Бактериальный тип - Bacterial phyla

Филогенетическое дерево, показывающее разнообразие бактерий, архей и эукариот.[1] Дерево включает 92 названных бактериальных типа, 26 архейных типов и все пять эукариотических супергрупп. Основным родословным присвоены произвольные цвета и названия с хорошо охарактеризованными названиями родословных выделены курсивом. Линии, в которых отсутствует отдельный представитель, выделены не курсивом и красными точками.

Бактериальный тип составляют основные родословные домена Бактерии. Хотя точное определение бактериального типа обсуждается, популярным является определение, что бактериальный тип - это монофилетический происхождение бактерий, чьи Гены 16S рРНК имеют парную идентичность последовательностей ~ 75% или меньше с таковыми у представителей других бактериальных филумов.[2]

Было подсчитано, что существует около 1300 типов бактерий.[2] По состоянию на май 2020 года 41 тип бактерий официально признан LPSN,[3] 89 бактериальных типов распознаются на База данных Сильва, предложены еще десятки,[4][5] и сотни, вероятно, еще предстоит обнаружить.[2] По состоянию на 2017 год примерно 72% широко известных бактериальных типов были тип кандидата[6] (т.е. не иметь культурных представителей).

Нет никаких фиксированных правил для номенклатуры бактериальных типов. Было предложено использовать суффикс «-бактерии» для слов типа.

Список бактериальных типов

Ниже приводится список предложенных типов бактерий.

ТипАльтернативные названияГруппаКультурный представительПримечания
10bav-F6[7]Нет
Абавакабактерии[4][8]РИФ46CPR; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
Abditibacteriota[9]FBPда[9]
Absconditabacteria[10][8]SR1СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
ПБЯ1[11]OD1-ABY1[12]СЛР; ПаркубактерииНет
Ацетотермия[13]OP1
Ацидобактериида[14]
АктинобактерииТеррабактериида[15]
Адлербактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Аэрофобота / АэрофобетCD12, BHI80-139
Амесбактерии[16]СЛР; Патесибактерии;

Микрогеноматы

Нет
Андерсенбактерии[4]RIF9СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4-связанныеНет
Арматимонадеты[13]OP10Террабактериида[17]
Aminicenantes[13]OP8
AncK6[7]
Apal-E12[7]
Атрибактерии[13]OP9, JS1Нет
Водные
Азамбактерии я[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНетразделен Анантараманом и другие. …
Азамбактерии ii[16][8]CPR; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет… (Октябрь 2016 г.) как полифилетический
BacteroidetesГруппа FCBда
Balneolaeota[18]да
Бделловибрионота
Beckwithbacteria[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Беркельбактерии[19][8]ACD58СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
BHI80-139[7]
Блэкбернбактерии[4]RIF35СЛР; МикрогеноматыНет
Бреннербактерии[4][8]РИФ18СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Коричневые бактерии[20]СЛР; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
Бьюкененбактерии[4][8]RIF37; Parcubacteria; Паркубактерии 1CPRНет
Caldiserica[13]OP5[21]Группа FCBда[22]
Calditrichaeota[23]CaldithrixГруппа FCB[24]
CalescamantesEM19
Кэмпбеллбактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4Неткажутся полифилетическими: две клады
Хламидии[25]Группа ПВХ
ХлоробиГруппа FCB
ХлорофлексиТеррабактерии
Chisholmbacteria[4]РИФ36СЛР; МикрогеноматыНет
Chrysiogentes
Cloacimonetes[26]WWE1Группа FCB[24]
Coatesbacteria[4]RIF8Нет
Collierbacteria[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Колвеллбактерии[4][8]РИФ41СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Curtissbacteria[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
CPR-1[1]CPRНет
CPR-3[1]CPRНет
ЦианобактерииТеррабактерии
Дадабактерии[27]Нет
Бактерии Дэвиса[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Дельфибактерии[6]Группа FCBНет
Бактерии делонг[4]РИФ26, Н-178Нет
Deferribacteres
Дейнококк – ТермусТеррабактерии
Dependentiae[28]TM6
Диктиогломи[29]
Дойкабактерии[8]WS6СЛР; СЛР, связанная с микрогеноматами
Dormibacteraeota[30]AD3Нет
Доуднабактерии[16][8]SM2F11CPR; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 1Нет
Эдвардсбактерии[5][4]РИФ29, УБП-2 [31]Нет
Эйзенбактерии[4]RIF28Группа FCBНет
Elusimicrobia[13]OP7, группа термитов 1 (TG1)[21]да[32]
Eremiobacteraeota[33][30]WPS-2, Palusbacterota[34]Нет
Фальковбактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Ферментибактерии[35]Hyd24-12Нет
Фертабактерии[6]СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
ФибробактерииГруппа FCB
Firestonebacteria[4]RIF1Нет
ФервидибактерииОктябрьSpa1-106
Фишербактерии[4]РИФ25Нет
ФирмикутыТеррабактерии
Fraserbacteria[4]RIF31Нет
Фузобактерии
Gemmatimonadetes[36]Группа FCB[24]да[36]
Глассбактерии[4]RIF5Нет
Джованнонибактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4-связанныеНет
Gottesmanbacteria[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Грацилибактерии[37][8]ГН02, БД1-5, СН-2СЛР; Патесибактерии; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
Грибальдобактерии[4][8]СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Handelsmanbacteria[4]RIF27Нет
Harrisonbacteria[4][8]РИФ43СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Howlettbacteria[8]СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
Hugbacteria[20]СЛР; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
HydrogenedentesNKB19Нет
ИгнавибактерииZB1Группа FCB
Джексонбактерии[4][8]RIF38СЛР; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Йоргенсенбактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Кайзербактерии[16][8]CPR; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Катанобактерии[38][8]WWE3СЛР; Связанные с микрогеноматамиНет
Казанские бактерии[8][4]СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
Kerfeldbacteria[4][8]RIF4СЛР; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Комейлибактерии[4][8]RIF6СЛР; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нетиногда пишется с ошибками как "Komelilbacteria"[4]
Криптония[39]Нет
KSB1Нет
Krumholzibacteriota[31]
Kuenenbacteria[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Лямбдапротеобактерии[4]РИФ24ПротеобактерииНет
ЛатесцибактерииWS3Группа FCB[24]Нет
LCP-89[40]
LentisphaeraevadinBE97Группа ПВХ
Левибактерии[16]CPR; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Линдовбактерии[4]RIF2СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямиНет
Липтонбактерии[4][8]РИФ42СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Ллойдбактерии[4][8]РИФ45CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Магасаникбактерии[16][41][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Маргулисбактерии[4]РИФ30Нет
МаринимикробияSAR406, морская группа AГруппа FCB[24]да
Мелайнабактерии[42]Нет
Микрогеноматы[43]OP11СЛР; ПатесибактерииНетSuperphylum
Модулибактерии[37][44]КСБ3, ГН06Нет
Moranbacteria[16][8]OD1-i[16]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
Мупротеобактерии[4]RIF23ПротеобактерииНет
NC10[45][11]Нет
Nealsonbacteria[4][8]RIF40СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Ниогибактерии[4]РИФ11СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4-связанныеНет
Nitrospinae[46]
Нитроспиры
Номурабактерии[16][8]CPR; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Нет
Омнитрофика[13]OP3Группа ПВХНет
Пацебактерии[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Паркубактерии[10]OD1CPRНетSuperphylum
Паркубактерии 1[8]СЛР; ПаркубактерииНет
Parcubacteria 2[8]СЛР; ПаркубактерииНет
Parcubacteria 3[8]CPR; ПаркубактерииНет
Parcubacteria 4[8]CPR; ПаркубактерииНет
Паркунитробактерии[47]СЛР; Parcubacteria; неклассифицированные Parcubacteria[48]НетSuperphylum
PAUC34f[49]ассоциированная с губкой неклассифицированная линия (SAUL)Группа FCB
Перегринибактерии[50][51][52][53][8]PERCPR; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
Перибактерии[8]СЛР; СЛР, связанная с грацилибактериямиНет
ПланктомицетыГруппа ПВХ
Порибактерии[54]Группа ПВХ
Портнойбактерии[4]RIF22СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4-связанныеНет
Протеобактерии
Раймондбактерии[4]RIF7Нет
Рифлебактерии[4]RIF32Нет
Ройзманбактерии[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Рокубактерии[27]Нет
Райанбактерии[4][8]РИФ10CPR; Parcubacteria; Parcubacteri 4-связанныеНет
Сахарибактерии[28][8]TM7СЛР; СЛР, связанная с сахарибактериямида
Сальтатореллота[55]
Шекманбактерии[4]RIF3ПротеобактерииНет
Шапиробактерии[16]СЛР; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Спехтбактерии[4][8]RIF19СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Спирохеты
Staskawiczbacteria[4][8]РИФ20СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Sumerlaeota[56][57]BRC1
Сунгбактерии[4][8]RIF17СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4-связанныеНет
Synergistetes
TA06[58]Нет
Tagabacteria[4][8]РИФ12CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4-связанныеНет
Тейлорбактерии[4][8]RIF16СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Тектомикробия[59]
Tenericutes
Террибактерии[4][8]РИФ13СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Термодесульфобактерии
Термомикробия
ТермотогиOP2, EM3[21]да[60]
Торобактерии[8]СЛР; Parcubacteria; неисследованные паркубактерииНет
УБП-1[5]Нет
УБП-3[5]Нет
УБП-4[5]Нет
УБП-5[5]Нет
УБП-6[5]Нет
УБП-7[5]Нет
УБП-8[5]Нет
УБП-9[5]Нет
УБП-10[5]Нет
УБП-11[5]Нет
УБП-12[5]Нет
УБП-13[5]Нет
УБП-14[5]Нет
УБП-15[5]Нет
УБП-16[5]Нет
УБП-17[5]Нет
Урбактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Паркубактерии 1Неткажутся полифилетическими: две клады
Вебленбактерии[4]RIF39СЛР; Parcubacteria; Связанные с Parcubacteria 1Нет
ВеррукомикробияГруппа ПВХ
Фогельбактерии[4][8]RIF14СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Wallbacteria[4]РИФ33Нет
Wildermuthbacteria[4][8]РИФ21CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 2Нет
Виртбактерии[61]Бактерии, связанные с СЛРНет
Woesebacteria[16]CPR; Патесибактерии; МикрогеноматыНет
Вулфебактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; Parcubacteria 3Нет
Woykebacteria[4][20]РИФ34СЛР; МикрогеноматыНет
WOR-1[58]Нет
WOR-2[58]Нет
WOR-3[58]Нет
Янофскибактерии[16][8]СЛР; Патесибактерии; Parcubacteria; неклассифицированные ParcubacteriaНет
Йонатбактерии[4][8]РИФ44CPR; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
Замбрыскибактерии[4][8]RIF15СЛР; Parcubacteria; Parcubacteria 4Нет
ZB2OD1-ZB2[12]СЛР; ПаркубактерииНет
Зиксибактерии[62]Группа FCBНет

