которые может принимать белок) и переходы между ними. Модель иллюстрирует события сворачивания и пути (то есть маршруты), и позже исследователи могут использовать кинетическую кластеризацию, чтобы просмотреть крупнозернистое представление иначе очень подробной модели. Они могут использовать эти МСМ, чтобы выявить неправильное сворачивание белков и количественно сравнить моделирование с экспериментами.[6][21][25]

Между 2000 и 2010 годами длина изученных Folding @ home белков увеличилась в четыре раза, в то время как его временные рамки для моделирования сворачивания белков увеличились на шесть порядков.[26] В 2002 году Folding @ home использовала модели состояния Маркова, чтобы выполнить около миллиона ЦПУ дней моделирования в течение нескольких месяцев,[12] а в 2011 году MSM распараллелили еще одно моделирование, на которое потребовалось в общей сложности 10 миллионов процессорных часов.[27] В январе 2010 года Folding @ home использовала МСМ для моделирования динамики медленного сворачивания 32-остаток Белок NTL9 сократился до 1,52 миллисекунд, временной масштаб соответствует экспериментальным предсказаниям скорости сворачивания, но в тысячу раз больше, чем достигалось ранее. Модель состояла из множества отдельных траекторий, каждая на два порядка короче, и обеспечивала беспрецедентный уровень детализации энергетического ландшафта белка.[6][10][28] В 2010 году исследователь Folding @ home Грегори Боуман был удостоен награды Премия Томаса Куна за смену парадигмы от Американское химическое общество для развития Открытый исходный код MSMBuilder и для достижения количественного согласия между теорией и экспериментом.[29][30] За свою работу Панде был награжден премией Майкла и Кейт Барани для молодых исследователей в 2012 году за «разработку определяющих и изменяющих поле вычислительных методов для создания ведущих теоретических моделей белков и белков». РНК складной ",[31] и награда Ирвинга Сигала молодому исследователю 2006 года за его результаты моделирования, которые «стимулировали пересмотр значения как ансамблевых, так и одиночных измерений, сделав усилия Панде новаторским вкладом в методологию моделирования».[32]

Примеры применения в биомедицинских исследованиях

Неправильная укладка белков может привести к множество болезней включая болезнь Альцгеймера, рак, Болезнь Крейтцфельдта-Якоба, кистозный фиброз, Болезнь Хантингтона, серповидноклеточная анемия, и сахарный диабет II типа.[15][33][34] Заражение клеток такими вирусами, как ВИЧ и грипп также включают события сворачивания на клеточные мембраны.[35] Как только станет понятнее неправильное сворачивание белков, можно будет разработать методы лечения, которые увеличивают естественную способность клеток регулировать сворачивание белка. Такой терапии включают использование сконструированных молекул для изменения продукции данного белка, помощи в разрушении неправильно свернутого белка или помощи в процессе сворачивания.[36] Комбинация компьютерного молекулярного моделирования и экспериментального анализа дает возможность фундаментально сформировать будущее молекулярной медицины и рациональный дизайн терапии,[17] например, ускорение и снижение затрат на открытие лекарств.[37] Целью первых пяти лет существования Folding @ home было продвинуться в понимании складывания, в то время как текущая цель - понять неправильное свертывание и связанные с ним заболевания, особенно болезнь Альцгеймера.[38]

Моделирование, выполняемое в Folding @ home, используется в сочетании с лабораторными экспериментами,[21] но исследователи могут использовать их, чтобы изучить, как складывается in vitro отличается от сворачивания в естественных клеточных средах. Это полезно при изучении аспектов сворачивания, неправильного сворачивания и их связи с заболеванием, которые трудно наблюдать экспериментально. Например, в 2011 году Folding @ home смоделировал сворачивание белка внутри рибосомальный выходной туннель, чтобы помочь ученым лучше понять, как естественное ограничение и скученность могут влиять на процесс складывания.[39][40] Кроме того, ученые обычно используют химические денатурирующие средства развернуть белки из их стабильного нативного состояния. Обычно не известно, как денатурант влияет на рефолдинг белка, и сложно экспериментально определить, содержат ли эти денатурированные состояния остаточные структуры, которые могут влиять на поведение фолдинга. В 2010 году Folding @ home использовала графические процессоры для имитации развернутого состояния Белок L, и предсказал скорость его коллапса, что полностью согласуется с экспериментальными результатами.[41]

Большие наборы данных из проекта доступны для других исследователей бесплатно по запросу, а некоторые из них доступны на веб-сайте Folding @ home.[42][43] Лаборатория Pande сотрудничала с другими системами молекулярной динамики, такими как Синий ген суперкомпьютер,[44] и они делятся ключевым программным обеспечением Folding @ home с другими исследователями, так что алгоритмы, использованные в Folding @ home, могут помочь другим научным областям.[42] В 2011 году они выпустили программное обеспечение Copernicus с открытым исходным кодом, которое основано на MSM Folding @ home и других методах распараллеливания и направлено на повышение эффективности и масштабирования молекулярного моделирования на больших объектах. компьютерные кластеры или же суперкомпьютеры.[45][46] Обобщения всех научных результатов Folding @ home после публикации размещаются на веб-сайте Folding @ home.[47]

Болезнь Альцгеймера

Болезнь Альцгеймера связана с агрегацией фрагментов бета-амилоидного белка в головном мозге (справа). Исследователи использовали Folding @ home, чтобы смоделировать этот процесс агрегации, чтобы лучше понять причину заболевания.

Болезнь Альцгеймера неизлечимый нейродегенеративный заболевание, которое чаще всего поражает пожилых людей и составляет более половины всех случаев слабоумие. Его точная причина остается неизвестной, но болезнь идентифицирована как болезнь неправильного свертывания белков. Болезнь Альцгеймера связана с токсичными скопления из амилоид бета (Aβ) пептид, вызванные неправильным сворачиванием и скоплением Aβ с другими пептидами Aβ. Эти агрегаты Aβ затем вырастают в значительно более крупные старческие бляшки, патологический маркер болезни Альцгеймера.[48][49][50] Из-за неоднородной природы этих агрегатов такие экспериментальные методы, как Рентгеновская кристаллография и ядерный магнитный резонанс (ЯМР) затруднились охарактеризовать их структуру. Более того, атомное моделирование агрегации Aβ очень требовательно с точки зрения вычислений из-за их размера и сложности.[51][52]

Предотвращение агрегации Aβ - многообещающий метод разработки терапевтических лекарств от болезни Альцгеймера, согласно Наиму и Фазили в публикации литературный обзор статья.[53] В 2008 году Folding @ home смоделировал динамику агрегации Aβ с атомарными деталями в масштабах времени порядка десятков секунд. В предыдущих исследованиях можно было смоделировать только около 10 микросекунд. Folding @ home смогла имитировать складывание Aβ на шесть порядков дольше, чем это было возможно раньше. Исследователи использовали результаты этого исследования, чтобы определить бета шпилька это был главный источник молекулярных взаимодействий внутри структуры.[54] Это исследование помогло подготовить лабораторию Панде к будущим исследованиям агрегации и дальнейшим исследованиям по поиску небольшого пептида, который может стабилизировать процесс агрегации.[51]

В декабре 2008 года Folding @ home обнаружила несколько небольших лекарств-кандидатов, которые, по-видимому, подавляют токсичность агрегатов Aβ.[55] В 2010 году в тесном сотрудничестве с Центром машин для сворачивания белков эти лекарственные препараты начали тестироваться на биологическая ткань.[34] В 2011 году Folding @ home выполнила моделирование нескольких мутации Aβ, которые, по-видимому, стабилизируют образование агрегатов, что может помочь в разработке терапевтических лекарственных препаратов для лечения заболевания и в значительной степени способствовать экспериментальному спектроскопия ядерного магнитного резонанса исследования Aβ олигомеры.[52][56] Позже в том же году Folding @ home начала моделирование различных фрагментов Aβ, чтобы определить, как различные природные ферменты влияют на структуру и укладку Aβ.[57][58]

болезнь Хантингтона

болезнь Хантингтона это нейродегенеративный генетическое расстройство это связано с неправильной упаковкой и агрегацией белка. Чрезмерные повторы из глутамин аминокислота на N-конец из белок хантингтин вызывают агрегацию, и хотя поведение повторов до конца не изучено, это действительно приводит к когнитивному снижению, связанному с заболеванием.[59] Как и в случае с другими агрегатами, экспериментальное определение его структуры затруднено.[60] Ученые используют Folding @ home для изучения структуры агрегата белка хантинтина и прогнозирования его образования, помогая рациональный дизайн лекарств методы остановки образования агрегатов.[34] Фрагмент N17 белка хантингтина ускоряет эту агрегацию, и хотя было предложено несколько механизмов, его точная роль в этом процессе остается в значительной степени неизвестной.[61] Folding @ home смоделировал этот и другие фрагменты, чтобы прояснить их роль в болезни.[62] С 2008 года методы разработки лекарств от болезни Альцгеймера применялись и для лечения болезни Хантингтона.[34]

Рак

Более половины всех известных видов рака включают мутации из p53, а подавитель опухолей белок, присутствующий в каждой клетке, который регулирует клеточный цикл и сигналы для смерть клетки в случае повреждения ДНК. Специфические мутации в p53 могут нарушить эти функции, позволяя аномальной клетке продолжать бесконтрольно расти, что приводит к развитию опухоли. Анализ этих мутаций помогает объяснить основные причины рака, связанного с р53.[63] В 2004 году Folding @ home был использован для проведения первого молекулярно-динамического исследования рефолдинга p53. димер белка в полностью атомное моделирование воды. Результаты моделирования согласуются с экспериментальными наблюдениями и дают представление о рефолдинге димера, что ранее было недостижимо.[64] Это был первый экспертная оценка публикация о раке из проекта распределенных вычислений.[65] В следующем году Folding @ home представил новый метод определения аминокислот, критически важных для стабильности данного белка, который затем был использован для изучения мутаций p53. Этот метод оказался достаточно успешным в выявлении мутаций, способствующих развитию рака, и определил эффекты конкретных мутаций, которые иначе нельзя было бы измерить экспериментально.[66]

Folding @ home также используется для изучения белковые шапероны,[34] белки теплового шока которые играют важную роль в выживании клеток, помогая укладке других белков в переполненный и химически стрессовая среда внутри клетки. Быстрорастущие раковые клетки полагаются на определенные шапероны, и некоторые шапероны играют ключевую роль в химиотерапия сопротивление. Ингибирование этих специфических шаперонов рассматривается как потенциальные механизмы действия эффективных химиотерапевтических препаратов или для уменьшения распространения рака.[67] Используя Folding @ home и работая в тесном сотрудничестве с Центром машин для сворачивания белков, лаборатория Pande надеется найти лекарство, которое ингибирует эти шапероны, участвующие в раковых клетках.[68] Исследователи также используют Folding @ home для изучения других молекул, связанных с раком, таких как фермент Src киназа, и некоторые формы закрепленный гомеодомен: большой белок, который может быть вовлечен во многие заболевания, включая рак.[69][70] В 2011 году Folding @ home начал моделировать динамику малых узелок белок EETI, который может идентифицировать карциномы в сканирование изображений путем привязки к поверхностные рецепторы раковых клеток.[71][72]

Интерлейкин 2 (IL-2) - это белок, который помогает Т-клетки из иммунная система атакуют патогены и опухоли. Однако его использование для лечения рака ограничено из-за серьезных побочных эффектов, таких как отек легких. ИЛ-2 связывается с этими легочными клетками иначе, чем с Т-клетками, поэтому исследование ИЛ-2 включает понимание различий между этими механизмами связывания. В 2012 году Folding @ home оказал помощь в открытии мутантной формы IL-2, которая в триста раз более эффективна в своей роли в иммунной системе, но имеет меньше побочных эффектов. В экспериментах эта измененная форма значительно превосходила естественный ИЛ-2 в препятствовании росту опухоли. Фармацевтические компании проявили интерес к мутантной молекуле, и Национальные институты здоровья тестируют его на большом количестве моделей опухолей, чтобы попытаться ускорить его разработку в качестве терапевтического средства.[73][74]

Несовершенный остеогенез

Несовершенный остеогенез, известное как болезнь хрупкости костей, является неизлечимым генетическим заболеванием костей, которое может быть смертельным. Люди с этим заболеванием не могут производить функциональную соединительную костную ткань. Чаще всего это происходит из-за мутации в Коллаген I типа,[75] который выполняет множество структурных функций и является наиболее распространенным белком в млекопитающие.[76] Мутация вызывает деформацию в структура тройной спирали коллагена, которые, если они не разрушаются естественным путем, приводят к аномальной и ослабленной костной ткани.[77] В 2005 году Folding @ home протестировал новый квантово-механический Метод, улучшенный по сравнению с предыдущими методами моделирования, и который может быть полезен для будущих компьютерных исследований коллагена.[78] Хотя исследователи использовали Folding @ home для изучения сворачивания и неправильного сворачивания коллагена, интерес представляет собой экспериментальный проект по сравнению с Альцгеймера и Хантингтона.[34]

Вирусы

Folding @ home помогает в исследованиях по предотвращению некоторых вирусы, Такие как грипп и ВИЧ, от распознавания и ввода биологические клетки.[34] В 2011 году Folding @ home начал моделирование динамики фермента. РНКаза H, ключевой компонент ВИЧ, чтобы попытаться разработать препараты для его дезактивации.[79] Folding @ home также использовался для изучения мембранный сплав, важное событие для вирусная инфекция и широкий спектр биологических функций. Это слияние включает конформационные изменения вирусных слитых белков и стыковка белков,[35] но точные молекулярные механизмы синтеза остаются в значительной степени неизвестными.[80] События синтеза могут состоять из более чем полумиллиона атомов, взаимодействующих в течение сотен микросекунд. Эта сложность ограничивает типичное компьютерное моделирование примерно десятью тысячами атомов за десятки наносекунд: разница в несколько порядков величины.[54] Разработка моделей для прогнозирования механизмов слияния мембран поможет научному пониманию того, как воздействовать на этот процесс с помощью противовирусных препаратов.[81] В 2006 году ученые применили модели состояния Маркова и сеть Folding @ home, чтобы обнаружить два пути слияния и получить другие механистические идеи.[54]

