Candida auris - Candida auris

Candida auris
Candida-auris 2016-250px.jpg
Научная классификация
Королевство:
Грибы
Разделение:
Аскомикота
Учебный класс:
Сахаромицеты
Заказ:
Saccharomycetales
Семья:
Дебариомицетовые
Род:
Candida
Разновидность:
C. auris
Биномиальное имя
Candida auris
Тип штамма
DSM 21092[2]
Предлагаемая схема появления C. auris.[3]

Candida auris это разновидность из грибок что растет как дрожжи.[1] Это один из немногих видов рода Candida что вызывает кандидоз в людях. Часто кандидоз бывает приобретены в больницах пациентами с ослабленная иммунная система. С. Auris может вызвать инвазивный кандидоз (фунгемия ) в которой кровоток, то Центральная нервная система, и внутренние органы заражены. Он привлек широкое внимание из-за своего множественная лекарственная устойчивость. Лечение также сложно, потому что его легко ошибочно идентифицировать с другими Candida разновидность.

С. Auris был впервые описан в 2009 году после того, как он был изолирован из слухового прохода 70-летней японки в Токийской столичной гериатрической больнице в Японии в 2009 году. В 2011 году в Южной Корее были зафиксированы первые случаи заболевания, вызывающего заболевание. С. Auris. Как сообщается, это распространилось по Азии и Европе и впервые появилось в США в 2013 году.[4]

Анализ ДНК четырех различных, но устойчивых к лекарствам штаммов Candida auris указать эволюционное расхождение имело место по крайней мере 4000 лет назад, с общим скачком среди четырех разновидностей к лекарственной устойчивости, возможно, связанным с широким распространением противогрибковых средств азольного типа в сельском хозяйстве.[4]

Идентификация и морфология

Впервые выявлено в 2009 году, Candida auris это разновидность из аскомицетичный гриб рода Candida который растет как дрожжи.[1] Его название происходит от латинского слова ухо, Auris.[5] Он образует гладкие, блестящие, беловато-серые вязкие колонии на питательной среде. Микроскопически клетки имеют форму эллипса.[1]

Клиническое значение

Candida auris один из немногих Candida виды, которые могут вызвать кандидоз в людях. Кандидоз чаще всего приобретены в больницах пациентами с ослабленная иммунная система. Это может вызвать инвазивный кандидоз, при котором кровоток (фунгемия ), Центральная нервная система, почки, печень, кости, мышцы, суставы, селезенка, или же глаза вторгаются. Обычно он проявляется другими сопутствующими заболеваниями, такими как: сахарный диабет, сепсис, болезни легких, и болезни почек.

С. Auris привлек повышенное клиническое внимание из-за своего множественная лекарственная устойчивость.[6][7][4]

In vitro более 90% С. Auris изоляты устойчивы к флуконазол[8][9] и в диапазоне 3–73% С. Auris изоляты устойчивы к вориконазол,[9][10] в то время как другие триазолы (позаконазол, итраконазол и изавуконазол) проявляют лучшую активность.[8][9][10] Изолятов от 13% до 35% были устойчивы к амфотерицину B;[8][10] однако большинство изолятов чувствительны к эхинокандины.[8][9][10]

Лечение сложно, потому что С. Auris легко ошибочно идентифицировать как другие Candida разновидность.[6][7][11][12] Краткое описание его клинической значимости по состоянию на 2016 г., понятная широкой публике, была опубликована Центр исследований и политики в области инфекционных заболеваний в Университете Миннесоты.[13]

Согласно Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC), 30–60% людей с С. Auris инфекции кровотока (BSI) умерли.[14] Однако у многих из этих людей были другие серьезные заболевания и состояния, которые также увеличивали риск смерти.[14][15]

Геном

Несколько проектов геномы из полногеномное секвенирование были опубликованы.[6][16] С. Auris имеет размер генома 12,3–12,5 МБ с GC-контент 44,5–44,8%.[6][16] В С. Auris геном кодирует несколько генов Семейство транспортеров ABC, а суперсемейство главных фасилитаторов, что помогает объяснить множественная лекарственная устойчивость.[6] Его геном также кодирует семейства генов, связанных с вирулентностью, такие как липазы, переносчики олигопептидов, маннозилтрансферазы и факторы транскрипции которые облегчают колонизацию, вторжение и добычу железа.[6] Еще один фактор, способствующий противогрибковый устойчивость - это наличие набора генов, которые, как известно, участвуют в биопленка формирование.[6]

