Сравнение программного обеспечения для моделирования молекулярной механики - Comparison of software for molecular mechanics modeling

Это список компьютерных программ, которые преимущественно используются для молекулярная механика расчеты.

ИмяПросмотр 3DКонструктор моделейМин.MDMCREMQMБесGPUКомментарииЛицензияИнтернет сайт
Морское ушкодадададададаядадаБиомолекулярное моделирование, сворачивание белков.Проприетарный, бесплатно, коммерческийAgile Molecule
АПДдадададаНетНетдададаНабор для моделирования: ReaxFF, UFF, QM-MM с силовыми полями Amber и Tripos, DFT и полуэмпирические методы, конформационный анализ с помощью RDKit; частично с ускорением на GPUПроприетарный, коммерческий, бесплатное испытаниеСКМ
Аскалаф ДизайнердадададададаядадаМолекулярное строительство (ДНК, белки, углеводороды, нанотрубки), молекулярная динамика, ускорение GPUСмешанный: бесплатно Открытый исходный код (GNU GPL ) & коммерческийПроект Аскалаф
АвогадродададаНетНетНетяНетНетПостроение молекул, редактирование (пептиды, небольшие молекулы, кристаллы), конформационный анализ, преобразование 2D / 3D; расширяемые интерфейсы для других инструментовСвободный Открытый исходный код GNU GPLАвогадро
БОССНетНетдаНетдаНетдаНетНетOPLSПроприетарныйЙельский университет
ОчарованиеНетдадададаяядадаКоммерческую версию с несколькими графическими интерфейсами продает Accelrys (как CHARMm)Проприетарный, коммерческийcharmm.org
ЧЕМКИННетНетНетНетНетНетНетНетНетКинетика химической реакции.ПроприетарныйЧЕМКИН
CP2KНетНетдададаНетдададаCP2K может выполнять атомистическое и молекулярное моделирование твердотельных, жидких и биологических систем.Свободный Открытый исходный код GNU GPLv2 или позжеCP2K
ДесмонддадададаНетдаНетНетдаВысокопроизводительный MD; имеет комплексный графический интерфейс для построения, визуализации и просмотра результатов, а также настройки и запуска расчетовПроприетарный, коммерческий или бесплатноD. E. Shaw Research Шредингер
Discovery StudioдададададаНетдадаНетКомплексный набор приложений для моделирования и моделирования наук о жизни, направленных на оптимизацию процесса открытия лекарств: моделирование малых молекул, QM-MM, моделирование фармакофора, QSAR, стыковка белок-лиганд, моделирование гомологии белков, анализ последовательностей, стыковка белок-белок, моделирование антител и т. Д. .Проприетарный, доступна пробная версияDassault Systèmes BIOVIA
(ранее Accelrys)
сложите егоY / IдададададаяНетНетВашингтонский университет и лаборатория Бейкера; предсказание структуры, сворачивание белкаПроприетарный, коммерческий или бесплатностраница загрузки fold.it
FoldXядадаНетНетНетНетНетНетРасчет энергии, белковый дизайнПроприетарный, коммерческий или бесплатноCRG
GROMACSНетНетдадаНет[1]даяда[2]даВысокопроизводительный MDСвободный Открытый исходный код GNU GPLgromacs.org
ГРОМОСНетНетдадададаНетдадаПредназначен для биомолекулПроприетарный, коммерческийСайт ГРОМОС
ЛАМПЫдадададададаядадаИмеет потенциал для мягких и твердотельных материалов и крупнозернистых систем.Свободный Открытый исходный код, GNU GPLv2Sandia
МакромодельдададададаНетядаНетOPLS-AA, MMFF, модель растворителя GBSA, конформационный отбор проб, минимизация, MD. Включает графический интерфейс Maestro, который обеспечивает визуализацию, построение молекул, настройку вычислений, запуск заданий и мониторинг, организацию результатов на уровне проекта, доступ к набору других программ моделирования.ПроприетарныйШредингер
КАРТЫ [3]дададададададаНетдаИнструменты построения, визуализации и анализа в одном пользовательском интерфейсе с доступом к нескольким механизмам моделированияПроприетарный, доступна пробная версияНаукомика
Студия материаловдададададаНетдададаСреда, которая привносит технологию моделирования материалов в настольные компьютеры, решая ключевые проблемы в процессах НИОКРПроприетарный, доступна пробная версияDassault Systèmes BIOVIA
(ранее Accelrys)
MBN Explorer[4] + МБН СтудиядададададаНетНетдадаСтандартные и реактивные силовые поля CHARMM; молекулярный моделист (углеродные наноматериалы, биомолекулы, нанокристаллы); явная библиотека примеровПроприетарный, доступна бесплатная пробная версияИсследовательский центр МБН
MDynaMixНетНетНетдаНетНетНетНетНетПараллельный MDСвободный Открытый исходный код GNU GPLСтокгольмский университет
МЧСдадададаНетНетядаНетМолекулярная операционная среда (МЧС)ПроприетарныйГруппа химических вычислений
ОракНетНетдадаНетдаНетдаНетПрограмма моделирования молекулярной динамики для исследования поверхностей свободной энергии в биомолекулярных системах на атомном уровнеСвободный Открытый исходный кодСтраница загрузки Orac
NAMD + VMDдадададаНетдаядадаБыстрый, параллельный MD, CUDAПроприетарный, бесплатное академическое использование, исходный кодИнститут Бекмана
NWChemНетНетдадаНетНетдаНетНетВысокопроизводительное программное обеспечение для вычислительной химии, включает квантовую механику, молекулярную динамику и комбинированные методы QM-MM.Свободный Открытый исходный код, Лицензия образовательного сообщества версии 2.0NWChem
Программа локальной оптимизации белковНетдадададаНетНетНетНетОптимизация спирали, петли и боковой цепи, быстрая минимизация энергииПроприетарныйPLOP вики
QНетНетНетдаНетНетНетНетНет(I) моделирование возмущения свободной энергии (FEP), (II) эмпирическая валентная связь (EVB), расчеты свободных энергий реакции, (III) расчет энергии линейного взаимодействия (LIE) аффинностей связывания рецептор-лигандСвободный Открытый исходный код GNU GPLv2 или позжеQ
САМСОНдадададаНетНетдаНетНетВычислительная нанонаука (науки о жизни, материалы и др.). Модульная архитектура, модули, называемые элементами САМСОНПроприетарный, бесплатноSAMSON Connect
ScigressдадададаНетНетдадаНетММ, DFT, полуэмпирические методы, параллельно MD, конформационный анализ, линейное масштабирование SCF, стыковочный белок-лиганд, Пакетная обработка, виртуальный просмотр, автоматические конструкторы (молекулярная динамика, белки, кристаллы)ПроприетарныйSCIGRESS.com
СпартанскийдададаНетдаНетдадаНетИнструменты MM и QM для малых молекул (<2000 а.е.м.) для определения конформации, структуры, свойств, спектров, реакционной способности и селективности.Проприетарный, доступна бесплатная пробная версияWavefunction, Inc.
ТераХимНетНетдадаНетНетдаНетдаВысокая производительность GPU -ускоренный ab initio молекулярная динамика и TD /DFT программный пакет для очень больших молекулярный или даже наноразмер системы. Работает на NVIDIA GPU и 64-битный Linux, сильно оптимизировал CUDA код.Проприетарный, доступны пробные лицензииООО «ПетаХим»
ТИНКЕРядадададаяядадаПрограммные инструменты для молекулярного дизайна-Tinker-OpenMM[5]

