HDAC4 - HDAC4

HDAC4
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2H8N, 2O94, 2VQJ, 2VQM, 2VQO, 2VQQ, 2VQV, 2VQW, 3UXG, 3UZD, 3V31, 4CBT, 4CBY, 5A2S
Идентификаторы
Псевдонимы	HDAC4, AHO3, BDMR, HA6116, HD4, HDAC-4, HDAC-A, HDACA, гистондеацетилаза 4
Внешние идентификаторы	OMIM: 605314 MGI: 3036234 ГомолоГен: 55946 Генные карты: HDAC4
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 2 (человек)[1] Группа 2q37.3 Начинать 239,048,168 бп[1] Конец 239,401,654 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 1 (мышь)[2] Группа 1 | 1 Д Начинать 91,928,779 бп[2] Конец 92,195,699 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • НАД-зависимая активность гистондеацетилазы (специфическая для H3-K14) • последовательное связывание ДНК • Связывание ДНК • GO: 0001106 транскрипционная корепрессорная активность • активность гистондеацетилазы • связывание ионов цинка • связывание фактора транскрипции • связывание гистондеацетилазы • связывание ионов калия • связывание хроматина • активация связывания фактора транскрипции • связывание ионов металлов • GO: 0001948 связывание с белками • репрессия связывания фактора транскрипции • связывание протеинкиназы • гидролазная активность • активность протеиндеацетилазы • идентичное связывание с белками • Связывание фактора транскрипции РНК-полимеразы II • промотор-специфическое связывание хроматина • GO: 0000980 Связывание ДНК, специфичное для последовательности цис-регуляторной области РНК-полимеразы II • SUMO трансферазная активность Сотовый компонент • цитоплазма • гистондеацетилазный комплекс • нервномышечное соединение • транскрипционный репрессорный комплекс • саркомер • Z диск • Группа • актомиозин • ядро клетки • цитозоль • нуклеоплазма • макромолекулярный комплекс Биологический процесс • положительная регуляция процесса биосинтеза активных форм кислорода • деацетилирование гистона H3 • развитие скелетной системы • ремоделирование хроматина • деацетилирование пептидил-лизина • регулирование сокращения сердечной мышцы с помощью передачи сигналов ионов кальция • отрицательная регуляция гликолитического процесса • ответ на интерлейкин-1 • регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • эпигенетическая регуляция экспрессии генов • клеточный ответ на фактор некроза опухоли • положительная регуляция активности специфичного для последовательности ДНК связывающего фактора транскрипции • отрицательная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • положительная регуляция сумоилирования белков • отрицательная регуляция активности специфичного для последовательности ДНК связывающего фактора транскрипции • отрицательная регуляция дифференцировки остеобластов • транскрипция, ДНК-шаблон • развитие нервной системы • регуляция дифференцировки поперечно-полосатых мышечных клеток • позитивная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • положительное регулирование миграции клеток гладких мышц • Активация В-клеток • деацетилирование гистона H4 • клеточный ответ на механический раздражитель • положительная регуляция апоптотического процесса нейронов • гипертрофия сердечной мышцы в ответ на стресс • положительное регулирование пролиферации клеток • отрицательная регуляция дифференцировки миотрубок • реакция на денервацию, участвующая в регуляции адаптации мышц • регуляция развития волокон скелетных мышц • развитие остеобластов • Дифференцировка В-клеток • клеточный ответ на стимул паратироидного гормона • воспалительная реакция • положительная регуляция сборки ламеллиподиума • регулирование связывания белков • отрицательная регуляция транскрипции, ДНК-шаблон • деацетилирование гистонов • ответ на наркотик • положительная регуляция транскрипции с промотора РНК-полимеразы II • отрицательное регулирование пролиферации клеток • положительное регулирование пролиферации гладкомышечных клеток • организация хроматина • отрицательная регуляция транскрипции pri-miRNA с промотора РНК-полимеразы II • деацетилирование белков • белковое сумоилирование • положительное регулирование брачного поведения самцов Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	9759	208727
Ансамбль	ENSG00000068024	ENSMUSG00000026313
UniProt	P56524	Q6NZM9
RefSeq (мРНК)	NM_006037 NM_001378414 NM_001378415 NM_001378416 NM_001378417	NM_207225
RefSeq (белок)	NP_006028 NP_001365343 NP_001365344 NP_001365345 NP_001365346	NP_997108
Расположение (UCSC)	Chr 2: 239.05 - 239,4 Мб	Chr 1: 91.93 - 92.2 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Гистоновая деацетилаза 4, также известный как HDAC4, это белок что у людей кодируется HDAC4 ген.^[5][6]