Необходимы дополнительные исследования, чтобы определить, действительно ли филогенетическая дивергенция С. Auris клоны проявляют регионально-специфические образцы инвазивности, вирулентности и / или устойчивости к лекарствам.[17]

Эпидемиология

Географическая дифференциация

В филогенетика из С. Auris предложить отчетливый генотипы существуют в разных географических регионах со значительным геномным разнообразием.[17] Для подтверждения этого вывода использовались различные аналитические методы, основанные на последовательностях.

Секвенирование всего генома и анализ изолятов из Пакистана, Индии, Южной Африки, Венесуэлы, Японии и ранее секвенированных С. Auris геномы, депонированные в Национальный центр биотехнологической информации Архив чтения последовательности[18] определили отчетливое географическое распределение генотипов.[8] Четыре различных клады разделенные десятками тысяч однонуклеотидные полиморфизмы были идентифицированы.[8] Распространение этих клад разделено географически на Южную Азию (Индия и Пакистан), Южную Африку, Венесуэлу и Японию с минимальным наблюдаемым внутрирегиональным генетическим разнообразием.[8]

Полиморфизм длины амплифицированного фрагмента анализ С. Auris Изоляты из Великобритании, Индии, Японии, Южной Африки, Южной Кореи и Венесуэлы предполагают, что изоляты из Лондона образуют отдельный кластер по сравнению с другими.[19]

Сравнение рибосомная ДНК последовательности С. Auris Изоляты из Израиля, Азии, Южной Африки и Кувейта обнаружили, что штаммы из Израиля филогенетически отличаются от штаммов из других регионов.[20]Чаттерджи и др. писал в 2015 году: «Его фактическое глобальное распространение остается неясным, поскольку современные коммерческие методы клинической диагностики ошибочно идентифицируют его как С. гемулонии."[6]

История

Candida auris инфекций, мировое распространение по состоянию на 2019 год
Карта Candida auris инфекций в США по состоянию на 2019 год

С. Auris был впервые описан после того, как был изолирован от ушной канал 70-летней японки в Токийской столичной гериатрической больнице в Японии.[1] Он был выделен на основании его способности расти в присутствии фунгицида. микафунгин, эхинокандин класс фунгицидов.[1] Проведены фенотипические, хемотаксономические и филогенетические анализы. С. Auris как новый штамм рода Candida.[1][21]

Первые три случая заболевания, вызывающего С. Auris поступили из Южной Кореи в 2011 году.[22] Два изолята были получены в ходе исследования 2009 года, а третий был обнаружен в хранящемся образце с 1996 года.[22] Во всех трех случаях наблюдалась стойкая фунгемия, то есть инфекция кровотока, и двое из пациентов впоследствии умерли из-за осложнений.[22] Примечательно, что изначально изоляты были ошибочно идентифицированы как Candida haemulonii и Rhodotorula glutinis используя стандартные методы, пока анализ последовательности правильно не определил их как С. Auris.[22] Эти первые случаи подчеркивают важность точной идентификации видов и своевременного применения правильного противогрибкового средства для эффективного лечения кандидоза с С. Auris.[22]

В 2009–2011 годах 12 С. Auris изоляты были получены от пациентов в двух больницах в Дели, Индия.[23] Один и тот же генотип был обнаружен в разных учреждениях: интенсивной терапии, хирургических, медицинских, онкологических, неонатальных и педиатрических отделениях, которые были взаимоисключающими в отношении медицинского персонала.[23] У большинства из них была стойкая кандидемия, и наблюдалась высокая смертность.[23] Однако все изоляты принадлежали к одному и тому же клональному штамму и были идентифицированы только положительно с помощью анализа последовательности ДНК.[23] Как и ранее, штамм был неправильно идентифицирован с помощью установленных диагностических лабораторных тестов.[23] Индийские исследователи писали в 2013 году, что С. Auris был гораздо более распространенным, чем указывают опубликованные отчеты, поскольку большинство диагностических лабораторий не используют методы, основанные на последовательностях, для идентификации штаммов.[23]

