OpenChrom - OpenChrom

OpenChrom
OpenChrom Logo.svg
Скриншот OpenChrom Community Edition версии 1.3.0
Скриншот OpenChrom Community Edition версии 1.3.0 "Dalton"
Разработчики)Lablicate & Научное сообщество[1]
Стабильный выпуск
1.3.0 / 8 августа 2018 г. (2018-08-08)
Написано вЯва[2]
Операционная системаКроссплатформенность
ТипХемоинформатика /Биоинформатика
ЛицензияEPL, Сторонние библиотеки под разными OSI совместимые лицензии[3]
Интернет сайтhttps://www.openchrom.net

OpenChrom является программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа и визуализации масс-спектрометрический и хроматографический данные.[4] Его основное внимание уделяется работе с собственными файлами данных из нескольких систем масс-спектрометрии (например, GC / MS, LC / MS, Py-GC / MS, HPLC-MS), таких поставщиков, как Agilent Technologies, Вариан, Шимадзу, Термо Фишер, ПеркинЭлмер и другие. Но также в последнее время поддерживаются форматы данных от других типов детекторов.

OpenChrom поддерживает только анализ и представление хроматографических и масс-спектрометрических данных. У него нет возможностей для сбора данных или управления оборудованием поставщика. OpenChrom построен на Платформа расширенного клиента Eclipse (RCP), поэтому он доступен для различных операционных систем, например Майкрософт Виндоус, macOS и Linux. Распространяется под Общественная лицензия Eclipse 1.0 (EPL). Сторонние библиотеки разделены на отдельные пакеты и выпускаются под разными OSI совместимые лицензии.

История

ChemClipse версии 0.7.0

OpenChrom был разработан Филипом Венигом (SCJP, LPIC-1 ) в рамках своей кандидатской диссертации в Гамбургский университет, Германия.[5] В центре внимания диссертации было применение методов распознавания образов для наборов данных, записанных с помощью аналитического пиролиза в сочетании с хроматографией и масс-спектрометрией (Py-GC / MS).[6][7]

OpenChrom выиграл премию Thomas Krenn Open Source Award 2010[8] а также награду сообщества Eclipse за 2011 год.[9] Разработчики также являются членами-основателями рабочей группы Eclipse Science.[10] После успешной коммерциализации контрактной разработки и услуг по проекту OpenChrom, поставщик Lablicate подтвердил свою приверженность Бесплатное / бесплатное / открытое программное обеспечение с выпуском ChemClipse в октябре 2016 года, который служит основой для всех продуктов OpenChrom.[11]

Команда Lablicate интегрирована в отдел масс-спектрометрии Гамбургского университета. Они предоставляют свои хемометрические знания студентам и исследователям.[12]

Поддерживаемые форматы данных

Каждый поставщик системы хранит записанные данные анализа в собственном проприетарный формат. Это затрудняет сравнение наборов данных от разных систем и поставщиков. Кроме того, это большой недостаток для межлабораторных испытаний. Цель OpenChrom - поддерживать широкий спектр различных форматы данных масс-спектрометрии изначально. OpenChrom заботится о том, чтобы необработанные данные файлы не могут быть изменены в соответствии с хорошая лабораторная практика. В помощь ученым OpenChrom поддерживает несколько открытые форматы для импорта и экспорта результатов анализа. Кроме того, OpenChrom предлагает собственный формат с открытым исходным кодом (* .ocb), который позволяет сохранять отредактированную хроматограмму, а также пики и результаты идентификации.

Масс-селективный детектор

  • Agilent * .D (DATA.MS и MSD1.MS)
  • Библиотека AMDIS (* .msl)
  • Bruker Flex MALDI-MS (* .fid)
  • Chromtech (* .dat)
  • CSV (* .csv)
  • Финниган (* .RAW)
  • Finnigan MAT95 (* .dat)
  • ITDS Finnigan (* .DAT)
  • Finnigan ITS40 (* .MS)
  • Finnigan Element II (* .dat)
  • JCAMP-DX (* .JDX)
  • Майкрософт Эксель (* .xlsx)
  • mzXML (* .mzXML)
  • NetCDF (* .CDF)
  • Текст NIST (* .msp)
  • OpenChrom XML (* .chrom)
  • OpenChrom (* .ocb)
  • Пиковые нагрузки (* .mpl)
  • PerkinElmer (* .raw)
  • Вариан SMS (* .SMS)
  • Вариан XMS (* .XMS)
  • VG MassLab (* .DAT_001; 1)
  • Шимадзу (* .qgd)
  • Шимадзу (* .spc)
  • Waters (* .RAW)
  • ZIP (* .zip)
  • ИСП-МС Agilent (* .icp)
  • Finnigan ICIS (* .dat)
  • mzML (* .mzML)
  • SVG (* .svg)
  • MassHunter (* .D)
  • Finnigan ICIS (* .dat)
  • MassLynx (* .RAW)
  • Галактические граммы (* .cgm)
  • ...