Программные средства для молекулярного дизайна-Tinker-HP[6]

Проприетарный, бесплатноВашингтонский университет
Тремоло-XяНетдадаНетНетНетНетНетБыстрый параллельный MDПроприетарныйТремоло-X
UCSF ХимерадададаНетНетНетНетНетНетВизуально привлекательная программа просмотра, ротамеры аминокислот и другое здание, в разработке находятся плагины Antechamber и MMTK, Ambertools.Проприетарный, бесплатное академическое использованиеКалифорнийский университет
ЯСАРАдадададаНетНетдаНетдаМолекулярная графика, моделирование, симуляцияПроприетарныйYASARA.org

Смотрите также

Примечания и ссылки

  1. ^ Харрисон Э.Т., Вайднер Т., Кастнер Д.Г., Интерланди Г. (2017). «Прогнозирование ориентации белка G B1 на гидрофобных поверхностях с использованием моделирования Монте-Карло». Биоинтерфазы. 12 (2): 02D401. Дои:10.1116/1.4971381. ЧВК  5148762. PMID  27923271.
  2. ^ Неявный растворитель - Gromacs В архиве 29 июля 2014 г. Wayback Machine
  3. ^ «КАРТЫ». Архивировано из оригинал на 2019-11-28. Получено 2016-11-14.
  4. ^ Я. Соловьев, А. Якубович, П. Николаев, И. Волковец, А.В. Соловьева (2012). «MesoBioNano Explorer - универсальная программа для многомасштабного компьютерного моделирования сложной молекулярной структуры и динамики». J. Comput. Chem. 33 (30): 2412–2439. Дои:10.1002 / jcc.23086. PMID  22965786.CS1 maint: использует параметр авторов (связь)
  5. ^ М. Харгер, Д. Ли, З. Ван, К. Долби, Л. Лагардер, Ж.-П. Пикемал, Дж. Пондер, П. Рен (2017). «Tinker-OpenMM: Абсолютная и относительная алхимическая свободная энергия с использованием AMOEBA на графических процессорах». Журнал вычислительной химии. 38 (23): 2047–2055. Дои:10.1002 / jcc.24853. ЧВК  5539969. PMID  28600826.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  6. ^ Л. Лагардер, Л.-Х. Джолли, Ф. Липпарини, Ф. Авиат, Б. Стамм, З. Ф. Джинг, М. Харгер, Х. Торабифард, Г. А. Сиснерос, М. Дж. Шнидерс, Н. Греш, Ю. Мадей, П. И. Рен, Дж. В. Пондер, Ж.-П. Пикемал (2018). «Tinker-HP: массивно-параллельный пакет молекулярной динамики для многомасштабного моделирования больших сложных систем с продвинутыми точечными дипольными поляризуемыми силовыми полями». Химическая наука. 9 (4): 956–972. Дои:10.1039 / C7SC04531J. ЧВК  5909332. PMID  29732110.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)

внешняя ссылка