Супергруппы

Несмотря на неясный порядок ветвления для большинства бактериальных типов, несколько групп типов последовательно группируются вместе и называются супергруппами или суперфилами. В некоторых случаях бактериальные клады четко группируются вместе, но неясно, как назвать эту группу. Например, радиация Candidate Phyla включает группу Patescibacteria, которая включает группу Microgenomates, которая включает более 11 бактериальных типов.

Кандидат филы радиации (CPR)

Основная статья: Кандидат филы радиации

CPR - это описательный термин, относящийся к массивному монофилетическому излучению типов-кандидатов, которое существует в пределах бактериального домена.[63] Он включает две основные клады, группы Microgenomates и Parcubacteria, каждая из которых содержит одноименный суперфил и несколько других типов.

Патесибактерии

Первоначально предполагалось, что супертип Patescibacteria охватывает тип Микрогеноматы (OP11), Parcubacteria (OD1) и Грацилибактерии (GNO2 / BD1-5).[24] Более поздние филогенетические анализы показывают, что последним общим предком этих таксонов является тот же узел, что и у CPR.[64]

Сфингобактерии

Основная статья: Сфингобактерии

В Сфингобактерии (Группа FCB) включает Bacteroidetes, Calditrichaeota, Chlorobi, кандидатный тип Cloacimonetes, Fibrobacteres, Gemmatimonadates, кандидатный тип Ignavibacteriae, кандидатный тип Latescibacteria, кандидатный тип Marinimicrobia и кандидатный тип Zixibacteria.[24][65]

Микрогеноматы

Первоначально считалось, что микрогеноматы представляют собой единый тип, хотя данные свидетельствуют о том, что на самом деле он охватывает более 11 бактериальных типов,[16][4] включая Curtisbacteria, Daviesbacteria, Levybacteria, Gottesmanbacteria, Woesebacteria, Amesbacteria, Shapirobacteria, Roizmanbacteria, Beckwithbacteria, Collierbacteria, Pacebacteria.

Паркубактерии

Первоначально Parcubacteria были описаны как единый тип с использованием менее 100 последовательностей 16S рРНК. В настоящее время доступно большее разнообразие последовательностей 16S рРНК некультивируемых организмов, и предполагается, что она может состоять из 28 бактериальных типов.[2] В соответствии с этим в группе Parcubacteria описано более 14 типов,[16][4] включая Kaiserbacteria, Adlerbacteria, Campbellbacteria, Nomurabacteria, Giovannonibacteria, Wolfebacteria, Jorgensenbacteria, Yanofskybacteria, Azambacteria, Moranbacteria, Uhrbacteria и Magasanikbacteria.