После подробного моделирования из Folding @ home небольших ячеек, известных как пузырьки, в 2007 году лаборатория Pande представила новый вычислительный метод для измерения топология структурных изменений во время плавления.[82] В 2009 году исследователи использовали Folding @ home для изучения мутаций гемагглютинин гриппа, белок, который прикрепляет вирус к его хозяин ячейка и способствует проникновению вируса. Мутации гемагглютинина влияют на насколько хорошо связывается белок к хозяину рецептор клеточной поверхности молекул, что определяет, как заразный штамм вируса попадает в организм-хозяин. Знание эффектов мутаций гемагглютинина помогает в развитии противовирусные препараты.[83][84] По состоянию на 2012 год Folding @ home продолжает моделировать сворачивание и взаимодействие гемагглютинина, дополняя экспериментальные исследования в Университет Вирджинии.[34][85]

В марте 2020 года Folding @ home запустила программу помощи исследователям во всем мире, которые работают над поиском лекарства и узнают больше о коронавирус пандемия. Первоначальная волна проектов имитирует потенциально поддающиеся лекарству белковые мишени из вируса SARS-CoV-2 и связанного с ним вируса SARS-CoV, о которых имеется значительно больше данных.[86][87][88]

Дизайн лекарств

Наркотики функция привязка к конкретные места на целевые молекулы и вызывая некоторые желаемые изменения, такие как отключение цели или конформационное изменение. В идеале лекарство должно действовать очень специфично и связываться только со своей мишенью, не нарушая другие биологические функции. Однако сложно точно определить, где и как сильно две молекулы свяжутся. Из-за ограничений в вычислительной мощности текущий in silico методы обычно должны торговать скоростью за точность; например, используйте быстрое стыковка белков методы вместо вычислительно затратных расчеты свободной энергии. Производительность Folding @ home позволяет исследователям использовать оба метода и оценивать их эффективность и надежность.[38][89][90] Компьютерный дизайн лекарств может ускорить и снизить затраты на открытие лекарств.[37] В 2010 году Folding @ home использовала МСМ и расчеты свободной энергии для прогнозирования естественного состояния Виллин белок с точностью до 1,8 ангстрем (Å) среднеквадратичное отклонение (RMSD) из кристаллическая структура экспериментально определено через Рентгеновская кристаллография. Эта точность имеет значение для будущего предсказание структуры белка методы, в том числе для внутренне неструктурированные белки.[54] Ученые использовали Folding @ home для исследований устойчивость к лекарству изучая ванкомицин, антибиотик препарат последней инстанции, и бета-лактамаза, белок, который может расщеплять антибиотики, такие как пенициллин.[91][92]

Химическая активность происходит вдоль белков активный сайт. Традиционные методы создания лекарств предполагают прочное связывание с этим сайтом и блокирование его активности при условии, что целевой белок существует в одной жесткой структуре. Однако этот подход работает только для 15% всех белков. Белки содержат аллостерические сайты которые, будучи связаны с небольшими молекулами, могут изменять конформацию белка и в конечном итоге влиять на активность белка. Эти сайты являются привлекательными мишенями для наркотиков, но найти их очень сложно. вычислительно затратный. В 2012 году Folding @ home и МСМ были использованы для выявления аллостерических сайтов в трех важных с медицинской точки зрения белках: бета-лактамазе, интерлейкин-2, и РНКаза H.[92][93]

Примерно половина всех известных антибиотики вмешиваться в работу бактерий рибосома, большая и сложная биохимическая машина, которая выполняет биосинтез белка к Идет перевод информационная РНК в белки. Макролидные антибиотики забивают выходной туннель рибосомы, предотвращая синтез основных бактериальных белков. В 2007 году лаборатория Панде получила даровать изучить и разработать новые антибиотики.[34] В 2008 году они использовали Folding @ home для изучения внутренней части этого туннеля и того, как определенные молекулы могут на него повлиять.[94] Полная структура рибосомы была определена только по состоянию на 2011 год, и Folding @ home также смоделировал рибосомальные белки, так как многие из их функций остаются в значительной степени неизвестными.[95]

Возможные применения в биомедицинских исследованиях

Есть еще много неправильная упаковка белка способствует развитию заболеваний Это может быть полезно с помощью Folding @ home для распознавания неправильно свернутой структуры белка или кинетики неправильного свертывания и помощи в разработке лекарств в будущем. Часто фатальный прионные болезни является одним из самых значительных.

Прионные болезни

А прион (PrP) - это трансмембранный клеточный белок широко обнаружен в эукариотические клетки. У млекопитающих его больше в Центральная нервная система. Хотя его функция неизвестна, его высокая сохранность среди видов указывает на важную роль в клеточной функции. Конформационное изменение нормального прионного белка (PrPc, означает клеточный) на вызывающий заболевание изоформа PrPSc (обозначает прототипное прионное заболевание -скрепи ) вызывает множество болезней, известных как трансмиссивные губчатые энцефалопатии (TSE), в том числе Губчатая энцефалопатия (BSE) крупного рогатого скота, болезнь Крейтцфельдта-Якоба (CJD) и фатальная бессонница в человеке, хроническая истощающая болезнь (CWD) в семействе оленей. Конформационное изменение широко признано в результате неправильная упаковка белка. Что отличает TSE от других заболеваний, связанных с неправильной упаковкой белков, так это его трансмиссивная природа. «Посев» инфекционного PrPSc, возникающий спонтанно, по наследству или приобретенный в результате контакта с загрязненными тканями,[96] может вызвать цепную реакцию превращения нормального PrPc в фибриллы агрегаты или амилоид подобные бляшки состоят из PrPSc.[97]

Молекулярная структура PrPSc не была полностью охарактеризована из-за его агрегированной природы. Ни о механизме неправильного сворачивания белка, ни о его кинетика. Используя известную структуру PrPc и результаты исследований in vitro и in vivo, описанных ниже, Folding @ home может быть ценным для выяснения того, как образуется PrPSc и как инфекционный белок организует себя, образуя фибриллы и амилоидоподобные бляшки, минуя требование. для очистки PrPSc или растворения агрегатов.

ПРПК был ферментативно диссоциированный от мембраны и очищенный, его структура изучена с использованием методов определения структуры, таких как ЯМР-спектроскопия и Рентгеновская кристаллография. Пост-трансляционный Прпк имеет 231 аминокислоты (аа) у мышей. Молекула состоит из длинной и неструктурированной аминоконцевой область, охватывающая до остатка 121, и структурированный карбоксильный конец домен.[97] Этот глобулярный домен содержит два коротких листа, образующих антипараллельные β-тяжи (от 128 до 130 и от 160 до 162 в мышином PrPc) и трех α-спирали (спираль I: от 143 до 153 аминокислот; спираль II: от 171 до 192 аминокислот; спираль III: от 199 до 226 аминокислот в мышином PrPc),[98] Спирали II и III ориентированы антипараллельно и соединены короткой петлей. Их структурная устойчивость поддерживается дисульфидный мостик, которая параллельна обеим листообразующим β-тяжам. Эти α-спирали и β-лист образуют жесткое ядро ​​глобулярного домена PrPc.[99]

Заболевание, вызывающее PrPSc: протеиназа К стойкие и нерастворимые. Попытки очистить его из мозга инфицированных животных неизменно приводят к гетерогенным смесям и агрегированным состояниям, которые не поддаются характеристике с помощью ЯМР-спектроскопии или рентгеновской кристаллографии. Однако, по общему мнению, PrPSc содержит высокий процент плотно уложенных β-листов, чем нормальный PrPc, что делает белок нерастворимым и устойчивым к протеиназе. Используя приемы криоэлектронная микроскопия и структурного моделирования, основанного на сходных общих белковых структурах, было обнаружено, что PrPSc содержит ß-листы в области от а.о. 81–95 до а.о. 171, в то время как структура карбоксильного конца предположительно сохраняется, сохраняя дисульфидно-связанную α-спиральную конформацию в нормальном PrPc. Эти ß-листы образуют параллельную левостороннюю бета-спираль.[97] Считается, что три молекулы PrPSc образуют первичную единицу и, следовательно, составляют основу так называемых фибрилл, связанных со скрепи.[100] Каталитическая активность зависит от размера частицы. Частицы PrPSc, которые состоят только из 14-28 молекул PrPc, демонстрируют самый высокий уровень инфекционности и конверсии.[101]

Несмотря на сложность очистки и характеристики PrPSc, из известной молекулярной структуры PrPc и с использованием трансгенные мыши и N-концевое удаление,[102] потенциальные «горячие точки» неправильного сворачивания белка, ведущие к патогенному PrPSc, могут быть определены, и Folding @ home может иметь большое значение для подтверждения этого. Исследования показали, что как начальный и вторичный структура прионного белка может иметь значение для преобразования.

Есть более двадцати мутации гена прионного белка (PRNP ), которые, как известно, связаны или напрямую связаны с наследственной формой TSE человека [56], что указывает на отдельные аминокислоты в определенном положении, вероятно, в пределах карбокси-домена,[98] PrPc может влиять на чувствительность к TSE.

Посттрансляционный аминоконцевой участок PrPc состоит из остатков 23-120, которые составляют почти половину аминокислотной последовательности полноразмерного созревшего PrPc. В аминоконцевой области есть два участка, которые могут влиять на конверсию. Во-первых, остатки 52-90 содержат участок октапептидного повтора (5 раз), который, вероятно, влияет на начальное связывание (через октапептидные повторы), а также на фактическое преобразование через второй участок аминокислот 108–124.[103] Очень гидрофобный AGAAAAGA находится между остатками 113 и 120 и описывается как предполагаемый сайт агрегации,[104] хотя эта последовательность требует, чтобы ее фланкирующие части образовывали фибриллярные агрегаты.[105]

В карбоксиглобулярном домене[99] Среди трех спиралей исследования показывают, что спираль II имеет значительно более высокую склонность к конформации β-цепи.[106] Из-за высокой конформационной гибкости, наблюдаемой между остатками 114-125 (часть неструктурированной N-концевой цепи) и высокой склонности спирали II к β-цепям, только умеренных изменений условий окружающей среды или взаимодействий может быть достаточно, чтобы вызвать неправильную укладку PrPc. и последующее образование фибрилл.[97]

Другие исследования структур ЯМР PrPc показали, что эти остатки (~ 108–189) содержат большую часть свернутого домена, включая обе β-цепи, первые две α-спирали и соединяющие их участки петля / виток, но не спираль III. .[102] Небольшие изменения в структурах петли / очереди самого PrPc также могут быть важны при преобразовании.[107] В другом исследовании Riek et al. показали, что две небольшие области β-цепи перед участками петли действуют как сайт зародышеобразования для конформационного преобразования петли / витка и α-спиральных структур в PrPc в β-лист.[98]

Энергетический порог преобразования не обязательно высок. Стабильность складывания, т.е. свободная энергия глобулярного белка в его окружении находится в диапазоне от одного до двух водородные связи таким образом, позволяет переход к изоформе без потребности в высокой энергии перехода.[97]

Исходя из соответствующих взаимодействий между молекулами PrPc, гидрофобные взаимодействия играют решающую роль в формировании β-слоев, отличительной черты PrPSc, поскольку они несут фрагменты полипептид цепи в непосредственной близости.[108] Действительно, Куцнецов и Раковский [109] показали, что способствующие заболеванию мутации в человеческом PrPc имеют статистически значимую тенденцию к увеличению локальной гидрофобности.

Эксперименты in vitro показали, что кинетика неправильной укладки имеет начальную лаг-фазу, за которой следует фаза быстрого роста с образованием фибрилл.[110] Вполне вероятно, что PrPc проходит через некоторые промежуточные состояния, такие как, по крайней мере, частично развернутый или деградированный, прежде чем окончательно стать частью амилоидной фибриллы.[97]

Модели участия

Как и другие распределенных вычислений проектов, Folding @ home - это онлайн гражданская наука проект. В этих проектах неспециалисты используют вычислительные мощности компьютеров или помогают анализировать данные, полученные профессиональными учеными. Участники получают незначительное вознаграждение или не получают его вовсе.

Было проведено исследование мотивации ученых-граждан, и большинство из этих исследований показали, что участники заинтересованы в участии из-за альтруистических причин; то есть они хотят помочь ученым и внести свой вклад в развитие своих исследований.[111][112][113][114] Многие участники гражданской науки имеют глубинный интерес к теме исследования и тяготеют к проектам, относящимся к интересующим их дисциплинам. Folding @ home в этом отношении ничем не отличается.[115] Исследования, проведенные недавно с участием более 400 активных участников, показали, что они хотели внести свой вклад в исследования и что у многих из них есть друзья или родственники, страдающие болезнями, которые исследуют ученые Folding @ home.

Folding @ home привлекает участников, которые являются энтузиастами компьютерного оборудования. Эти группы привносят значительный опыт в проект и могут создавать компьютеры с повышенной вычислительной мощностью.[116] Другие проекты распределенных вычислений привлекают участников этого типа, и проекты часто используются для оценки производительности модифицированных компьютеров, и этот аспект хобби поддерживается за счет конкурентного характера проекта. Отдельные лица и группы могут соревноваться, чтобы увидеть, кто может обработать больше всего компьютерных процессоров (ЦП).

Это последнее исследование Folding @ home, включающее интервью и этнографическое наблюдение за онлайн-группами, показало, что команды энтузиастов аппаратного обеспечения иногда могут работать вместе, делясь передовым опытом в отношении максимизации производительности обработки. Такие команды могут стать сообщества практикующих, с общим языком и онлайн-культурой. Такая модель участия наблюдалась и в других проектах распределенных вычислений.[117][118]

Еще одно важное наблюдение участников Folding @ home - многие из них мужчины.[115] Это также наблюдалось в других распределенных проектах. Кроме того, многие участники работают на компьютерах и в сфере высоких технологий.[115][119][120]

Не все участники Folding @ home являются энтузиастами аппаратного обеспечения. Многие участники запускают программное обеспечение проекта на немодифицированных машинах и участвуют в соревнованиях. В Folding @ home задействовано более 100 000 участников. Однако трудно установить, какая часть участников является энтузиастами аппаратного обеспечения. Хотя, по словам руководителей проекта, вклад сообщества энтузиастов существенно больше с точки зрения вычислительной мощности.[121]

Спектакль

Вычислительная мощность Folding @ home и самого быстрого суперкомпьютера с апреля 2004 г. по октябрь 2012 г. В период с июня 2007 г. по июнь 2011 г. Folding @ home (красный) превышал производительность Топ500 Самый быстрый суперкомпьютер (черный). Однако его затмили K компьютер в ноябре 2011 г. и Синий Джин / Q в июне 2012 г.

