Сервер LabKey - LabKey Server

Сервер LabKey
Разработчики)LabKey
Стабильный выпуск
20.11[1] / 19 ноября 2020 г.; 12 дней назад (2020-11-19)
Написано вЯва
Операционная системаКроссплатформенность
ЛицензияЛицензия Apache 2.0
Интернет сайтhttp://www.labkey.com

Сервер LabKey это программный пакет, доступный для ученых интегрировать, анализировать, и Поделиться данные биомедицинских исследований. Платформа обеспечивает безопасный хранилище данных который позволяет запрашивать, составлять отчеты и сотрудничать через Интернет по ряду источников данных. Конкретные научные приложения и рабочие процессы могут быть добавлены поверх базовой платформы и использовать обработку данных трубопровод.

Лицензия

LabKey бесплатно лицензирует LabKey Server и его документацию на условиях Лицензия Apache.[2]

Языки и расширяемость

Базовая платформа написана на Ява. Его можно расширить за счет добавления модулей на основе Java или простых модулей на основе файлов, написанных на HTML, XML и JavaScript.[3] Платформа также может быть расширена с помощью LabKey Server Ява, JavaScript, р, Python, Perl и SAS клиентские библиотеки.[4]

История

Сервер LabKey, первоначально известный как Система компьютерного анализа протеомики (CPAS), был разработан в Онкологический исследовательский центр Фреда Хатчинсона для управления большими объемами данных, созданными в лаборатории вычислительной протеомики Фреда Хатча. В 2005 году небольшая команда вышла из Hutch и начала работать независимо под названием LabKey Software после того, как участники осознали, что программное обеспечение может быть полезным для более широкого научного сообщества.[5][6][7]

Основные компоненты

LabKey Server предоставляет безопасное хранилище данных для всех типов биомедицинских данных, включая масс-спектрометрии, проточной цитометрии, микрочип, микропланшет, ELISpot, ELISA, NAb и обсервационное исследование Информация. Настраиваемый конвейер обработки данных позволяет загружать и обрабатывать большие файлы данных, часто используемые в биомедицинских исследованиях.

Платформа также обеспечивает специализированную поддержку в нескольких областях исследований, в том числе:

  • Наблюдательные исследования. Поддерживает управление продольный, крупномасштабные исследования участников, субъектов или животных с течением времени. Позволяет интегрировать клинические данные с результатами анализа.
  • Протеомика. Позволяет обрабатывать данные масс-спектрометрии с высокой пропускной способностью с использованием таких инструментов, как ИКС! Тандем поисковая система, Транс-протеомный трубопровод, Талисман и Секвестр. Сертифицирован как «Служба передачи данных, соответствующая уровню Silver» с КАБИГ стандарт.
  • Проточной цитометрии. Поддерживает автоматизированный контроль качества, централизованное управление данными и обмен данными через Интернет. Интегрируется с FlowJo.

Портал открытых исследований вируса Зика

В 2016 году LabKey и профессор Дэйв О'Коннор из Университет Висконсина-Мэдисона запустил портал открытых исследований вируса Зика [1] с помощью LabKey Server. Портал обеспечивает прямой доступ к данным экспериментов, созданных членами группы экспериментальных исследований вируса Зика (ZEST). Портал привлек внимание научного сообщества как первая в своем роде платформа для обмена данными исследований в реальном времени. [8][9]

Программное обеспечение с открытым исходным кодом

Labkey лицензируется на различные виды деятельности. Исходный код предоставляется для основного набора функций в Community Edition, также доступны версии Premium.[10]

Пользователи

Пользователи варьируются от отдельных лабораторий до крупных исследовательских консорциумов. В 2017 году пользователями программы были:[11]

Публикации

  • Нельсон, Элизабет К; Пилер, Бритт; Экелс, Джош; Раух, Адам; Беллью, Мэтью; Хасси, Питер; Рамзи, Сара; Нат, Кори; Лум, Карл; Крауз, Кевин; Стернс, Дэвид; Коннолли, Брайан; Скиллман, Том; Игра, Марк (2011). «Сервер LabKey: платформа с открытым исходным кодом для интеграции, анализа и совместной работы научных данных». BMC Bioinformatics. 12: 71. Дои:10.1186/1471-2105-12-71. ЧВК  3062597. PMID  21385461.
  • Раух, Адам; Беллью, Мэтью; Eng, Джимми; Фитцгиббон, Мэтью; Хольцман, Тед; Хасси, Питер; Игра, Марк; Маклин, Брендан; и другие. (2006). «Система компьютерного анализа протеомики (CPAS): расширяемая аналитическая система с открытым исходным кодом для оценки и публикации протеомных данных и высокопроизводительных биологических экспериментов». Журнал протеомных исследований. 5 (1): 112–21. Дои:10.1021 / pr0503533. PMID  16396501.
  • Шульман, Николай; Беллью, Мэтью; Снеллинг, Джордж; Картер, Дональд; Хуанг, Юнда; Ли, Хунли; Self, Стивен Дж .; МакЭлрат, М. Джулиана; Де Роса, Стивен К. (2008). «Разработка автоматизированной системы анализа данных проточной цитометрии внутриклеточного окрашивания цитокинов в результате клинических испытаний вакцин». Цитометрия Часть А. 73A (9): 847–56. Дои:10.1002 / cyto.a.20600. ЧВК  2591089. PMID  18615598.
  • «Лучшее из обоих миров: интеграция веб-приложения Java с SAS с использованием драйвера SAS / SHARE для JDBC» (PDF).

Рекомендации

  1. ^ «Выпуск: LabKey Server v20.11». Получено 2020-11-20.
  2. ^ "Часто задаваемые вопросы о LabKey: / home". Labkey.org. Получено 2010-05-29.
  3. ^ "Модули сборки: / главная / Документация". Labkey.org. Получено 2010-05-29.
  4. ^ «LabKey API: / Документация». Labkey.org. Получено 2010-05-29.
  5. ^ «Лаборатория вычислительной протеомики». Proteomics.fhcrc.org. Архивировано из оригинал на 2010-06-16. Получено 2010-05-29.
  6. ^ http://www.fhcrc.org/content/public/en/news/center-news/2005/03/wizards-computational-science.html
  7. ^ "Новости центра - 1/5/06 - Центр, NCI запускает программное обеспечение с открытым исходным кодом для протеомного анализа". Fhcrc.org. 2006-01-05. Получено 2010-05-29.
  8. ^ «Исследователи вируса Зика в режиме реального времени публикуют данные об исследовании вирусных инфекций у обезьян». Новости природы. 2016-02-23. Получено 2016-02-23.
  9. ^ "Данные о вирусе Зика из лаборатории и прямо в Интернет". Нью-Йорк Таймс. 2016-07-18. Получено 2016-07-18.
  10. ^ «LabKey Server - самая гибкая программная платформа Research для анализа».
  11. ^ «Наши клиенты | Программное обеспечение LabKey». Labkey.com. Получено 2010-05-29.

внешняя ссылка