Нестабильность микроспутников - Microsatellite instability

Микрофотография показывая лимфоциты, инфильтрирующие опухоль в случае колоректальный рак с доказательствами MSI-H на иммуноокрашивание. H&E пятно.

Нестабильность микроспутников (MSI) является условием генетический гипермутабельность (предрасположенность к мутация ) в результате нарушения Ремонт несоответствия ДНК (MMR). Наличие MSI означает фенотипический свидетельство того, что MMR не работает нормально.

MMR исправляет ошибки, спонтанно возникающие во время Репликация ДНК, например несоответствие отдельных базовых элементов или короткие вставки и удаления. Белки, участвующие в MMR, корректируют полимераза ошибки, образуя комплекс, который связывается с несовпадающим участком ДНК, устраняет ошибку и вставляет на ее место правильную последовательность.^[1] Клетки с аномально функционирующим MMR не могут исправить ошибки, возникающие во время репликации ДНК, и, следовательно, накапливают ошибки. Это вызывает создание романа микроспутник фрагменты. Полимеразной цепной реакции анализы могут выявить эти новые микроспутники и предоставить доказательства наличия MSI.

Микросателлиты - это повторяющиеся последовательности ДНК. Эти последовательности могут состоять из повторяющихся единиц от одного до шести пар оснований в длину. Хотя длина этих микросателлитов сильно варьируется от человека к человеку и влияет на индивидуальный «отпечаток пальца» ДНК, у каждого человека есть микросателлиты определенной длины. Самый распространенный микросателлит у человека - это динуклеотидный повтор нуклеотиды C и А, который встречается в геноме десятки тысяч раз. Микросателлиты также известны как простые повторы последовательности (SSR).

Пример микросателлитной нестабильности в следе электрофореграммы ДНК

Структура

Структура нестабильности микросателлитов состоит из повторяющихся нуклеотидов, чаще всего встречающихся в виде повторов GT / CA.^[2]

Исследователям еще предстоит подтвердить точное определение структуры MSI. Хотя все исследователи согласны с тем, что микросателлиты являются повторяющимися последовательностями, длина этих последовательностей остается под вопросом. Некоторые исследования показывают, что MSI представляют собой короткие тандемные повторяющиеся последовательности ДНК от одной до шести пар оснований по всему геному, в то время как другие исследования показывают, что диапазон может быть от двух до пяти.^[3]

Хотя исследователи не согласны с конкретным порогом количества тандемных повторов, составляющих микросателлит, существует консенсус относительно их относительного размера. Более длинные последовательности называются мини-спутник, и даже более длинные последовательности называются спутниковая ДНК места. Некоторые ученые различают три категории по минимальному количеству пар оснований, а другие используют минимальное количество повторяющихся единиц. Большинство повторов встречается в нетранслируемых областях, в частности интроны. Однако микросателлиты, которые встречаются в кодирующих регионах, часто препятствуют распространению большинства последующих событий. Микросателлиты составляют примерно три процента генома человека или более миллиона фрагментов ДНК. Плотность микросателлитов увеличивается с увеличением размера генома и в два раза больше на концах плеч хромосом, чем в телах хромосом.^[4]

Форма и функция

MSI была открыта в 1970-х и 1980-х годах. Первым заболеванием человека, приписываемым MSI, было пигментная ксеродермия. Это заболевание возникло в результате двух аллелей, активирующих мутации при эксцизионной репарации нуклеотидов.

