EIF6 - EIF6

EIF6
Идентификаторы
Псевдонимы	EIF6, CAB, EIF3A, ITGB4BP, b (2) gcn, eIF-6, p27 (BBP), p27BBP, фактор инициации трансляции эукариот 6
Внешние идентификаторы	OMIM: 602912 MGI: 1196288 ГомолоГен: 7135 Генные карты: EIF6
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 20 (человек)[1] Группа 20q11.22 Начните 35,278,911 бп[1] Конец 35,284,985 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 2 (мышь)[2] Группа 2 | 2 H1 Начните 155,819,832 бп[2] Конец 155,826,925 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • связывание рибосом • GO: 0001948 связывание с белками • активность фактора инициации трансляции • связывание большой субъединицы рибосомы Сотовый компонент • цитоплазма • внеклеточная экзосома • ядро клетки • нуклеоплазма • ядрышко • цитозоль • прерибосома, предшественник большой субъединицы • ламинат • промежуточная нить Биологический процесс • трансляционная инициация • сборка зрелых рибосом • биосинтез белка • биогенез рибосом • ответ на инсулин • созревание LSU-рРНК • подавление гена с помощью miRNA • регулирование гликолитического процесса • сборка большой субъединицы-предшественника прерибосомы • созревание 5.8S рРНК • регулирование процесса биосинтеза жирных кислот • регулирование метаболического процесса активных форм кислорода • положительное регулирование перевода • регуляция дифференцировки мегакариоцитов • miRNA-опосредованное ингибирование трансляции • экспорт рибосомальной субъединицы из ядра • биогенез большой субъединицы рибосомы Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Виды	Человек	Мышь
Entrez	3692	16418
Ансамбль	ENSG00000242372	ENSMUSG00000027613
UniProt	P56537	O55135
RefSeq (мРНК)	NM_001267810 NM_002212 NM_181466 NM_181467 NM_181468 NM_181469	NM_010579
RefSeq (белок)	NP_001254739 NP_002203 NP_852131 NP_852133	NP_034709
Расположение (UCSC)	Chr 20: 35,28 - 35,28 Мб	Chr 2: 155,82 - 155,83 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Фактор инициации трансляции эукариот 6 (EIF6), также известен как Интегрин бета 4 связывающий белок (ITGB4BP), это человек ген.^[5]

Гемидесмосомы структуры, которые связывают базальная пластинка к промежуточной нити цитоскелет. Важным функциональным компонентом гемидесмосом является субъединица интегрина бета-4 (ITGB4 ), белок, содержащий два домена фибронектина III типа. Белок, кодируемый этим геном, связывается с доменами фибронектина III типа ITGB4 и может помочь связать ITGB4 с цитоскелетом промежуточных филаментов. Кодируемый белок, который нерастворим и содержится как в ядро и в цитоплазма, может функционировать как фактор инициации перевода и катализирует ассоциацию 40S и 60S рибосомальный субъединицы вместе с eIF5 связаны с GTP. Множественные варианты транскрипции, кодирующие несколько разных изоформы были обнаружены для этого гена.^[5]

EIF6 играет важную роль в образовании 80S рибосом эукариот, росте клеток и экспрессии генов. Рибосома 80S, которая может разделяться на субъединицы 40S и 60S. EIF6 помогает защитить зрелую 60-ю субъединицу, и затем EIF6 должен диссоциировать с 60-й субъединицей, чтобы он мог связываться с 40-й субъединицей с образованием рибосомы. Поддержание баланса EIF6 важно для организма: небольшое количество EIF6 помогает синтезу нормальной рибосомы, в то время как большое количество EIF6 ингибирует 60-е субъединицы, связывающиеся с 40-ю субъединицами.^[6]

