MDynaMix - MDynaMix

Молекулярная динамика смесей
	ДНК-моделирование на MDynaMix
Оригинальный автор (ы)	Аатто Лааксонен, Александр Любарцев
Разработчики)	Стокгольмский университет, Кафедра химии материалов и окружающей среды, Кафедра физической химии
изначальный выпуск	1993; 27 лет назад
Стабильный выпуск	5.2.7 / 31 января 2015 г.; 5 лет назад
Написано в	Фортран 77-90
Операционная система	Unix, Unix-подобный, Linux, Windows
Платформа	x86, x86-64, Cray
Доступно в	английский
Тип	Молекулярная динамика
Лицензия	GPL
Интернет сайт	www.fos.su.se/ ~ саша/ mdynamix

Молекулярная динамика смесей (MDynaMix) это компьютер программного обеспечения пакет общего назначения молекулярная динамика для моделирования смесей молекул, взаимодействующих посредством ЯНТАРЬ - и Очарование -подобно силовые поля в периодические граничные условия.^[1]^[2]Алгоритмы включены для NVE, NVT, NPT, анизотропных ансамблей NPT и Суммирование Эвальда для обработки электростатических взаимодействий. Код был написан на сочетании Фортран 77 и 90 (с Интерфейс передачи сообщений (MPI) для параллельного выполнения). Пакет работает на Unix и Unix-подобный (Linux ) рабочие станции, кластеры рабочих станций и на Windows в последовательном режиме.

MDynaMix разработан в отделе физической химии, отделении материалов и химии окружающей среды, Стокгольмский университет, Швеция. Он выпущен как программное обеспечение с открытым исходным кодом под Стандартная общественная лицензия GNU (GPL).

Программ

мкр основной блок MDynaMix
Makemol это утилита, которая помогает создавать файлы, описывающие молекулярную структуру и силовое поле
транссексуал набор утилит для анализа траекторий
мди это версия программы, которая реализует расширенный ансамбль метод вычисления свободная энергия и химический потенциал (не распараллеливается)
mge обеспечивает графический интерфейс пользователя строить молекулярные модели и следить за динамикой процесса

Область применения

Термодинамические свойства жидкостей^[3]
Нуклеиновая кислота - взаимодействие ионов^[4]
Моделирование липидных бислоев^[5]
Полиэлектролиты^[6]
Ионные жидкости^[7]^[8]
Рентгеновские спектры жидкой воды^[9]
Силовое поле разработка^[10]^[11]

Смотрите также

Рекомендации

^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. Дои:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.
^ А.П. Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное моделирование молекулярной динамики биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления Крупномасштабные научные и промышленные задачи. Конспект лекций по информатике. 1541. Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. Дои:10.1007 / BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.
^ Т. Кузнецова, Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. Дои:10.1039 / b108726f.
^ Ю. Ченг, Н. Королев и Л. Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K + и Na + с упорядоченной конденсированной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (2): 686–696. Дои:10.1093 / нар / gkj434. ЧВК 1356527. PMID 16449204.
^ К.-Дж. Хёгберг; А. М. Никитин, А. П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии. 29 (14): 2359–2369. Дои:10.1002 / jcc.20974. PMID 18512235.
^ А. Вишняков, А.В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование с помощью молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008ЖЧФ.128п4902В. Дои:10.1063/1.2899327. PMID 18447495.
^ Г. Раабе и Й. Кёлер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. Дои:10.1063/1.2907332. PMID 18433237.
^ X. Wu; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF при комнатной температуре₄] и ацетонитрил уточненным силовым полем ». Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7,2771 Вт. Дои:10.1039 / b504681p. PMID 16189592.
^ R.L.C. Ван, Х.Дж. Кройцер и М. Грунзе (2006). «Теоретическое моделирование и интерпретация рентгеновских спектров поглощения жидкой воды». Phys. Chem. Chem. Phys. 8 (41): 4744–4751. Bibcode:2006PCCP .... 8,4744 Вт. Дои:10.1039 / b607093k. PMID 17043717.
^ ЯВЛЯЮСЬ. Никитин и А.П. Любарцев (2007). «Новая модель ацетонитрила с шестью сайтами для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. Дои:10.1002 / jcc.20721. PMID 17450554.
^ E.S. Böesa; Э. Бернардиа; Х. Стассена; P.F.B. Гонсалвеш (2008). «Сольватация одновалентных анионов в формамиде и метаноле: параметризация модели IEF-PCM». Химическая физика. 344 (1–2): 101–113. Bibcode:2008CP .... 344..101B. Дои:10.1016 / j.chemphys.2007.12.006.