Производительность суперкомпьютера FLOPS оценивается при запуске устаревшего LINPACK эталон. Это краткосрочное тестирование затрудняет точное отображение устойчивой производительности при выполнении реальных задач, поскольку LINPACK более эффективно сопоставляется с оборудованием суперкомпьютера. Вычислительные системы различаются по архитектуре и дизайну, поэтому прямое сравнение затруднено. Несмотря на это, FLOPS остается основным показателем скорости, используемым в суперкомпьютерах.[122][нужна цитата для проверки ] Напротив, Folding @ home определяет свои FLOPS с помощью настенные часы измеряя, сколько времени требуется для выполнения его рабочих единиц.[123]

16 сентября 2007 года, во многом благодаря участию консолей PlayStation 3, проект Folding @ home официально достиг стабильного уровня производительности выше, чем у одного родного. петафлопс, став первой вычислительной системой любого рода, которая сделала это.[124][125] Топ500 самый быстрый суперкомпьютер в то время был BlueGene / L при 0,280 петафлопс.[126] В следующем году, 7 мая 2008 г., проект достиг стабильного уровня производительности выше двух петафлопс,[127] за которыми последовали три и четыре исходных показателя в петафлопс в августе 2008 г.[128][129] и 28 сентября 2008 г. соответственно.[130] 18 февраля 2009 г. Folding @ home достиг пяти собственных петафлопс,[131][132] и был первым вычислительным проектом, который соответствовал этим пяти уровням.[133][134] Для сравнения: самый быстрый суперкомпьютер ноября 2008 года был IBM с Roadrunner при 1,105 петафлопс.[135] 10 ноября 2011 года производительность Folding @ home превысила шесть собственных петафлопс, что эквивалентно почти восьми петафлопс x86.[125][136] В середине мая 2013 года Folding @ home достиг более семи петафлопс в секунду, что эквивалентно 14,87 x86 петафлопс. Затем 21 июня он достиг восьми собственных петафлопс, а 9 сентября того же года - девять с 17,9 x86 петафлопс.[137] 11 мая 2016 года Folding @ home объявила, что приближается к отметке 100 x86 петафлопс.[138]

Дальнейшее использование выросло из-за повышения осведомленности и участия в проекте в связи с пандемией коронавируса в 2020 году. 20 марта 2020 года Folding @ home объявил через Twitter, что он работает с более чем 470 нативными петафлопсами,[139] эквивалент 958 петафлопс x86.[140] К 25 марта он достиг 768 петафлопс, или 1,5 x86 экзафлопс, что сделало его первым вычислительная система exaFLOP.[141] 20 ноября 2020 года Folding @ home имеет только 0,2 x86 exaFLOPS из-за ошибки вычисления.[142]

Точки

Подобно другим проектам распределенных вычислений, Folding @ home количественно оценивает вклад пользователей в проект с помощью кредитной системы.[143] Все единицы из данного белкового проекта имеют единый базовый кредит, который определяется сравнительным анализом одной или нескольких единиц работы из этого проекта на официальной эталонной машине перед выпуском проекта.[143] Каждый пользователь получает эти базовые баллы за выполнение каждой единицы работы, хотя с помощью ключа доступа они могут получить дополнительные бонусные баллы за надежное и быстрое выполнение единиц, которые более требовательны в вычислительном отношении или имеют более высокий научный приоритет.[144][145] Пользователи также могут получать кредит за свою работу от клиентов на нескольких машинах.[146] Эта система баллов пытается согласовать полученные кредиты с ценностью научных результатов.[143]

Пользователи могут регистрировать свои вклады в команде, которая объединяет очки всех своих участников. Пользователь может создать свою собственную команду или присоединиться к уже существующей команде. В некоторых случаях у команды могут быть свои собственные источники помощи или найма со стороны сообщества, такие как Интернет-форум.[147] Очки могут способствовать дружескому соревнованию между отдельными людьми и командами за получение максимальной вычислительной мощности для проекта, что может принести пользу сообществу складных систем и ускорить научные исследования.[143][148][149] Индивидуальная и командная статистика публикуется на сайте Folding @ home.[143]

Если пользователь не формирует новую команду или не присоединяется к существующей команде, этот пользователь автоматически становится частью команды «По умолчанию». Эта команда «по умолчанию» имеет номер команды «0». Статистика накапливается как для этой «команды по умолчанию», так и для специально названных команд.

Программного обеспечения

Программное обеспечение Folding @ home на стороне пользователя включает три основных компонента: рабочие блоки, ядра и клиент.

Рабочие единицы

Единица работы - это данные о белке, которые клиенту предлагается обработать. Единицы работы - это часть моделирования между состояниями в Марковская модель. После того, как рабочая единица была загружена и полностью обработана компьютером добровольца, она возвращается на серверы Folding @ home, которые затем награждают добровольца кредитными баллами. Этот цикл повторяется автоматически.[148] Все рабочие единицы имеют связанные крайние сроки, и если этот крайний срок превышен, пользователь может не получить кредит, и единица будет автоматически переоформлена другому участнику. Поскольку сворачивание белка происходит последовательно, и многие рабочие единицы генерируются из их предшественников, это позволяет общему процессу моделирования протекать нормально, если рабочая единица не возвращается по прошествии разумного периода времени. В связи с этими сроками минимальные системные требования для Folding @ home - это процессор Pentium 3450 МГц с Потоковые расширения SIMD (SSE).[146] Однако рабочие единицы для высокопроизводительных клиентов имеют гораздо более короткий срок, чем для однопроцессорных клиентов, поскольку большая часть научных преимуществ зависит от быстрого завершения моделирования.[150]

Перед публичным выпуском рабочие единицы проходят несколько гарантия качества шаги, чтобы не дать проблемным из них стать полностью доступными. Эти этапы тестирования включают внутреннее, бета-тестирование и расширенное тестирование перед окончательным полным выпуском в Folding @ home.[151] Рабочие единицы Folding @ home обычно обрабатываются только один раз, за ​​исключением тех редких случаев, когда во время обработки возникают ошибки. Если это происходит для трех разных пользователей, модуль автоматически удаляется из распространения.[152][153] Форум поддержки Folding @ home можно использовать, чтобы различать проблемы, возникающие из-за проблемного оборудования и неисправных устройств.[154]

Ядра

Основная статья: Список ядер Folding @ home

Специализированные программы молекулярной динамики, называемые «FahCores» и часто сокращенно «ядра», выполняют вычисления на рабочем блоке как фоновый процесс. Подавляющее большинство ядер Folding @ home основаны на GROMACS,[148] один из самых быстрых и популярных пакетов программного обеспечения молекулярной динамики, который в основном состоит из оптимизированных вручную язык ассемблера оптимизация кода и оборудования.[155][156] Хотя GROMACS - это программное обеспечение с открытым исходным кодом и есть совместные усилия между лабораторией Pande и разработчиками GROMACS, Folding @ home использует с закрытым исходным кодом лицензия для обеспечения достоверности данных.[157] К менее активным ядрам относятся ProtoMol и SHARPEN. Folding @ home использовал ЯНТАРЬ, CPMD, Десмонд, и ТИНКЕР, но с тех пор они были списаны и больше не находятся на действительной службе.[3][158][159] Некоторые из этих ядер выполняют явная сольватация расчеты, в которых окружающие растворитель (обычно вода) моделируется атом за атомом; в то время как другие выполняют неявная сольватация методы, в которых растворитель рассматривается как математический континуум.[160][161] Ядро отделено от клиента, что позволяет автоматически обновлять научные методы без необходимости обновления клиента. Ядра периодически создают расчет контрольно-пропускные пункты так что если они будут прерваны, они могут возобновить работу с этого момента при запуске.[148]

Клиент

Folding @ home на Fedora 25

Участник Folding @ home устанавливает клиент программа на их персональный компьютер. Пользователь взаимодействует с клиентом, который в фоновом режиме управляет другими программными компонентами. С помощью клиента пользователь может приостановить процесс сворачивания, открыть журнал событий, проверить ход работы или просмотреть личную статистику.[162] Компьютерные клиенты постоянно работают в фон с очень низким приоритетом, используя простую вычислительную мощность, так что нормальное использование компьютера не нарушается.[146] Максимальное использование ЦП можно настроить в настройках клиента.[162][163] Клиент подключается к Folding @ home сервер и извлекает рабочую единицу, а также может загружать соответствующее ядро ​​для настроек клиента, операционной системы и базовой аппаратной архитектуры. После обработки рабочий блок возвращается на серверы Folding @ home. Компьютерные клиенты адаптированы к однопроцессор и многоядерный процессор системы и графические процессоры. Разнообразие и мощь каждого аппаратная архитектура предоставляет Folding @ home возможность эффективно выполнять многие типы моделирования своевременно (в течение нескольких недель или месяцев, а не лет), что имеет значительную научную ценность. Вместе эти клиенты позволяют исследователям изучать биомедицинские вопросы, которые ранее считались непрактичными для решения вычислительных задач.[38][148][150]

Профессиональные разработчики программного обеспечения несут ответственность за большую часть кода Folding @ home как на стороне клиента, так и на стороне сервера. В команду разработчиков входят программисты из Nvidia, ATI, Sony, и Развитие котла.[164] Клиенты могут быть загружены только с официального сайта Folding @ home или его коммерческих партнеров и будут взаимодействовать только с файлами Folding @ home на компьютере. Они будут выгружать и скачивать данные с серверов данных Folding @ home (более порт 8080, с 80 в качестве альтернативы), и связь проверяется с использованием 2048-битного цифровые подписи.[146][165] Пока клиент графический интерфейс пользователя (GUI) с открытым исходным кодом,[166] клиент проприетарное программное обеспечение ссылаясь на безопасность и научную честность в качестве причин.[167][168][169]

Однако это обоснование использования проприетарного программного обеспечения оспаривается, поскольку, хотя лицензия может быть применена в юридической области ретроспективно, она практически не предотвращает модификацию (также известную как исправление ) исполняемого файла двоичные файлы. Так же, только двоичный распространение не предотвращает злонамеренную модификацию исполняемого двоичного кода, либо через атака "человек посередине" при загрузке через Интернет,[170] или путем перераспределения двоичных файлов третьей стороной, которые были ранее изменены либо в своем двоичном состоянии (т.е. залатанный ),[171] или путем декомпиляции[172] и перекомпилировать их после модификации.[173][174] Эти изменения возможны, если двоичные файлы - и транспортный канал - не подписанный и лицо / система получателя может проверить цифровую подпись, и в этом случае необоснованные модификации должны быть обнаружены, но не всегда.[175] В любом случае, поскольку в случае Folding @ home входные данные и выходной результат, обрабатываемые клиентским программным обеспечением, имеют цифровую подпись,[146][165] целостность работы может быть проверена независимо от целостности самого программного обеспечения клиента.

Folding @ home использует Cosm программные библиотеки для работы в сети.[148][164] Folding @ home был запущен 1 октября 2000 года и стал первым проектом распределенных вычислений, направленным на биомолекулярные системы.[176] Его первым клиентом был хранитель экрана, который будет работать, пока компьютер не используется.[177][178] В 2004 году лаборатория Pande сотрудничала с Дэвид П. Андерсон для тестирования дополнительного клиента с открытым исходным кодом BOINC рамки. Этот клиент был выпущен для закрытого бета-тестирования в апреле 2005 года;[179] однако этот метод стал неприменимым и был отложен в июне 2006 года.[180]

Блоки обработки графики

Специализированное оборудование графические процессоры (GPU) предназначен для ускорения рендеринга приложений с трехмерной графикой, таких как видеоигры, и может значительно превосходить ЦП для некоторых типов вычислений. Графические процессоры - одна из самых мощных и быстрорастущих вычислительных платформ, и многие ученые и исследователи стремятся универсальные вычисления на графических процессорах (ГПГПУ). Однако аппаратное обеспечение графического процессора сложно использовать для задач, не связанных с графикой, и обычно требуется значительная реструктуризация алгоритма и глубокое понимание базовой архитектуры.[181] Такая настройка является сложной задачей, особенно для исследователей с ограниченными ресурсами для разработки программного обеспечения. Folding @ home использует Открытый исходный код OpenMM библиотека, который использует образец конструкции моста с двумя интерфейс прикладного программирования (API) для взаимодействия программного обеспечения молекулярного моделирования с базовой архитектурой оборудования. С добавлением аппаратных оптимизаций, моделирование графического процессора на основе OpenMM не требует значительных изменений, но обеспечивает производительность, почти равную вручную настроенному коду графического процессора, и значительно превосходит реализации CPU.[160][182]

До 2010 года вычислительная надежность оборудования GPGPU потребительского уровня была в значительной степени неизвестна, и косвенные доказательства, связанные с отсутствием встроенных обнаружение и исправление ошибок в памяти GPU вызывает опасения по поводу надежности. В первом крупномасштабном тесте научной точности графического процессора, проведенном в 2010 году, было обнаружено более 20 000 хостов в сети Folding @ home. мягкие ошибки в подсистемах памяти двух третей протестированных графических процессоров. Эти ошибки сильно коррелировали с архитектурой платы, хотя исследование пришло к выводу, что надежные вычисления на GPU были вполне осуществимы, если уделять внимание аппаратным характеристикам, таким как обнаружение ошибок на стороне программного обеспечения.[183]