Гриб распространился на другие континенты, и в конце 2016 года в странах Юго-Восточной Азии был обнаружен штамм с множественной лекарственной устойчивостью.[24]

Первый отчет С. Auris вспышка в Европа был октябрь 2016 г. Королевская больница Бромптона, Лондонская кардио-торакальная больница.[19] В апреле 2017 г. CDC директор Энн Шухат назвал это «катастрофической угрозой».[25] По состоянию на май 2017 г. CDC сообщил о 77 случаях в Соединенных Штатах. Из них 69 были взяты из образцов, собранных в Нью-Йорке и Нью-Джерси.[26]

По состоянию на 31 августа 2019 г. количество случаев заражения людей С. Auris в Соединенных Штатах выросло до 806, из них 388 - в Нью-Йорке, 137 - в Нью-Джерси и 227 - в Иллинойсе, по данным CDC.[4][27]

С тех пор, как он впервые был обнаружен в Великобритании, он распространился более чем на 20 NHS Trust больниц и заразили 200 человек.[28]

По состоянию на апрель 2019 г., CDC задокументировал случаи С. Auris из следующих стран: Австралия, Австрия, Бельгия, Канада, Китай, Колумбия, Франция, Германия, Индия, Иран, Израиль, Япония, Кения, Кувейт, Малайзия, Нидерланды, Норвегия, Оман, Пакистан, Панама, Россия, Саудовская Аравия , Сингапур, Южная Африка, Южная Корея, Испания, Швейцария, Тайвань, Таиланд, Объединенные Арабские Эмираты, Великобритания, США и Венесуэла.[27]

Candida auris грибок (C. auris) - это грибковая инфекция с множественной лекарственной устойчивостью, которая распространяется в больницах и является чрезвычайно смертельной, убивая каждого третьего, заразившегося ею.

- Эбби Хаглэдж из Yahoo! Стиль жизни,[29] цитируя Центры по контролю и профилактике заболеваний[30]

Артуро Касадеваль, доктор медицинских наук, заведующий кафедрой молекулярной микробиологии и иммунологии в Школе общественного здравоохранения Bloomberg Джонса Хопкинса заявил:

Это исследование предполагает, что это начало адаптации грибов к более высоким температурам, и в течение столетия у нас будет все больше и больше проблем. Глобальное потепление приведет к отбору грибковых линий, которые будут более термостойкими.[29]

Контекст

Устойчивость к противомикробным препаратам вообще - это все более распространенное явление. В 2010 году сообщалось, что в США два миллиона человек заразились устойчивыми инфекциями - 23 000 со смертельным исходом.[A] "[M] или недавние оценки исследователей из Медицинская школа Вашингтонского университета оценили число погибших в 162 000 человек. По оценкам, во всем мире число смертей от устойчивых инфекций составляет 700 000 человек в год.[4][31] C. auris является одним из многих других микробов, вносящих вклад в эту глобальную оценку УПП.[31] Большинство этих устойчивых инфекций вызываются другими организмами, кроме С. Auris.[нужна цитата ]

Смотрите также

Рекомендации

Примечания

  1. ^ По официальной Центры по контролю и профилактике заболеваний США оценки.[4]