Протеобактерии

Было высказано предположение, что некоторые классы филума Протеобактерии могут быть филумом сами по себе, что сделало бы Proteobacteria супертипом.[66] Например, группа Deltaproteobacteria не всегда образует монофилетическую линию с другими классами Proteobacteria.[67]

Планктобактерии

Основная статья: Планктобактерии

В Планктобактерии (Группа PVC) включает Chlamydiae, Lentisphaerae, кандидатный тип Omnitrophica, Planctomycetes, кандидатный тип Poribacteria и Verrucomicrobia.[24][65]

Террабактерии

Предлагаемый супертип, Terrabacteria,[68] включает актинобактерии, цианобактерии, Deinococcus-Thermus, Chloroflexi, Firmicutes и кандидат филума OP10.[68][69][24][65]

Загадочная суперфила

Несколько типов кандидатов (Микрогеноматы, Omnitrophica, Parcubacteria и Сахарибактерии ) и несколько общепринятых типов (Elusimicrobia, Caldiserica и Armatimonadetes) были предложены на самом деле как superphyla, которые были неправильно описаны как филы, потому что правила для определения бактериального типа отсутствуют или из-за отсутствия разнообразия последовательностей в базах данных, когда тип был впервые учреждать.[2] Например, предполагается, что тип-кандидат Parcubacteria на самом деле является супертипом, который включает 28 подчиненных типов, и что тип Elusimicrobia на самом деле является суперфилом, который включает 7 подчиненных типов.[66]

Историческая перспектива

Историческую классификацию бактерий см. Бактериальная систематика.
Порядок ветвления см. Порядок ветвления бактериальных типов (Woese, 1987).
Атомная структура 30S субъединицы рибосомы из Термус термофильный из которых 16S составляет часть. Белки показаны синим цветом, а отдельная цепь РНК - коричневым.[70]

Учитывая богатую историю области бактериальной таксономии и быстрые изменения в ней в наше время, часто полезно иметь историческую перспективу того, как эта область прогрессировала, чтобы понять ссылки на устаревшие определения или концепции.

Когда бактериальная номенклатура контролировалась в соответствии с Ботанический кодекс, период, термин разделение использовалась, но теперь эта бактериальная номенклатура (за исключением цианобактерии ) контролируется Бактериологический код, период, термин филюм является предпочтительным.

В 1987 г. Карл Вёзе, считающийся предшественником революции молекулярной филогении, разделил эубактерии на 11 подразделений на основе 16S рибосомная РНК (SSU) последовательности, перечисленные ниже.[71][72]

Традиционно филогения был сделан вывод и таксономия установлено на основании изучения морфологии. Появление молекулярная филогенетика позволил лучше понять эволюционные отношения видов путем анализа их ДНК и белок последовательности, например их рибосомная ДНК.[83] Отсутствие легкодоступных морфологических признаков, например, присутствующих в животные и растения, препятствовало ранним попыткам классификации и привело к ошибочной, искаженной и запутанной классификации, примером которой, как отмечалось, является Карл Вёзе, является Псевдомонады этимология по иронии судьбы соответствовала его таксономии, а именно «ложная единица».[71] Многие таксоны бактерий были переклассифицированы или переопределены с использованием молекулярной филогенетики.

Появление технологий молекулярного секвенирования позволило извлекать геномы непосредственно из образцов окружающей среды (т.е. минуя культивирование), что привело к быстрому расширению наших знаний о разнообразии бактериальных типов. Эти методы разрешены геномом метагеномика и одноклеточная геномика.

Смотрите также

Сноски

  1. ^ До недавнего времени считалось, что только Firmicutes и Actinobacteria являются грамположительными. Тем не менее кандидат типа TM7 также может быть грамположительным.[74] Хлорофлекси однако имеют единственный бислой, но окрашивают отрицательно (за некоторыми исключениями[75]).[76]
  2. ^ Пастеурия теперь присвоен типу Бациллы, а не к типу Планктомицеты.
  3. ^ Было предложено называть кладу Xenobacteria[79] или же Hadobacteria[80] (последнее считается незаконным именем[81]).

