Карта протеолиза - The Proteolysis Map

Логотип PMAP

Протеолиз MAP (PMAP) является интегрированным веб-ресурс сосредоточен на протеазы.[1]

Обоснование

PMAP призван помочь исследователям протеаз в рассуждении о протеолитический сети и метаболические пути.

История и финансирование

PMAP был первоначально создан в Институт медицинских исследований Бернема, Ла-Хойя, Калифорния. В 2004 г. Национальные институты здоровья (NIH) выбрал команду во главе с Джеффри В. Смит, чтобы создать Центр протеолитических путей (CPP). В рамках Дорожной карты биомедицинских исследований NIH центр разрабатывает технологии для изучения поведения белков и передачи этих знаний научному сообществу в целом.

Координатор

Протеазы - это класс ферменты которые регулируют многое из того, что происходит в тело человека, оба внутри клетка и наружу, рассекая пептидные связи в белки. Благодаря этой деятельности они управляют четырьмя основными функциями клетки: дифференциация, подвижность, разделение и смерть клетки - и активировать важные внеклеточный эпизоды, такие как биохимический каскад эффект в свертывание крови. Проще говоря, без них жизнь не могла бы существовать. Обширная онлайн-система классификации протеаз (также называемых пептидазами) размещена в МЕРОПЫ база данных.

Цель

Протеолитические пути, или протеолиз, представляют собой серию событий, контролируемых протеазами, которые происходят в ответ на определенные стимулы. Помимо свертывания крови, производство инсулин можно рассматривать как протеолитический путь, поскольку активация, регуляция и ингибирование этого белка является результатом реакции протеаз на изменение глюкоза уровни и запуск других протеаз ниже по течению.

Содержание базы данных

PMAP объединяет пять баз данных. ProteaseDB и SubstrateDB управляются автоматизированным конвейером аннотаций, который генерирует динамические «страницы молекул», богатые молекулярной информацией. CutDB[2] содержит информацию о более чем 6600 протеолитических событиях, а ProfileDB посвящен информации о субстрат специфичность распознавания протеаз. PathwayDB, только что началось накопление метаболические пути чья функция может быть динамически смоделирована на основе правил. Гипотетические сети выводятся путем полуавтоматической отсеивания из литературы. Кроме того, доступны программные инструменты протеаз для анализа отдельных протеаз и протеом широкие наборы данных.

использование

Популярные места назначения в PMAP - это страницы молекул протеазы и страницы молекул субстрата. На страницах с молекулами протеазы показаны последние новости в PubMed литература по протеазе, известная протеолитические события, белковый домен расположение и структура белка вид, а также перекрестную аннотацию в других биоинформатический раздел баз данных. Страницы молекул субстрата отображают белковые домены и экспериментально полученные сайты разрезания протеазы для данной интересующей белковой мишени.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Игараси, Й; Heureux, E; Врач, КС; Talwar, P; Граматикова, С; Граматикофф, К; Zhang, Y; Блинов, М; Ибрагимова, СС; Бойд, S; Ратников, Б; Cieplak, P; Годзик, А; Смит, JW; Остерман, А.Л .; Ерошкин А.М. (2008). «PMAP: базы данных для анализа протеолитических событий и путей». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с базой данных): D611 – D618. Дои:10.1093 / nar / gkn683. ЧВК  2686432. PMID  18842634.
  2. ^ Игараши Ю., Ерошкин А., Граматикова С., Граматикофф К., Чжан Ю., Смит Дж. В., Остерман А. Л., Годзик А. CutDB: база данных протеолитических событий. Исследования нуклеиновых кислот. 2007 D546-9

внешняя ссылка