внешняя ссылка

[1] А.П. Любарцев, А.Лааксонен (2000). «MDynaMix - масштабируемый портативный пакет параллельного МД моделирования для произвольных молекулярных смесей». Компьютерная физика Коммуникации. 128 (3): 565–589. Bibcode:2000CoPhC.128..565L. Дои:10.1016 / S0010-4655 (99) 00529-9.

[2] А.П. Любарцев, А.Лааксонен (1998). «Параллельное моделирование молекулярной динамики биомолекулярных систем». Прикладные параллельные вычисления Крупномасштабные научные и промышленные задачи. Конспект лекций по информатике. 1541. Гейдельберг: Springer Berlin. С. 296–303. Дои:10.1007 / BFb0095310. ISBN 978-3-540-65414-8.

[3] Т. Кузнецова, Б. Квамме (2002). «Термодинамические свойства и межфазное натяжение модельной системы вода – углекислый газ». Phys. Chem. Chem. Phys. 4 (6): 937–941. Bibcode:2002PCCP .... 4..937K. Дои:10.1039 / b108726f.

[4] Ю. Ченг, Н. Королев и Л. Норденшельд (2006). «Сходства и различия во взаимодействии K + и Na + с упорядоченной конденсированной ДНК. Исследование компьютерного моделирования молекулярной динамики». Исследования нуклеиновых кислот. 34 (2): 686–696. Дои:10.1093 / нар / gkj434. ЧВК 1356527. PMID 16449204.

[5] К.-Дж. Хёгберг; А. М. Никитин, А. П. Любарцев (2008). «Модификация силового поля CHARMM для липидного бислоя DMPC». Журнал вычислительной химии. 29 (14): 2359–2369. Дои:10.1002 / jcc.20974. PMID 18512235.

[6] А. Вишняков, А.В. Неймарк (2008). «Особенности сольватации сульфированных полиэлектролитов в воде, диметилметилфосфонате и их смеси: исследование с помощью молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (16): 164902. Bibcode:2008ЖЧФ.128п4902В. Дои:10.1063/1.2899327. PMID 18447495.

[7] Г. Раабе и Й. Кёлер (2008). «Термодинамические и структурные свойства ионных жидкостей на основе имидазолия на основе молекулярного моделирования». J. Chem. Phys. 128 (15): 154509. Bibcode:2008JChPh.128o4509R. Дои:10.1063/1.2907332. PMID 18433237.

[8] X. Wu; З. Лю; С. Хуанг; В. Ван (2005). «Молекулярно-динамическое моделирование ионно-жидкой смеси [bmim] [BF при комнатной температуре₄] и ацетонитрил уточненным силовым полем ». Phys. Chem. Chem. Phys. 7 (14): 2771–2779. Bibcode:2005PCCP .... 7,2771 Вт. Дои:10.1039 / b504681p. PMID 16189592.

[9] R.L.C. Ван, Х.Дж. Кройцер и М. Грунзе (2006). «Теоретическое моделирование и интерпретация рентгеновских спектров поглощения жидкой воды». Phys. Chem. Chem. Phys. 8 (41): 4744–4751. Bibcode:2006PCCP .... 8,4744 Вт. Дои:10.1039 / b607093k. PMID 17043717.

[10] ЯВЛЯЮСЬ. Никитин и А.П. Любарцев (2007). «Новая модель ацетонитрила с шестью сайтами для моделирования жидкого ацетонитрила и его водной смеси». J. Comput. Chem. 28 (12): 2020–2026. Дои:10.1002 / jcc.20721. PMID 17450554.

[11] E.S. Böesa; Э. Бернардиа; Х. Стассена; P.F.B. Гонсалвеш (2008). «Сольватация одновалентных анионов в формамиде и метаноле: параметризация модели IEF-PCM». Химическая физика. 344 (1–2): 101–113. Bibcode:2008CP .... 344..101B. Дои:10.1016 / j.chemphys.2007.12.006.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]

[8]

[9]

[10]

[11]