Рекомендации

  1. ^ а б c Hug, Laura A .; Бейкер, Бретт Дж .; Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т .; Probst, Alexander J .; Кастель, Синди Дж .; Баттерфилд, Кристина Н .; Hernsdorf, Alex W .; Амано, Юки; Исэ, Котаро; Судзуки, Йохей (11 апреля 2016 г.). «Новый взгляд на древо жизни». Природная микробиология. 1 (5): 16048. Дои:10.1038 / nmicrobiol.2016.48. ISSN  2058-5276. PMID  27572647.
  2. ^ а б c d е Ярза, Пабло; Йылмаз, Пелин; Прюсс, Эльмар; Глёкнер, Фрэнк Оливер; Людвиг, Вольфганг; Шлейфер, Карл-Хайнц; Уитмен, Уильям Б.; Евзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Росселло-Мора, Рамон (сентябрь 2014 г.). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Обзоры природы Микробиология. 12 (9): 635–645. Дои:10.1038 / nrmicro3330. ISSN  1740-1534. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  3. ^ Вход в бактериальные филы в LPSN; Euzéby, J.P. (1997). «Список названий бактерий с позиции в номенклатуре: папка, доступная в Интернете». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 47 (2): 590–2. Дои:10.1099/00207713-47-2-590. PMID  9103655.
  4. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление ае аф аг ах ай эй ак аль являюсь ан ао ap водный ар в качестве в au средний ау топор ай az Анантараман, Картик; Браун, Кристофер Т .; Hug, Laura A .; Шарон, Итаи; Кастель, Синди Дж .; Probst, Alexander J .; Томас, Брайан Ч .; Сингх, Андреа; Уилкинс, Майкл Дж .; Караоз, Улас; Броди, Эойн Л. (24 октября 2016 г.). «Тысячи микробных геномов проливают свет на взаимосвязанные биогеохимические процессы в системе водоносного горизонта». Nature Communications. 7 (1): 13219. Bibcode:2016НатКо ... 713219A. Дои:10.1038 / ncomms13219. ISSN  2041-1723. ЧВК  5079060. PMID  27774985.
  5. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р Парки, Донован Х .; Ринке, Кристиан; Чувочина Мария; Шомей, Пьер-Ален; Вудкрофт, Бен Дж .; Evans, Paul N .; Гугенгольц, Филипп; Тайсон, Джин В. (ноябрь 2017 г.). «Восстановление почти 8000 геномов, собранных из метагеномов, существенно расширяет древо жизни». Природная микробиология. 2 (11): 1533–1542. Дои:10.1038 / s41564-017-0012-7. ISSN  2058-5276. PMID  28894102.
  6. ^ а б c Дудек, Наташа К .; Сан, Кристин Л .; Бурштейн, Дэвид; Кантор, Роза С .; Алиага Гольцман, Даниэла С .; Бик, Элизабет М .; Томас, Брайан Ч .; Банфилд, Джиллиан Ф .; Релман, Дэвид А. (18 декабря 2017 г.). «Новое микробное разнообразие и функциональный потенциал в оральном микробиоме морских млекопитающих». Текущая биология. 27 (24): 3752–3762.e6. Дои:10.1016 / j.cub.2017.10.040. ISSN  1879-0445. PMID  29153320.
  7. ^ а б c d «ARB-Silva: обширная база данных рибосомных РНК». Команда разработчиков ARB. Получено 2 января 2016.
  8. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление ае аф аг ах ай эй ак аль являюсь ан ао ap водный ар в качестве в au средний ау топор ай az ба bb Александр Л. Джаффе, Синди Дж. Кастель, Паула Б. Матеус Карневали, Симонетта Грибальдо, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Рост разнообразия метаболических платформ в пределах радиации кандидата филы. В: BMC Biology Vol. 18, № 69; Июнь 2020 г.); DOI: 10.1186 / s12915-020-00804-5
  9. ^ а б Тахон, Гийом; Титгат, Бьорн; Леббе, Лисбет; Карлье, Орельен; Виллемс, Энн (1 июля 2018 г.). «Abditibacterium utsteinense sp. Nov., Первый культивируемый представитель филума-кандидата FBP, выделенный из незамерзающих образцов антарктической почвы». Систематическая и прикладная микробиология. 41 (4): 279–290. Дои:10.1016 / j.syapm.2018.01.009. ISSN  0723-2020. PMID  29475572.
  10. ^ а б Харрис, Дж. Кирк; Келли, Скотт Т .; Пейс, Норман Р. (февраль 2004 г.). "Новый взгляд на некультивируемый бактериальный филогенетический отдел OP11". Прикладная и экологическая микробиология. 70 (2): 845–849. Дои:10.1128 / AEM.70.2.845-849.2004. ISSN  0099-2240. ЧВК  348892. PMID  14766563.
  11. ^ а б Раппе, Майкл С .; Джованнони, Стивен Дж. (2003). «Культурное микробное большинство». Ежегодный обзор микробиологии. 57: 369–94. Дои:10.1146 / annurev.micro.57.030502.090759. PMID  14527284.
  12. ^ а б Кенли А. Хиллер, Кеннет Х. Форман, Дэвид Вейсман, Дженнифер Л. Боуэн: проницаемые реактивные барьеры, разработанные для смягчения последствий эвтрофикации, изменяют состав бактериального сообщества и окислительно-восстановительные условия водоносного горизонта. В: Appl Environ Microbiol v.81 (20); 2015 окт; pp.7114–7124. DOI: 10.1128 / AEM.01986-15. ЧВК  4579450. PMID  26231655.
  13. ^ а б c d е ж грамм Hugenholtz P; и другие. (1998). «Новое бактериальное разнообразие на уровне подразделения в горячих источниках Йеллоустона». Журнал бактериологии. 180 (2): 366–76. Дои:10.1128 / JB.180.2.366-376.1998. ЧВК  106892. PMID  9440526.
  14. ^ Трэш, Дж. Кэмерон; Коутс, Джон Д. (2010), «Тип XVII. Acidobacteria phyl. Nov.», Руководство по систематической бактериологии Bergey’s Manual®, Springer New York, стр. 725–735, Дои:10.1007/978-0-387-68572-4_6, ISBN  978-0-387-95042-6
  15. ^ Гудфеллоу, Майкл (2012). Тип XXVI. Актинобактерии фил. Ноя. Руководство по систематической бактериологии Bergey’s Manual®. Springer Нью-Йорк. С. 33–2028. Дои:10.1007/978-0-387-68233-4_3. ISBN  978-0-387-95043-3.
