ЛАМПЫ - LAMMPS

Крупномасштабный атомно-молекулярный массивно-параллельный симулятор
Lammps-logo.png
Оригинальный автор (ы)Стив Плимптон, Эйдан Томпсон, Стэн Мур, Аксель Кольмейер
Разработчики)Сандийские национальные лаборатории
Темпл университет
изначальный выпуск1995; 25 лет назад (1995)
Стабильный выпуск
03 марта 2020 г. / 7 августа 2019 г.; 15 месяцев назад (2019-08-07)
Репозиторийgithub.com/ lammps
Написано вC ++
Операционная системаКроссплатформенность: Linux, macOS, Windows
Платформаx86, x86-64
Размер304 МБ
Доступно ванглийский
ТипМолекулярная динамика
ЛицензияСтандартная общественная лицензия GNU
Интернет сайтлампы.sandia.gov

Крупномасштабный атомно-молекулярный массово-параллельный симулятор (ЛАМПЫ) это молекулярная динамика программа от Сандийские национальные лаборатории.[1] LAMMPS использует Интерфейс передачи сообщений (MPI) для параллельной связи и бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом, распространяемые на условиях Стандартная общественная лицензия GNU.[1]

LAMMPS изначально разрабатывался под Соглашение о совместных исследованиях и разработках (CRADA) между двумя лабораториями из Министерство энергетики США и еще три лаборатории от компаний частного сектора.[1] По состоянию на 2016 год, он поддерживается и распространяется исследователями Сандийские национальные лаборатории и Темпл университет.[1]

Функции

Для повышения эффективности вычислений LAMMPS использует списки соседей (Списки Верле ), чтобы отслеживать ближайшие частицы. Списки оптимизированы для систем с частицами, которые отталкиваются на короткие расстояния, поэтому локальная плотность частиц никогда не становится слишком большой.[2]

На параллельных компьютерах LAMMPS использует методы пространственной декомпозиции для разделения области моделирования на небольшие трехмерные поддомены, одна из которых назначается каждому процессору. Процессоры связываются и хранят призрак информация об атомах для атомов, граничащих с их подобластью. LAMMPS наиболее эффективен (в смысле параллельных вычислений) для систем, частицы которых заполняют трехмерный прямоугольный прямоугольник с приблизительно однородной плотностью.

LAMMPS также позволяет ускоренно сочетать спин и молекулярную динамику.[3].

LAMMPS также связан со многими инструментами и механизмами анализа.[4][5][6].

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d «Симулятор молекулярной динамики LAMMPS». Сандийские национальные лаборатории. Получено 2010-10-03.
  2. ^ Плимптон, С. (1993-05-01). «Быстрые параллельные алгоритмы для ближней молекулярной динамики». Дои:10.2172/10176421. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  3. ^ Транчида, Жюльен Гай; Вуд, Митчелл; Мур, Стэн Джеральд (2018-09-01). «Объединенная магнитная спиновая динамика и молекулярная динамика в массивно параллельной структуре: окончательный отчет LDRD». Дои:10.2172/1493836. OSTI  1493836. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  4. ^ Стуковский, Александр (15.12.2009). «Визуализация и анализ данных атомистического моделирования с помощью OVITO - Open Visualization Tool». Моделирование и моделирование в материаловедении и инженерии. 18 (1): 015012. Дои:10.1088/0965-0393/18/1/015012. ISSN  0965-0393.
  5. ^ «dSEAMS: отложенный структурный анализ для молекулярного моделирования». Дои:10.1021 / acs.jcim.0c00031.s001. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  6. ^ МакГиббон, Роберт Т; Бошамп, Кайл А; Schwantes, Christian R; Ван, Ли-Пин; Эрнандес, Карлос X; Харриган, Мэтью П.; Лейн, Томас Дж; Swails, Джейсон М; Панде, Виджай С. (09.09.2014). «MDTraj: современная открытая библиотека для анализа траекторий молекулярной динамики». Биофизический журнал. 109 (8): 1528–32. bioRxiv  10.1101/008896. Дои:10.1016 / j.bpj.2015.08.015. ЧВК  4623899. PMID  26488642.

внешняя ссылка