Цитаты

  1. ^ а б c d е ж грамм Сато К., Макимура К., Хасуми Й., Нишияма Ю., Учида К., Ямагути Х. (январь 2009 г.). «Candida auris sp. Nov., Новый аскомицетический дрожжевой грибок, выделенный из наружного слухового прохода пациента в японской больнице». Микробиология и иммунология. 53 (1): 41–4. Дои:10.1111 / j.1348-0421.2008.00083.x. PMID  19161556.
  2. ^ "Candida auris". DSMZ - Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур. Получено 1 августа 2017.
  3. ^ Casadevall A, Контояннис ДП, Роберт V (июль 2019 г.). «О появлении Candida auris: изменение климата, азолы, болота и птицы». мБио. 10 (4): e01397–19. Дои:10,1128 / мБио.01397-19. ЧВК  6650554. PMID  31337723.
  4. ^ а б c d е ж Richtel M, Джейкобс А (6 апреля 2019 г.). «Загадочная инфекция, охватывающая весь земной шар в атмосфере секретности». Нью-Йорк Таймс. ISSN  0362-4331. Получено 7 апреля 2019. C. auris настолько живуч, отчасти потому, что он невосприимчив к основным противогрибковым препаратам, что делает его новым примером одной из самых серьезных угроз здоровью в мире: роста лекарственно-устойчивых инфекций.
  5. ^ "Candida auris Вопросы и ответы". Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC). 4 ноября 2016 г. В архиве из оригинала 2 января 2017 г.. Получено 1 января 2017.
  6. ^ а б c d е ж грамм час Чаттерджи С., Алампалли С.В., Нагешан Р.К., Четтиар С.Т., Джоши С., Тату США (сентябрь 2015 г.). «Проект генома часто неправильно диагностируемого патогена с множественной лекарственной устойчивостью Candida auris». BMC Genomics. 16 (1): 686. Дои:10.1186 / s12864-015-1863-z. ЧВК  4562351. PMID  26346253.
  7. ^ а б "Идентификация Candida auris". Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC). Получено 1 апреля 2017.
  8. ^ а б c d е ж грамм Локхарт С. Р., Этьен К. А., Валлабханени С., Фаруки Дж., Чоудхари А., Говендер Н. П. и др. (Январь 2017 г.). «Одновременное появление Candida auris с множественной лекарственной устойчивостью на 3 континентах, подтвержденное секвенированием всего генома и эпидемиологическими анализами». Клинические инфекционные болезни. 64 (2): 134–140. Дои:10.1093 / cid / ciw691. ЧВК  5215215. PMID  27988485.
  9. ^ а б c d Чоудхари А., Анил Кумар В., Шарма С., Пракаш А., Агарвал К., Бабу Р. и др. (Июнь 2014 г.). «Эндемический клональный штамм Candida auris с множественной лекарственной устойчивостью в Индии». Европейский журнал клинической микробиологии и инфекционных заболеваний. 33 (6): 919–26. Дои:10.1007 / s10096-013-2027-1. PMID  24357342. S2CID  14873835.
  10. ^ а б c d Рудрамурти С.М., Чакрабарти А., Пол Р.А., Суд П., Каур Х., Капур М.Р. и др. (Июнь 2017 г.). «Candida auris Candidae в индийских отделениях интенсивной терапии: анализ факторов риска». Журнал антимикробной химиотерапии. 72 (6): 1794–1801. Дои:10.1093 / jac / dkx034. PMID  28333181.
  11. ^ «Клиническое предупреждение для учреждений здравоохранения США - июнь 2016 г.». Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC). 27 июн 2019. Получено 2 июля 2019.
  12. ^ "Candida auris Клинические новости - сентябрь 2017 г. ». Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC). 27 июн 2019. Получено 2 июля 2019.
  13. ^ Далл С. (29 июня 2016 г.). «CDC выдает предупреждение о дрожжевой инфекции с множественной лекарственной устойчивостью». Новости CIDRAP.
  14. ^ а б Спивак Е.С., Хансон К.Е. (февраль 2018 г.). Крафт CS (ред.). «Candida auris: новый грибковый патоген». Журнал клинической микробиологии. 56 (2): e01588–17. Дои:10.1128 / JCM.01588-17. ЧВК  5786713. PMID  29167291.