Детектор ионизации пламени

  • ПИД Agilent (* .D / *. Ch)
  • Текст FID (* .xy)
  • NetCDF (* .cdf)
  • PerkinElmer (* .raw)
  • Вариан (* .run)
  • Finnigan FID (* .dat)
  • Finnigan FID (* .raw)
  • Шимадзу (* .gcd)
  • Арв (* .arw)
  • ...

Другие форматы

  • Пиковые нагрузки (* .mpl)
  • NIST-DB (* .msp)
  • AMDIS (* .msl)
  • AMDIS (* .cal)
  • AMDIS (* .ELU)
  • MassBank (* .txt)

Основные особенности

OpenChrom предлагает множество функций для анализа хроматографических данных:

Релизы

Впервые программа была выпущена в 2010 году. Каждый выпуск назван в честь известного ученого.

Кодовое названиеЭпонимДатаВерсия
ТомсонДжозеф Джон ТомсонАпрель 2010 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.1.0
ГольдштейнЮджин ГольдштейнМай 2010 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.2.0
ВенаВильгельм ВенаОктябрь 2010 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.3.0
ЦветтМихаил Семенович ЦветтАпрель 2011 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.4.0
МартинАрчер Джон Портер МартинОктябрь 2011 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.5.0
SyngeРичард Л. М. СинджАпрель 2012 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.6.0
НернстВальтер НернстОктябрь 2012 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.7.0
ДемпстерАртур Джеффри ДемпстерИюль 2013Старая версия, больше не поддерживается: 0.8.0
MattauchЙозеф МаттаухИюль 2014 г.Старая версия, больше не поддерживается: 0.9.0
АстонФрэнсис Уильям АстонИюль 2015 г.Старая версия, больше не поддерживается: 1.0.0
ДильсОтто ДильсИюль 2016Старая версия, больше не поддерживается: 1.1.0
ОльхаКурт АлдерАвгуст 2017 г.Старая версия, больше не поддерживается: 1.2.0
ДалтонДжон ДалтонАвгуст 2018 г.Старая версия, больше не поддерживается: 1.3.0
ЛоуренсЭрнест ЛоуренсАвгуст 2019 г.Текущая стабильная версия: 1.4.0
Легенда:
Старая версия
Старая версия, все еще поддерживается
Последняя версия
Последняя предварительная версия
Будущий выпуск

Примечания

  1. ^ Участники OpenChrom, Черная утка OpenHub
  2. ^ Проект с открытым исходным кодом OpenChrom на Open Hub
  3. ^ Затмение Торговая площадка: OpenChrom
  4. ^ OpenChrom: кроссплатформенное программное обеспечение с открытым исходным кодом для масс-спектрометрического анализа хроматографических данных., Филип Вениг, Юрген Одерматт, BMC Bioinformatics; 2010; Дои:10.1186/1471-2105-11-405
  5. ^ Softwarebasierte Verfahren zur datenbankgestützten Identifizierung organischer Substanzen mittels analytischer Pyrolyse gekoppelt mit Gaschromatographie / Massenspektrometrie (Py-GC / MS), Филип Вениг, Диссертация; 2012; Литература от OpenChrom и о нем в Немецкая национальная библиотека каталог
  6. ^ Пост-оптимизация данных Py-GC / MS: тематическое исследование с использованием нового цифрового фильтра снижения химического шума (NOISERA) для повышения качества данных с использованием программного обеспечения для масс-спектрометрии OpenChrom, Филип Вениг, Журнал аналитического и прикладного пиролиза; 2011; Дои:10.1016 / j.jaap.2011.05.013
  7. ^ Определение характеристик выбросов запахов с использованием нового программного обеспечения для определения пиков в хемометрических моделях газовой хроматографии - наборы данных масс-спектрометрии, К. Мерфи, П. Вениг, Г. Парчи, Т. Сков, Р.М. Stuetz, Хемометрия и интеллектуальные лабораторные системы; 2012; Дои:10.1016 / j.chemolab.2012.07.006
  8. ^ Вернер Фишер: Победитель премии Томаса Кренна в области открытого исходного кода 2010 г.
  9. ^ Фонд Затмения: Объявлены победители конкурса Eclipse Community Awards, Санта-Клара, Калифорния - 21 марта 2011 г.
  10. ^ Диана Купфер: Взгляд на научную рабочую группу Eclipse, 11 июня 2014 г.
  11. ^ Филип Вениг: Вышел ChemClipse 0.7.0, 2 октября 2016 г.
  12. ^ 1. Computerchemiesymposium der UHH, 04.12.2014

внешние ссылки