CYP2R1 - CYP2R1

CYP2R1
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 3C6G, 3CZH, 3DL9
Идентификаторы
Псевдонимы	CYP2R1, цитохром P450, семейство 2, подсемейство R, член 1
Внешние идентификаторы	OMIM: 608713 MGI: 2449771 ГомолоГен: 75210 Генные карты: CYP2R1
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 11 (человек)[1] Группа 11п15.2 Начинать 14,877,440 бп[1] Конец 14,892,252 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 7 (мышь)[2] Группа 7 | 7 F1 Начинать 114,549,682 бп[2] Конец 114,562,972 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание ионов железа • связывание ионов металлов • монооксигеназная активность • гемовое связывание • оксидоредуктазная активность, действующая на парных доноров, с включением или восстановлением молекулярного кислорода • оксидоредуктазная активность • активность витамина D3 25-гидроксилазы • активность стероид-гидроксилазы • оксидоредуктазная активность, действующая на парных доноров, с включением или восстановлением молекулярного кислорода, восстановленным флавином или флавопротеином в качестве одного донора и включением одного атома кислорода Сотовый компонент • мембрана органеллы • мембрана эндоплазматического ретикулума • внутриклеточная мембраносвязанная органелла • мембрана • эндоплазматический ретикулум • цитоплазма Биологический процесс • реакция на ионизирующее излучение • метаболический процесс витамина D • реакция на ион металла • процесс обмена витаминов • процесс биосинтеза кальцитриола из кальциола • ответ на ион цезия • окислительно-восстановительный процесс • метаболический процесс органических кислот • ксенобиотический метаболический процесс • экзогенный лекарственный катаболический процесс • процесс биосинтеза витамина D Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	120227	244209
Ансамбль	ENSG00000186104	ENSMUSG00000030670
UniProt	Q6VVX0	Q6VVW9
RefSeq (мРНК)	NM_024514 NM_001377214 NM_001377215 NM_001377216 NM_001377217 NM_001377227	NM_177382
RefSeq (белок)	NP_078790 NP_001364143 NP_001364144 NP_001364145 NP_001364146 NP_001364156	NP_796356
Расположение (UCSC)	Chr 11: 14,88 - 14,89 Мб	Chr 7: 114,55 - 114,56 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Витамин D 25-гидроксилаза также известный как цитохром P450 2R1 является фермент что у людей кодируется CYP2R1 ген.^[5][6][7]

Функция

Витамин D 25-гидроксилаза входит в состав цитохром P450 надсемейство ферментов. Белки цитохрома P450 представляют собой монооксигеназы, которые катализируют многие реакции, участвующие в метаболизме лекарств и синтезе холестерина, стероидов и других липидов. Этот фермент находится в печени и представляет собой микросомальный гидроксилаза витамина D, которая превращает Витамин Д в 25-гидроксивитамин D (кальцидиол), который является основной циркулирующей формой витамина.

Клиническое значение

Унаследованный мутация в CYP2R1 ген, который приводит к замене пролин для лейцин остаток на кодон 99 устраняет активность ферментов и ассоциируется с витамином D-зависимым рахит тип IB. Симптомами являются низкий уровень циркулирующего 25-гидроксивитамина D и классические симптомы дефицит витамина D.^[6] Поэтому продукт гена, который он кодирует, витамин D 25-гидроксилаза, был предложен в качестве ключевого фермента в превращении холекальциферол (Витамин Д₃) к кальцидиол. Кальцидиол впоследствии преобразуется под действием 25-гидроксивитамин D3 1-альфа-гидроксилаза к кальцитриол, активная форма витамина D₃ что привязано к рецептор витамина D (VDR), который опосредует большинство физиологических действий витамина.^[6]

Превращение холекальциферола в кальцидиол, катализируемое CYP2R1.

Интерактивная карта проезда

Нажмите на гены, белки и метаболиты ниже, чтобы ссылки на соответствующие статьи. ^{[§ 1]}

[[Файл:

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

[[

]]

| {{{bSize}}} px | alt = Путь синтеза витамина D (Посмотреть / редактировать )]]

Путь синтеза витамина D (Посмотреть / редактировать )

1. Интерактивную карту путей можно редактировать на WikiPathways: «VitaminDSynthesis_WP1531».

Модельные организмы

Модельные организмы были использованы при изучении функции CYP2R1. Условный нокаутирующая мышь линия называется Cyp2r1^{tm1b (EUCOMM) Wtsi} был создан на Wellcome Trust Sanger Institute.^[8] Самцы и самки животных прошли стандартизованный фенотипический скрининг^[9] для определения последствий удаления.^{[10][11][12][13]} Проведены дополнительные проверки: - Углубленное иммунологическое фенотипирование^[14]

Cyp2r1 нокаутный фенотип мыши

Характеристика	Фенотип
Все данные доступны на сайте.[9][14]
Инсулин	Нормальный
Гомозиготная жизнеспособность на P14	Нормальный
Гомозиготная фертильность	Нормальный
Масса тела	Нормальный
Неврологический осмотр	Нормальный
Сила захвата	Нормальный
Дисморфология	Нормальный
Косвенная калориметрия	Нормальный
Тест толерантности к глюкозе	Нормальный
Слуховой ответ ствола мозга	Нормальный
DEXA	Нормальный
Рентгенография	Нормальный
Морфология глаза	Нормальный
Клиническая химия	Нормальный
Гематология 16 недель	Нормальный
Лейкоциты периферической крови 16 недель	Нормальный
Вес сердца	Нормальный
Сальмонелла инфекционное заболевание	Нормальный
Иммунофенотипирование селезенки	Нормальный
Иммунофенотипирование мезентериальных лимфатических узлов	Нормальный
Состав эпидермального иммунитета	Нормальный
Проблема гриппа	Нормальный