В широком смысле MSI является результатом неспособности белков репарации ошибочного спаривания (MMR) исправить ошибку репликации ДНК. Репликация ДНК происходит в "S" фазе клеточный цикл; ошибочное событие создания области MSI происходит во время второго события репликации. Исходная цепь не повреждена, но в дочерней цепи происходит мутация со сдвигом рамки считывания из-за проскальзывания ДНК-полимеразы. В частности, ДНК-полимераза проскальзывает, создавая временную петлю вставки-удаления, которая обычно распознается белками MMR. Однако, когда белки MMR не функционируют нормально, как в случае MSI, эта петля приводит к мутациям со сдвигом рамки считывания, либо через вставки, либо через делеции, приводящие к нефункционирующим белкам.^[5]

MSI уникален для полиморфизмов ДНК тем, что ошибки репликации различаются по длине, а не по последовательности. Скорость и направление мутаций, приводящих к MSI, являются основными компонентами в определении генетических различий. На сегодняшний день ученые сходятся во мнении, что частота мутаций различается по положению локусов. Чем больше длина MSI, тем выше частота мутаций.^[4]

Хотя большинство мутаций MSI являются результатом мутаций со сдвигом рамки считывания, иногда события мутации, приводящие к MSI, происходят из-за гиперметилирования промотора hMLH1 (белка MMR). Гиперметилирование происходит, когда к нуклеотиду ДНК добавляется метильная группа, что приводит к подавлению гена, что приводит к MSI.^[6]

Исследователи показали, что окислительное повреждение приводит к мутациям со сдвигом рамки считывания, что приводит к MSI, но они еще не пришли к соглашению о точном механизме. Было показано, что чем больше окислительного стресса подвергается система, тем больше вероятность возникновения мутаций. Кроме того, каталаза уменьшает мутации, тогда как медь и никель усиливают мутации за счет увеличения количества пероксидов. Некоторые исследователи считают, что окислительный стресс в определенных локусах приводит к остановке ДНК-полимеразы в этих местах, создавая среду для проскальзывания ДНК.^[7]

Исследователи сначала полагали, что MSI был случайным, но есть данные, свидетельствующие о том, что цели MSI включают растущий список генов. Примеры включают трансформирующий фактор роста Бета-рецептор ген и BAX ген. Каждая мишень приводит к разным фенотипам и патологиям.^[8]

Клиническое значение

Нестабильность микросателлитов связана с раком толстой кишки, раком желудка, раком эндометрия, раком яичников, раком гепатобилиарного тракта, раком мочевыводящих путей, раком мозга и раком кожи. MSI чаще всего ассоциируется с раком толстой кишки. Ежегодно во всем мире регистрируется более 500 000 случаев рака толстой кишки. На основании результатов более 7000 пациентов с раком толстой кишки, стратифицированных по MSI-High (MSI-H), MSI-Low (MSI-L) или Micros Satellite Stable (MSS), у пациентов с опухолями MSI-H прогноз был более позитивным на 15%. по сравнению с опухолями MSI-L или MSS.^[9]

Колоректальные опухоли с MSI обнаруживаются в правой ободочной кишке, связаны с плохо дифференцированной тканью, высоким содержанием муциногенов, инфильтрирующими опухоль лимфоцитами и наличием реакции хозяина, подобной Крона. Опухоли MSI-H, способствующие развитию колоректального рака, демонстрируют меньше метастазов, чем другие производные колоректального рака. Это продемонстрировано предыдущими исследованиями, показавшими, что опухоли MSI-H более репрезентативны для рака стадии II, а не стадии III.^[3]

Ученые исследовали связь сортировка вакуолярного белка (VPS) в MSI. Как и MSI, VPS связан с раком желудка и толстой кишки. В одном исследовании сообщается, что белки VPS были связаны с раком MSI-H, но не с раком MSI-L, тем самым ограничивая VPS специфическим раком MSI-H.^[10]

Кроме того, исследователи согласны с тем, что статус MSI-H указывает на диагноз: Синдром Линча, неметастатический прогноз и менее агрессивные схемы лечения. Синдром Линча связан с MSI и увеличивает риск рака толстой кишки, эндометрия, яичников, желудка, тонкого кишечника, гепатобилиарного тракта, мочевыводящих путей, мозга и кожи.^[3]