  16. ^ а б c d е ж грамм час я j k л м п о п q р s т ты v ш Икс у z аа ab ac объявление Кристофер Т. Браун, Лаура А. Хуг, Брайан К. Томас и другие.; и другие. (2015). «Необычная биология в группе, включающей более 15% доменных бактерий». Природа. 523 (7559): 208–11. Bibcode:2015Натура.523..208Б. Дои:10.1038 / природа14486. OSTI  1512215. PMID  26083755. S2CID  4397558.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  17. ^ Тамаки, Хидеюки; Танака, Ясухиро; Мацудзава, Хироаки; Мурамацу, Мидзухо; Мэн, Сиань-Инь; Ханада, Сатоши; Мори, Казухиро; Камагата, Йоичи (июнь 2011 г.). «Armatimonas rosea gen. Nov., Sp. Nov., Нового бактериального типа, Armatimonadetes phyl. Nov., Формально называемого кандидатным типом OP10». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 61 (Pt 6): 1442–1447. Дои:10.1099 / ijs.0.025643-0. ISSN  1466-5034. PMID  20622056.
  18. ^ Hahnke, Richard L .; Meier-Kolthoff, Jan P .; Гарсиа-Лопес, Марина; Мукерджи, Супратим; Huntemann, Марсель; Иванова Наталья Н .; Войке, Таня; Kyrpides, Nikos C .; Кленк, Ханс-Петер; Гёкер, Маркус (2016). «Таксономическая классификация Bacteroidetes на основе генома». Границы микробиологии. 7: 2003. Дои:10.3389 / fmicb.2016.02003. ISSN  1664-302X. ЧВК  5167729. PMID  28066339.
  19. ^ Wrighton, Kelly C .; Кастель, Синди Дж .; Уилкинс, Майкл Дж .; Hug, Laura A .; Шарон, Итаи; Томас, Брайан Ч .; Хэндли, Ким М .; Маллин, Шон У .; Никора, Кэрри Д .; Сингх, Андреа; Липтон, Мэри С. (июль 2014 г.). «Метаболические взаимозависимости между филогенетически новыми ферментерами и респираторными организмами в безграничном водоносном горизонте». Журнал ISME. 8 (7): 1452–1463. Дои:10.1038 / ismej.2013.249. ISSN  1751-7370. ЧВК  4069391. PMID  24621521.
  20. ^ а б c Роберт Э. Данчак, М. Д. Джонстон, К. Кенах, М. Слэттери, К. К. Райтон, М. Дж. Уилкинс (сентябрь 2017 г.). «Члены группы-кандидата излучения филы функционально различаются по способностям к круговому циклу углерода и азота». Микробиом. 5 (1): 112. Дои:10.1186 / s40168-017-0331-1. ЧВК  5581439. PMID  28865481.CS1 maint: несколько имен: список авторов (связь)
  21. ^ а б c Данфилд, Питер Ф .; Тамаш, Ивица; Ли, Кевин С.; Morgan, Xochitl C .; Макдональд, Ян Р .; Стотт, Мэтью Б. (2012). «Выбор кандидата: спекулятивная история бактериального типа OP10». Экологическая микробиология. 14 (12): 3069–3080. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2012.02742.x. ISSN  1462-2920. PMID  22497633.
  22. ^ Мори, К .; Yamaguchi, K .; Sakiyama, Y .; Урабе, Т .; Судзуки, К.-и. (23 июля 2009 г.). "Caldisericum exile gen. Nov., Sp. Nov., Анаэробная термофильная нитчатая бактерия нового бактериального типа, Caldiserica phyl. Nov., Первоначально называвшаяся кандидатным типом OP5, и описание Caldisericaceae fam. Nov., Caldisericales ord. . nov. и Caldisericia classis nov ". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 59 (11): 2894–2898. Дои:10.1099 / ijs.0.010033-0. ISSN  1466-5026. PMID  19628600.
  23. ^ Кубланов, Илья В .; Сигалова Ольга М .; Гаврилов, Сергей Н .; Лебединский, Александр В .; Ринке, Кристиан; Ковалева, Ольга; Черных, Николай А .; Иванова Наталья; Даум, Крис; Редди, Т.Б.К .; Кленк, Ханс-Петер (20 февраля 2017 г.). «Геномный анализ Caldithrix abyssi, термофильных анаэробных бактерий нового бактериального типа Calditrichaeota». Границы микробиологии. 8: 195. Дои:10.3389 / fmicb.2017.00195. ISSN  1664-302X. ЧВК  5317091. PMID  28265262.
  24. ^ а б c d е ж грамм час я Ринке С; и другие. (2013). «Понимание филогении и кодирующего потенциала микробной темной материи». Природа. 499 (7459): 431–7. Bibcode:2013Натура.499..431р. Дои:10.1038 / природа12352. PMID  23851394.
  25. ^ Бун, Дэвид Р .; Кастенхольц, Ричард В .; Гаррити, Джордж М., ред. (2001). Руководство по систематической бактериологии Bergey's. Дои:10.1007/978-0-387-21609-6. ISBN  978-1-4419-3159-7. S2CID  41426624.
  26. ^ Чуари, Ракия; Ле Пелье, Дени; Дауга, Екатерина; Дэгелен, Патрик; Вайссенбах, Жан; Сгир, Абдельгани (апрель 2005 г.). «Новое отделение основных бактериальных кандидатов в муниципальном заводе по переработке анаэробного ила». Прикладная и экологическая микробиология. 71 (4): 2145–2153. Дои:10.1128 / aem.71.4.2145-2153.2005. ISSN  0099-2240. ЧВК  1082523. PMID  15812049.
  27. ^ а б Hug, Laura A .; Томас, Брайан Ч .; Шарон, Итаи; Браун, Кристофер Т .; Шарма, Ритин; Hettich, Robert L .; Уилкинс, Майкл Дж .; Уильямс, Кеннет Х .; Сингх, Андреа; Банфилд, Джиллиан Ф. (2016). «Важнейшие биогеохимические функции в недрах связаны с бактериями из новых типов и малоизученных линий». Экологическая микробиология. 18 (1): 159–173. Дои:10.1111/1462-2920.12930. ISSN  1462-2920. OSTI  1328276. PMID  26033198.
  28. ^ а б Реймс, H; Рейни, F A; Stackebrandt, E (сентябрь 1996 г.). «Молекулярный подход к поиску разнообразия среди бактерий в окружающей среде». Журнал промышленной микробиологии и биотехнологии. 17 (3–4): 159–169. Дои:10.1007 / bf01574689. ISSN  0169-4146. S2CID  31868442.
  29. ^ Патель, Бхарат К. С. (2010). Тип XX. Dictyoglomi phyl. Ноя. Руководство по систематической бактериологии Bergey’s Manual®. Springer Нью-Йорк. С. 775–780. Дои:10.1007/978-0-387-68572-4_9. ISBN  978-0-387-95042-6.
  30. ^ а б Джи, Мукан; Гриннинг, Крис; Ванвонтергхем, Инка; Carere, Carlo R .; Бэй, Шон К .; Стин, Джейсон А .; Монтгомери, Кейт; Линии, Томас; Бирдалл, Джон; ван Дорст, Джози; Снейп, Ян (декабрь 2017 г.). «Атмосферные следовые газы поддерживают первичное производство в почве антарктической пустыни». Природа. 552 (7685): 400–403. Bibcode:2017Натура.552..400J. Дои:10.1038 / природа25014. ISSN  1476-4687. PMID  29211716.
