Проект "Живое дерево всех видов" - The All-Species Living Tree Project

Логотип проекта "Все виды живого дерева"

'Проект "Живое дерево всех видов" это сотрудничество между различными академическими группами / институтами, такими как ARB, Проект базы данных рРНК SILVA, и LPSN, с целью создания базы данных 16S рРНК последовательности всех официально опубликованных видов Бактерии и Археи.^[1] На одном этапе 23S также были собраны последовательности,^[2] но с тех пор это прекратилось.^[3]

В настоящее время в согласованном наборе данных содержится более 10 950 видов, и еще несколько добавляются либо по мере обнаружения новых видов, либо по мере определения последовательности видов, не представленных в базе данных. Первоначально последняя группа насчитывала 7% видов.

Подобные (и более свежие) проекты включают Геномная энциклопедия бактерий и архей (GEBA), который сосредоточился на секвенировании всего генома бактерий и архей.^[4][5]

Дерево

Смотрите также: Бактериальный тип

Дерево было создано максимальная вероятность анализ без начальной загрузки: следовательно, точность сводится к размеру, и многие клады уровня филума не решаются правильно (например, Firmicutes). (Эукариоты в анализе отсутствуют). Это основанное на 16S рРНК филогенетическое дерево основано на выпуске LTP 121 ARB-SILVA (июнь 2015 г.) и содержит все типовые виды с официально опубликованными названиями до декабря 2014 г.^[6][7]

ДоменАрхеи	Таумархеота       Crenarchaeota (Термопротеи )   Euryarchaeota   Methanopyrus kandleri       Methanococcales     Эвритермея   Thermococcaceae     Термоплазмы     Необактерии   Метанобактерии       Archaeoglobaceae   Галомобактерии   Метаномикробия     Галобактерии
ДоменБактерии	Thermotogales       Thermodesulfobiaceae (Фирмикуты)       Synergistaceae {Семейство Clostridiales XV Incertae Sedis} (Фирмикуты)       Caldisericum изгнанник         Термодесульфобактерии     Aquificales       Фирмикуты   Thermaerobacter         Caldicellulosiruptor       Thermoanaerobacteraceae       Thermanaeromonas toyohensis       Диктиогломус     Thermoanaerobacterales Неназванная клада I (вкл. Фервидикола )               Thermoanaerobacterales Безымянный клад II         Гельрия глутамика       Семейство Clostridiales XVIII Incertae Sedis     Сульфобациллы           Clostridia SS. (вкл. Термолитобактер, Negativicutes & Thermoanaerobacterales Безымянная клада III )     Бациллы (вкл. Рожистая & Молликуты )                   Актинобактерии   Хлорофлекси       Thermoflexus hugenholtzii     Dehalococcoidaceae         Caldilineaceae       Ardenticatena maritima     Анаэролиновые             Ктедонобактерии       Термомикробия     Хлорофлекси               Nitrospiraceae       Дейнококки       Thermoanaerobaculum aquaticum             Caldithrix       Gemmatimonas aurantiaca     Фибробактер       Планктобактерии Планктомицеты   Phycisphaera mikrensis     Planctomycetales         Хламидиоз     Lentisphaerae   Oligosphaera ethanolica     Лентисфаерия     Веррукомикробия   Opitutae     Verrucomicrobiales             Сфингобактерии Хлороби   Игнавибактерии     Chlorobiaceae       Bacteroidetes         Тиобактерии   Дельтапротеобактерии       Deferrisoma carnini       Десульфовибрионалес       Desulfurellaceae     Эпсилонпротеобактерии               Ацидобактерии   Голофаги       Bryobacter aggregatus     Acidobacteriaceae             Chrysiogenaceae     Deferribacteraceae         Спирохеталес       Фузобактерии       Elusimicrobium minutum     Арматимонадеты                 Марипрофундус феррооксиданс   Родобактерии   Alphaproteobacteria   Хроматибактерии   Гаммапротеобактерии (парафилетический)     Бетапротеобактерии

Рекомендации

1. Ярза, П .; Richter, M .; Peplies, J. R .; Euzeby, J .; Amann, R .; Schleifer, K. H .; Ludwig, W .; Glöckner, F. O .; Росселло-Мора Р. (2008). «Проект« Живое дерево всех видов »: филогенетическое дерево на основе 16S рРНК всех штаммов секвенированного типа». Систематическая и прикладная микробиология. 31 (4): 241–250. Дои:10.1016 / j.syapm.2008.07.001. HDL:10261/103580. PMID  18692976.
2. Ярза, Пабло; Людвиг, Вольфганг; Евзеби, Жан; Аманн, Рудольф; Шлейфер, Карл-Хайнц; Глёкнер, Фрэнк Оливер; Росселло-Мора, Рамон (2010). «Обновление проекта« Живое дерево всех видов »на основе анализа последовательностей 16S и 23S рРНК». Систематическая и прикладная микробиология. 33 (6): 291–299. Дои:10.1016 / j.syapm.2010.08.001. PMID  20817437.
3. Munoz, R.L .; Ярза, П .; Ludwig, W .; Euzéby, J .; Amann, R .; Schleifer, K. H .; Оливер Глёкнер, Ф .; Росселло-Мора Р. (2011). «Выпуск LTPs104 из живого дерева всех видов». Систематическая и прикладная микробиология. 34 (3): 169–170. Дои:10.1016 / j.syapm.2011.03.001. PMID  21497273.
4. У, Дунъин; Гугенгольц, Филипп; Мавроматис, Константинос; Пукалл, Рюдигер; Далин, Эйлин; Иванова Наталья Н .; Кунин Виктор; Гудвин, Линн; Ву, Мартин; Тиндалл, Брайан Дж .; Хупер, Шон Д. (декабрь 2009 г.). «Филогенетическая геномная энциклопедия бактерий и архей». Природа. 462 (7276): 1056–1060. Bibcode:2009 Натур.462.1056W. Дои:10.1038 / природа08656. ISSN  0028-0836. ЧВК  3073058. PMID  20033048.
5. Kyrpides, Nikos C .; Гугенгольц, Филипп; Эйзен, Джонатан А .; Войке, Таня; Гёкер, Маркус; Паркер, Чарльз Т .; Аманн, Рудольф; Бек, Брайан Дж .; Цепь, Патрик С.Г .; Чун, Чонгсик; Колвелл, Рита Р. (5 августа 2014 г.). "Геномная энциклопедия бактерий и архей: секвенирование множества типовых штаммов". PLOS Биология. 12 (8): e1001920. Дои:10.1371 / journal.pbio.1001920. ISSN  1545-7885. ЧВК  4122341. PMID  25093819.
6. ARB-SILVA release LTPs 121: обзор (PDF) (Отчет). Архивировано из оригинал (PDF) 23 сентября 2015 г.
7. ARB-SILVA release LTPs 121: полное дерево (PDF) (Отчет). Архивировано из оригинал (PDF) 23 сентября 2015 г.

внешняя ссылка

• [1]