Xanthomonadales - Xanthomonadales

Xanthomonadales
Научная классификация
Королевство:
Бактерии
Тип:
Протеобактерии
Учебный класс:
Гаммапротеобактерии
Семьи
Синонимы
  • Lysobacterales Кристенсен и Кук 1978

В Xanthomonadales являются бактериальным порядком в Гаммапротеобактерии. Это одна из самых больших групп бактериальных фитопатогены, укрывающие такие виды, как Xanthomonas citri, Xanthomonas euvesicatoria, Xanthomonas oryzae и Xylella fastidiosa.[1][2][3][4][5] Эти бактерии поражают важные для сельского хозяйства растения, включая томаты, бананы, цитрусовые, рис и кофе. Многие виды в отряде также являются патогенами человека. Виды в пределах рода Стенотрофомонады находятся множественная лекарственная устойчивость оппортунистический патогены которые несут ответственность за нозокомиальные инфекции в иммунодефицитный пациенты.[6][7]

Характеристики

В Xanthomonadales находятся грамотрицательный, каталаза положительный, не-спора формирование облигата аэробы.[8] Члены, принадлежащие к ордену, прямые стержни не хватает протезы. В то время как некоторые члены не подвижны, другие виды в отряде подвижны посредством жгутики. Стенотрофомонады единственный род, способный снижение нитратов в пределах Xanthomonadales.

Таксономия

В Xanthomonadales состоят из 28 правомерных родов из двух семейств: Xanthomonadaceae и Rhodanobacteraceae.[9][10][11] В Xanthomonadaceae состоит из 13 родов, а Rhodanobacteraceae состоят из 14 родов. Семьи можно отличить друг от друга на основе сохраненные индели подписи найдено среди множества белков, специфичных для каждой семьи.[10] Эти индели проводятся параллельно с филогеномным анализом, который выявляет две отдельные клады, которые, по-видимому, эволюционно расходятся. Lysobacterales и Lysobacteraceae являются более ранними синонимами Xanthomonadales и Xanthomonadaceae, соответственно.[10][12]

Филогенетическая позиция

В Xanthomonadales являются ранними дивергентами бактерий в Гаммапротеобактерии, и часто используются для укоренения филогенетических деревьев, созданных для класса.[13] До недавнего времени Xanthomonodales порядок был включен в семьи Xanthomonadaceae, Альгифиловые, Solimonadaceae, Невские и Sinobacteraceae. Однако нет молекулярные подписи были обнаружены, что были включены все семьи.[10] Организмы были систематически перегруппированы таким образом, чтобы Xanthomonadales включены Xanthomonadaceae, которая позже разделилась на две семьи. Разделение проходило в соответствии с CSI которые были найдены специально для всех членов измененного Xanthomonadales порядок, обеспечивающий поддержку принятой в настоящее время таксономии. Все остальные виды были перенесены в Невскиалес, который не поделился CSI с Xanthomonadales, но остаются близкими родственниками в Гаммапротеобактерии.[10] Кардиобактерии, Chromatiales, Methylococcales, Легионеллалес и Тиотрихалес также являются отрядами с глубоким ветвлением, которые филогенетически соседствуют с Xanthomonadales и Невскиалес члены.[10][13] В Невскиалес Порядок питает одну семью (Salinisphaeraceae ) и шести родов: Алканибактер, Fontimonas, Гидрокарбонифага, Невская, Солимонас и Стероидобактер.[10]Wohlfahrtiimonas chitiniclastica и Личинки игнатцшинерии два вида, которые исторически считались членами Xanthomonadaceae семья. Однако они не разделяют сохраненные подписи с семьей или с Xanthomonodales порядок.[10] Эти виды образуют глубокое ветвление в пределах соседних Гаммапротеобактерии, и являются монофилетическими с Кардиобактерии члены. Таким образом, эти виды в настоящее время обозначены как incartae sedis.