Функция

EIF6 существует как в ядрышке, так и в цитоплазме. В ядрышке эукариот прерибосомный комплекс 90S отделяется от прерибосомального комплекса 60S и прерибосомного комплекса 40S, которые участвуют в синтезе зрелой рибосомы. EIF6 незаменим в биогенезе 60S субъединицы, и удаление EIF6 имеет летальный эффект. Частичная делеция eIF6 приводит к уменьшению количества свободной 60S субъединицы рибосомы, что означает, что она выводит из равновесия соотношение субъединиц 40S / 60S и ограничивает скорость синтеза белка. Прерибосомный комплекс 60S, связанный с шаттлом eIF6 из ядрышка в цитоплазму, а затем диссоциированный eIF6 с пре-60S, так что субъединица 60S может связываться с субъединицей 40S и продолжается до последующего распространения. EIF6 может действовать как фактор инициации трансляции, ограничивающий скорость, и уровни его экспрессии влияют на скорость трансляции. Немногие из eIF6 в малых количествах будут ускорять трансляцию белка, в то время как большие из eIF6 будут блокировать процесс трансляции, ингибируя продукцию рибосом.^[7] Активность eIF6 также вызывает гликолиз и синтез жирных кислот за счет контроля трансляции мРНК.^[8]

Выражение

EIF6 имеет разный уровень экспрессии в разных тканях и клетках. EIF6 имеет высокий уровень экспрессии в стволовых и циклических клетках, тогда как в постмитотических клетках его нет; высокий уровень в мозге и эпителии, низкий уровень в мышцах.^[9]

Взаимодействия

EIF6 был показан взаимодействовать с участием FHL2,^[10] ITGB4^[11] и GNB2L1.^[12]

EIF6 играет важную роль в образовании 80S рибосом, росте клеток и экспрессии генов.^[13]

Смотрите также

• Фактор инициации эукариот
• Большая рибосомная субъединица эукариот (60S)

использованная литература

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000242372 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027613 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. «Ген Entrez: белок, связывающий интегрин бета 4 ITGB4BP».
6. Брина Д., Гроссо С., Милузио А., Бифо С. (октябрь 2011 г.). «Контроль трансляции за счет образования 80S и доступности 60S: центральная роль eIF6, фактора ограничения скорости в прогрессии клеточного цикла и туморогенезе». Клеточный цикл. 10 (20): 3441–6. Дои:10.4161 / cc.10.20.17796. PMID  22031223.
7. Брина Д., Милузио А., Риккарди С., Бифо С. (июль 2015 г.). «Антиассоциативная активность eIF6 необходима для биогенеза рибосом, контроля трансляции и прогрессирования опухоли». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - механизмы регуляции генов. 1849 (7): 830–5. Дои:10.1016 / j.bbagrm.2014.09.010. PMID  25252159.
8. Biffo S, Manfrini N, Ricciardi S (февраль 2018 г.). «Перекрестки между трансляцией и метаболизмом при раке». Текущее мнение в области генетики и развития. 48: 75–81. Дои:10.1016 / j.gde.2017.10.011. PMID  29153483.
9. Милузио А, Бегнет А, Вольта В, Бифо С (май 2009 г.). «Фактор инициации эукариот 6 обеспечивает непрерывную связь между биогенезом и трансляцией рибосомы 60S». EMBO отчеты. 10 (5): 459–65. Дои:10.1038 / embor.2009.70. ЧВК  2680881. PMID  19373251.
10. Wixler V, Geerts D, Laplantine E, Westhoff D, Smyth N, Aumailley M, Sonnenberg A, Paulsson M (октябрь 2000 г.). «Только LIM-белок DRAL / FHL2 связывается с цитоплазматическим доменом нескольких цепей альфа- и бета-интегринов и задействуется в адгезионных комплексах». Журнал биологической химии. 275 (43): 33669–78. Дои:10.1074 / jbc.M002519200. PMID  10906324.
11. Biffo S, Sanvito F, Costa S, Preve L, Pignatelli R, Spinardi L, Marchisio PC (ноябрь 1997 г.). «Выделение нового связывающего интегрин бета4 белка (p27 (BBP)), высоко экспрессируемого в эпителиальных клетках». Журнал биологической химии. 272 (48): 30314–21. Дои:10.1074 / jbc.272.48.30314. PMID  9374518.
12. Ceci M, Gaviraghi C, Gorrini C, Sala LA, Offenhäuser N, Marchisio PC, Biffo S (декабрь 2003 г.). «Высвобождение eIF6 (p27BBP) из субъединицы 60S позволяет сборку 80S рибосомы». Природа. 426 (6966): 579–84. Дои:10.1038 / природа02160. PMID  14654845. S2CID  2431706.
13. Брина Д., Гроссо С., Милузио А., Бифо С. (октябрь 2011 г.). «Контроль трансляции за счет образования 80S и доступности 60S: центральная роль eIF6, фактора ограничения скорости в прогрессии клеточного цикла и туморогенезе». Клеточный цикл. 10 (20): 3441–6. Дои:10.4161 / cc.10.20.17796. PMID  22031223.