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000186104 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000030670 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Нельсон Д.Р. (декабрь 2002 г.). «Сравнение P450 от человека и фугу: 420 миллионов лет эволюции позвоночных P450». Arch Biochem Biophys. 409 (1): 18–24. Дои:10.1016 / S0003-9861 (02) 00553-2. PMID  12464240.
6. Ченг Дж. Б., Левин М. А., Белл Н. Х., Мангельсдорф Д. Д., Рассел Д. В. (18 мая 2004 г.). «Генетические доказательства того, что человеческий фермент CYP2R1 является ключевой 25-гидроксилазой витамина D». Proc Natl Acad Sci U S A. 101 (20): 7711–7715. Bibcode:2004PNAS..101.7711C. Дои:10.1073 / pnas.0402490101. ЧВК  419671. PMID  15128933.
7. «Ген Entrez: цитохром P450 CYP2R1, семейство 2, подсемейство R, полипептид 1».
8. Гердин А.К. (2010). «Программа генетики Sanger Mouse: характеристика мышей с высокой пропускной способностью». Acta Ophthalmologica. 88: 925–7. Дои:10.1111 / j.1755-3768.2010.4142.x. S2CID  85911512.
9. «Международный консорциум по фенотипированию мышей».
10. Скарнес В.С., Розен Б., Вест А.П., Кутсуракис М., Бушелл В., Айер В., Мухика А.О., Томас М., Харроу Дж., Кокс Т., Джексон Д., Северин Дж., Биггс П., Фу Дж., Нефедов М., де Йонг П.Дж., Стюарт AF, Брэдли А. (июнь 2011 г.). «Ресурс условного нокаута для полногеномного исследования функции генов мыши». Природа. 474 (7351): 337–42. Дои:10.1038 / природа10163. ЧВК  3572410. PMID  21677750.
11. Долгин Э (июнь 2011 г.). "Библиотека мыши настроена на нокаут". Природа. 474 (7351): 262–3. Дои:10.1038 / 474262a. PMID  21677718.
12. Коллинз Ф.С., Россант Дж., Вурст В. (январь 2007 г.). «Мышь по всем причинам». Клетка. 128 (1): 9–13. Дои:10.1016 / j.cell.2006.12.018. PMID  17218247. S2CID  18872015.
13. White JK, Gerdin AK, Karp NA, Ryder E, Buljan M, Bussell JN, Salisbury J, Clare S, Ingham NJ, Podrini C, Houghton R, Estabel J, Bottomley JR, Melvin DG, Sunter D, Adams NC, Sanger Institute Проект генетики мышей, Таннахилл Д., Логан Д.В., Макартур Д.Г., Флинт Дж., Махаджан В.Б., Цанг С.Х., Смит I, Ватт FM, Скарнес В.К., Дуган Джи, Адамс DJ, Рамирес-Солис Р., Брэдли А., Сталь КП (2013) . «Полногеномное поколение и систематическое фенотипирование мышей с нокаутом открывает новые роли для многих генов». Клетка. 154 (2): 452–64. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.022. ЧВК  3717207. PMID  23870131.
14. «Консорциум иммунофенотипирования инфекций и иммунитета (3i)».

дальнейшее чтение

• Рамос-Лопес Э., Брюк П., Янсен Т. и др. (2008). «Ген CYP2R1 (витамин D 25-гидроксилаза) связан с восприимчивостью к диабету 1 типа и уровнями витамина D у немцев». Метаб. Диабета. Res. Rev. 23 (8): 631–6. Дои:10.1002 / дмрр.719. PMID  17607662. S2CID  376070.
• Рамос-Лопес Э., Брюк П., Янсен Т. и др. (2007). «Экспрессия мРНК CYP2R1, CYP27B1 и CYP24 у немецких пациентов с диабетом 1 типа». J. Steroid Biochem. Мол. Биол. 103 (3–5): 807–10. Дои:10.1016 / j.jsbmb.2006.12.056. PMID  17223345. S2CID  23849431.
• Wjst M, Altmüller J, Faus-Kessler T. и др. (2006). «В семьях, страдающих астмой, наблюдается неравновесная передача вариантов генов в метаболизме витамина D и сигнальном пути». Респир. Res. 7: 60. Дои:10.1186/1465-9921-7-60. ЧВК  1508148. PMID  16600026.
• Герхард Д.С., Вагнер Л., Фейнгольд Е.А. и др. (2004). «Статус, качество и расширение проекта NIH полноразмерной кДНК: Коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res. 14 (10B): 2121–7. Дои:10.1101 / гр.2596504. ЧВК  528928. PMID  15489334.
• Шинкё Р., Сакаки Т., Камакура М. и др. (2004). «Метаболизм витамина D микросомальным CYP2R1 человека». Biochem. Биофиз. Res. Сообщество. 324 (1): 451–7. Дои:10.1016 / j.bbrc.2004.09.073. PMID  15465040.
• Ота Т., Сузуки Ю., Нисикава Т. и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных кДНК человека». Nat. Genet. 36 (1): 40–5. Дои:10,1038 / ng1285. PMID  14702039.
• Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH, et al. (2003). «Создание и первоначальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей кДНК человека и мыши». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 99 (26): 16899–903. Bibcode:2002ПНАС ... 9916899М. Дои:10.1073 / pnas.242603899. ЧВК  139241. PMID  12477932.

внешняя ссылка

• Человек CYP2R1 расположение генома и CYP2R1 страница сведений о гене в Браузер генома UCSC.