МЕРОПЫ - MEROPS

Для использования в других целях см. Меропс.
МЕРОПЫ
Содержание
ОписаниеMEROPS: база данных протеолитические ферменты, их субстраты и ингибиторы.
Связаться с нами
Исследовательский центрВ Wellcome Trust Sanger Institute
АвторыНил Д. Роулингс
Основное цитированиеРоулингс и др. (2012)[1]
Дата выхода2010
Доступ
Интернет сайтhttp://merops.sanger.ac.uk

МЕРОПЫ является онлайн-база данных для пептидаз (также известных как протеазы, протеиназы и протеолитические ферменты ) и их ингибиторы.[2] В схема классификации для пептидаз был опубликован Rawlings & Barrett в 1993 г.,[3] и что для ингибиторов белка по Роулингсу и другие. в 2004 г.[4] Самая последняя версия, MEROPS 12.0, была выпущена в сентябре 2017 года.[5]

Обзор

Классификация основана на сходстве на третичном и первичном структурных уровнях. Сравнения ограничиваются той частью последовательности, которая непосредственно участвует в реакции, которая в случае пептидазы должна включать активный сайт, а для белкового ингибитора - реактивный сайт. Классификация является иерархической: последовательности объединяются в семьи, а семьи объединяются в кланы. Каждая пептидаза, семейство и клан имеют уникальный идентификатор.

Классификация

Семья

Семейства пептидаз конструируют путем сравнения аминокислотных последовательностей. Семья собирается вокруг пример типа, последовательность хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Все другие последовательности в семействе должны быть связаны с примером типа семейства либо напрямую, либо через транзитивные отношения, включающие одну или несколько последовательностей, которые уже показаны как члены семейства. Обычно FastA или BlastP используется для установления взаимосвязей между последовательностями, при этом ожидаемое значение 0,001 или ниже принимается за статистически значимый. HMMER или пси-взрывные поиски используются для добавления последовательностей, отдаленно связанных с семьей. Каждое семейство обозначается буквой, обозначающей каталитический тип содержащихся в нем пептидаз, за ​​которой следует произвольный уникальный номер.

Некоторые семьи делятся на подсемейства из-за свидетельств очень древнего расхождения внутри семьи. Дивергенция соответствует более чем 150 принятым точечным мутациям на 100 аминокислотных остатков.

Клан

Сходство трехмерных структур подтверждает свидетельство того, что многие семьи имеют общее происхождение с другими. «Клан» используется для описания такой группы семей. Клан также собирается вокруг типового примера, который представляет собой структуру хорошо охарактеризованной пептидазы или ингибитора. Семья включается в клан, если третичная структура члена семьи может быть показан как связанный с примером типа клана. Обычно ДАЛИ используется для установления членства в клане с z оценка из 6.00 среднеквадратичное отклонение единиц или выше, считающихся статистически значимыми. Для пептидаз другие свидетельства, указывающие на то, что семейства связаны между собой при отсутствии третичной структуры, включают каталитические остатки в последовательностях того же порядка.

Идентификатор

Каждое семейство, клан, пептидаза и ингибитор имеют уникальный идентификатор. Описание и пример идентификаторов приведены в таблице ниже.

ТипИдентификатор ОписаниеПример идентификатора
СемьяБуква, обозначающая тип катализатора, за которой следует серийный номер до двух цифрA1
КланПервая буква, обозначающая каталитический тип, за которой следует порядковая букваAA
ПептидазаФамилия (если необходимо, дополнить ее нулями, чтобы сделать ее трехзначной), точка и трехзначный серийный номерA01.001
ИнгибиторНачальная буква "I", за которой следует фамилия (с нулями), точка и трехзначный серийный номер.I10.001
Составной ингибиторНачальная буква «L» соответствует любому составному ингибитору. За буквой L следует название семейства единиц ингибитора (дополненное тремя символами). После тире идет трехзначный серийный номер.LI01-001
Низкомолекулярный ингибиторКаждому SMI присваивается идентификатор, состоящий из буквы J, за которой следует пятизначное число.J00095

Смотрите также

использованная литература

  1. ^ Роулингс, Нил Д.; Барретт Алан Дж; Бейтман Алекс (январь 2012 г.). «МЕРОПС: база данных протеолитических ферментов, их субстратов и ингибиторов». Нуклеиновые кислоты Res. Англия. 40 (Проблема с базой данных): D343-50. Дои:10.1093 / nar / gkr987. ЧВК  3245014. PMID  22086950.
  2. ^ Роулингс Н.Д., Барретт А.Дж., Бейтман А. (январь 2010 г.). «MEROPS: база данных пептидаз». Нуклеиновые кислоты Res. 38 (Выпуск базы данных): D227–33. Дои:10.1093 / nar / gkp971. ЧВК  2808883. PMID  19892822.
  3. ^ Роулингс, Н.Д. и Барретт, А.Дж. (1993) "Эволюционные семейства пептидаз". Biochem J 290, 205-218.
  4. ^ Роулингс, Н.Д., Толле, Д.П. И Барретт, А.Дж. (2004) «Эволюционные семейства ингибиторов пептидазы». Biochem J 378, 705-716.
  5. ^ "Что нового в MEROPS?".

внешние ссылки