дальнейшее чтение

• Biffo S, Sanvito F, Costa S, Preve L, Pignatelli R, Spinardi L, Marchisio PC (ноябрь 1997 г.). «Выделение нового связывающего интегрин бета4 белка (p27 (BBP)), высоко экспрессируемого в эпителиальных клетках». Журнал биологической химии. 272 (48): 30314–21. Дои:10.1074 / jbc.272.48.30314. PMID  9374518.
• Си К., Чаудхури Дж., Чевешич Дж., Майтра У. (декабрь 1997 г.). «Молекулярное клонирование и функциональная экспрессия человеческой кДНК, кодирующей фактор инициации трансляции 6». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 94 (26): 14285–90. Дои:10.1073 / пнас.94.26.14285. ЧВК  24943. PMID  9405604.
• Mao M, Fu G, Wu JS, Zhang QH, Zhou J, Kan LX, Huang QH, He KL, Gu BW, Han ZG, Shen Y, Gu J, Yu YP, Xu SH, Wang YX, Chen SJ, Chen Z (Июль 1998 г.). «Идентификация генов, экспрессируемых в человеческих CD34 (+) гемопоэтических стволовых / клетках-предшественниках, с помощью тегов экспрессируемой последовательности и эффективного клонирования кДНК полной длины». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 95 (14): 8175–80. Дои:10.1073 / пнас.95.14.8175. ЧВК  20949. PMID  9653160.
• Санвито Ф., Арриго Дж., Зуффарди О, Аньелли М., Маркизио П.С., Бифо С. (август 1998 г.). «Локализация гена связывающего белка р27 бета4 (ITGB4BP) в области хромосомы человека 20q11.2». Геномика. 52 (1): 111–2. Дои:10.1006 / geno.1998.5403. PMID  9740680.
• Sanvito F, Piatti S, Villa A, Bossi M, Lucchini G, Marchisio PC, Biffo S (март 1999 г.). «Интегрин бета4-интегрина p27 (BBP / eIF6) является важным белком ядерного матрикса, участвующим в сборке 60S рибосомной субъединицы». Журнал клеточной биологии. 144 (5): 823–37. Дои:10.1083 / jcb.144.5.823. ЧВК  2148184. PMID  10085284.
• Wixler V, Geerts D, Laplantine E, Westhoff D, Smyth N, Aumailley M, Sonnenberg A, Paulsson M (октябрь 2000 г.). «Только LIM-белок DRAL / FHL2 связывается с цитоплазматическим доменом нескольких цепей альфа- и бета-интегринов и задействуется в адгезионных комплексах». Журнал биологической химии. 275 (43): 33669–78. Дои:10.1074 / jbc.M002519200. PMID  10906324.
• Чжан QH, Ye M, Wu XY, Ren SX, Zhao M, Zhao CJ, Fu G, Shen Y, Fan HY, Lu G, Zhong M, Xu XR, Han ZG, Zhang JW, Tao J, Huang QH, Zhou J , Ху GX, Gu J, Chen SJ, Chen Z (октябрь 2000 г.). «Клонирование и функциональный анализ кДНК с открытыми рамками считывания для 300 ранее не определенных генов, экспрессируемых в CD34 + гематопоэтических стволовых / предшественниках». Геномные исследования. 10 (10): 1546–60. Дои:10.1101 / гр.140200. ЧВК  310934. PMID  11042152.