В одном исследовании было проведено более 120 пациентов с синдромом Линча, приписавшего реакцию типа Крона (CLR), связанную с MSI, «опухолеспецифическими неопептидами, генерируемыми во время канцерогенеза MSI-H». Это исследование дополнительно подтвердило, что «наличие антиметастатической иммунной защиты у пациентов с MSI-H CRC может объяснить недавние открытия, что адъювантная химиотерапия 5-FU не имеет положительных или даже побочных эффектов в этом коллективе». Исследователи предполагают, что лимфоциты выполняют защитную роль против CRC MSI-H, предотвращая метастазирование опухоли.^[11]

Опухоли MSI в 15% случаев спорадического колоректального рака являются результатом гиперметилирования промотора гена MLH 1, тогда как опухоли MSI при синдроме Линча вызываются мутациями зародышевой линии в MLH 1, MSH 2, MSH 6 и PMS2.^[3]

MSI был очевиден в причине сальной карциномы. Карциномы сальных желез - это разновидность более крупной патологии, Синдром Мьюира-Торре. MSI по-разному выражается при синдроме Мюира-Торре, чаще всего выражается с общими патологиями у пациентов с раком толстой кишки. Кроме того, белки MMR MLH 1, MSH 2, MSH6 и PMS2 играют важную роль в периокулярной сальной карциноме, которая наблюдается на веках в 40% сальных карцином.^[12]

В мае 2017 года FDA одобрило иммунотерапевтическое средство под названием Keytruda® (пембролизумаб ) (Ингибитор PD-1 ) для пациентов с неоперабельными или метастатическими солидными опухолями с высокой микросателлитной нестабильностью (MSI-H) или с дефицитом репарации несоответствия (dMMR), которые прогрессировали после предшествующего лечения. Эта индикация не зависит от PD-L1 оценка экспрессии, тип ткани и расположение опухоли.^[13]

Диагностика нестабильности микроспутника

MSI является хорошим маркером для определения синдрома Линча и определения прогноза лечения рака. В 1996 году Национальный институт рака (NCI) провел международный семинар по синдрому Линча, который привел к разработке «Руководства Bethesda» и локусов для тестирования MSI. Во время этого первого семинара NCI согласовал пять микросателлитных маркеров, необходимых для определения присутствия MSI: два мононуклеотида, BAT25 и BAT26, и три динуклеотидных повтора, D2S123, D5S346 и D17S250. Опухоли MSI-H являются результатом MSI более 30% нестабильных локусов MSI (> 2 или более из 5 локусов). Опухоли MSI-L возникают из менее чем 30% нестабильных биомаркеров MSI. Опухоли MSI-L относятся к опухолям альтернативной этиологии. Несколько исследований демонстрируют, что пациенты с MSI-H лучше реагируют на только хирургическое вмешательство, а не химиотерапию и хирургическое вмешательство, что предотвращает ненужное прохождение пациентами химиотерапии.^[3]

Обнаружение нестабильности микросателлитов методом ПЦР в реальном времени

Шесть лет спустя, во время второго семинара NCI, посвященного синдрому Линча в 2002 г., были пересмотрены рекомендации Bethesda (позднее опубликованные в 2004 г.).^[14]), который рекомендовал новые критерии для тестирования MSI. В частности, они определили, что пять мононуклеотидных локусов превосходят смесь моно- и динуклеотидных локусов, поскольку динуклеотидные локусы могут казаться сдвинутыми, хотя на самом деле это не так, что увеличивает вероятность ложноположительного результата MSI-H.

Первый коммерчески доступный комплект был предоставлен Корпорация Промега, Мэдисон, Висконсин назвали Система анализа нестабильности микроспутников 1.2 (RUO). С тех пор Promega MSI RUO получил широкое распространение с 2004 года: более 120 рецензируемых публикаций ссылаются на его глобальное положение в качестве золотого стандарта в определении статуса MSI раковой ткани.

