СЛИВЫЕ - PLUMED

СЛИВЫЕ
Разработчики)Макс Бономи, Джованни Бусси, Карло Камильони, Гарет Трибелло
изначальный выпуск2009; 11 лет назад (2009)
Стабильный выпуск
2.6.0 / 27 января 2020 г.; 10 месяцев назад (2020-01-27)
Репозиторийgithub.com/ перышко/ плюмед2
Написано вC ++ (привязки также доступны для C, Фортран, и Python )
Операционная системаLinux, macOS
ТипМолекулярная динамика
ЛицензияGNU LGPL
Интернет сайтwww.plumed.org

СЛИВЫЕ это библиотека с открытым исходным кодом, реализующая алгоритмы расширенной выборки, различные методы свободной энергии, и инструменты анализа для молекулярная динамика симуляции. Он предназначен для использования вместе с ACEMD, ЯНТАРЬ, DL_POLY, GROMACS, ЛАМПЫ, NAMD, OpenMM, КОРЗИНА, CP2K, i-PI, PINY-MD и Квантовый ЭСПРЕССО, но его также можно использовать вместе с анализом и визуализация инструменты VMD, HTMD и OpenPathSampling.[1][2]

Кроме того, PLUMED можно использовать как автономный инструмент для анализа молекулярной динамики. траектории. А графический интерфейс пользователя с именем METAGUI доступен.[3]

Коллективные переменные

PLUMED предлагает большую коллекцию коллективные переменные которые служат для описания сложных процессов, которые происходят во время моделирования молекулярной динамики, например углов, положений, расстояний, энергий взаимодействия и полной энергии.[4]

Рекомендации

  1. ^ Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Бусси, Джованни; Камиллони, Карло; Проваси, Давиде; Райтери, Паоло; Донадио, Давиде; Маринелли, Фабрицио; Пьетруччи, Фабио (2009-10-01). «PLUMED: портативный плагин для расчета свободной энергии с помощью молекулярной динамики». Компьютерная физика Коммуникации. 180 (10): 1961–1972. arXiv:0902.0874. Bibcode:2009CoPhC.180.1961B. Дои:10.1016 / j.cpc.2009.05.011. ISSN  0010-4655.
  2. ^ Трибелло, Гарет А .; Бономи, Массимилиано; Брандуарди, Давиде; Камиллони, Карло; Бусси, Джованни (01.02.2014). «СЛИВЫЕ 2: Новые перья для старой птицы». Компьютерная физика Коммуникации. 185 (2): 604–613. arXiv:1310.0980. Bibcode:2014CoPhC.185..604T. Дои:10.1016 / j.cpc.2013.09.018. ISSN  0010-4655.
  3. ^ Биарнес, Ксеви; Пьетруччи, Фабио; Маринелли, Фабрицио; Лайо, Алессандро (01.01.2012). «METAGUI. Интерфейс VMD для анализа метадинамики и моделирования молекулярной динамики». Компьютерная физика Коммуникации. 183 (1): 203–211. Bibcode:2012CoPhC.183..203B. Дои:10.1016 / j.cpc.2011.08.020. ISSN  0010-4655.
  4. ^ "PLUMED: Введение". www.plumed.org. Получено 2019-05-23.

внешняя ссылка