APBS (программное обеспечение) - APBS (software)

APBS и PDB2PQR
Оригинальный автор (ы)Baker NA, сентябрь D, Джозеф С., Холст MJ, McCammon JA (APBS); Долинский TJ, Czodrowski P, Li H, Nielsen JE, Jensen JH, Klebe G, Baker NA (PDB2PQR)
Репозиторийgithub.com/ Электростатика/ apbs-pdb2pqr
Написано вPython, C ++, C
Операционная системаLinux
ТипМолекулярная электростатика
ЛицензияЛицензия MIT
Интернет сайтwww.poissonboltzmann.org

APBS (ранее также Усовершенствованный решатель Пуассона-Больцмана) это бесплатное программное обеспечение с открытым исходным кодом для решения уравнений сплошной среды электростатика предназначен в первую очередь для больших биомолекулярных систем.[1][2] Он доступен под Лицензия MIT.

PDB2PQR готовит структура белка файлы из Банк данных белков для использования с APBS. Этапы подготовки включают, помимо прочего, добавление недостающих тяжелых атомов в структуры и присвоение зарядов из ряда силовые поля.[3][4] Формат выходного файла - PQR.[5] Отсюда и название программы.

Рекомендации

  1. ^ Джуррус, Элизабет; Энгель, Дэйв; Стар, Кейт; Монсон, Кайл; Брэнди, Хуан; Фельберг, Лиза Э .; Брукс, Дэвид Х .; Уилсон, Лейтон; Чен, Цзяхуэй (2017-08-24). «Улучшения в программном пакете APBS для биомолекулярной сольватации: улучшения в APBS Software Suite». Белковая наука. 27 (1): 112–128. Дои:10.1002 / pro.3280. ЧВК  5734301. PMID  28836357.
  2. ^ Маккаммон, Дж. Эндрю; Холст, Майкл Дж .; Джозеф, Симпсон; Сентябрь, Дэвид; Бейкер, Натан А. (28 августа 2001 г.). «Электростатика наносистем: приложение к микротрубочкам и рибосоме». Труды Национальной академии наук. 98 (18): 10037–10041. Bibcode:2001ПНАС ... 9810037Б. Дои:10.1073 / pnas.181342398. ISSN  0027-8424. ЧВК  56910. PMID  11517324.
  3. ^ Бейкер, Натан А .; Маккаммон, Дж. Эндрю; Nielsen, Jens E .; Долинский, Тодд Дж. (2004-07-01). «PDB2PQR: автоматизированный конвейер для установки электростатических расчетов Пуассона – Больцмана». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (Suppl_2): W665 – W667. Дои:10.1093 / нар / гх381. ISSN  0305-1048. ЧВК  441519. PMID  15215472.
  4. ^ Бейкер, Натан А .; Клебе, Герхард; Дженсен, Ян Х .; Nielsen, Jens E .; Ли, Хуэй; Чодровский, Пол; Долинский, Тодд Дж. (2007-07-01). «PDB2PQR: расширение и модернизация автоматизированной подготовки биомолекулярных структур для молекулярного моделирования». Исследования нуклеиновых кислот. 35 (Suppl_2): W522 – W525. Дои:10.1093 / нар / гкм276. ISSN  0305-1048. ЧВК  1933214. PMID  17488841.
  5. ^ «Формат молекулярной структуры PQR - документация APBS-PDB2PQR 1.6». apbs-pdb2pqr.readthedocs.io. Получено 2019-05-23.

внешняя ссылка