ПТПН22 - PTPN22

ПТПН22
Доступные конструкции PDB Поиск ортолога: PDBe RCSB Список идентификационных кодов PDB 2П6Х, 2QCJ, 2QCT, 3BRH, 3H2X, 3OLR, 3OMH, 4J51
Идентификаторы
Псевдонимы	ПТПН22, протеинтирозинфосфатаза, нерецепторный тип 22 (лимфоидный), LYP, LYP1, LYP2, PEP, PTPN8, протеинтирозинфосфатаза, нерецепторный тип 22, PTPN22.6, PTPN22.5, протеинтирозинфосфатаза нерецепторного типа 22
Внешние идентификаторы	OMIM: 600716 MGI: 107170 ГомолоГен: 7498 Генные карты: ПТПН22
Расположение гена (человек) Chr. Хромосома 1 (человек)[1] Группа 1п13.2 Начинать 113,813,811 бп[1] Конец 113,871,753 бп[1]
Расположение гена (Мышь) Chr. Хромосома 3 (мышь)[2] Группа 3 | 3 F2.2 Начинать 103,859,795 бп[2] Конец 103,912,247 бп[2]
Экспрессия РНК шаблон Дополнительные данные эталонного выражения
Генная онтология Молекулярная функция • фосфопротеинфосфатазная активность • Привязка домена SH3 • фосфатазная активность • связывание киназы • GO: 0001948 связывание с белками • гидролазная активность • связывание убиквитин-протеин-лигазы • активность протеинтирозинфосфатазы Сотовый компонент • цитоплазма • перинуклеарная область цитоплазмы • цитоплазматическая сторона плазматической мембраны • ядро клетки • цитозоль Биологический процесс • положительная регуляция убиквитинирования белка K63 • регуляция передачи сигналов NIK / NF-kappaB • регуляция врожденного иммунного ответа • регулирование пролиферации естественных клеток-киллеров • положительная регуляция сигнального пути toll-подобного рецептора 3 • регуляция сигнального пути Т-клеточного рецептора • регуляция сигнального пути рецептора В-клеток • дефосфорилирование фосфоанандамида • иммунная система • отрицательная регуляция нуклеотид-связывающего домена олигомеризации, содержащего 2 сигнальных пути • отрицательная регуляция каскада p38MAPK • дефосфорилирование белков • отрицательная регуляция экспрессии генов • отрицательная регуляция сигнального пути Т-клеточного рецептора • клеточный ответ на мурамилдипептид • аутофагия • ответ на липополисахарид • Дифференцировка Т-клеток • положительная регуляция экспрессии генов • положительная регуляция каскада ERK1 и ERK2 • положительная регуляция сигнального пути толл-подобного рецептора 4 • отрицательная регуляция выработки фактора некроза опухоли • отрицательная регуляция аутофагии • отрицательная регуляция активности киназы JUN • отрицательная регуляция активации Т-клеток • положительное регулирование выработки интерферона I типа • липополисахарид-опосредованный сигнальный путь • дефосфорилирование • дефосфорилирование пептидилтирозина • Путь передачи сигналов рецептора Т-клеток Источники:Amigo / QuickGO
Ортологи
Разновидность	Человек	Мышь
Entrez	26191	19260
Ансамбль	ENSG00000134242	ENSMUSG00000027843
UniProt	Q9Y2R2	P29352
RefSeq (мРНК)	NM_001193431 NM_001308297 NM_012411 NM_015967	NM_008979
RefSeq (белок)	NP_001180360 NP_001295226 NP_036543 NP_057051	NP_033005
Расположение (UCSC)	Chr 1: 113,81 - 113,87 Мб	Chr 3: 103,86 - 103,91 Мб
PubMed поиск	[3]	[4]
Викиданные
Просмотр / редактирование человека Просмотр / редактирование мыши

Белковая тирозинфосфатаза нерецепторного типа 22 (лимфоидная), также известный как ПТПН22, это белок что у людей кодируется ПТПН22 ген.^[5][6][7] Этот ген может выражаться в разных формы. PTPN22 влияет на чувствительность рецепторов Т- и В-клеток, а мутации связаны с увеличением или уменьшением риска аутоиммунных заболеваний.