Первое поколение клиента GPU Folding @ home (GPU1) было выпущено для широкой публики 2 октября 2006 г.[180] обеспечивает в 20–30 раз ускорение некоторых вычислений по сравнению с процессором GROMACS аналоги.[184] Это был первый раз, когда графические процессоры использовались либо для распределенных вычислений, либо для основных вычислений молекулярной динамики.[185][186] GPU1 дал исследователям значительные знания и опыт в разработке ГПГПУ программного обеспечения, но в ответ на научные неточности с DirectX, 10 апреля 2008 года на смену ему пришел GPU2, второе поколение клиента.[184][187] После появления GPU2, GPU1 был официально выведен из эксплуатации 6 июня.[184] По сравнению с GPU1, GPU2 был более надежным и производительным с научной точки зрения, работал на ATI и CUDA -включено Nvidia Графические процессоры и поддерживали более продвинутые алгоритмы, более крупные белки и визуализацию моделирования белков в реальном времени.[188][189] Вслед за этим 25 мая 2010 года было выпущено третье поколение клиента GPU Folding @ home (GPU3). Хотя обратная совместимость с GPU2, GPU3 был более стабильным, эффективным и гибким в своих научных возможностях,[190] и использовал OpenMM поверх OpenCL рамки.[190][191] Хотя эти клиенты GPU3 изначально не поддерживали операционные системы Linux и macOS, Пользователи Linux с видеокартами Nvidia могли запускать их через Вино программное приложение.[192][193] Графические процессоры остаются самой мощной платформой Folding @ home в мире. ФЛОПЫ. По состоянию на ноябрь 2012 года на долю клиентов GPU приходится 87% пропускной способности всего проекта x86 FLOPS.[194]

Встроенная поддержка видеокарт Nvidia и AMD под Linux была представлена ​​в FahCore 17, который использует OpenCL, а не CUDA.[195]

PlayStation 3

Дальнейшая информация: Жизнь с PlayStation
PlayStation 3's Жизнь с PlayStation клиент отображает трехмерную анимацию сворачиваемого белка

С марта 2007 года по ноябрь 2012 года Folding @ home использовала вычислительную мощность PlayStation 3s. На момент создания его основные потоковая передача Сотовый процессор обеспечил 20-кратное увеличение скорости по сравнению с ПК для некоторых вычислений, вычислительная мощность которых не могла быть найдена в других системах, таких как Xbox 360.[38][196] Высокая скорость и эффективность PS3 открыли другие возможности для стоящей оптимизации, согласно Закон Амдала, и значительно изменил компромисс между вычислительной эффективностью и общей точностью, позволяя использовать более сложные молекулярные модели с небольшими дополнительными вычислительными затратами.[197] Это позволило Folding @ home выполнять биомедицинские вычисления, которые в противном случае были бы невозможны с вычислительной точки зрения.[198]

Клиент PS3 был разработан совместными усилиями Sony и лабораторию Pande и впервые был выпущен как отдельный клиент 23 марта 2007 года.[38][199] Его выпуск сделал Folding @ home первым проектом распределенных вычислений, использующим PS3.[200] 18 сентября следующего года клиент PS3 стал каналом Жизнь с PlayStation о его запуске.[201][202] По типам вычислений, которые он может выполнять, на момент его внедрения клиент находился между гибкостью ЦП и скоростью ГП.[148] Однако, в отличие от клиентов, работающих на персональные компьютеры, пользователи не могли выполнять другие действия на своей PS3 во время работы Folding @ home.[198] Единая консольная среда PS3 сделала техническая поддержка проще и делает Folding @ home еще больше удобный.[38] PS3 также имел возможность быстро передавать данные на свой графический процессор, который использовался для визуализации на атомарном уровне в реальном времени текущей динамики белка.[197]

6 ноября 2012 года Sony прекратила поддержку клиента PS3 Folding @ home и других сервисов, доступных в Life with PlayStation. За пять лет и семь месяцев более 15 миллионов пользователей потратили более 100 миллионов часов на вычисления для Folding @ home, что в значительной степени помогло проекту в исследовании заболеваний. После обсуждений с лабораторией Pande Sony решила закрыть приложение. Панде считал, что клиент PlayStation 3 "изменил правила игры" для проекта.[203][204][205]

Клиент многоядерной обработки

Folding @ home может использовать параллельные вычисления возможности современных многоядерных процессоров.Возможность одновременного использования нескольких ядер процессора позволяет намного быстрее завершить полное моделирование. Работая вместе, эти ядра ЦП выполняют отдельные рабочие единицы пропорционально быстрее, чем стандартный однопроцессорный клиент. Этот метод является ценным с научной точки зрения, поскольку он позволяет выполнять гораздо более длинные траектории моделирования за то же время и снижает традиционные трудности масштабирования большого моделирования на множество отдельных процессоров.[206] Публикация 2007 г. в Журнал молекулярной биологии полагался на многоядерную обработку для имитации складывания части Виллин белка примерно в 10 раз дольше, чем это было возможно с однопроцессорным клиентом, что согласуется с экспериментальной скоростью сворачивания.[207]

В ноябре 2006 г. первое поколение симметричная многопроцессорная обработка (SMP) клиенты были публично выпущены для открытого бета-тестирования, называемого SMP1.[180] Эти клиенты использовали Интерфейс передачи сообщений (MPI) коммуникационные протоколы для параллельной обработки, поскольку в то время ядра GROMACS были не разработан для использования с несколькими потоками.[150] Это был первый раз, когда проект распределенных вычислений использовал MPI.[208] Хотя клиенты хорошо проявили себя в Unix -системы, такие как Linux и macOS, они были проблемными в Windows.[206][208] 24 января 2010 года SMP2, второе поколение клиентов SMP и преемник SMP1, был выпущен в качестве открытой бета-версии и заменил сложный MPI на более надежный. нить -основанная реализация.[145][164]

SMP2 поддерживает испытание специальной категории bigadv рабочие единицы, предназначенные для моделирования белков, которые необычайно велики и требуют больших вычислительных ресурсов и имеют большой научный приоритет. Эти блоки изначально требовали минимум восьми ядер ЦП,[209] который был увеличен до шестнадцати позже, 7 февраля 2012 года.[210] Наряду с этими дополнительными требованиями к оборудованию по сравнению со стандартными рабочими модулями SMP2 им требуется больше системных ресурсов, таких как оперативная память (RAM) и Пропускная способность интернета. В свою очередь, пользователи, которые их запускают, получают на 20% больше по сравнению с системой бонусных баллов SMP2.[211] Категория bigadv позволяет Folding @ home в течение длительного времени запускать особенно сложные симуляции, которые раньше требовали использования суперкомпьютеров. кластеры и не может выполняться где-либо еще на Folding @ home.[209] Многие пользователи с аппаратным обеспечением, способным запускать модули bigadv, позже считали, что их аппаратная установка не соответствует требованиям для рабочих модулей bigadv, когда были увеличены минимумы ядер ЦП, в результате чего они могли запускать только обычные рабочие модули SMP. Это разочаровало многих пользователей, которые вложили в программу значительные суммы денег, но вскоре после этого их оборудование устарело для целей bigadv. В результате Панде объявил в январе 2014 года, что программа bigadv завершится 31 января 2015 года.[212]

V7

Образец изображения клиента V7 в режиме новичка, работающего под управлением Windows 7. В дополнение к разнообразным элементам управления и сведениям о пользователе, V7 предоставляет информацию о единицах измерения, такую ​​как ее состояние, ход расчета, расчетное время прибытия, баллы, идентификационные номера и описание.

Клиент V7 - это седьмое и последнее поколение клиентского программного обеспечения Folding @ home, полностью переработанное и унифицированное для предыдущих клиентов. Windows, macOS, и Linux операционные системы.[213][214] Он был выпущен 22 марта 2012 года.[215] Как и его предшественники, V7 может запускать Folding @ home в фоновом режиме с очень низкой скоростью. приоритет, позволяя другим приложениям использовать ресурсы ЦП по мере необходимости. Он разработан, чтобы сделать установку, запуск и эксплуатацию более удобными для новичков и предложить исследователям большую научную гибкость, чем предыдущие клиенты.[216] V7 использует Trac за управление своими сообщениями об ошибках чтобы пользователи могли видеть процесс разработки и оставлять отзывы.[214]

V7 состоит из четырех интегрированных элементов. Пользователь обычно взаимодействует с открытым исходным кодом V7. GUI с именем FAHControl.[166][217] У него есть режимы пользовательского интерфейса для новичков, продвинутых и опытных пользователей, а также есть возможность отслеживать, настраивать и управлять множеством удаленных складных клиентов с одного компьютера. FAHControl направляет FAHClient, бэкэнд приложение, которое, в свою очередь, управляет каждым FAHSlot (или слот). Каждый слот служит заменой ранее отличавшихся от других клиентов однопроцессорных компьютеров Folding @ home v6, SMP или GPU, поскольку он может загружать, обрабатывать и выгружать рабочие блоки независимо. Функция FAHViewer, созданная по образцу средства просмотра PS3, отображает в реальном времени трехмерный рендеринг, если он доступен, белка, который в настоящее время обрабатывается.[213][214]

Гугл Хром

В 2014 году клиент Гугл Хром и Хром были выпущены веб-браузеры, позволяющие пользователям запускать Folding @ home в своем веб-браузере. Клиент использовал Google с Собственный клиент (NaCl) в веб-браузерах на основе Chromium для запуска кода Folding @ home с почти нативной скоростью в песочница на машине пользователя.[218] Из-за постепенного отказа от NaCL и изменений в Folding @ home веб-клиент был окончательно закрыт в июне 2019 года.[219]

Android

В июле 2015 года клиент для Android мобильные телефоны были выпущены на Гугл игры для работающих устройств Android 4.4 KitKat или новее.[220][221]

16 февраля 2018 года клиент Android, который был предложен в сотрудничестве с Sony, был удален из Google Play. Было объявлено о планах предложить альтернативу с открытым исходным кодом в будущем.[222]

Сравнение с другими симуляторами молекул

Rosetta @ home это проект распределенных вычислений, направленный на предсказание структуры белков и являющийся одним из самых точных третичная структура предикторы.[223][224] Конформационные состояния из программного обеспечения Rosetta можно использовать для инициализации модели состояния Маркова в качестве отправных точек для моделирования Folding @ home.[24] И наоборот, алгоритмы предсказания структуры могут быть улучшены на основе термодинамических и кинетических моделей и аспектов выборки моделирования сворачивания белка.[225] Поскольку Rosetta пытается предсказать только окончательное сложенное состояние, а не то, как происходит сворачивание, Rosetta @ home и Folding @ home дополняют друг друга и решают очень разные молекулярные вопросы.[24][226]