  31. ^ а б Юссеф, Ноха Х .; Фараг, Ибрагим Ф .; Хан, К. Райан; Прематилаке, Хасита; Фрай, Эмили; Харт, Мэтью; Хаффакер, Кристал; Птица, Эдвард; Хэмбрайт, Джиммре; Hoff, Wouter D .; Эльшахед, Мостафа С. (1 января 2019 г.). «Candidatus Krumholzibacterium zodletonense gen. Nov., Sp nov, первый представитель кандидата филума Krumholzibacteriota phyl. Nov., Извлеченный из бескислородного сульфидного источника с использованием метагеномики с определенным геномом». Систематическая и прикладная микробиология. Таксономия некультивируемых бактерий и архей. 42 (1): 85–93. Дои:10.1016 / j.syapm.2018.11.002. ISSN  0723-2020. PMID  30477901.
  32. ^ Herlemann, D. P. R .; Geissinger, O .; Ikeda-Ohtsubo, W .; Кунин, В .; Sun, H .; Lapidus, A .; Hugenholtz, P .; Брюн, А. (1 мая 2009 г.). «Геномный анализ« Elusimicrobium minutum », первого культивируемого представителя типа« Elusimicrobia »(ранее группа термитов 1)». Прикладная и экологическая микробиология. 75 (9): 2841–2849. Дои:10.1128 / AEM.02698-08. ISSN  0099-2240. ЧВК  2681670. PMID  19270133.
  33. ^ Ногалес, Балбина; Мур, Эдвард Р. Б.; Льобет-Бросса, Энрике; Росселло-Мора, Рамон; Аманн, Рудольф; Тиммис, Кеннет Н. (1 апреля 2001 г.). «Комбинированное использование 16S рибосомной ДНК и 16S рРНК для изучения бактериального сообщества почвы, загрязненной полихлорированными бифенилами». Прикладная и экологическая микробиология. 67 (4): 1874–1884. Дои:10.1128 / AEM.67.4.1874-1884.2001. ISSN  0099-2240. ЧВК  92809. PMID  11282645.
  34. ^ Уорд, Льюис М .; Кардона, Танай; Холланд-Мориц, Ханна (29 января 2019 г.). «Эволюционные последствия аноксигенной фототрофии в бактериальном филюме Candidatus Palusbacterota (WPS-2)». Дои:10.1101/534180. S2CID  92796436. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  35. ^ Knittel, Katrin; Боэтиус, Антье; Лемке, Андреас; Эйлерс, Хайке; Лохте, Карин; Пфаннкуче, Олаф; Линке, Питер; Аманн, Рудольф (июль 2003 г.). «Активность, распределение и разнообразие восстановителей сульфата и других бактерий в отложениях над газовым гидратом (Каскадия Марджин, Орегон)». Журнал геомикробиологии. 20 (4): 269–294. Дои:10.1080/01490450303896. ISSN  0149-0451. S2CID  140639772.
  36. ^ а б Чжан, Хуэй; Сэкигучи, Юдзи; Ханада, Сатоши; Гугенгольц, Филипп; Ким, Хонгик; Камагата, Йоичи; Накамура, Кадзунори (2003). "Gemmatimonas aurantiaca gen. Nov., Sp. Nov., Грамотрицательный, аэробный, накапливающий полифосфат микроорганизм, первый культивируемый представитель нового бактериального типа Gemmatimonadetes phyl. Nov.". Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 53 (4): 1155–1163. Дои:10.1099 / ijs.0.02520-0. ISSN  1466-5026. PMID  12892144.
  37. ^ а б Ley, Ruth E .; Харрис, Дж. Кирк; Уилкокс, Джошуа; Копье, Джон Р .; Миллер, Скотт Р .; Бебаут, Брэд М .; Maresca, Julia A .; Брайант, Дональд А .; Sogin, Mitchell L .; Пейс, Норман Р. (1 мая 2006 г.). «Неожиданное разнообразие и сложность гиперсоленого микробного мата Guerrero Negro». Прикладная и экологическая микробиология. 72 (5): 3685–3695. Дои:10.1128 / AEM.72.5.3685-3695.2006. ISSN  0099-2240. ЧВК  1472358. PMID  16672518.
  38. ^ Гермази, Сонда; Дэгелен, Патрик; Дауга, Екатерина; Ривьер, Дельфина; Бушез, Теодор; Годон, Жан Жак; Гьяпай, Габор; Сгир, Абдельгани; Пеллетье, Эрик; Вайссенбах, Жан; Ле Пелье, Дени (август 2008 г.). «Открытие и характеристика нового бактериального подразделения-кандидата с помощью метагеномного подхода анаэробного варочного котла». Экологическая микробиология. 10 (8): 2111–2123. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2008.01632.x. ISSN  1462-2912. ЧВК  2702496. PMID  18459975.
  39. ^ Элоэ-Фадрош, Эмили А .; Паэс-Эспино, Дэвид; Джаретт, Джессика; Данфилд, Питер Ф .; Hedlund, Brian P .; Декас, Энн Э .; Grasby, Stephen E .; Брэди, Эллисон Л .; Донг, Хайлянь; Бриггс, Брэндон Р .; Ли, Вэнь-Цзюнь (27 января 2016 г.). «Глобальное метагеномное исследование выявляет новый бактериальный тип-кандидат в геотермальных источниках». Nature Communications. 7 (1): 10476. Bibcode:2016НатКо ... 710476E. Дои:10.1038 / ncomms10476. ISSN  2041-1723. ЧВК  4737851. PMID  26814032.
  40. ^ Юссеф, Ноха Х .; Фараг, Ибрагим Ф .; Хан, К. Райан; Джаретт, Джессика; Бекрафт, Эрик; Элоэ-Фадрош, Эмили; Лайтфут, Хорхе; Буржуа, Остин; Коул, Таннер; Ферранте, Стефани; Трулок, Мэнди (15 мая 2019 г.). «Геномная характеристика кандидата на деление LCP-89 выявляет атипичную структуру клеточной стенки, продукцию микрокомпартментов и двойную респираторную и ферментативную способности». Прикладная и экологическая микробиология. 85 (10). Дои:10.1128 / AEM.00110-19. ISSN  0099-2240. ЧВК  6498177. PMID  30902854.
  41. ^ NCBI: Candidatus Magasanikbacteria (тип)
  42. ^ Ди Риенци, Сара К; Шарон, Итаи; Райтон, Келли C; Корен, Омри; Обними, Лаура А; Томас, Брайан С; Гудрич, Джулия К; Белл, Джордана Т; Спектор, Тимоти Д; Банфилд, Джиллиан Ф; Лей, Рут Э (1 октября 2013 г.). «В кишечнике человека и грунтовых водах обитают нефотосинтезирующие бактерии, принадлежащие к новому типу-кандидату, родственнику цианобактерий». eLife. 2: e01102. Дои:10.7554 / eLife.01102. ISSN  2050-084X. ЧВК  3787301. PMID  24137540.
  43. ^ Гугенгольц, Филипп; Goebel, Brett M .; Пейс, Норман Р. (15 декабря 1998 г.). «Влияние культурно-независимых исследований на формирующийся филогенетический взгляд на разнообразие бактерий». Журнал бактериологии. 180 (24): 4765–74. Дои:10.1128 / jb.180.24.6793-6793.1998. ISSN  1098-5530. ЧВК  107498. PMID  9733676.
  44. ^ Сэкигучи, Юдзи; Охаши, Акико; Парки, Донован Х .; Ямаути, Тошихиро; Тайсон, Джин У .; Гугенгольц, Филипп (27 января 2015 г.). «Первые сведения о геноме членов кандидата бактериального филума, ответственного за накопление сточных вод». PeerJ. 3: e740. Дои:10.7717 / peerj.740. ISSN  2167-8359. ЧВК  4312070. PMID  25650158.