Молекулярная биология

Ген расположен на коротком плече хромосомы 1 рядом с центромерой (1p13.2) крика (минус). прядь. Он имеет длину 57 898 оснований и кодирует белок из 807 аминокислот (молекулярная масса 91 705 Да). Всего 24 экзоны в гене и 21 варианте транскрипта, кодирующих 10 различных белков. Белки расположены в цитоплазма.^{[нужна цитата ]}

Функция

Этот ген кодирует протеинтирозинфосфатаза что выражается в первую очередь в лимфоидные ткани. Этот фермент участвует в нескольких сигнальных путях, связанных с иммунным ответом. На основе моделей мышиной фосфатазы,^[8][9] структурная идентификация,^[10] и генетика человека^[11] фосфатаза образует комплексы с C-src тирозинкиназа (Csk), связанный с контролем членов семейства Src. Мутация Arg620Trp нарушает связывание с Csk, изменяет чувствительность Т- и В-клеточных рецепторов и связана с аутоиммунными заболеваниями. Есть и другие предположения, что фосфатаза регулирует CBL функция в Т-клетка рецепторный сигнальный путь.^[5] Возможны другие взаимодействия.

Ассоциация болезней

Обычный 1858T (rs2476601) Arg620Trp несинонимный однонуклеотидный полиморфизм расположен в ПТПН22 ген был связан с аутоиммунными заболеваниями, включая повышенный риск Диабет 1 типа, ревматоидный артрит, волчанка, Витилиго и Болезнь Грейвса, но пониженный риск болезнь Крона.^[12][13][14]

Недавнее исследование предполагает, что мутация не снижает продолжительность жизни среди населения.^[15] Мутация может сохраниться в процессе эволюции человека, поскольку она может обеспечивать гипериммунный ответ на инфекционное заболевание.^[16]

Мутации в ПТПН22 чрезмерно представлены в рак молочной железы.^[17]