Антон это суперкомпьютер специального назначения, созданный для моделирования молекулярной динамики. В октябре 2011 года Антон и Folding @ home были двумя самыми мощными системами молекулярной динамики.[227] Антон уникален своей способностью создавать одиночные сверхдлинные, затратные в вычислительном отношении молекулярные траектории,[228] например, в 2010 году, который достиг миллисекундного диапазона.[229][230] Эти длинные траектории могут быть особенно полезны при некоторых типах биохимических проблем.[231][232] Однако Антон не использует для анализа модели состояния Маркова (МСМ). В 2011 году лаборатория Pande сконструировала МСМ из двух 100-мкс Антон смоделировал и нашел альтернативные пути сворачивания, которые не были видны при традиционном анализе Антона. Они пришли к выводу, что существует небольшая разница между МСМ, построенными из ограниченного числа длинных траекторий, и МСМ, собранными из множества более коротких траекторий.[228] В июне 2011 года Folding @ home добавил выборку моделирования Антона, чтобы лучше определить, как его методы сравниваются с методами Антона.[233][234] Однако, в отличие от более коротких траекторий Folding @ home, которые больше подходят для распределенных вычислений и других методов распараллеливания, более длинные траектории не требуют адаптивной выборки для получения достаточной выборки белка. фазовое пространство. В связи с этим возможно, что комбинация методов моделирования Антона и Folding @ home обеспечит более тщательную выборку этого пространства.[228]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Foldingathome.org (27 сентября 2016 г.). «О партнерах Folding @ home».
  2. ^ «Релизы Folding @ home 7.6 для Windows». Получено 11 мая, 2020.
  3. ^ а б Лаборатория Панде (2 августа 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы по Folding @ home с открытым исходным кодом». Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 3 марта 2020 г.. Получено 8 июля, 2013.
  4. ^ Складной @ home n.d.e: "Folding @ home (FAH или F @ h) - это проект распределенных вычислений для моделирования динамики белков, включая процесс сворачивания белков и движения белков, вызывающих различные заболевания. Он объединяет гражданских ученых, которые добровольно запускают моделирование динамики белков на своих персональных компьютерах. Выводы из этих данных помогают ученым лучше понять биологию и открывают новые возможности для разработки терапевтических средств ».
  5. ^ Пролив Джулии Евангелу (26 февраля 2019 г.). «Проект вычислительной биологии направлен на лучшее понимание сворачивания белков». Получено 8 марта, 2020.
  6. ^ а б c В. С. Панде; К. Бошан; Г. Р. Боуман (2010). «Все, что вы хотели знать о моделях состояния Маркова, но боялись спросить». Методы. 52 (1): 99–105. Дои:10.1016 / j.ymeth.2010.06.002. ЧВК  2933958. PMID  20570730.
  7. ^ Новости 12 Лонг-Айленд 2020: «С начала пандемии COVID-19 на Folding @ home наблюдался значительный рост загрузок, что является четким признаком того, что люди во всем мире озабочены тем, чтобы помочь исследователям найти лекарство от этого вируса», - сказал доктор Сина Раббани, декан школы DeMatteis ».
  8. ^ Pande lab. «Статистика клиента по ОС». Archive.is. Архивировано из оригинал 12 апреля 2020 г.. Получено 12 апреля, 2020.
  9. ^ «Статьи и результаты». [email protected]. Получено 30 июля, 2020.
  10. ^ а б c Винсент А. Воелц; Грегори Р. Боуман; Кайл Бошамп; Виджай С. Панде (2010). «Молекулярное моделирование свертывания белков ab initio для миллисекундной папки NTL9 (1–39)». Журнал Американского химического общества. 132 (5): 1526–1528. Дои:10.1021 / ja9090353. ЧВК  2835335. PMID  20070076.
  11. ^ Грегори Р. Боуман; Виджай С. Панде (2010). «Сложенные белковые состояния - это кинетические узлы». Труды Национальной академии наук. 107 (24): 10890–5. Bibcode:2010PNAS..10710890B. Дои:10.1073 / pnas.1003962107. ЧВК  2890711. PMID  20534497.
  12. ^ а б Кристофер Д. Сноу; Хоуби Нгуен; Виджай С. Панде; Мартин Грюбеле (2002). «Абсолютное сравнение смоделированной и экспериментальной динамики сворачивания белков» (PDF). Природа. 420 (6911): 102–106. Bibcode:2002Натура.420..102С. Дои:10.1038 / природа01160. PMID  12422224. S2CID  1061159. Архивировано из оригинал (PDF) 24 марта 2012 г.
  13. ^ Фабрицио Маринелли, Фабио Пьетруччи, Алессандро Лайо, Стефано Пиана (2009). Панде, Виджай С. (ред.). «Кинетическая модель складывания Trp-клетки из множественных смещенных моделей молекулярной динамики». PLOS вычислительная биология. 5 (8): e1000452. Bibcode:2009PLSCB ... 5E0452M. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000452. ЧВК  2711228. PMID  19662155.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  14. ^ "Так много нужно знать". Наука. 309 (5731): 78–102. 2005. Дои:10.1126 / science.309.5731.78b. PMID  15994524.
  15. ^ а б c Хит Экройд; Джон А. Карвер (2008). «Раскрытие тайн сворачивания и неправильного сворачивания белков». IUBMB Life (рассмотрение). 60 (12): 769–774. Дои:10.1002 / iub.117. PMID  18767168. S2CID  10115925.
  16. ^ а б Ивен Чен; Фэн Дин; Huifen Nie; Адриан В. Серохихос; Шантану Шарма; Кайл С. Уилкокс; Шуанъе Инь; Николай Васильевич Дохолян (2008). «Сворачивание белков: тогда и сейчас». Архивы биохимии и биофизики. 469 (1): 4–19. Дои:10.1016 / j.abb.2007.05.014. ЧВК  2173875. PMID  17585870.
  17. ^ а б Лейла М Лухеши; Дамиан Кроутер; Кристофер Добсон (2008). «Неправильная укладка белков и болезни: от пробирки к организму». Современное мнение в области химической биологии. 12 (1): 25–31. Дои:10.1016 / j.cbpa.2008.02.011. PMID  18295611.
  18. ^ К. Д. Сноу; Э. Дж. Сорин; Ю. М. Ри; В. С. Панде. (2005). «Насколько хорошо моделирование может предсказать кинетику и термодинамику сворачивания белка?». Ежегодный обзор биофизики (рассмотрение). 34: 43–69. Дои:10.1146 / annurev.biophys.34.040204.144447. PMID  15869383.
  19. ^ А. Верма; С.М. Гопал; А. Щуг; J.S. Ой; К.В. Кленин; К.Х. Ли; В. Венцель (2008). Массивно параллельное сворачивание всех атомных белков за один день. Достижения в области параллельных вычислений. 15. С. 527–534. ISBN  978-1-58603-796-3. ISSN  0927-5452.
  20. ^ Виджай С. Панде; Ян Бейкер; Джаррод Чепмен; Сидни П. Элмер; Сирадж Халик; Стефан М. Ларсон; Ён Мин Ри; Майкл Р. Ширтс; Кристофер Д. Сноу; Эрик Дж. Сорин; Боян Загрович (2002). «Моделирование атомистического сворачивания белка в субмиллисекундной шкале времени с использованием всемирных распределенных вычислений». Биополимеры. 68 (1): 91–109. Дои:10.1002 / bip.10219. PMID  12579582.
  21. ^ а б c Г. Боуман; В. Волез; В. С. Панде (2011). «Преодоление сложности сворачивания белков». Текущее мнение в структурной биологии. 21 (1): 4–11. Дои:10.1016 / j.sbi.2010.10.006. ЧВК  3042729. PMID  21081274.
  22. ^ Ходера, Джон Д .; Свуп, Уильям С .; Pitera, Jed W .; Дилл, Кен А. (1 января 2006 г.). «Долгосрочная динамика сворачивания белков на основе моделирования краткосрочной молекулярной динамики». Многомасштабное моделирование и симуляция. 5 (4): 1214–1226. Дои:10.1137 / 06065146X.
  23. ^ Роберт Б. Бест (2012). «Атомистическое молекулярное моделирование сворачивания белков». Текущее мнение в структурной биологии (рассмотрение). 22 (1): 52–61. Дои:10.1016 / j.sbi.2011.12.001. PMID  22257762.
  24. ^ а б c TJ Lane; Грегори Боуман; Роберт МакГиббон; Кристиан Швантес; Виджай Панде; Брюс Борден (10 сентября 2012 г.). "Часто задаваемые вопросы по моделированию Folding @ home". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  25. ^ Грегори Р. Боуман; Дэниел Л. Энсайн; Виджай С. Панде (2010). «Расширенное моделирование с помощью теории сетей: адаптивная выборка моделей состояния Маркова». Журнал химической теории и вычислений. 6 (3): 787–794. Дои:10.1021 / ct900620b. ЧВК  3637129. PMID  23626502.
  26. ^ Виджай Панде (8 июня 2012 г.). «FAHcon 2012: Размышляя о том, как далеко продвинулась FAH». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 12 июня, 2012.
  27. ^ Кайл А. Бошамп; Дэниел Л. Энсайн; Риджу Дас; Виджай С. Панде (2011). «Количественное сравнение моделирования подобласти головного ворса и экспериментов по переносу энергии триплет-триплет». Труды Национальной академии наук. 108 (31): 12734–9. Bibcode:2011PNAS..10812734B. Дои:10.1073 / pnas.1010880108. ЧВК  3150881. PMID  21768345.
  28. ^ Тимоти Х. Щелчок; Дебабани Гангули; Цзяньхан Чен (2010). «Внутренне неупорядоченные белки в мире, основанном на физике». Международный журнал молекулярных наук. 11 (12): 919–27. Дои:10.3390 / ijms11125292. ЧВК  3100817. PMID  21614208.
  29. ^ «Грег Боуман получил премию Kuhn Paradigm Shift 2010». simtk.org. SimTK: MSMBuilder. 29 марта 2010 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  30. ^ "Репозиторий исходного кода MSMBuilder". MSMBuilder. simtk.org. 2012 г. В архиве с оригинала 12 октября 2012 г.. Получено 12 октября, 2012.
  31. ^ «Биофизическое общество назвало пять лауреатов премии 2012 года». Biophysics.org. Биофизическое общество. 17 августа 2011 г. Архивировано с оригинал 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  32. ^ "Folding @ home - Награды". Складной @ дома. Foldingathome.org. Август 2011. Архивировано с оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  33. ^ Витторио Беллотти; Моника Стоппини (2009). "Заболевания неправильной упаковки белков" (PDF). Журнал открытой биологии. 2 (2): 228–234. Дои:10.2174/1874196700902020228. Архивировано 22 февраля 2014 года.CS1 maint: BOT: статус исходного URL-адреса неизвестен (связь)
  34. ^ а б c d е ж грамм час я Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). "FAQ по изучению болезней Folding @ home". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  35. ^ а б Кольер, Лесли; Balows, Альберт; Суссман, Макс (1998). Махи, Брайан; Кольер, Лесли (ред.). Микробиология и микробные инфекции Топли и Вильсона. 1, Вирусология (девятое изд.). Лондон: Арнольд. С. 75–91. ISBN  978-0-340-66316-5.
  36. ^ Фред Э. Коэн; Джеффри В. Келли (2003). «Терапевтические подходы к болезням неправильной упаковки белка». Природа (рассмотрение). 426 (6968): 905–9. Bibcode:2003Натура 426..905С. Дои:10.1038 / природа02265. PMID  14685252. S2CID  4421600.
  37. ^ а б Чун Сонг; Шен Лим; Джу Тонг (2009). «Последние достижения в области компьютерного дизайна лекарств». Брифинги по биоинформатике (рассмотрение). 10 (5): 579–91. Дои:10.1093 / bib / bbp023. PMID  19433475.
  38. ^ а б c d е ж Лаборатория Панде (2012). "Часто задаваемые вопросы о Folding @ Home Press". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  39. ^ Кристиан Шванкр Швантес (сотрудник лаборатории Панде) (15 августа 2011 г.). «Проекты 7808 и 7809 в полном объеме». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 16 октября, 2011.
  40. ^ Дель Люсент; В. Вишал; Виджай С. Панде (2007). «Сворачивание белка в ограниченном пространстве: роль растворителя». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 104 (25): 10430–10434. Bibcode:2007ПНАС..10410430Л. Дои:10.1073 / pnas.0608256104. ЧВК  1965530. PMID  17563390.
  41. ^ Винсент А. Воелц; Виджай Р. Сингх; Уильям Дж. Ведемейер; Лиза Дж. Лапидус; Виджай С. Панде (2010). «Динамика развернутого состояния и структура белка L, характеризуемая моделированием и экспериментом». Журнал Американского химического общества. 132 (13): 4702–4709. Дои:10.1021 / ja908369h. ЧВК  2853762. PMID  20218718.
  42. ^ а б Виджай Панде (23 апреля 2008 г.). "Folding @ home и Simbios". Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 9 ноября, 2011.
  43. ^ Виджай Панде (25 октября 2011 г.). "Re: Предлагаемые изменения на веб-сайте F @ h". Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 25 октября, 2011.
  44. ^ Кэролайн Хэдли (2004). «Биологи мыслят шире». EMBO отчеты. 5 (3): 236–238. Дои:10.1038 / sj.embor.7400108. ЧВК  1299019. PMID  14993921.
  45. ^ С. Пронк; П. Ларссон; И. Пуйя; G.R. Боуман; ЯВЛЯЕТСЯ. Хак; К. Бошан; Б. Гесс; ПРОТИВ. Панде; ВЕЧЕРА. Кассон; Э. Линдал (2011). «Коперник: новая парадигма параллельной адаптивной молекулярной динамики». 2011 Международная конференция по высокопроизводительным вычислениям, сетям, хранению данных и анализу: 1–10, 12–18.
  46. ^ Сандер Пронк; Иман Пуйя; Пер Ларссон; Питер Кассон; Эрик Линдал (17 ноября 2011 г.). "Коперник Скачать". copernicus-computing.org. Коперник. В архиве с оригинала 12 октября 2012 г.. Получено Второе октября, 2012.
  47. ^ Лаборатория Панде (27 июля 2012 г.). «Бумаги и результаты Folding @ home». Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 1 февраля, 2019.
  48. ^ G Брент Ирвин; Омар М. Эль-Агнаф; Ганеш М. Шанкар; Доминик М. Уолш (2008). «Белковая агрегация в головном мозге: молекулярная основа болезней Альцгеймера и Паркинсона». Молекулярная медицина (рассмотрение). 14 (7–8): 451–464. Дои:10.2119 / 2007-00100.Irvine. ЧВК  2274891. PMID  18368143.
  49. ^ Клаудио Сото; Лисбелл Д. Эстрада (2008). «Неправильная упаковка белка и нейродегенерация». Архив неврологии (рассмотрение). 65 (2): 184–189. Дои:10.1001 / archneurol.2007.56. PMID  18268186.
