Тандемный повтор - Tandem repeat

Не путать с Тандемно расположенные гены.

Тандем повторяет происходить в ДНК когда последовательность из одного или нескольких нуклеотидов повторяется, и эти повторы непосредственно примыкают друг к другу.[1] Несколько белковых доменов также образуют тандем повторяет в пределах их первичной аминокислотной структуры, такой как броненосец повторяет. Однако в белках идеальные тандемные повторы в большинстве случаев маловероятны. in vivo белки и наиболее известные повторы находятся в белках, которые были разработаны.[2]

Примером может быть:

ATTCG ATTCG ATTCG

в котором последовательность ATTCG повторяется трижды.

Терминология

Когда повторяются от 10 до 60 нуклеотидов, это называется мини-спутник. Те, у кого меньше, известны как микроспутники или же короткие тандемные повторы.

Когда повторяются ровно два нуклеотида, это называется динуклеотидный повтор (например: ACACACAC ...). В микроспутниковая нестабильность в наследственный неполипозный рак толстой кишки чаще всего поражает такие регионы.[3]

Когда три нуклеотида повторяются, это называется тринуклеотидный повтор (например: CAGCAGCAGCAG ...), и аномалии в таких регионах могут привести к нарушения тринуклеотидного повтора.

Когда количество копий повторяющейся единицы варьируется в рассматриваемой популяции, это называется переменный номер тандемный повтор (ВНТР). MeSH классифицирует тандемные повторы с переменным числом под мини-спутниками.[4]

Механизм

Тандемные повторы могут происходить с помощью разных механизмов. Например, неправильное спаривание прядей (SSM) (также известное как проскальзывание репликации ), представляет собой процесс мутации, который происходит во время репликации ДНК. Он включает денатурацию и смещение цепей ДНК, что приводит к неправильному спариванию комплементарных оснований. Неправильное спаривание со скользящей цепью - одно из объяснений происхождения и эволюции повторяющихся последовательностей ДНК.

Другие механизмы включают неравный кроссовер и преобразование гена.

Использует

Тандемный повтор описывает образец, который помогает определить унаследованные черты человека.

Тандемные повторы могут быть очень полезны при определении отцовство. Короткие тандемные повторы используются наверняка генеалогические тесты ДНК. ДНК рассматривается из микроспутники в хромосомной ДНК. Отцовство можно определить по сходству в этих регионах.

Полиморфные тандемные повторы (псевдонимы VNTR) также присутствуют в микроорганизмах и могут использоваться для отслеживания происхождения вспышки. Соответствующий анализ, в котором набор VNTR типизирован для характеристики штамма, чаще всего называют MLVA (Анализ множественных локусов VNTR).

В области Информатика, тандемные повторы в цепочках (например, последовательности ДНК) могут быть эффективно обнаружены с помощью суффиксные деревья или же массивы суффиксов.

Исследования 2004 г. связали необычную генетическую пластичность собаки мутации в тандемных повторах.[5]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Тандем + повтор в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
  2. ^ Жорда Дж., Сюэ Б., Уверский В.Н., Каява А.В. (июнь 2010 г.). «Белковые тандемные повторы - чем совершеннее, тем менее структурированы». Журнал FEBS. 277 (12): 2673–82. Дои:10.1111 / j.1742-4658.2010.07684.x. ЧВК  2928880. PMID  20553501.
  3. ^ Оки Э, Ода С., Маэхара Й, Сугимачи К. (март 1999 г.). «Мутировавшие ген-специфические фенотипы нестабильности динуклеотидных повторов в клеточных линиях колоректальной карциномы человека с дефицитом репарации несоответствия ДНК». Онкоген. 18 (12): 2143–7. Дои:10.1038 / sj.onc.1202583. PMID  10321739.
  4. ^ Переменная + количество + из + тандем + повторов в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)
  5. ^ Pennisi E (декабрь 2004 г.). «Генетика. Теория эволюции: заикание генов определяет форму собаки». Наука. 306 (5705): 2172. Дои:10.1126 / science.306.5705.2172. PMID  15618495.

внешняя ссылка