Недавно появились наборы для обнаружения MSI на основе ПЦР в реальном времени. [1] были успешно представлены на рынке. Одношаговый формат закрытой пробирки, высокая точность и чувствительность продуктов на основе ПЦР в реальном времени без какого-либо дополнительного анализа после амплификации ПЦР по сравнению с традиционными методами (ПЦР с последующим анализом фрагментов) считались критическими преимуществами.

Прямые и косвенные механизмы способствуют устойчивости к химиотерапии. Прямые механизмы включают пути метаболизма препарата, в то время как косвенные механизмы включают пути, которые реагируют на химиотерапевтическое лечение. Путь репарации ДНК NER играет существенную роль в обращении повреждения клеток, вызванного химиотерапевтическими агентами, такими как 5-FU.^[15]

Открытия с 2010 года

В мае 2017 года FDA одобрило иммунотерапевтическое средство под названием Keytruda® (пембролизумаб ) (Ингибитор PD-1 ) для пациентов с неоперабельными или метастатическими солидными опухолями с высокой микросателлитной нестабильностью (MSI-H) или с дефицитом репарации несоответствия (dMMR), которые прогрессировали после предшествующего лечения. Эта индикация не зависит от PD-L1 оценка экспрессии, тип ткани и расположение опухоли.^[16]

Исследователи обнаружили еще один MSI, называемый повышенными микросателлитными изменениями в выбранных тетрануклеотидных повторах (EMAST). Однако EMAST уникален тем, что не является производным от MMR и обычно ассоциируется с TP53 мутации.^[5]

EMAST наблюдается при различных формах рака, включая рак легких, головы и шеи, толстой кишки, кожи, мочевыводящих путей и репродуктивных органов. Сайты внешних органов имеют больший потенциал для EMAST. Некоторые исследователи считают, что EMAST может быть следствием мутагенеза. Положительные границы EMAST в других случаях отрицательные границы рака предполагают рецидив заболевания у пациентов.^[17]