  50. ^ Робин Ройчаудхури; Минфэн Ян; Минако М. Хоши; Дэвид Б. Теплоу (2008). «Сборка амилоидного β-белка и болезнь Альцгеймера». Журнал биологической химии. 284 (8): 4749–53. Дои:10.1074 / jbc.R800036200. ЧВК  3837440. PMID  18845536.
  51. ^ а б Николас В. Келли; В. Вишал; Грант А. Краффт; Виджай С. Панде. (2008). «Моделирование олигомеризации при экспериментальных концентрациях и длительных временных масштабах: подход модели состояния Маркова». Журнал химической физики. 129 (21): 214707. Bibcode:2008ЖЧФ.129у4707К. Дои:10.1063/1.3010881. ЧВК  2674793. PMID  19063575.
  52. ^ а б П. Новик, Дж. Раджадас, К. В. Лю, Н. В. Келли, М. Инаятулла и В. С. Панде (2011). Бюлер, Маркус Дж. (Ред.). «Рационально разработанный поворот, способствующий мутации в последовательности амилоид-β-пептида, стабилизирует олигомеры в растворе». PLOS ONE. 6 (7): e21776. Bibcode:2011PLoSO ... 621776R. Дои:10.1371 / journal.pone.0021776. ЧВК  3142112. PMID  21799748.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  53. ^ Обгина Наим; Навид Ахмад Фазили (2011). «Дефектное сворачивание и агрегация белков как основа нейродегенеративных заболеваний: более темный аспект белков». Биохимия и биофизика клетки (рассмотрение). 61 (2): 237–50. Дои:10.1007 / s12013-011-9200-х. PMID  21573992. S2CID  22622999.
  54. ^ а б c d Грегори Р. Боуман; Сюйхуи Хуанг; Виджай С. Панде (2010). «Сетевые модели молекулярной кинетики и их первые приложения к здоровью человека». Клеточные исследования (рассмотрение). 20 (6): 622–630. Дои:10.1038 / кр.2010.57. ЧВК  4441225. PMID  20421891.
  55. ^ Виджай Панде (18 декабря 2008 г.). «Представлены новые результаты FAH о возможном новом лекарстве от болезни Альцгеймера». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 23 сентября, 2011.
  56. ^ Пол А. Новик; Дахабада Х. Лопес; Ким М. Брэнсон; Александра Эстерас-Чопо; Изабелла А. Граф; Гал Битан; Виджей С. Панде (2012). «Дизайн ингибиторов агрегации β-амилоида на основе предсказанного структурного мотива». Журнал медицинской химии. 55 (7): 3002–10. Дои:10.1021 / jm201332p. ЧВК  3766731. PMID  22420626.
  57. ^ yslin (член лаборатории Pande) (22 июля 2011 г.). «Новый проект p6871 [Classic]». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 17 марта, 2012.(требуется регистрация)
  58. ^ Pande lab. "Описание проекта 6871". Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 27 сентября, 2011.
  59. ^ Уокер Ф.О. (2007). "Болезнь Хантингтона". Ланцет. 369 (9557): 218–28 [220]. Дои:10.1016 / S0140-6736 (07) 60111-1. PMID  17240289. S2CID  46151626.
  60. ^ Николас В. Келли; Сюйхуи Хуанг; Стивен Тэм; Кристоф Списс; Джудит Фридман; Виджай С. Панде (2009). «Предсказанная структура головного убора белка Хантингтина и ее влияние на агрегацию Хантингтина». Журнал молекулярной биологии. 388 (5): 919–27. Дои:10.1016 / j.jmb.2009.01.032. ЧВК  2677131. PMID  19361448.
  61. ^ Сьюзан В. Либман; Стивен Мередит (2010). «Сворачивание белка: липкий N17 ускоряет накопление хантинтина». Природа Химическая Биология. 6 (1): 7–8. Дои:10.1038 / nchembio.279. PMID  20016493.
  62. ^ Дивакар Шукла (член лаборатории Pande) (10 февраля 2012 г.). «Проект 8021 выпущен в бета-версию». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 17 марта, 2012.(требуется регистрация)
  63. ^ М. Холлштейн; Д Сидранский; Б. Фогельштейн; CC Harris (1991). «мутации p53 при раке человека». Наука. 253 (5015): 49–53. Bibcode:1991Наука ... 253 ... 49H. Дои:10.1126 / science.1905840. PMID  1905840.
  64. ^ Л. Т. Чонг; К. Д. Сноу; Ю. М. Ри; В. С. Панде. (2004). "Димеризация домена олигомеризации p53: идентификация складывающегося ядра с помощью моделирования молекулярной динамики". Журнал молекулярной биологии. 345 (4): 869–878. CiteSeerX  10.1.1.132.1174. Дои:10.1016 / j.jmb.2004.10.083. PMID  15588832.
  65. ^ mah3, Виджай Панде (24 сентября 2004 г.). «Проект F @ H публикует результаты исследований, связанных с раком». Максимум ПК.com. Future US, Inc. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012. Насколько нам известно, это первые рецензируемые результаты проекта распределенных вычислений, связанного с раком.
  66. ^ Лилиан Т. Чонг; Уильям С. Свуп; Джед В. Питера; Виджай С. Панде (2005). "Кинетическое компьютерное сканирование аланина: применение к олигомеризации p53". Журнал молекулярной биологии. 357 (3): 1039–1049. Дои:10.1016 / j.jmb.2005.12.083. PMID  16457841.
  67. ^ Алмейда МБ, до Насименто Ж.Л., Эркулано А.М., Креспо-Лопес, ME (2011). «Молекулярные шапероны: к новым терапевтическим инструментам». Журнал молекулярной биологии (рассмотрение). 65 (4): 239–43. Дои:10.1016 / j.biopha.2011.04.025. PMID  21737228.
  68. ^ Виджай Панде (28 сентября 2007 г.). «Наномедицинский центр». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 23 сентября, 2011.
  69. ^ Виджай Панде (22 декабря 2009 г.). «Выпуск новых WU Protomol (Core B4)». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 23 сентября, 2011.
  70. ^ Pande lab. «Описание проекта 180». Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 27 сентября, 2011.
  71. ^ TJ Lane (член лаборатории Pande) (8 июня 2011 г.). «Проект 7600 в бете». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 27 сентября, 2011.(требуется регистрация)
  72. ^ TJ Lane (член лаборатории Pande) (8 июня 2011 г.). «Описание проекта 7600». Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 31 марта, 2012.
  73. ^ «Ученые повышают потенцию, уменьшают побочные эффекты белка IL-2, используемого для лечения рака». MedicalXpress.com. Medical Xpress. 18 марта 2012 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  74. ^ Арон М. Левин; Даррен Л. Бейтс; Аарон М. Ринг; Карстен Криг; Джек Т. Лин; Леон Су; Игнасио Морага; Миро Э. Ребер; Грегори Р. Боуман; Пол Новик; Виджай С. Панде; С. Гарнизон Фатман; Онур Бойман; К. Кристофер Гарсия (2012). "Использование естественного конформационного переключателя для создания суперкина интерлейкина-2"'". Природа. 484 (7395): 529–33. Bibcode:2012Натура.484..529L. Дои:10.1038 / природа10975. ЧВК  3338870. PMID  22446627.
  75. ^ Раух Ф, Глорье Ф.Х. (2004). "Несовершенный остеогенез". Ланцет. 363 (9418): 1377–85. Дои:10.1016 / S0140-6736 (04) 16051-0. PMID  15110498. S2CID  24081895.
  76. ^ Фратцл, Питер (2008). Коллаген: структура и механика. ISBN  978-0-387-73905-2. Получено 17 марта, 2012.
  77. ^ Готери А., Узел С., Весентини С., Редаелли А., Бюлер М.Дж. (2009). «Молекулярные и мезомасштабные механизмы несовершенного остеогенеза». Биофизический журнал. 97 (3): 857–865. Bibcode:2009BpJ .... 97..857G. Дои:10.1016 / j.bpj.2009.04.059. ЧВК  2718154. PMID  19651044.
  78. ^ Парк Санхюн; Рэндалл Дж. Радмер; Тери Э. Кляйн; Виджай С. Панде (2005). «Новый набор параметров молекулярной механики для гидроксипролина и его использование в моделировании молекулярной динамики коллагеноподобных пептидов». Журнал вычислительной химии. 26 (15): 1612–1616. CiteSeerX  10.1.1.142.6781. Дои:10.1002 / jcc.20301. PMID  16170799. S2CID  13051327.
  79. ^ Грегори Боуман (член лаборатории Панде). «Проект 10125». Складной @ дома. phpBB Группа. Получено 2 декабря, 2011.(требуется регистрация)
  80. ^ Хана Робсон Марсден; Ицуро Томатцу; Александр Крос (2011). «Модельные системы для плавления мембран». Обзоры химического общества (рассмотрение). 40 (3): 1572–1585. Дои:10.1039 / c0cs00115e. PMID  21152599.
  81. ^ Питер Кассон (2012). "Питер М. Кассон". Лаборатория Кассона. Университет Вирджинии. Архивировано из оригинал 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  82. ^ Питер М. Кассон; Афра Зомородян; Парк Санхюн; Нина Сингхал; Леонидас Дж. Гибас; Виджай С. Панде (2007). «Постоянные пустоты: новый структурный показатель для слияния мембран». Биоинформатика. 23 (14): 1753–1759. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm250. PMID  17488753.
  83. ^ Питер М. Кассон; Дэниел Л. Энсайн; Виджай С. Панде (2009). «Сочетание молекулярной динамики с байесовским анализом для прогнозирования и оценки лиганд-связывающих мутаций в гемагглютинине гриппа». Журнал Американского химического общества. 131 (32): 11338–11340. Дои:10.1021 / ja904557w. ЧВК  2737089. PMID  19637916.
  84. ^ Питер М. Кассон; Виджай С. Панде (2009). «Объединение взаимной информации со структурным анализом для скрининга функционально важных остатков в гемагглютинине гриппа». Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу: 492–503. Дои:10.1142/9789812836939_0047. ISBN  978-981-283-692-2. ЧВК  2811693. PMID  19209725.
  85. ^ Виджай Панде (24 февраля 2012 г.). «Сворачивание белка и вирусная инфекция». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 4 марта, 2012.
  86. ^ Брукхейсен, Нильс (3 марта 2020 г.). «Помогите вылечить коронавирус с помощью оставшейся вычислительной мощности вашего ПК». Оборудование Тома. Получено 12 марта, 2020.
  87. ^ Боуман, Грег (27 февраля 2020 г.). «Folding @ home начинает борьбу с COVID-19/2019-nCoV». Складной @ дома. Получено 12 марта, 2020.
  88. ^ «Folding @ home превращает свою массовую краудсорсинговую компьютерную сеть против COVID-19». 16 марта 2020.
  89. ^ Виджай Панде (27 февраля 2012 г.). «Новые методы компьютерного дизайна лекарств». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 1 апреля, 2012.
  90. ^ Гуха Джаячандран; М. Р. Ширтс; Искра; В. С. Панде (2006). «Параллельное вычисление по частям абсолютной связывающей свободной энергии с помощью стыковки и молекулярной динамики». Журнал химической физики. 125 (8): 084901. Bibcode:2006ЖЧФ.125х4901Ж. Дои:10.1063/1.2221680. PMID  16965051.
  91. ^ Pande lab. "Описание проекта 10721". Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 27 сентября, 2011.
  92. ^ а б Грегори Боуман (23 июля 2012 г.). «В поисках новых мишеней для наркотиков». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 27 сентября, 2011.
  93. ^ Грегори Р. Боуман; Филипп Л. Гейслер (июль 2012 г.). «Колебания равновесия одного свернутого белка обнаруживают множество потенциальных загадочных аллостерических сайтов». PNAS. 109 (29): 11681–6. Bibcode:2012PNAS..10911681B. Дои:10.1073 / pnas.1209309109. ЧВК  3406870. PMID  22753506.
  94. ^ Паула М. Петроне; Кристофер Д. Сноу; Дель Люсент; Виджай С. Панде (2008). «Распознавание боковой цепи и вход в выходной туннель рибосомы». Труды Национальной академии наук. 105 (43): 16549–54. Bibcode:2008ПНАС..10516549П. Дои:10.1073 / pnas.0801795105. ЧВК  2575457. PMID  18946046.
  95. ^ Pande lab. "Описание проекта 5765". Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 2 декабря, 2011.
  96. ^ Национальный институт неврологических расстройств и инсульта (21 августа 2018 г.). "Информационный бюллетень о болезни Крейтцфельдта-Якоба". Национальные институты здравоохранения США. Получено 2 марта, 2019.
  97. ^ а б c d е ж Купфер, Л; Hinrichs, W; Грошуп, М. (2009). «Неправильная упаковка прионного белка». Современная молекулярная медицина. Издательство Bentham Science. 9 (7): 826–835. Дои:10.2174/156652409789105543. ЧВК  3330701. PMID  19860662.
  98. ^ а б c Риек, Польша; Хорнеманн, Симона; Wider, Герхард; Биллетер, Мартин; Глокшубер, Руди; Вютрих, Курт (1996). «ЯМР-структура домена прионного белка мыши в PrP (121-231)». Природа. Исследования природы. 382 (6587): 180–182. Bibcode:1996Натура.382..180р. Дои:10.1038 / 382180a0. PMID  8700211. S2CID  4251606.
  99. ^ а б Ziegler, J; Sticht, H; Маркс, Калифорния; Мюллер, Вт; Rösch, P; Шварцингер, S (2003). «КД и ЯМР исследования прионного белка (PrP) helix1. Новое значение его роли в процессе преобразования PrPC -> PrPSc» (PDF). J Biol Chem. Американское общество биохимии и молекулярной биологии. 278 (50): 50175–81. Дои:10.1074 / jbc.M305234200. PMID  12952977. S2CID  29498217.
  100. ^ Говертс, Седрик; Хитрый, Хольгер; Брусинер, Стэнли Б.; Коэн, Фред (2004). «Доказательства сборки прионов с левыми β-спиралями в тримеры». Proc Natl Acad Sci USA. Национальная академия наук. 101 (22): 8342–47. Bibcode:2004PNAS..101.8342G. Дои:10.1073 / pnas.0402254101. ЧВК  420396. PMID  15155909.
  101. ^ Сильвейра, Джей; Раймонд, Грегори; Хьюсон, Эндрю; Раса, Ричард; Сим, Валери; Кауги, Байрон; Хейс, Стэнли (2005). «Самые заразные частицы прионного белка». Природа. Исследования природы. 437 (7056): 257–261. Bibcode:2005Натура.437..257С. Дои:10.1038 / природа03989. ЧВК  1513539. PMID  16148934.
  102. ^ а б Мур, Роджер А .; Таубнер, Лара М .; Приола, Сюзетт (2009). «Неправильная упаковка и болезнь прионного белка». Curr Opin Struct Biol. Эльзевир. 19 (1): 14–22. Дои:10.1016 / j.sbi.2008.12.007. ЧВК  2674794. PMID  19157856.
  103. ^ Мур, Роджер А .; Герцог, Кристиан; Эрретт, Джон; Коциско, Дэвид А .; Арнольд, Кевин М .; Hayes, Стэнли Ф .; Приола, Сюзетт А. (2006). «Вставки октапептидного повтора увеличивают скорость образования протеазо-устойчивого прионного белка». Белковая наука. Вили-Блэквелл. 15 (3): 609–619. Дои:10.1110 / л.с. 051822606. ЧВК  2249780. PMID  16452616.
  104. ^ Гассет, М; Болдуин, М; Ллойд, Д; Габриэль, Дж; Хольцман, Д; Коэн, Ф; Флеттерик, Р. Брусинер, S (1992). «Прогнозируемые альфа-спиральные области прионного белка при синтезе пептидов, образующих амилоид». Proc Natl Acad Sci USA. Национальная академия наук. 89 (22): 10940–44. Bibcode:1992PNAS ... 8910940G. Дои:10.1073 / пнас.89.22.10940. ЧВК  50458. PMID  1438300.