  45. ^ Холмс, Эндрю Дж .; Tujula, Niina A .; Холли, Марита; Контос, Анналиса; Джеймс, Джулия М .; Роджерс, Питер; Жиллингс, Майкл Р. (2001). «Филогенетическая структура необычных водных микробных образований в пещерах Налларбор, Австралия». Экологическая микробиология. 3 (4): 256–264. Дои:10.1046 / j.1462-2920.2001.00187.x. ISSN  1462-2920. PMID  11359511.
  46. ^ Люкер, Себастьян; Новка, Борис; Раттей, Томас; Шпик, Ева; Даймс, Хольгер (2013). «Геном Nitrospina gracilis освещает метаболизм и эволюцию основного морского нитритного окислителя». Границы микробиологии. 4: 27. Дои:10.3389 / fmicb.2013.00027. ISSN  1664-302X. ЧВК  3578206. PMID  23439773.
  47. ^ LPSN: Тип "Candidatus Parcunitrobacteria"
  48. ^ Синди Дж. Кастель, Кристофер Т. Браун, Брайан К. Томас, Кеннет Х. Уильямс, Джиллиан Ф. Бэнфилд: Необычная респираторная способность и азотистый метаболизм у Parcubacterium (OD1) Candidate Phyla Radiation. В: Sci Rep 7, 40101; 9 января 2017 г .; DOI: 10.1038 / srep40101
  49. ^ Астудильо-Гарсия, Кармен; Slaby, Beate M .; Уэйт, Дэвид В .; Байер, Кристина; Hentschel, Ute; Тейлор, Майкл В. (2018). «Филогения и геномика SAUL, загадочной бактериальной линии, часто связанной с морскими губками» (PDF). Экологическая микробиология. 20 (2): 561–576. Дои:10.1111/1462-2920.13965. ISSN  1462-2920. PMID  29098761. S2CID  23892350.
  50. ^ Wrighton, K. C .; Thomas, B.C .; Sharon, I .; Miller, C. S .; Castelle, C.J .; VerBerkmoes, N.C .; Wilkins, M. J .; Hettich, R. L .; Lipton, M. S .; Williams, K. H .; Лонг, П. Э. (27 сентября 2012 г.). «Ферментация, водород и метаболизм серы в множественных некультивируемых бактериальных типах». Наука. 337 (6102): 1661–1665. Bibcode:2012Sci ... 337.1661W. Дои:10.1126 / science.1224041. ISSN  0036-8075. PMID  23019650. S2CID  10362580.
  51. ^ NCBI: Candidatus Peregrinibacteria (тип)
  52. ^ UniProt: Таксономия - Candidatus Peregrinibacteria (ФИЛУМ)
  53. ^ Картик Анантараман, Кристофер Т. Браун, Дэвид Бурштейн, Синди Кастель: Анализ пяти полных последовательностей генома представителей класса Peribacteria в недавно признанном бактериальном типе Peregrinibacteria. В: PeerJ 4 (8): e1607; Янв 2016; DOI: 10.7717 / peerj.1607
  54. ^ Физелер, Ларс; Хорн, Матиас; Вагнер, Майкл; Хентшель, Юте (июнь 2004 г.). "Открытие нового типа-кандидата" Poribacteria "у морских губок". Прикладная и экологическая микробиология. 70 (6): 3724–3732. Дои:10.1128 / AEM.70.6.3724-3732.2004. ISSN  0099-2240. ЧВК  427773. PMID  15184179.
  55. ^ Виганд, Сандра; Джоглер, Марейке; Кон, Тимо; Авал, Рам Прасад; Обербекманн, Соня; Кеси, Катарина; Еске, Ольга; Шуман, Питер; Петерс, Стейн Х. (24 октября 2019 г.). «Новый облик бактериального типа Saltatorellota». Дои:10.1101/817700. S2CID  208566371. Цитировать журнал требует | журнал = (помощь)
  56. ^ Деракшани, Маниджи; Луков, Томас; Лизак, Вернер (1 февраля 2001 г.). «Новые бактериальные линии на уровне (под) подразделений, обнаруженные с помощью целевого выделения сигнатурных нуклеотидов генов 16S рРНК из основной массы почвы и корней риса микрокосмов затопленного риса». Прикладная и экологическая микробиология. 67 (2): 623–631. Дои:10.1128 / aem.67.2.623-631.2001. ISSN  1098-5336. ЧВК  92629. PMID  11157225.
  57. ^ Кадников, Виталий В .; Марданов, Андрей В .; Белецкий, Алексей В .; Ракитин, Андрей Л .; Франк, Юлия А .; Карначук, Ольга В .; Равин, Николай В. (январь 2019). «Филогения и физиология кандидата типа BRC1, выведенная из первого полного метагеномного генома, полученного из глубокого подземного водоносного горизонта». Систематическая и прикладная микробиология. 42 (1): 67–76. Дои:10.1016 / j.syapm.2018.08.013. ISSN  1618-0984. PMID  30201528.
  58. ^ а б c d Бейкер, Бретт Дж .; Лазар, Кассандра Сара; Теске, Андреас П .; Дик, Грегори Дж. (13 апреля 2015 г.). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий в эстуарных отложениях». Микробиом. 3 (1): 14. Дои:10.1186 / s40168-015-0077-6. ISSN  2049-2618. ЧВК  4411801. PMID  25922666.
  59. ^ Уилсон, Майкл С .; Мори, Тецуши; Рюкерт, Кристиан; Uria, Agustinus R .; Helf, Максимилиан Дж .; Такада, Кентаро; Гернерт, Кристина; Стеффенс, Урсула А. Э .; Хейке, Нина; Шмитт, Сюзанна; Ринке, Кристиан (февраль 2014 г.). «Таксон экологических бактерий с большим и отличным метаболическим репертуаром». Природа. 506 (7486): 58–62. Bibcode:2014 Натур.506 ... 58Вт. Дои:10.1038 / природа12959. ISSN  1476-4687. PMID  24476823.
  60. ^ Рейзенбах, Анна-Луиза; Хубер, Роберт; Stetter, Karl O .; Дэйви, Мэри Эллен; МакГрегор, Барбара Дж .; Шталь, Дэвид А. (2001), "Phylum BII. Thermotogae phy. Nov.", Руководство по систематической бактериологии Bergey’s Manual®, Springer New York, стр. 369–387, Дои:10.1007/978-0-387-21609-6_19, ISBN  978-1-4419-3159-7
  61. ^ Probst, AJ; Castelle, CJ; Сингх, А; Браун, CT; Анантараман, К; Шарон, я; Hug, LA; Бурштейн, Д; Emerson, JB; Томас, Британская Колумбия; Банфилд, Дж. Ф. (февраль 2017 г.). «Геномное разрешение сообщества холодных подземных водоносных горизонтов дает представление о метаболизме новых микробов, адаптированных к высоким концентрациям CO.2 концентрации ». Экологическая микробиология. 19 (2): 459–474. Дои:10.1111/1462-2920.13362. PMID  27112493. S2CID  21126011.