Функция

Гистоны играть решающую роль в транскрипционная регуляция, клеточный цикл прогрессирование и события развития. Гистон ацетилирование / деацетилирование изменяет хромосома структура и влияет на доступ фактора транскрипции к ДНК. Белок, кодируемый этим геном, относится ко II классу гистоновая деацетилаза / acuc / apha family. Он обладает активностью гистондеацетилазы и подавляет транскрипцию, когда привязан к промотору. Этот белок связывает ДНК не напрямую, а через факторы транскрипции MEF2C и MEF2D. По-видимому, он взаимодействует в мультибелковом комплексе с RbAp48 и HDAC3.^[7] Кроме того, HDAC4 необходим для дифференцировки миофибробластов, индуцированной TGFbeta1.^[8]

Клиническое значение

Исследования показали, что HDAC4 регулирует развитие костей и мышц. Гарвардский университет исследователи также пришли к выводу, что он способствует здоровому зрению: снижение уровня белка привело к гибели стержня. фоторецепторы и биполярные клетки в сетчатка мышей.^[9][10]

Взаимодействия

HDAC4 был показан взаимодействовать с:

• BCL6,^[11]
• BTG2,^[12][13]
• CBX5,^[14]
• GATA1,^[15]
• HDAC3,^{[5][16][17][18]}
• MAPK1,^[19]
• MAPK3,^[19]
• MEF2C,^[20][21]
• Специфический для миоцитов усиливающий фактор 2А,^[22][23]
• Корепрессор ядерного рецептора 1,^[16][24]
• Корепрессор ядерного рецептора 2,^[16][24]
• Рецептор яичка 2,^[25][26]
• YWHAB,^[17]
• YWHAE,^[17][27] и
• Цинковый палец и белок, содержащий домен BTB 16.^[11][28]