Рекомендации

1. Эрлих М, изд. (2000). Изменения ДНК при раке: генетические и эпигенетические изменения. Натик, Массачусетс: Eaton Publ. п. 178. ISBN  978-1-881299-19-6.
2. Schlötterer C, Harr B (март 2004 г.). Микроспутник нестабильность (PDF). eLS. Дои:10.1038 / npg.els.0000840. ISBN  978-0470016176.
3. Бюхер Б., Каше В., Руло Е., Дьёмегар Б., Митри Е., Льевр А. (июнь 2013 г.). «Роль микросателлитной нестабильности в лечении колоректального рака». Заболевания органов пищеварения и печени. 45 (6): 441–9. Дои:10.1016 / j.dld.2012.10.006. PMID  23195666.
4. Эллегрен Х (июнь 2004 г.). «Микроспутники: простые последовательности со сложной эволюцией». Обзоры природы. Генетика. 5 (6): 435–45. Дои:10.1038 / nrg1348. PMID  15153996.
5. Боланд ЧР, Гоэль А (июнь 2010 г.). «Микросателлитная нестабильность при колоректальном раке». Гастроэнтерология. 138 (6): 2073–2087.e3. Дои:10.1053 / j.gastro.2009.12.064. ЧВК  3037515. PMID  20420947.
6. Ли Ю.К., Король А.Б., Фахима Т., Нево Э. (июнь 2004 г.). «Микросателлиты в генах: структура, функции и эволюция». Молекулярная биология и эволюция. 21 (6): 991–1007. Дои:10.1093 / молбев / мш073. PMID  14963101.
7. Джексон А.Л., Чен Р., Леб Л.А. (октябрь 1998 г.). «Индукция микросателлитной нестабильности путем окислительного повреждения ДНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (21): 12468–73. Bibcode:1998PNAS ... 9512468J. Дои:10.1073 / пнас.95.21.12468. ЧВК  22854. PMID  9770509.
8. Имаи К., Ямамото Х (апрель 2008 г.). «Канцерогенез и микросателлитная нестабильность: взаимосвязь генетики и эпигенетики». Канцерогенез. 29 (4): 673–80. Дои:10.1093 / carcin / bgm228. PMID  17942460.
9. Popat S, Hubner R, Houlston RS (январь 2005 г.). «Систематический обзор микросателлитной нестабильности и прогноза колоректального рака». Журнал клинической онкологии. 23 (3): 609–18. Дои:10.1200 / JCO.2005.01.086. PMID  15659508.
10. Ан СН, Ким Ю.Р., Ким Х.С., Ким С.С., Ю Нью-Джерси, Ли Ш. (январь 2012 г.). "Мутации сдвига рамки белков вакуолярных генов сортировки при желудочном и колоректальном раке с микросателлитной нестабильностью". Патология человека. 43 (1): 40–7. Дои:10.1016 / j.humpath.2010.03.015. PMID  21733561.
11. Buckowitz A, Knaebel HP, Benner A, Bläker H, Gebert J, Kienle P, von Knebel Doeberitz M, Kloor M (май 2005 г.). «Нестабильность микросателлитов при колоректальном раке связана с местной инфильтрацией лимфоцитов и низкой частотой отдаленных метастазов». Британский журнал рака. 92 (9): 1746–53. Дои:10.1038 / sj.bjc.6602534. ЧВК  2362037. PMID  15856045.
12. Раджан К.Д., Беррис К., Илифф Н., Грант М., Эшлеман Дж. Р., Эберхарт К. Г. (март 2014 г.). «Дефекты репарации несоответствия ДНК и статус микросателлитной нестабильности в периокулярной сальной карциноме». Американский журнал офтальмологии. 157 (3): 640–7.e1–2. Дои:10.1016 / j.ajo.2013.12.002. PMID  24321472.
13. Исследования, Центр оценки лекарственных средств и. «Одобренные лекарственные препараты - FDA ускоряет одобрение пембролизумаба для первого показания, не зависящего от ткани / участка». www.fda.gov. Получено 2017-05-24.
14. Umar A, Boland CR, Terdiman JP, Syngal S, de la Chapelle A, Rüschoff J, et al. (Февраль 2004 г.). «Пересмотренное руководство Bethesda по лечению наследственного неполипозного колоректального рака (синдром Линча) и микросателлитной нестабильности». Журнал Национального института рака. 96 (4): 261–8. Дои:10.1093 / jnci / djh034. ЧВК  2933058. PMID  14970275.
15. Депутат Дулдулао, Ли В., Ле М, Чен З, Ли В., Ван Дж., Гао Х, Ли Х, Ким Дж., Гарсия-Агилар Дж. (Май 2012 г.). «Вариации экспрессии генов в микросателлитных стабильных и нестабильных клетках рака толстой кишки». Журнал хирургических исследований. 174 (1): 1–6. Дои:10.1016 / j.jss.2011.06.016. ЧВК  3210903. PMID  21816436.
16. Исследования, Центр оценки лекарственных средств и. «Одобренные лекарственные препараты - FDA ускоряет одобрение пембролизумаба для первого показания, не зависящего от ткани / участка». www.fda.gov. Получено 2017-05-24.
17. Merritt MA, Cramer DW, Missmer SA, Vitonis AF, Titus LJ, Terry KL (март 2014 г.). «Потребление жиров с пищей и риск эпителиального рака яичников по гистологии опухолей». Британский журнал рака. 110 (5): 1392–401. Дои:10.1038 / bjc.2014.16. ЧВК  3950866. PMID  24473401.

дальнейшее чтение

• Дюваль А., Хамелин Р. (2002). «Генетическая нестабильность в человеческих раках с дефицитом восстановления несоответствия». Annales de Genétique. 45 (2): 71–5. Дои:10.1016 / с0003-3995 (02) 01115-2. PMID  12119215.