Очень короткий патч-ремонт - Very short patch repair
| Вср | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура эндонуклеазы репарации очень коротких участков (VSR) в комплексе с дуплексной ДНК | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | Вср | ||||||||
| Pfam | PF03852 | ||||||||
| Pfam клан | CL0236 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR004603 | ||||||||
| SCOP2 | 1вср / Объем / СУПФАМ | ||||||||
| |||||||||
Ремонт очень коротким патчем (ВСП) это Ремонт ДНК система, которая устраняет несоответствия GT, созданные дезаминирование из 5-метилцитозин к тимин. Эта система существует, потому что гликозилазы которые обычно нацелены на дезаминированные основания, не могут нацеливаться на тимин (это одно из четырех обычных оснований в ДНК).
Компонентами системы являются MutS, который связывается с несоответствием GT, эндонуклеаза VSR, которая разрезает ДНК, и MutL, которая рекрутирует UvrD геликаза.
VSR (очень короткий ремонт патчем) эндонуклеазы встречаются в различных бактерии. Они работают, разрезая, а точнее, делая зарубку в ДНК если базовая пара мутировал или поврежден.
Функция
Мутации в парах оснований ДНК могут быть вредными для организма. В частности, мутации C в T довольно часто возникают из-за метилирования цитозина. Следовательно, эндонуклеазы VSR имеют функцию защиты клетки от повреждений, вызванных мутировавшей ДНК.
Механизм
VSR распознает несоответствие TG основание пара, образованная после спонтанного дезаминирование из метилированный цитозинов, и это создает разрыв на одной цепи путем раскалывание то фосфат опора на 5' сторона тимина.[1] потом ДНК-полимераза Я удаляю Т и некоторые нуклеотиды на 3'-цепи, а затем повторно синтезирую пластырь.[2]
Кроме того, несоответствие GT может привести к C-to-T переход мутации если не отремонтирован. VSR устраняет несоответствия в пользу G-содержащей нити. В кишечная палочка, это эндонуклеаза надрезает двухцепочечную ДНК внутри последовательность CT (AT) GN или NT (AT) GG рядом с тимидин остаток, который не соответствует 2'-дезоксигуанозину.[3] Разрез зависит от несоответствия и зависит от прядей.
Структура
В структура VSR похож на ядро структура эндонуклеаз рестрикции, которые имеют 3-слойную альфа / бета / альфа топологию.[4]
VSR имеет три ароматических остатка (Phe67, Trp68 и Trp86), которые внедряются в большая канавка, изгибая ДНК и разделяя две нити. В N-концевой домен стабилизирует взаимодействие между белком и продуктом расщепления, тем самым защищая разрыв от ДНК-лигаза до появления ДНК-полимеразы I.
Рекомендации
- ^ Цутакава С.Е., Джингами Х., Морикава К. (декабрь 1999 г.). «Распознавание несоответствия TG: кристаллическая структура очень короткой эндонуклеазы репарации участка в комплексе с дуплексом ДНК». Клетка. 99 (6): 615–23. Дои:10.1016 / s0092-8674 (00) 81550-0. PMID 10612397. S2CID 17458432.
- ^ Полосина Ю.Ю., Кепплс К.Г. (2009). «Изменения конформации амино-концевого домена Vsr-эндонуклеазы сопровождают расщепление ДНК». J Biochem. 146 (4): 523–6. Дои:10.1093 / jb / mvp095. PMID 19556224.
- ^ Бхагват А.С., Либ М. (июнь 2002 г.). «Сотрудничество и конкуренция в репарации рассогласования: репарация очень короткими пластырями и репарация несовпадений, направленная метилом в Escherichia coli». Мол. Микробиол. 44 (6): 1421–8. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2002.02989.x. PMID 12067333. S2CID 44319240.
- ^ Бантинг К.А., Роу С.М., Хедли А., Браун Т., Савва Р., Перл Л.Х. (март 2003 г.). «Кристаллическая структура эндонуклеазы репарации ДНК Escherichia coli dcm с очень коротким участком, связанной с участком продукта реакции в суперспирали ДНК». Нуклеиновые кислоты Res. 31 (6): 1633–9. Дои:10.1093 / nar / gkg273. ЧВК 152875. PMID 12626704.
 | Этот генетика статья - это заглушка. Вы можете помочь Википедии расширяя это. |