Смотрите также

• Гистоновая деацетилаза

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000068024 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000026313 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. "Ссылка на Mouse PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL (апрель 1999 г.). «Три белка определяют класс гистоновых деацетилаз человека, родственных дрожжевому Hda1p». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (9): 4868–73. Bibcode:1999PNAS ... 96.4868G. Дои:10.1073 / пнас.96.9.4868. ЧВК  21783. PMID  10220385.
6. Фишле В., Эмилиани С., Хендзель М.Дж., Нагасе Т., Номура Н., Фельтер В., Вердин Е. (апрель 1999 г.). «Новое семейство гистоновых деацетилаз человека, родственных Saccharomyces cerevisiae HDA1p». Журнал биологической химии. 274 (17): 11713–20. Дои:10.1074 / jbc.274.17.11713. PMID  10206986.
7. «Энтрез Ген: гистондеацетилаза 4 HDAC4».
8. Глениссон В., Кастроново В., Уолтрегни Д. (октябрь 2007 г.). «Гистоновая деацетилаза 4 необходима для индуцированной TGFbeta1 миофибробластной дифференцировки». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Исследование молекулярных клеток. 1773 (10): 1572–82. Дои:10.1016 / j.bbamcr.2007.05.016. PMID  17610967.
9. Белок для зрения, Scientific American, 300, 3 (март 2009 г.), с. 23
10. Chen B, Cepko CL (январь 2009 г.). «HDAC4 регулирует выживание нейронов в нормальной и больной сетчатке». Наука. 323 (5911): 256–9. Дои:10.1126 / science.1166226. ЧВК  3339762. PMID  19131628.
11. Lemercier C, Brocard MP, Puvion-Dutilleul F, Kao HY, Albagli O, Khochbin S (июнь 2002 г.). «Гистоновые деацетилазы класса II напрямую задействуются репрессором транскрипции BCL6». Журнал биологической химии. 277 (24): 22045–52. Дои:10.1074 / jbc.M201736200. PMID  11929873.
12. Фариоли-Веккиоли С., Танори М., Микели Л., Манкузо М., Леонарди Л., Саран А., Чиотти М. Т., Ферретти Е., Гулино А., Паццалья С., Тироне Ф (июль 2007 г.). «Ингибирование онкогенеза медуллобластомы антипролиферативным и про-дифференциативным геном PC3». Журнал FASEB. 21 (9): 2215–25. Дои:10.1096 / fj.06-7548com. PMID  17371797. S2CID  4974360.
13. Микели Л., Д'Андреа Г., Леонарди Л., Тироне Ф. (июль 2017 г.). «HDAC1, HDAC4 и HDAC9 связываются с PC3 / Tis21 / Btg2 и необходимы для его ингибирования прогрессии клеточного цикла и экспрессии циклина D1» (PDF). Журнал клеточной физиологии. 232 (7): 1696–1707. Дои:10.1002 / jcp.25467. PMID  27333946. S2CID  4070837.
14. Чжан С.Л., МакКинси Т.А., Олсон Э.Н. (октябрь 2002 г.). «Ассоциация гистоновых деацетилаз класса II с гетерохроматиновым белком 1: потенциальная роль метилирования гистонов в контроле дифференцировки мышц». Молекулярная и клеточная биология. 22 (20): 7302–12. Дои:10.1128 / mcb.22.20.7302-7312.2002. ЧВК  139799. PMID  12242305.
15. Ватамото К., Товатари М., Одзава Ю., Мията Ю., Окамото М., Абэ А., Наое Т., Сайто Х. (декабрь 2003 г.). «Измененное взаимодействие HDAC5 с GATA-1 во время дифференцировки клеток MEL». Онкоген. 22 (57): 9176–84. Дои:10.1038 / sj.onc.1206902. PMID  14668799.
16. Fischle W., Dequiedt F, Hendzel MJ, Guenther MG, Lazar MA, Voelter W., Verdin E (январь 2002 г.). «Ферментативная активность, связанная с HDAC класса II, зависит от мультибелкового комплекса, содержащего HDAC3 и SMRT / N-CoR». Молекулярная клетка. 9 (1): 45–57. Дои:10.1016 / с1097-2765 (01) 00429-4. HDL:11858 / 00-001M-0000-002C-9FF9-9. PMID  11804585.
