Питовирус - Pithovirus

Питовирус
Pithovirus sibericum sketch.jpg
Классификация вирусов
Группа:
Группа I (дцДНК )
Заказ:
Megavirales
Семья:
Pithoviridae
Род:
Питовирус
Разновидность
  • P. massiliensis
  • P. sibericum

Питовирус, впервые описанный в статье 2014 г., представляет собой род гигантский вирус известен от двух видов, Pithovirus sibericum, который заражает амебы [1][2] и Pithovirus massiliensis [3]. Это двухцепочечный ДНК вируса и является членом нуклеоцитоплазматические большие ДНК-вирусы клады. Открытие 2014 года было сделано, когда жизнеспособный экземпляр был найден у 30 000-летнего ребенка. ледяной керн собран из вечная мерзлота в Сибирь, Россия.

Описание

Название рода Питовирус, ссылка на большие контейнеры для хранения древней Греции, известные как Пифой, был выбран для описания нового вида. Образец Питовирус измеряет примерно 1,5мкм (1500 нм ) в длину и 0,5 мкм (500 нм) в диаметре, что делает его самым крупным вирусом из всех обнаруженных. Он на 50% больше, чем Pandoraviridae, предыдущие самые известные вирусы,[4] больше чем Остреококк самая маленькая эукариотическая клетка, хотя Пандоровирус имеет самый большой вирусный геном, содержащий от 1,9 до 2,5 мегабазы из ДНК.[5]

Питовирус имеет толстую овальную стенку с отверстием на одном конце. Внутренне его структура напоминает соты.[1]

В геном из Питовирус содержит 467 различных гены, больше, чем типичный вирус, но гораздо меньше, чем 2556 предполагаемых кодирующих белок последовательностей, обнаруженных в Пандоровирус.[4] Таким образом, его геном гораздо менее плотно упакован, чем любой другой известный вирус. Две трети ее белки не похожи на другие вирусы. Несмотря на физическое сходство с Пандоровирус, то Питовирус последовательность генома показывает, что он едва ли связан с этим вирусом, но больше напоминает членов Marseilleviridae, Megaviridae, и Iridoviridae.[6] Все эти семьи содержат большие икосаэдр вирусы с ДНК-геномами. В Питовирус геном имеет 36% GC-контент, аналогично Megaviridae, в отличие от более 61% для пандоровирусов.[7]

Репликация

Питовирус ' геном одна кольцевая двухцепочечная ДНК (дцДНК ) хромосома около 610 000 пар оснований (п.н.), кодирование примерно 467 открытые рамки для чтения (ORF), которые переводятся в 467 различных белков.[8] Геном кодирует все белки, необходимые для производства мРНК; эти белки присутствуют в очищенных вирионах.[6] Питовирус поэтому проходит весь цикл репликации в хозяине цитоплазма, а не более типичный метод захвата ядра хозяина.[1][6][9]

Открытие

Pithovirus sibericum был обнаружен в образце 30 000-летнего Сибирский вечная мерзлота Шанталь Абергель и Жан-Мишель Клавери из Университет Экс-Марсель.[1][10] Вирус был обнаружен погребенным на 30 м (100 футов) ниже поверхности последнего Плейстоцен осадок.[2][6] Это было обнаружено, когда образцы берегов реки, собранные в 2000 году, подверглись воздействию амебы.[11] Амебы начали умирать, и при исследовании было обнаружено, что они содержат гигантские образцы вируса. Авторы заявили, что идея исследовать образцы вечной мерзлоты на наличие новых вирусов пришла к авторам после того, как они прочитали об эксперименте, в котором были возрождены семена аналогичного возраста Silene stenophylla двумя годами ранее.[1] В Питовирус результаты были опубликованы в Труды Национальной академии наук в марте 2014 г.[4][7] Хотя вирус безвреден для людей, его жизнеспособность после тысячелетнего замораживания вызвала обеспокоенность в глобальном масштабе. изменение климата и тундра буровые работы могут привести к обнаружению ранее не обнаруженных и потенциально патогенных вирусов.[4] Однако другие ученые спорят, что этот сценарий представляет реальную угрозу.[1]

Современный вид в роду, Pithovirus massiliensis, был изолирован в 2016 году. Основные функции, такие как порядок ORF и сиротские гены (ORFans) хорошо законсервированы между двумя известными видами.[3]

Эволюция

В скорость мутации генома оценивается в 2,23 × 10−6 замен / сайт / год.[12] Авторы предположили, что эти вирусы возникли по крайней мере сотни тысяч лет назад.

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c d е ж Йонг, Эд (3 марта 2014 г.). «Гигантский вирус воскрес из льда возрастом 69 000 лет». Природа. Дои:10.1038 / природа.2014.14801.
  2. ^ а б Морелль, Ребекка (3 марта 2014 г.). "Гигантский вирус, которому 30 000 лет" возвращается к жизни'". Новости BBC.
  3. ^ а б Левассер А., Андреани Дж., Делерс Дж., Боу Халил Дж., Роберт С., Ла Скола Б., Рауль Д. (июль 2016 г.). «Сравнение современного и ископаемого питовируса показывает его генетическую сохранность и эволюцию». Геном Биол Эвол. 8 (8): 2333–9. Дои:10.1093 / gbe / evw153. ЧВК  5010891. PMID  27389688.
  4. ^ а б c d Сиручек, Стефан (3 марта 2014 г.). "Древний" гигантский вирус "возродился из вечной мерзлоты Сибири". Национальная география.
  5. ^ Брамфил, Джефф (18 июля 2013 г.). «Самый большой вирус в мире может иметь древние корни». Национальное общественное радио.
  6. ^ а б c d Раканиелло, Винсент (4 марта 2014 г.). «Питовирус: больше, чем Пандоровирус, с меньшим геномом». Блог о вирусологии.
  7. ^ а б Лежандр, М .; Bartoli, J .; Шмакова, Л .; Jeudy, S .; Labadie, K .; Адрайт, А .; Lescot, M .; Пуаро, O .; Bertaux, L .; Bruley, C .; Coute, Y .; Ривкина, Е .; Abergel, C .; Claverie, J.-M. (Март 2014 г.). «Тридцатитысячелетний дальний родственник гигантских икосаэдрических ДНК-вирусов с морфологией пандоровируса». Proc. Natl. Акад. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 111 (11): 4274–9. Bibcode:2014ПНАС..111.4274Л. Дои:10.1073 / pnas.1320670111. ЧВК  3964051. PMID  24591590.
  8. ^ "Pithovirus sibericum". Швейцарский институт биоинформатики (SIB). Получено 10 марта 2014.
  9. ^ Коглан, Энди (3 марта 2014 г.). «Самый крупный вирус, возродившийся из вечной мерзлоты каменного века». Новый ученый. В архиве из оригинала от 5 марта 2014 г.
  10. ^ Папас, Стефани (16 сентября 2015 г.). «Замороженный гигантский вирус по-прежнему заразен спустя 30 000 лет». Yahoo News. Получено 20 сентября 2015.
  11. ^ Циммер, Карл (3 марта 2014 г.). "Из сибирских льдов возродился вирус". Нью-Йорк Таймс.
  12. ^ Duchêne, S; Холмс, ЕС (2018). «Оценка скорости эволюции гигантских вирусов с использованием древних геномов». Вирус Evol. 4. Дои:10.1093 / ve / vey006.

внешняя ссылка