Филогения

В настоящее время принятая таксономия основана на Национальный центр биотехнологической информации (NCBI).[9]

Рекомендации

  1. ^ да Силва А.С., Ферро Дж.А., Райнах ФК и др. (2002). «Сравнение геномов двух патогенов Xanthomonas с различными специфичностями хозяина». Природа. 417 (6887): 459–463. Дои:10.1038 / 417459a. PMID  12024217.
  2. ^ Ван Слэйс М.А., де Оливейра М.С., Монтейро-Виторелло С.Б. и др. (2003). «Сравнительный анализ полных последовательностей генома штаммов Xylella fastidiosa, вызванных болезнью Пирса и пестролистным хлорозом цитрусовых». J Бактериол. 185 (3): 1018–26. Дои:10.1128 / JB.185.3.1018-1026.2003. ЧВК  142809. PMID  12533478.
  3. ^ Ли БМ, Пак Й.Дж., Парк Д.С. и др. (2005). «Последовательность генома Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, возбудителя бактериального ожога риса». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (2): 577–586. Дои:10.1093 / нар / gki206. ЧВК  548351. PMID  15673718.
  4. ^ Райан Р.П., Ворхолтер Ф., Потнис Н. и др. (2005). «Патогеномика Xanthomonas: понимание взаимодействия бактерий и растений». Нат Рев Микробиол. 9 (5): 344–355. Дои:10.1038 / nrmicro2558. PMID  21478901.
  5. ^ Чен Дж, Се Дж, Хан С., Чертков О, Симс Д., Чивероло Е.Л. (2010). «Последовательности полного генома двух штаммов Xylella fastidiosa (M12 и M23), вызывающих ожог листьев миндаля в Калифорнии». J Бактериол. 192 (17): 4534. Дои:10.1128 / JB.00651-10. ЧВК  2937377. PMID  20601474.
  6. ^ Crossman LC, Gould VC, Dow JM и др. (2008). «Полный геном, сравнительный и функциональный анализ Stenotrophomonas maltophilia выявляет организм, сильно защищенный детерминантами лекарственной устойчивости». Геном Биол. 9 (4): R74. Дои:10.1186 / gb-2008-9-4-r74. ЧВК  2643945. PMID  18419807.
  7. ^ Луни В.Дж., Нарита М., Мюлеманн К. (2009). «Stenotrophomonas maltophilia: появляющийся оппортунистический патоген человека». Ланцет Инфекция Дис. 9 (5): 312–323. Дои:10.1016 / S1473-3099 (09) 70083-0. PMID  19393961.
  8. ^ Сэддлер Г.С., Брэдбери Дж. Ф. (2005) Приказ III. Xanthomonadales ord. ноя В: Руководство Берджи по систематической бактериологии. С. 63-122. Eds Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM, Boone, Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH Springer-: Остин.
  9. ^ а б Сэйерс; и другие. "Xanthomonadales". Национальный центр биотехнологической информации (NCBI) база данных таксономии. Получено 2016-10-24.
  10. ^ а б c d е ж грамм час Наушад С., Адеолу М., Вонг С., Сохаил М., Шеллхорн Х.Э., Гупта Р.С. (2015). «Таксономическая основа на основе филогеномных и молекулярных маркеров для отряда Xanthomonadales: предложение о передаче семейств Algiphilaceae и Solimonadaceae в отряд Nevskiales ord. Nov. И создании нового семейства в рамках отряда Xanthomonadales, семейства Rhodanobacteraceae fam. Nov. род Rhodanobacter и его ближайшие родственники ". Антони ван Левенгук. 107 (2): 467–485. Дои:10.1007 / s10482-014-0344-8. PMID  25481407.
  11. ^ Орен А., Гаррити GM (2015). «Список новых имен и новых комбинаций, ранее эффективно, но не действительно опубликованных». Int J Syst Evol Microbiol. 65 (7): 2017–2025. Дои:10.1099 / ijs.0.000317.
  12. ^ Кристенсен П., Кук Ф (1978). «Lysobacter, новый род неплодоносящих скользящих бактерий с высоким соотношением оснований». Int J Syst Evol Microbiol. 28 (3): 367–393. Дои:10.1099/00207713-28-3-367.
  13. ^ а б Кутиньо-Хименес А.М., Мартинс-Пинейро М., Лима В.К., Мартин-Торнет А., Моралес О.Г., Менк К.Ф. (2010). «Эволюционное размещение Xanthomonadales на основе консервативных белковых сигнатурных последовательностей». Мол Филогенет Эвол. 54 (2): 524–34. Дои:10.1016 / j.ympev.2009.09.026. PMID  19786109.