17. Grozinger CM, Schreiber SL (июль 2000 г.). «Регулирование гистондеацетилазы 4 и 5 и транскрипционной активности посредством 14-3-3-зависимой клеточной локализации». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (14): 7835–40. Bibcode:2000PNAS ... 97.7835G. Дои:10.1073 / pnas.140199597. ЧВК  16631. PMID  10869435.
18. Fischle W., Dequiedt F, Fillion M, Hendzel MJ, Voelter W., Verdin E (сентябрь 2001 г.). «Активность гистондеацетилазы HDAC7 человека связана с HDAC3 in vivo». Журнал биологической химии. 276 (38): 35826–35. Дои:10.1074 / jbc.M104935200. PMID  11466315.
19. Чжоу X, Ричон В.М., Ван А.Х., Ян XJ, Рифкинд Р.А., Маркс ПА (декабрь 2000 г.). «Гистондеацетилаза 4 связывается с регулируемыми внеклеточными сигналами киназами 1 и 2, и ее клеточная локализация регулируется онкогенным Ras». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (26): 14329–33. Bibcode:2000PNAS ... 9714329Z. Дои:10.1073 / pnas.250494697. ЧВК  18918. PMID  11114188.
20. Ван А.Х., Бертос Н.Р., Везмар М., Пеллетье Н., Кросато М., Хенг Х.Х., Тханг Дж., Хан Дж., Ян XJ (ноябрь 1999 г.). «HDAC4, гистоновая деацетилаза человека, родственная дрожжевому HDA1, является корепрессором транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 19 (11): 7816–27. Дои:10.1128 / mcb.19.11.7816. ЧВК  84849. PMID  10523670.
21. Ван АХ, Ян XJ (сентябрь 2001 г.). «Гистондеацетилаза 4 обладает внутренними ядерными сигналами импорта и экспорта». Молекулярная и клеточная биология. 21 (17): 5992–6005. Дои:10.1128 / mcb.21.17.5992-6005.2001. ЧВК  87317. PMID  11486037.
22. Миска Э.А., Карлссон С., Лэнгли Э., Нильсен С.Дж., Пайнс Дж., Кузаридес Т. (сентябрь 1999 г.). «Деацетилаза HDAC4 связывает и репрессирует фактор транскрипции MEF2». Журнал EMBO. 18 (18): 5099–107. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5099. ЧВК  1171580. PMID  10487761.
23. Lemercier C, Verdel A, Galloo B, Curtet S, Brocard MP, Khochbin S (май 2000 г.). «гистондеацетилаза mHDA1 / HDAC5 взаимодействует с транскрипционной активностью MEF2A и подавляет ее» (PDF). Журнал биологической химии. 275 (20): 15594–9. Дои:10.1074 / jbc.M908437199. PMID  10748098. S2CID  39220205.
24. Хуанг Э.Й., Чжан Дж., Миска Э.А., Гюнтер М.Г., Кузаридес Т., Лазар М.А. (январь 2000 г.). «Корепрессоры ядерных рецепторов являются партнерами гистоновых деацетилаз класса II в Sin3-независимом пути репрессии». Гены и развитие. 14 (1): 45–54. ЧВК  316335. PMID  10640275.
25. Франко П.Дж., Ли Дж., Вэй Л.Н. (август 2003 г.). «Взаимодействие ядерных рецепторов ДНК-связывающих доменов цинкового пальца с гистондеацетилазой». Молекулярная и клеточная эндокринология. 206 (1–2): 1–12. Дои:10.1016 / s0303-7207 (03) 00254-5. PMID  12943985. S2CID  19487189.
26. Франко П.Дж., Фаруки М., Сето Э., Вэй Л.Н. (август 2001 г.). «Орфанный ядерный рецептор TR2 напрямую взаимодействует с гистоновыми деацетилазами классов I и II». Молекулярная эндокринология. 15 (8): 1318–28. Дои:10.1210 / исправление.15.8.0682. PMID  11463856.
27. Миска Е.А., Лэнгли Е., Вольф Д., Карлссон С., Пайнс Дж., Кузаридес Т. (август 2001 г.). «Дифференциальная локализация HDAC4 управляет дифференцировкой мышц». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (16): 3439–47. Дои:10.1093 / nar / 29.16.3439. ЧВК  55849. PMID  11504882.
28. Шошеро А., Матьё М., де Сентиньон Дж., Феррейра Р., Причард Л.Л., Мишал З., Дежан А., Харель-Беллан А. (ноябрь 2004 г.). «HDAC4 опосредует репрессию транскрипции белком PLZF, ассоциированным с острым промиелоцитарным лейкозом». Онкоген. 23 (54): 8777–84. Дои:10.1038 / sj.onc.1208128. PMID  15467736.