  15. ^ Чакрабарти А., Суд П., Рудрамурти С.М., Чен С., Каур Х., Капур М. и др. (Февраль 2015 г.). «Заболеваемость, характеристики и исход кандидемии в ОИТ в Индии». Интенсивная терапия. 41 (2): 285–95. Дои:10.1007 / s00134-014-3603-2. PMID  25510301. S2CID  10471076.
  16. ^ а б Шарма С., Кумар Н., Мейс Дж. Ф., Пандей Р., Чоудхари А. (июль 2015 г.). «Проект последовательности генома устойчивого к флуконазолу штамма Candida auris от пациента с кандидемией в Индии». Анонсы генома. 3 (4): e00722–15. Дои:10.1128 / genomeA.00722-15. ЧВК  4505117. PMID  26184929.
  17. ^ а б Бен-Ами Р., Берман Дж., Новиков А., Баш Э., Шахор-Мейухас Ю., Закин С. и др. (Февраль 2017). «Candida haemulonii и C. auris с множественной лекарственной устойчивостью, Тель-Авив, Израиль». Возникающие инфекционные заболевания. 23 (1): 195–203. Дои:10.3201 / eid2302.161486. ЧВК  5324804. PMID  28098529.
  18. ^ Национальный центр биотехнологической информации Прочитать архив Национальная медицинская библиотека США, дата обращения 31 мая 2017
  19. ^ а б Schelenz S, Hagen F, Rhodes JL, Abdolrasouli A, Chowdhary A, Hall A, et al. (19 октября 2016 г.). «Candida auris в европейской больнице». Устойчивость к противомикробным препаратам и инфекционный контроль. 5: 35. Дои:10.1186 / s13756-016-0132-5. ЧВК  5069812. PMID  27777756.
  20. ^ Миллер Р. (апрель 1966 г.). «Больничный дизайн». Больницы. 40 (7): 91–4. PMID  5324804.
  21. ^ "Candida auris". MycoBank. Получено 2 апреля 2017.
  22. ^ а б c d е Ли У.Г., Шин Дж. Х., У Й, Кан М. Г., Ким Ш., Пак К. Х., Чан ХК (сентябрь 2011 г.). «Первые три зарегистрированных случая нозокомиальной фунгемии, вызванной Candida auris». Журнал клинической микробиологии. 49 (9): 3139–42. Дои:10.1128 / JCM.00319-11. ЧВК  3165631. PMID  21715586.
  23. ^ а б c d е ж Чоудхари А., Шарма С., Дуггал С., Агарвал К., Пракаш А., Сингх П. К. и др. (Октябрь 2013). «Новый клональный штамм Candida auris, Дели, Индия». Возникающие инфекционные заболевания. 19 (10): 1670–3. Дои:10.3201 / eid1910.130393. ЧВК  3810747. PMID  24048006.
  24. ^ Мэрин МакКенна (7 ноября 2016 г.). «Смертельный гриб, связанный с 4 новыми случаями смерти - что вам нужно знать». Национальная география. Национальное географическое общество. В архиве из оригинала 2 января 2017 г.. Получено 1 января 2017.
  25. ^ Blau M (21 апреля 2017 г.). "'Катастрофическая угроза »: глава CDC опасается распространения смертельной супербактерии». Стат Новости. Получено 23 апреля 2017.
  26. ^ Цай С., Валлийский Р. М., Адамс Э. Х., Чоу Н. А., Гаде Л., Берков Е. Л. и др. (Май 2017 г.). «Заметки с мест: продолжающаяся передача Candida auris в медицинских учреждениях - США, июнь 2016 г. - май 2017 г.». MMWR. Еженедельный отчет о заболеваемости и смертности. 66 (19): 514–515. Дои:10,15585 / ммwr.mm6619a7. ЧВК  5657645. PMID  28520710.
  27. ^ а б "Отслеживание Candida auris". Центры по контролю и профилактике заболеваний (CDC). 31 августа 2019 г.. Получено 26 ноября 2019.
  28. ^ Хенк Д. (21 августа 2017 г.). «Грибок-убийца распространяется по больницам Великобритании - вот что вам нужно знать о Candida auris». Независимый. Получено 27 августа 2017.
  29. ^ а б Haglage A (24 июля 2019 г.). «Новый смертельно опасный грибковый супербактерий беспокоит врачей - вот что вам нужно знать». Yahoo! Стиль жизни. Получено 13 ноября 2019.
  30. ^ "Candida auris: Устойчивый к лекарствам росток, который распространяется в медицинских учреждениях ». Центры по контролю и профилактике заболеваний. 21 декабря 2018 г.. Получено 13 ноября 2019.
  31. ^ а б О'Нил Дж (2016). Глобальная борьба с лекарственно-устойчивыми инфекциями: окончательный отчет и рекомендации. OCLC  979367942.

внешняя ссылка