  62. ^ Кастель, Синди Дж .; Hug, Laura A .; Wrighton, Kelly C .; Томас, Брайан Ч .; Уильямс, Кеннет Х .; У, Дунъин; Триндж, Сюзанна Дж .; Певец, Стивен У .; Эйзен, Джонатан А .; Банфилд, Джиллиан Ф. (27 августа 2013 г.). «Исключительное филогенетическое разнообразие и метаболическая универсальность в отложениях водоносного горизонта». Nature Communications. 4 (1): 2120. Bibcode:2013 НатКо ... 4.2 120C. Дои:10.1038 / ncomms3120. ISSN  2041-1723. ЧВК  3903129. PMID  23979677.
  63. ^ Castelle CJ, Banfield JF (март 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа жизни». Клетка. 172 (6): 1181–1197. Дои:10.1016 / j.cell.2018.02.016. PMID  29522741.
  64. ^ Кастель, Синди Дж .; Банфилд, Джиллиан Ф. (8 марта 2018 г.). «Основные новые группы микробов расширяют разнообразие и меняют наше понимание Древа жизни». Клетка. 172 (6): 1181–1197. Дои:10.1016 / j.cell.2018.02.016. ISSN  0092-8674. PMID  29522741.
  65. ^ а б c Сэкигучи Y; и другие. (2015). «Первые сведения о геноме членов кандидата бактериального филума, ответственного за накопление сточных вод». PeerJ. 3: e740. Дои:10.7717 / peerj.740. ЧВК  4312070. PMID  25650158.
  66. ^ а б Ярза П; и другие. (2014). «Объединение классификации культивируемых и некультивируемых бактерий и архей с использованием последовательностей гена 16S рРНК». Обзоры природы Микробиология. 12 (9): 635–645. Дои:10.1038 / nrmicro3330. HDL:10261/123763. PMID  25118885. S2CID  21895693.
  67. ^ Обнять LA; и другие. (2016). «Новый взгляд на древо жизни». Природная микробиология. Статья 16048 (5): 16048. Дои:10.1038 / nmicrobiol.2016.48. PMID  27572647.
  68. ^ а б Battistuzzi FU, Feijao A, Hedges SB (ноябрь 2004 г.). «Геномная шкала времени эволюции прокариот: понимание происхождения метаногенеза, фототрофии и колонизации земли». BMC Эволюционная биология. 4: 44. Дои:10.1186/1471-2148-4-44. ЧВК  533871. PMID  15535883.
  69. ^ Battistuzzi, F.U .; Хеджес, С. Б. (6 ноября 2008 г.). "Крупная клада прокариот с древней адаптацией к жизни на суше". Молекулярная биология и эволюция. 26 (2): 335–343. Дои:10.1093 / molbev / msn247. PMID  18988685.
  70. ^ Schluenzen F; и другие. (2000). «Структура функционально активированной малой рибосомной субъединицы при разрешении 3,3 ангстрем». Клетка. 102 (5): 615–23. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 00084-2. PMID  11007480. S2CID  1024446.
  71. ^ а б Woese, CR (1987). «Бактериальная эволюция». Микробиологические обзоры. 51 (2): 221–71. Дои:10.1128 / MMBR.51.2.221-271.1987. ЧВК  373105. PMID  2439888.
  72. ^ Холланд Л. (22 мая 1990 г.). «Карл Вёзе в авангарде революции бактериальной эволюции». Ученый. 3 (10).
  73. ^ Stackebrandt; и другие. (1988). Proteobacteria classis nov., Название филогенетического таксона, включающего «пурпурные бактерии и их родственники»"". Int. J. Syst. Бактериол. 38 (3): 321–325. Дои:10.1099/00207713-38-3-321.
  74. ^ Hugenholtz, P .; Тайсон, Г. У .; Webb, R. I .; Вагнер, А. М .; Блэколл, Л. Л. (2001). «Исследование кандидатного подразделения TM7, недавно признанной основной линии доменных бактерий без известных представителей чистой культуры». Прикладная и экологическая микробиология. 67 (1): 411–9. Дои:10.1128 / AEM.67.1.411-419.2001. ЧВК  92593. PMID  11133473.
  75. ^ Yabe, S .; Aiba, Y .; Sakai, Y .; Hazaka, M .; Йокота, А. (2010). "Термогемматиспора оникобенсис ген. nov., sp. ноя и Thermogemmatispora foliorum sp. nov., выделенный из опавших листьев на геотермальных почвах, и описание Thermogemmatisporaceae fam. ноя и Thermogemmatisporales ord. ноя в классе Ktedonobacteria ». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 61 (4): 903–910. Дои:10.1099 / ijs.0.024877-0. PMID  20495028.
  76. ^ Сатклифф, И. К. (2011). «Архитектура клеточной оболочки в Chloroflexi: сдвигающаяся линия фронта в филогенетической войне за территорию». Экологическая микробиология. 13 (2): 279–282. Дои:10.1111 / j.1462-2920.2010.02339.x. PMID  20860732.
  77. ^ а б Stackebrandt, E .; Рейни, Ф. А .; Уорд-Рейни, Н. Л. (1997). «Предложение по новой иерархической системе классификации, Actinobacteria classis nov». Международный журнал систематической бактериологии. 47 (2): 479–491. Дои:10.1099/00207713-47-2-479.
  78. ^ J.P. Euzéby. «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре: классификация Deinococcus – Thermus». Архивировано из оригинал 27 января 2013 г.. Получено 30 декабря 2010.
  79. ^ Руководство Берджи по систематической бактериологии, 1-е изд.
  80. ^ Кавальер-Смит, Т. (2002). «Неомуранское происхождение архебактерий, негибактериальный корень универсального дерева и бактериальная мегаклассификация». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии. 52 (Чт 1): 7–76. Дои:10.1099/00207713-52-1-7. PMID  11837318.
  81. ^ «Список названий прокариот, стоящих в номенклатуре - класс Hadobacteria». LPSN. Архивировано из оригинал 19 апреля 2012 г.. Получено 30 декабря 2010. Euzéby, J.P. (1997). «Список названий бактерий с позиции в номенклатуре: папка, доступная в Интернете». Int J Syst Bacteriol. 47 (2): 590–2. Дои:10.1099/00207713-47-2-590. ISSN  0020-7713. PMID  9103655.
  82. ^ Бун DR; Castenholz RW (18 мая 2001 г.) [1984 (Williams & Wilkins)]. Гаррити GM (ред.). Археи и глубоко ветвящиеся и фототрофные бактерии. Руководство Берджи по систематической бактериологии. 1 (2-е изд.). Нью-Йорк: Спрингер. стр.721. ISBN  978-0-387-98771-2. Британская библиотека № GBA561951.
  83. ^ Olsen GJ, Woese CR, Overbeek R (1994). «Ветры (эволюционных) изменений: вдохновение новой жизни в микробиологию». Журнал бактериологии. 176 (1): 1–6. Дои:10.2172/205047. ЧВК  205007. PMID  8282683.