дальнейшее чтение

• Пазин MJ, Кадонага JT (май 1997 г.). «Что вверх и вниз с деацетилированием и транскрипцией гистонов?». Клетка. 89 (3): 325–8. Дои:10.1016 / S0092-8674 (00) 80211-1. PMID  9150131. S2CID  11488594.
• Verdin E, Dequiedt F, Kasler HG (май 2003 г.). «Гистоновые деацетилазы класса II: универсальные регуляторы». Тенденции в генетике. 19 (5): 286–93. Дои:10.1016 / S0168-9525 (03) 00073-8. PMID  12711221.
• Андерссон Б., Вентланд М.А., Рикафренте Ю.Ю., Лю В., Гиббс Р.А. (апрель 1996 г.). «Метод« двойного адаптера »для улучшения конструкции библиотеки дробовиков». Аналитическая биохимия. 236 (1): 107–13. Дои:10.1006 / abio.1996.0138. PMID  8619474.
• Ю. В., Андерссон Б., Уорли К. К., Музни Д. М., Дин Й., Лю В., Рикафренте Д. Ю., Вентланд М. А., Леннон Г., Гиббс Р. А. (апрель 1997 г.). «Крупномасштабное конкатенационное секвенирование кДНК». Геномные исследования. 7 (4): 353–8. Дои:10.1101 / гр. 7.4.353. ЧВК  139146. PMID  9110174.
• Wolffe AP (май 1997 г.). «Транскрипционный контроль. Греховное подавление». Природа. 387 (6628): 16–7. Дои:10.1038 / 387016a0. PMID  9139815. S2CID  29803420.
• Охара О, Нагасе Т., Исикава К., Накадзима Д., Охира М., Секи Н., Номура Н. (февраль 1997 г.). «Создание и характеристика библиотек кДНК человеческого мозга, подходящих для анализа клонов кДНК, кодирующих относительно большие белки». ДНК исследования. 4 (1): 53–9. Дои:10.1093 / днарес / 4.1.53. PMID  9179496.
• Фишле В., Эмилиани С., Хендзель М.Дж., Нагасе Т., Номура Н., Фельтер В., Вердин Е. (апрель 1999 г.). «Новое семейство гистоновых деацетилаз человека, родственных Saccharomyces cerevisiae HDA1p». Журнал биологической химии. 274 (17): 11713–20. Дои:10.1074 / jbc.274.17.11713. PMID  10206986.
• Grozinger CM, Hassig CA, Schreiber SL (апрель 1999 г.). «Три белка определяют класс гистоновых деацетилаз человека, родственных дрожжевому Hda1p». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 96 (9): 4868–73. Bibcode:1999PNAS ... 96.4868G. Дои:10.1073 / пнас.96.9.4868. ЧВК  21783. PMID  10220385.
• Миска Э.А., Карлссон С., Лэнгли Э., Нильсен С.Дж., Пайнс Дж., Кузаридес Т. (сентябрь 1999 г.). «Деацетилаза HDAC4 связывает и репрессирует фактор транскрипции MEF2». Журнал EMBO. 18 (18): 5099–107. Дои:10.1093 / emboj / 18.18.5099. ЧВК  1171580. PMID  10487761.
• Ван А.Х., Бертос Н.Р., Везмар М., Пеллетье Н., Кросато М., Хенг Х.Х., Тханг Дж., Хан Дж., Ян XJ (ноябрь 1999 г.). «HDAC4, гистоновая деацетилаза человека, родственная дрожжевому HDA1, является корепрессором транскрипции». Молекулярная и клеточная биология. 19 (11): 7816–27. Дои:10.1128 / mcb.19.11.7816. ЧВК  84849. PMID  10523670.
• Youn HD, Grozinger CM, Liu JO (июль 2000 г.). «Кальций регулирует репрессию транскрипции фактора усиления миоцитов 2 гистондеацетилазой 4». Журнал биологической химии. 275 (29): 22563–7. Дои:10.1074 / jbc.C000304200. PMID  10825153.
• Grozinger CM, Schreiber SL (июль 2000 г.). «Регулирование гистондеацетилазы 4 и 5 и транскрипционной активности посредством 14-3-3-зависимой клеточной локализации». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (14): 7835–40. Bibcode:2000PNAS ... 97.7835G. Дои:10.1073 / pnas.140199597. ЧВК  16631. PMID  10869435.
• Huynh KD, Fischle W., Verdin E, Bardwell VJ (июль 2000 г.). «BCoR, новый корепрессор, участвующий в репрессии BCL-6». Гены и развитие. 14 (14): 1810–23. Дои:10.1101 / gad.14.14.1810 (неактивно 11.10.2020). ЧВК  316791. PMID  10898795.
• Ли Дж., Ван Дж., Ван Дж., Наваз З., Лю Дж. М., Цинь Дж., Вонг Дж. (Август 2000 г.). «Оба корепрессорных белка SMRT и N-CoR существуют в больших белковых комплексах, содержащих HDAC3». Журнал EMBO. 19 (16): 4342–50. Дои:10.1093 / emboj / 19.16.4342. ЧВК  302030. PMID  10944117.
• Ван А.Х., Круглак М.Дж., Ву Дж., Бертос Н.Р., Везмар М., Познер Б.И., Базетт-Джонс Д.П., Ян XJ (сентябрь 2000 г.). «Регулирование гистондеацетилазы 4 путем связывания 14-3-3 белков». Молекулярная и клеточная биология. 20 (18): 6904–12. Дои:10.1128 / MCB.20.18.6904-6912.2000. ЧВК  88766. PMID  10958686.
• Чжан С.Л., Маккинси Т.А., Лу Дж.Р., Олсон Э.Н. (январь 2001 г.). «Ассоциация COOH-концевого связывающего белка (CtBP) и MEF2-взаимодействующего репрессора транскрипции (MITR) способствует репрессии транскрипции фактора транскрипции MEF2». Журнал биологической химии. 276 (1): 35–9. Дои:10.1074 / jbc.M007364200. PMID  11022042.
• McKinsey TA, Zhang CL, Lu J, Olson EN (ноябрь 2000 г.). «Сигнально-зависимый ядерный экспорт гистоновой деацетилазы регулирует дифференцировку мышц». Природа. 408 (6808): 106–11. Bibcode:2000Натура 408..106М. Дои:10.1038/35040593. ЧВК  4459600. PMID  11081517.
• Чжоу X, Ричон В.М., Ван А.Х., Ян XJ, Рифкинд Р.А., Маркс ПА (декабрь 2000 г.). «Гистондеацетилаза 4 связывается с регулируемыми внеклеточными сигналами киназами 1 и 2, и ее клеточная локализация регулируется онкогенным Ras». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (26): 14329–33. Bibcode:2000PNAS ... 9714329Z. Дои:10.1073 / pnas.250494697. ЧВК  18918. PMID  11114188.
• McKinsey TA, Zhang CL, Olson EN (декабрь 2000 г.). «Активация фактора транскрипции фактора усиления миоцитов-2 посредством кальций / кальмодулин-зависимой протеинкиназы-стимулируемого связывания 14-3-3 с гистондеацетилазой 5». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 97 (26): 14400–5. Bibcode:2000ПНАС ... 9714400М. Дои:10.1073 / pnas.260501497. ЧВК  18930. PMID  11114197.

внешняя ссылка

• HDAC4 + белок, + человеческий в Национальной медицинской библиотеке США Рубрики медицинской тематики (MeSH)

Эта статья включает текст из Национальная медицинская библиотека США, который находится в всеобщее достояние.