  105. ^ Зиглер, Ян; Виериг, Кристина; Геймер, Стефан; Рош, Пол; Шварцингер, Стефан (2006). «Предполагаемые сайты инициации агрегации в прионном белке». Письма FEBS. FEBS Press. 580 (8): 2033–40. Дои:10.1016 / j.febslet.2006.03.002. PMID  16545382. S2CID  23876100.
  106. ^ Брусинер, Стэнли (1998). «Прионы». Proc Natl Acad Sci USA. Национальная академия наук. 95 (23): 13363–83. Bibcode:1998ПНАС ... 9513363П. Дои:10.1073 / пнас.95.23.13363. ЧВК  33918. PMID  9811807.
  107. ^ Ворберг, I; Groschup, MH; Pfaff, E; Приола, С.А. (2003). «Множественные аминокислотные остатки в прионном белке кролика ингибируют образование его аномальной изоформы». Дж. Вирол. Американское общество микробиологии. 77 (3): 2003–9. Дои:10.1128 / JVI.77.3.2003-2009.2003. ЧВК  140934. PMID  12525634.
  108. ^ Барроу, CJ; Ясуда, А; Kenny, PT; Загорский, МГ (1992). «Конформации растворов и агрегационные свойства синтетических амилоидных бета-пептидов болезни Альцгеймера. Анализ спектров кругового дихроизма». J Biol Chem. Американское общество биохимии и молекулярной биологии. 225 (4): 1075–93. Дои:10.1016 / 0022-2836 (92) 90106-т. PMID  1613791.
  109. ^ Кузнецов, Игорь; Раковский, Шалом (2004). «Сравнительный вычислительный анализ прионных белков выявил два фрагмента с необычными структурными свойствами и паттерном увеличения гидрофобности, связанного с мутациями, способствующими заболеванию». Белковая наука. Вили-Блэквелл. 13 (12): 3230–44. Дои:10.1110 / пс 04833404. ЧВК  2287303. PMID  15557265.
  110. ^ Баскаков И.В. Имя ноги, G; Болдуин, Массачусетс; Prusiner, SB; Коэн, FE (2002). «Сложность пути сборки прионного белка в амилоид». J Biol Chem. Американское общество биохимии и молекулярной биологии. 277 (24): 21140–8. Дои:10.1074 / jbc.M111402200. PMID  11912192.
  111. ^ Раддик, М. Джордан; Брейси, Джорджия; Гей, Памела Л .; Линтотт, Крис Дж .; Мюррей, Фил; Шавински, Кевин; Салай, Александр С .; Ванденберг, Ян (декабрь 2010 г.). «Зоопарк Галактики: Изучение мотивов волонтеров гражданской науки». Обзор астрономического образования. 9 (1): 010103. arXiv:0909.2925. Bibcode:2010AEdRv ... 9a0103R. Дои:10.3847 / AER2009036. S2CID  118372704.
  112. ^ Вики, Кертис (20 апреля 2018 г.). Интернет-гражданская наука и расширение академических кругов: распределенное участие в исследованиях и производстве знаний. Чам, Швейцария. ISBN  9783319776644. OCLC  1034547418.
  113. ^ Ноя, Одед; Арази, Офер; Андерсон, Дэвид (2011). «Пыль для науки: мотивация и участие волонтеров в области науки о цифровых гражданах». Материалы конференции IConference 2011 по теме - IConference '11. IConference '11. Сиэтл, Вашингтон: ACM Press: 68–74. Дои:10.1145/1940761.1940771. ISBN  9781450301213. S2CID  12219985.
  114. ^ Кертис, Викки (декабрь 2015 г.). «Мотивация к участию в онлайн-игре Citizen Science Game: исследование Foldit» (PDF). Научное общение. 37 (6): 723–746. Дои:10.1177/1075547015609322. ISSN  1075-5470. S2CID  1345402.
  115. ^ а б c Кертис, Викки (27 апреля 2018 г.). «Модели участия и мотивации в Folding @ home: вклад энтузиастов аппаратного обеспечения и оверклокеров». Гражданская наука: теория и практика. 3 (1): 5. Дои:10.5334 / cstp.109. ISSN  2057-4991.
  116. ^ Колвелл, Б. (март 2004 г.). «Дзен разгона». Компьютер. 37 (3): 9–12. Дои:10.1109 / MC.2004.1273994. ISSN  0018-9162. S2CID  21582410.
  117. ^ Kloetzer, Laure; Да Коста, Жюльен; Шнайдер, Дэниел К. (31 декабря 2016 г.). «Не так уж и пассивно: участие и обучение в проектах Volunteer Computing». Человеческие вычисления. 3 (1). Дои:10.15346 / hc.v3i1.4. ISSN  2330-8001.
  118. ^ Дарч Питер; Карузи Аннамария (13 сентября 2010 г.). «Удержание волонтеров в волонтерских компьютерных проектах». Философские труды Королевского общества A: математические, физические и инженерные науки. 368 (1926): 4177–4192. Bibcode:2010RSPTA.368.4177D. Дои:10.1098 / rsta.2010.0163. PMID  20679130.
  119. ^ «Исследование участников, 2013 г .: выводы и дальнейшие шаги». Сетка мирового сообщества.
  120. ^ Кребс, Виола (31 января 2010 г.). «Мотивация киберволонтеров в прикладной среде распределенных вычислений: на примере MalariaControl.net». Первый понедельник. 15 (2). Дои:10.5210 / fm.v15i2.2783.
  121. ^ Кертис, Викки (2015). Интернет-проекты в области гражданской науки: исследование мотивации, вклада и участия, докторская диссертация (PDF). Великобритания: Открытый университет.
  122. ^ Мимс 2010
  123. ^ Панде 2008: «Время на настенных часах, в конце концов, единственное, что имеет значение, и поэтому мы сравниваем настенные часы (и почему в наших статьях мы делаем упор на настенные часы)».
  124. ^ Виджай Панде (16 сентября 2007 г.). «Преодоление барьера петафлопс». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 28 августа, 2011.
  125. ^ а б Майкл Гросс (2012). «Складные исследования привлекают нестандартную помощь». Текущая биология. 22 (2): R35 – R38. Дои:10.1016 / j.cub.2012.01.008. PMID  22389910.
  126. ^ «Список ТОП500 - июнь 2007». top500.org. Топ500. Июнь 2007 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  127. ^ «Folding @ Home - 2 петафлопс». n4g.com. HAVAmedia. 8 мая 2008 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  128. ^ «NVIDIA достигает вехи в достижении монументального развития Folding @ Home с Cuda». nvidia.com. Корпорация NVIDIA. 26 августа 2008 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  129. ^ «Барьер 3 ПетаФЛОП». longecity.org. Долголетие. 19 августа 2008 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  130. ^ «Увеличение числа« активных »папок PS3 увеличивает скорость Folding @ home до 4 петафлопс!». team52735.blogspot.com. Blogspot. 29 сентября 2008 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  131. ^ Виджай Панде (18 февраля 2009 г.). «Folding @ home соответствует отметке 5 петафлоп». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 31 августа, 2011.
  132. ^ «Преодоление барьера в 5 петафлопс». longecity.org. Долголетие. 18 февраля 2009 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  133. ^ Драган Закич (май 2009 г.). "Community Grid Computing - Исследования в параллельных и распределенных системах" (PDF). Колледж наук Университета Мэсси. Университет Мэсси. Архивировано из оригинал (PDF) 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  134. ^ Уильям Ито. «Обзор последних достижений в области сворачивания белков ab initio, выполненных проектом Folding @ home» (PDF). Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (PDF) 22 сентября 2012 г.. Получено 22 сентября, 2012.
  135. ^ «Список ТОП500 - ноябрь 2008 г.». top500.org. Топ500. Ноябрь 2008 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  136. ^ Джесси Викторс (10 ноября 2011 г.). "Шесть родных петафлопов". Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 11 ноября, 2011.
  137. ^ Ристо Кантонен (23 сентября 2013 г.). "Folding @ home Stats - Google Документы". Складной @ дома. Получено 23 сентября, 2013.
  138. ^ «Почти достигнуто 100 Петафлопс». Foldingathome.org. 11 мая, 2016. Получено 9 августа, 2016.
  139. ^ Боуман, Грег (20 марта 2020 г.). «Удивительно! @Foldingathome теперь имеет более 470 петафлопс вычислительной мощности. Для сравнения: это более чем в 2 раза превышает пиковую производительность суперкомпьютера Summit!». @drGregBowman. Получено 20 марта, 2020.
  140. ^ "Отчет о статистике Folding @ home". 20 марта 2020 г. Архивировано с оригинал 20 марта 2020 г.. Получено 20 марта, 2020.
  141. ^ Шилов, Антон (25 марта 2020 г.). «Folding @ Home Reaches Exascale: 1,500,000,000,000,000,000 операций в секунду для COVID-19». Анандтех. Получено 26 марта, 2020.
  142. ^ "Отчет о статистике Folding @ home". 20 ноября 2020.
  143. ^ а б c d е Лаборатория Панде (20 августа 2012 г.). "Часто задаваемые вопросы о Folding @ home Points". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  144. ^ Лаборатория Панде (23 июля 2012 г.). "Часто задаваемые вопросы о Folding @ home Passkey". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  145. ^ а б Питер Кассон (член лаборатории Панде) (24 января 2010 г.). "предстоящий выпуск ядер SMP2". Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 30 сентября, 2011.
  146. ^ а б c d е Лаборатория Панде (18 августа 2011 г.). "Главный FAQ по Folding @ home" (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ). Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  147. ^ "Официальный форум команды Extreme Overclocking Folding @ home". форумы.extremeoverclocking.com. Экстремальный разгон. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  148. ^ а б c d е ж грамм Адам Беберг; Даниэль Энсин; Гуха Джаячандран; Сирадж Халик; Виджай Панде (2009). «Folding @ home: уроки восьми лет добровольных распределенных вычислений» (PDF). 2009 Международный симпозиум IEEE по параллельной и распределенной обработке. Труды. С. 1–8. Дои:10.1109 / IPDPS.2009.5160922. ISBN  978-1-4244-3751-1. ISSN  1530-2075. S2CID  15677970.
  149. ^ Норман Чан (6 апреля 2009 г.). «Помогите команде по складыванию игр Maximum PC выиграть следующее испытание с шимпанзе!». Maximumpc.com. Future US, Inc. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  150. ^ а б c Лаборатория Панде (11 июня 2012 г.). "Folding @ home SMP FAQ". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  151. ^ Виджай Панде (5 апреля 2011 г.). «Больше прозрачности в тестировании». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 14 октября, 2011.
  152. ^ Брюс Борден (7 августа 2011 г.). "Re: Gromacs не может продолжать дальше". Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 августа, 2011.
  153. ^ PantherX (1 октября 2011 г.). "Re: Project 6803: (Run 4, Clone 66, Gen 255)". Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 9 октября, 2011.
  154. ^ PantherX (31 октября 2010 г.). «Устранение неполадок с плохими WU». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 августа, 2011.
  155. ^ Карстен Кутцнер; Дэвид Ван Дер Споул; Мартин Фехнер; Эрик Линдал; Удо В. Шмитт; Берт Л. Де Гроот; Гельмут Грубмюллер (2007). «Ускорение параллельной работы GROMACS в сетях с высокой задержкой». Журнал вычислительной химии. 28 (12): 2075–2084. Дои:10.1002 / jcc.20703. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-E29A-0. PMID  17405124. S2CID  519769.
  156. ^ Берк Хесс; Карстен Кутцнер; Дэвид ван дер Споэл; Эрик Линдал (2008). «GROMACS 4: Алгоритмы для высокоэффективного, сбалансированного по нагрузке и масштабируемого молекулярного моделирования». Журнал химической теории и вычислений. 4 (3): 435–447. Дои:10.1021 / ct700301q. HDL:11858 / 00-001M-0000-0012-DDBF-0. PMID  26620784.
  157. ^ Лаборатория Панде (19 августа 2012 г.). "Folding @ home Gromacs FAQ". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  158. ^ Лаборатория Панде (7 августа 2012 г.). "Указатель часто задаваемых вопросов о Folding @ home (FAQ)". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  159. ^ Виджай Панде (25 сентября 2009 г.). «Новости о новых ядрах и клиентах FAH». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 24 февраля, 2012.
  160. ^ а б М. С. Фридрихс; П. Истман; В. Вайдьянатан; М. Хьюстон; С. ЛеГранд; А. Л. Беберг; D. L. Ensign; К. М. Брунс; В. С. Панде (2009). «Ускорение молекулярно-динамического моделирования на графических процессорах». Журнал вычислительной химии. 30 (6): 864–72. Дои:10.1002 / jcc.21209. ЧВК  2724265. PMID  19191337.
  161. ^ Лаборатория Панде (19 августа 2012 г.). «Инициатива Folding @ home Petaflop». Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  162. ^ а б Лаборатория Панде (10 февраля 2011 г.). «Руководство по установке однопроцессорного клиента Windows». Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (Гид) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  163. ^ PantherX (2 сентября 2010 г.). «Re: Может ли Folding @ home повредить любую часть моего компьютера?». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 25 февраля, 2012.
  164. ^ а б c Виджай Панде (17 июня 2009 г.). «Каким образом осуществляется разработка кода FAH и системный администратор?». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 14 октября, 2011.
  165. ^ а б Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). "Руководство по удалению Folding @ home". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (Гид) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  166. ^ а б Разработчики Folding @ home. "Репозиторий исходного кода FAHControl". Foldingathome.org. Архивировано из оригинал 12 декабря 2012 г.. Получено 15 октября, 2012.
  167. ^ Pande lab. «Клиент распределенных вычислений Folding @ home». Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  168. ^ Виджай Панде (28 июня 2008 г.). «Лицензионное соглашение с конечным пользователем (EULA) Folding @ home». Складной @ дома. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 15 мая, 2012.
  169. ^ unikuser (7 августа 2011 г.). "FoldingAtHome". Документация Ubuntu. help.ubuntu.com. В архиве из оригинала 22 сентября 2012 г.. Получено 22 сентября, 2012.