• Donadini A, Giodini A, Sanvito F, Marchisio PC, Biffo S (март 2001 г.). «Ген ITGB4BP человека конститутивно экспрессируется in vitro, но сильно модулируется in vivo». Ген. 266 (1–2): 35–43. Дои:10.1016 / S0378-1119 (01) 00370-5. PMID  11290417.
• Андерсен Дж. С., Лион CE, Фокс А. Х., Люнг А. К., Лам Ю. В., Стин Х, Манн М., Ламонд А. И. (январь 2002 г.). «Направленный протеомный анализ ядрышка человека». Текущая биология. 12 (1): 1–11. Дои:10.1016 / S0960-9822 (01) 00650-9. PMID  11790298. S2CID  14132033.
• Басу У, Си К., Дэн Х, Майтра У (сентябрь 2003 г.). «Фосфорилирование фактора инициации трансляции 6 эукариот млекопитающих и его гомолога Tif6p Saccharomyces cerevisiae: доказательства того, что фосфорилирование Tif6p регулирует его нуклеоцитоплазматическое распределение и требуется для роста дрожжевых клеток». Молекулярная и клеточная биология. 23 (17): 6187–99. Дои:10.1128 / MCB.23.17.6187-6199.2003. ЧВК  180954. PMID  12917340.
• Ceci M, Gaviraghi C, Gorrini C, Sala LA, Offenhäuser N, Marchisio PC, Biffo S (декабрь 2003 г.). «Высвобождение eIF6 (p27BBP) из субъединицы 60S позволяет сборку 80S рибосомы». Природа. 426 (6966): 579–84. Дои:10.1038 / природа02160. PMID  14654845. S2CID  2431706.
• Россо П., Кортесина Дж., Санвито Ф., Донадини А., Ди Бенедетто Б., Бифо С., Маркизио ПК (май 2004 г.). «Сверхэкспрессия p27BBP в карциномах головы и шеи и их метастазах в лимфатических узлах». Голова и шея. 26 (5): 408–17. CiteSeerX  10.1.1.503.9652. Дои:10.1002 / хед.10401. PMID  15122657. S2CID  39531947.
• Ленер Б., Сандерсон К.М. (июль 2004 г.). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Геномные исследования. 14 (7): 1315–23. Дои:10.1101 / gr.2122004. ЧВК  442147. PMID  15231747.
• Раш Дж., Мориц А., Ли К.А., Го А., Госс В.Л., Спек Э.Д., Чжан Х., Чжа Х.М., Полакевич Р.Д., Гребень М.Дж. (январь 2005 г.). «Иммуноаффинное профилирование фосфорилирования тирозина в раковых клетках». Природа Биотехнологии. 23 (1): 94–101. Дои:10.1038 / nbt1046. PMID  15592455. S2CID  7200157.
• Андерсен Дж.С., Лам Ю.В., Леунг А.К., Онг С.Е., Лион CE, Ламонд А.И., Манн М. (январь 2005 г.). «Динамика нуклеолярного протеома». Природа. 433 (7021): 77–83. Дои:10.1038 / природа03207. PMID  15635413. S2CID  4344740.
• Stelzl U, Worm U, Lalowski M, Haenig C, Brembeck FH, Goehler H, Stroedicke M, Zenkner M, Schoenherr A, Koeppen S, Timm J, Mintzlaff S, Abraham C, Bock N, Kietzmann S, Goedde A, Toksöz E , Droege A, Krobitsch S, Korn B, Birchmeier W, Lehrach H, Wanker EE (сентябрь 2005 г.). «Сеть взаимодействия белок-белок человека: ресурс для аннотирования протеома». Ячейка. 122 (6): 957–68. Дои:10.1016 / j.cell.2005.08.029. HDL:11858 / 00-001M-0000-0010-8592-0. PMID  16169070. S2CID  8235923.