Коробка SOS - SOS box

Коробка SOS это регион в промоутер различных гены к которому LexA репрессор обязывает подавить транскрипция SOS-индуцированных белков. Это происходит при отсутствии Повреждение ДНК. При наличии повреждения ДНК связывание LexA инактивирован RecA активатор. SOS-боксы различаются последовательностями ДНК и сродством связывания с LexA от организма к организму.^[1] Кроме того, окна SOS могут присутствовать двойным образом, что указывает на то, что более одного окна SOS могут находиться в одном промоутер.^[2]

Примеры

Филогенетическая клада	Последовательность	Ссылка
Альфа-протеобактерии	GAAC (N)7GAAC GTTC (N)7GTTC	[3][4]
Бетапротеобактерии Гаммапротеобактерии	CTGT (N)8ACAG	[5]
Дельтапротеобактерии	CTRHAMRYBYGTTCAGS	[6]
Грамположительные бактерии	CGAACRNRYGTTYC	[7][8]
Цианобактерии	RGTAC (N)3DGTWCB	[9]

Видеть Номенклатура нуклеиновых кислот для объяснения букв, не относящихся к GATC

Смотрите также

• SOS ответ
• Ген SOS
• LexA
• RecA

Рекомендации

1. Уокер, GC (октябрь 1995 г.). «SOS-регулируемые белки в транслезионном синтезе ДНК и мутагенезе». Тенденции в биохимических науках. 20 (10): 416–20. Дои:10.1016 / s0968-0004 (00) 89091-х. PMID  8533155.
2. Гиллор, Оснат; Vriezen, Jan A. C .; Райли, Маргарет А. (июнь 2008 г.). «Роль SOS-боксов в регуляции кишечных бактериоцинов». Микробиология. 154 (6): 1783–1792. Дои:10.1099 / mic.0.2007 / 016139-0. ЧВК  2729051. PMID  18524933.
3. Фернандес де Хенестроса А. Р., Ривера Э, Тапиас А., Барбе Дж. (Июнь 1998 г.). "Идентификация Rhodobacter sphaeroides Коробка SOS ». Мол. Микробиол. 28 (5): 991–1003. Дои:10.1046 / j.1365-2958.1998.00860.x. PMID  9663685.
4. Тапиас А., Барбе Дж. (Август 1999 г.). "Регулирование дивергентной транскрипции с промоторов uvrA-ssb в Sinorhizobium meliloti". Мол. Генерал Жене. 262 (1): 121–30. Дои:10.1007 / s004380051066. PMID  10503543.
5. Эрилл I, Эскрибано М., Кампой С., Барбе Дж. (Ноябрь 2003 г.). «Анализ in silico выявляет существенные различия в содержании генов гамма-протеобактерий LexA-регулон». Биоинформатика. 19 (17): 2225–36. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg303. PMID  14630651.
6. Кампой С., Фонтес М., Падманабхан С., Кортес П., Ллагостера М., Барбе Дж. (Август 2003 г.). "LexA-независимая индукция экспрессии генов, опосредованная повреждением ДНК. Myxococcus xanthus". Мол. Микробиол. 49 (3): 769–81. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2003.03592.x. PMID  12864858.
7. Винтерлинг К.В., Чафин Д., Хейс Дж. Дж. И др. (15 апреля 1998 г.). "Сайт связывания DinR Bacillus subtilis: новое определение согласованной последовательности". J. Bacteriol. 180 (8): 2201–11. ЧВК  107149. PMID  9555905.
8. Дэвис Е.О., Дуллаган Е.М., Рэнд Л. (июнь 2002 г.). «Определение микобактериального SOS-бокса и его использование для идентификации LexA-регулируемых генов у Mycobacterium tuberculosis». J. Bacteriol. 184 (12): 3287–95. Дои:10.1128 / JB.184.12.3287-3295.2002. ЧВК  135081. PMID  12029045.
9. Mazón G, Lucena JM, Campoy S, Fernández de Henestrosa AR, Candau P, Barbé J (февраль 2004 г.). «LexA-связывающие последовательности у грамположительных и цианобактерий тесно связаны». Мол. Genet. Геномика. 271 (1): 40–9. Дои:10.1007 / s00438-003-0952-x. PMID  14652736.

• Эрилл I и др. (2004). «Различия в структуре регулона LexA среди протеобактерий с помощью сравнительной геномики in vivo». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (22): 6617–26. Дои:10.1093 / нар / гх996. ЧВК  545464. PMID  15604457.
• Синагава Х (1996). SOS-ответ как адаптивный ответ на повреждение ДНК у прокариот. EXS. 77. С. 221–35. Дои:10.1007/978-3-0348-9088-5_14. ISBN  978-3-0348-9901-7. PMID  8856977.