  170. ^ «Случай модифицированных двоичных файлов». Левиафан Безопасность.
  171. ^ «Исправление / создание дыр в двоичных файлах ELF / программах - Black Hat».
  172. ^ возможно, используя такие инструменты, как ERESI
  173. ^ «x86 - Как разобрать, изменить, а затем собрать исполняемый файл Linux?». Переполнение стека.
  174. ^ "linux - Как мне добавить функциональность к существующему исполняемому файлу?". Обмен стеками обратного проектирования.
  175. ^ «Обход сертификата: сокрытие и запуск вредоносного ПО из исполняемого файла с цифровой подписью» (PDF). BlackHat.com. Глубокий инстинкт. Август 2016 г.
  176. ^ Финеус Р. Л. Марквик; Дж. Эндрю Маккаммон (2011). «Изучение функциональной динамики биомолекул с использованием ускоренной молекулярной динамики». Физическая химия Химическая физика. 13 (45): 20053–65. Bibcode:2011PCCP ... 1320053M. Дои:10.1039 / C1CP22100K. PMID  22015376.
  177. ^ М. Р. Ширтс; В. С. Панде. (2000). «Хранители экрана мира, соединяйтесь!». Наука. 290 (5498): 1903–1904. Дои:10.1126 / science.290.5498.1903. PMID  17742054. S2CID  2854586.
  178. ^ Pande lab. "Краткое содержание Folding @ Home" (PDF). Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве (PDF) из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 4 октября, 2011.
  179. ^ Rattledagger, Виджай Панде (1 апреля 2005 г.). «Клиент Folding @ home для BOINC в бета-версии» скоро"". Boarddigger.com. Anandtech.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  180. ^ а б c Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «Часто задаваемые вопросы о высокой производительности». Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  181. ^ Джон Д. Оуэнс; Дэвид Любке; Нага Говиндараджу; Марк Харрис; Йенс Крюгер; Аарон Лефон; Тимоти Дж. Перселл (2007). «Обзор универсальных вычислений на графическом оборудовании». Форум компьютерной графики. 26 (1): 80–113. CiteSeerX  10.1.1.215.426. Дои:10.1111 / j.1467-8659.2007.01012.x. S2CID  62756490.
  182. ^ П. Истман; В. С. Панде (2010). «OpenMM: аппаратно-независимая структура для молекулярного моделирования». Вычислительная техника в науке и технике. 12 (4): 34–39. Bibcode:2010CSE .... 12d..34E. Дои:10.1109 / MCSE.2010.27. ISSN  1521-9615. ЧВК  4486654. PMID  26146490.
  183. ^ И. Хак; В. С. Панде (2010). «Точные данные о мягких ошибках: крупномасштабная оценка реальной частоты ошибок в GPGPU». 2010 10-я Международная конференция IEEE / ACM по кластерам, облачным и сетевым вычислениям. С. 691–696. arXiv:0910.0505. Дои:10.1109 / CCGRID.2010.84. ISBN  978-1-4244-6987-1. S2CID  10723933.
  184. ^ а б c Лаборатория Панде (18 марта 2011 г.). "ATI FAQ". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  185. ^ Виджай Панде (23 мая 2008 г.). "Новости GPU (о поддержке GPU1, GPU2 и NVIDIA)". Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 8 сентября, 2011.
  186. ^ Трэвис Дезелл; Энтони Уотерс; Малик Магдон-Исмаил; Болеслав К. Шиманский; Карлос А. Варела; Мэтью Ньюби; Хайди Ньюберг; Андреас Пржиставик; Дэвид Андерсон (2009). «Ускорение проекта добровольных вычислений MilkyWay @ Home с помощью графических процессоров». 8-я Международная конференция по параллельной обработке и прикладной математике (PPAM 2009) Часть I. С. 276–288. CiteSeerX  10.1.1.158.7614. ISBN  978-3-642-14389-2.
  187. ^ Виджай Панде (10 апреля 2008 г.). «Открытая бета-версия GPU2». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 сентября, 2011.
  188. ^ Виджай Панде (15 апреля 2008 г.). «Обновления на странице загрузки / GPU2 запущены». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 сентября, 2011.
  189. ^ Виджай Панде (11 апреля 2008 г.). «Открытая бета-версия GPU2 идет хорошо». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 сентября, 2011.
  190. ^ а б Виджай Панде (24 апреля 2010 г.). «Подготовка к переходу на GPU3: новый клиент и клиенты NVIDIA FAH GPU будут (в будущем) нуждаться в CUDA 2.2 или новее». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 8 сентября, 2011.
  191. ^ Виджай Панде (25 мая 2010 г.). «Folding @ home: открытая бета-версия клиента / ядра GPU3». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 сентября, 2011.
  192. ^ Джозеф Коффланд (генеральный директор Cauldron Development LLC и ведущий разработчик Folding @ home) (13 октября 2011 г.). «Re: выпущен FAHClient V7.1.38 (4-я открытая бета-версия)». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 15 октября, 2011.
  193. ^ "Руководство по установке NVIDIA GPU3 Linux / Wine без головы". Складной @ дома. phpBB Группа. 8 ноября 2008 г. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 5 сентября, 2011.
  194. ^ Pande lab. «Статистика клиента по ОС». Складной @ дома. Foldingathome.org. В архиве с оригинала 28 ноября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  195. ^ Брюс Борден (25 июня 2013 г.). «GPU FahCore_17 теперь доступен для Windows и Linux». Складной @ дома. phpBB Группа. Получено 30 сентября, 2014.
  196. ^ "Futures in Biotech 27: Folding @ home на 1,3 петафлопс". Castroller.com. CastRoller. 28 декабря 2007 г. Архивировано с оригинал (Интервью, интернет-конференция) 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  197. ^ а б Эдгар Луттманн; Дэниел Л. Энсайн; Вишал Вайдьянатан; Майк Хьюстон; Ноам Римон; Jeppe Øland; Гуха Джаячандран; Марк Фридрихс; Виджай С. Панде (2008). «Ускорение молекулярно-динамического моделирования на процессоре клетки и PlayStation 3». Журнал вычислительной химии. 30 (2): 268–274. Дои:10.1002 / jcc.21054. PMID  18615421. S2CID  33047431.
  198. ^ а б Дэвид Э. Уильямс (20 октября 2006 г.). «Серьезная сторона PlayStation: борьба с болезнями». CNN. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  199. ^ Джерри Ляо (23 марта 2007 г.). «Домашнее лекарство: PlayStation 3 для изучения причин рака». mb.com. Издательство Manila Bulletin Publishing Corporation. Архивировано из оригинал 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  200. ^ Лу Кестен, Ассошиэйтед Пресс (26 марта 2007 г.). «Неделя новостей видеоигр:« Бог войны II »штурмует PS2; исследовательский проект для PS3». Post-Gazette.com. Pittsburgh Post-Gazette. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  201. ^ Элейн Чоу (18 сентября 2008 г.). «Служба новостей PS3, жизнь с PlayStation, теперь доступна для загрузки». Gizmodo.com. Gizmodo. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  202. ^ Виджай Панде (18 сентября 2008 г.). «Жизнь с Playstation - новое обновление клиента FAH / PS3». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 24 февраля, 2012.
  203. ^ Лаборатория Панде (30 мая 2012 г.). «PS3 FAQ». Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (ЧАСТО ЗАДАВАЕМЫЕ ВОПРОСЫ) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  204. ^ Эрик Лемпель (21 октября 2012 г.). «Обновление системного программного обеспечения PS3 (v4.30)». Блог PlayStation. Sony. В архиве с оригинала 22 октября 2012 г.. Получено Двадцать первое октября, 2012.
  205. ^ «Прекращение жизни с PlayStation». Жизнь с PlayStation. Sony. 6 ноября 2012 г. Архивировано с оригинал 9 ноября 2012 г.. Получено 8 ноября, 2012.
  206. ^ а б Виджай Панде (15 июня 2008 г.). "Что делает ядро ​​SMP?". Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 сентября, 2011.
  207. ^ Дэниел Л. Энсайн; Питер М. Кассон; Виджай С. Панде (2007). «Неоднородность даже на пределе скорости складывания: крупномасштабное исследование молекулярной динамики быстро складывающегося варианта головного убора Виллина». Журнал молекулярной биологии. 374 (3): 806–816. Дои:10.1016 / j.jmb.2007.09.069. ЧВК  3689540. PMID  17950314.
  208. ^ а б Виджай Панде (8 марта 2008 г.). «Разработка нового клиента / ядра Windows (SMP и классические клиенты)». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 30 сентября, 2011.
  209. ^ а б Питер Кассон (член лаборатории Панде) (15 июля 2009 г.). «новый выпуск: сверхбольшие рабочие единицы». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 9 октября, 2011.
  210. ^ Виджай Панде (7 февраля 2012 г.). "Новости о" bigadv-16 ", новом развертывании bigadv". Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 9 февраля, 2012.
  211. ^ Виджай Панде (2 июля 2011 г.). «Изменение системы начисления очков за рабочие единицы bigadv». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 24 февраля, 2012.
  212. ^ Виджай Панде (15 января 2014 г.). «Пересмотренные планы эксперимента BigAdv (BA)». Получено 6 октября, 2014.
  213. ^ а б Лаборатория Панде (23 марта 2012 г.). "Руководство по установке Windows (FAH V7)". Складной @ дома. Foldingathome.org. Архивировано из оригинал (Гид) 21 сентября 2012 г.. Получено 8 июля, 2013.
  214. ^ а б c Виджай Панде (29 марта 2011 г.). «Клиентская версия 7 сейчас в открытом бета-тестировании». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 14 августа, 2011.
  215. ^ Виджай Панде (22 марта 2012 г.). «Обновление веб-страницы и внедрение версии 7». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 22 марта, 2012.
  216. ^ Виджай Панде (31 марта 2011 г.). «Выпущено ядро ​​16 для ATI; также обратите внимание на поддержку графических процессоров NVIDIA для старых плат». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 7 сентября, 2011.
  217. ^ aschofield и jcoffland (3 октября 2011 г.). «Билет № 736 (Ссылка на GPL в FAHControl)». Складной @ дома. Trac. Архивировано из оригинал 12 октября 2012 г.. Получено 12 октября, 2012.
  218. ^ Панде, Виджай (24 февраля 2014 г.). «Добавление совершенно нового способа сворачивания прямо в браузере». Foldingathome.org. Pande Lab, Стэнфордский университет. Получено 13 февраля, 2015.
  219. ^ «Уведомление о завершении работы веб-клиента NaCL». Складной @ Home. Складной @ Home. Получено 29 августа, 2019.
  220. ^ Панде, Виджай (7 июля 2015 г.). «Первая полная версия нашего клиента Folding @ Home для мобильных телефонов Android». Складной @ Home. Foldingathome.org. Получено 31 мая, 2016.
  221. ^ "Folding @ Home". Гугл игры. 2016. Получено 31 мая, 2016.
  222. ^ «Капитальный ремонт клиента Android». Складной @ дома. 2 февраля 2018 г.. Получено 22 июля, 2019.
  223. ^ Lensink MF, Méndez R, Wodak SJ (декабрь 2007 г.). «Докинг и оценка белковых комплексов: CAPRI, 3-е издание». Белки. 69 (4): 704–18. Дои:10.1002 / prot.21804. PMID  17918726. S2CID  25383642.
  224. ^ Грегори Р. Боуман; Виджай С. Панде (2009). «Имитация отпуска дает представление о функции оценки Rosetta с низким разрешением». Белки: структура, функции и биоинформатика. 74 (3): 777–88. Дои:10.1002 / prot.22210. PMID  18767152. S2CID  29895006.
  225. ^ Г. Р. Боуман и В. С. Панде (2009). Хофманн, Андреас (ред.). «Роль энтропии и кинетики в предсказании структуры». PLOS ONE. 4 (6): e5840. Bibcode:2009PLoSO ... 4.5840B. Дои:10.1371 / journal.pone.0005840. ЧВК  2688754. PMID  19513117.
  226. ^ Gen_X_Accord, Виджай Панде (11 июня 2006 г.). "Folding @ home vs. Rosetta @ home". Rosetta @ home форумы. Вашингтонский университет. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 20 сентября, 2012.
  227. ^ Виджай Панде (13 октября 2011 г.). «Сравнение подходов FAH и Антона». Складной @ дома. typepad.com. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 25 февраля, 2012.
  228. ^ а б c Томас Дж. Лейн; Грегори Р. Боуман; Кайл Бошамп; Винсент Элвин Воелз; Виджай С. Панде (2011). «Модель марковского состояния выявляет складчатость и функциональную динамику в сверхдлинных MD-траекториях». Журнал Американского химического общества. 133 (45): 18413–9. Дои:10.1021 / ja207470h. ЧВК  3227799. PMID  21988563.
  229. ^ Дэвид Э. Шоу; и другие. (2009). Моделирование молекулярной динамики на Антоне в миллисекундном масштабе. Труды конференции по высокопроизводительным вычислительным сетям, хранилищам и анализу. С. 1–11. Дои:10.1145/1654059.1654099. ISBN  978-1-60558-744-8. S2CID  53234452.
  230. ^ Дэвид Э. Шоу; и другие. (2010). "Атомно-уровень характеристики структурной динамики белков". Наука. 330 (6002): 341–346. Bibcode:2010Sci ... 330..341S. Дои:10.1126 / science.1187409. PMID  20947758. S2CID  3495023.
  231. ^ Дэвид Э. Шоу; Мартин М. Денеров; Рон О. Дрор; Джеффри С. Кускин; Ричард Х. Ларсон; Джон К. Сэлмон; Клифф Янг; Брэннон Бэтсон; Кевин Дж. Бауэрс; Джек С. Чао; Майкл П. Иствуд; Джозеф Гальярдо; Дж. П. Гроссман; К. Ричард Хо; Дуглас Дж. Иерарди; и другие. (2008). "Антон, Специальная машина для моделирования молекулярной динамики". Коммуникации ACM. 51 (7): 91–97. Дои:10.1145/1364782.1364802.
  232. ^ Рон О. Дрор; Роберт М. Диркс; Дж. П. Гроссман; Хуафэн Сюй; Дэвид Э. Шоу (2012). «Биомолекулярное моделирование: компьютерный микроскоп для молекулярной биологии». Ежегодный обзор биофизики. 41: 429–52. Дои:10.1146 / annurev-biophys-042910-155245. PMID  22577825.
  233. ^ TJ Lane (член лаборатории Pande) (6 июня 2011 г.). «Проект 7610 и 7611 в Бета». Складной @ дома. phpBB Группа. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 25 февраля, 2012.(требуется регистрация)
  234. ^ Pande lab. "Описание проекта 7610". Складной @ дома. В архиве из оригинала 21 сентября 2012 г.. Получено 26 февраля, 2012.

Источники

внешняя ссылка