Рекомендации

1. ГРЧ38: Ансамбль выпуск 89: ENSG00000134242 - Ансамбль, Май 2017
2. GRCm38: выпуск Ensembl 89: ENSMUSG00000027843 - Ансамбль, Май 2017
3. "Справочник человека по PubMed:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
4. «Ссылка на Mouse PubMed:». Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США.
5. EntrezGene 26191
6. Мэтьюз Р.Дж., Боун Д.Б., Флорес Э., Томас М.Л. (май 1992 г.). «Характеристика гемопоэтических внутриклеточных протеинтирозинфосфатаз: описание фосфатазы, содержащей домен SH2, и другой, обогащенный последовательностями, богатыми пролином, глутаминовой кислотой, серином и треонином». Мол. Клетка. Биол. 12 (5): 2396–405. Дои:10.1128 / mcb.12.5.2396. ЧВК  364412. PMID  1373816.
7. Коэн С., Дади Х., Шауль Э., Шарф Н., Ройфман С.М. (март 1999 г.). «Клонирование и характеристика лимфоид-специфической, индуцибельной человеческой протеинтирозинфосфатазы, Lyp». Кровь. 93 (6): 2013–24. Дои:10.1182 / blood.V93.6.2013.406k25_2013_2024. PMID  10068674.
8. Cloutier JF, Veillette A (сентябрь 1996 г.). «Ассоциация ингибирующей тирозинкиназы p50csk с протеинтирозинфосфатазой PEP в Т-клетках и других гемопоэтических клетках». EMBO J. 15 (18): 4909–18. Дои:10.1002 / j.1460-2075.1996.tb00871.x. ЧВК  452228. PMID  8890164.
9. Грегорьев А., Клотье Дж. Ф., Вейлетт А. (май 1998 г.). «Требования к последовательности для ассоциации протеин-тирозинфосфатазы PEP с доменом 3 гомологии Src ингибирующей тирозиновой протеинкиназы p50 (csk)». J. Biol. Chem. 273 (21): 13217–22. Дои:10.1074 / jbc.273.21.13217. PMID  9582365.
10. Гхош Р., Шехтман А., Гогер М.Дж., Джи Х., Кауберн Д. (ноябрь 2001 г.). «Новое специфическое взаимодействие с участием домена Csk SH3 и его природного лиганда». Nat. Struct. Биол. 8 (11): 998–1004. Дои:10.1038 / nsb1101-998. PMID  11685249.
11. Ванг Т., Милетик А.В., Боттини Н., Мустелин Т. (сентябрь 2007 г.). «Белковая тирозинфосфатаза PTPN22 в аутоиммунитет человека». Аутоиммунитет. 40 (6): 453–61. Дои:10.1080/08916930701464897. PMID  17729039.
12. Ку Х., Тессье М.К., Хадсон Т.Дж., Полихронакос С. (март 2005 г.). «Подтверждение связи полиморфизма R620W в протеинтирозинфосфатазе PTPN22 с диабетом 1 типа в семейном исследовании». J. Med. Genet. 42 (3): 266–70. Дои:10.1136 / jmg.2004.026971. ЧВК  1736025. PMID  15744042.
13. Vang T, Congia M, Macis MD, Musumeci L, Orrú V, Zavattari P, Nika K, Tautz L, Taskén K, Cucca F, Mustelin T, Bottini N (декабрь 2005 г.). «Аутоиммунно-ассоциированная лимфоидная тирозинфосфатаза представляет собой вариант с усилением функции». Nat. Genet. 37 (12): 1317–9. Дои:10,1038 / ng1673. PMID  16273109.
14. Ghorban KH, Ezzeddini R, Eslami M, Yousefi B, Sadighi Moghaddam B, Tahoori MT, Dadmanesh M, Salek Farrokhi A (декабрь 2019 г.). «Полиморфизм C / T PTPN22 1858 связан с изменением профиля цитокинов как потенциальный патогенный механизм ревматоидного артрита». Письма иммунологии. 216: 106–113. Дои:10.1016 / j.imlet.2019.10.010. PMID  31669381.
15. Наполиони В., Натали А., Сакуччи П., Лукарини Н. (август 2011 г.). «Функциональный полиморфизм PTPN22 1858C> T (R620W) и продолжительность жизни человека». Мол. Биол. Представитель. 38 (6): 4231–5. Дои:10.1007 / s11033-010-0546-8. PMID  21113673.
16. «ПТПН22». NLM (правительство США). Получено 5 апреля 2013.
17. Кобольдт DC (2012). «Комплексные молекулярные портреты опухолей груди человека». Природа. Издательская группа "Природа". 490 (7418): 61–70. Дои:10.1038 / природа11412. ЧВК  3465532. PMID  23000897.

дальнейшее чтение

• Грегерсен П.К. (2005). «Пути к идентификации генов при ревматоидном артрите: PTPN22 и за его пределами». Иммунол. Rev. 204: 74–86. Дои:10.1111 / j.0105-2896.2005.00243.x. PMID  15790351.
• Бренд O, Gough S, Heward J (2005). «HLA, CTLA-4 и PTPN22: общий генетический ключ к аутоиммунитету?». Эксперт Рев Мол Мед. 7 (23): 1–15. Дои:10.1017 / S1462399405009981. PMID  16229750.
• Боттини Н., Ван Т, Кукка Ф, Мустелин Т (2006). «Роль PTPN22 при диабете 1 типа и других аутоиммунных заболеваниях». Семин. Иммунол. 18 (4): 207–13. Дои:10.1016 / j.smim.2006.03.008. PMID  16697661.
• Gjörloff-Wingren, A .; Saxena, M .; Han, S .; Ван, X .; Алонсо, А .; Ренедо, М .; Ой, П .; Уильямс, S .; Schnitzer, J .; Мустелин, Т. (2000). «Субклеточная локализация внутриклеточных протеинтирозинфосфатаз в Т-клетках». Европейский журнал иммунологии. 30 (8): 2412–2421. Дои:10.1002 / 1521-4141 (2000) 30: 8 <2412 :: AID-IMMU2412> 3.0.CO; 2-J. PMID  10940933.
• Hill RJ, Zozulya S, Lu YL, Ward K, Gishizky M, Jallal B (2002). «Лимфоидный протеин тирозинфосфатаза Lyp взаимодействует с адаптерной молекулой Grb2 и действует как негативный регулятор активации Т-клеток». Exp. Гематол. 30 (3): 237–44. Дои:10.1016 / S0301-472X (01) 00794-9. PMID  11882361.
• Чиен В., Тидоу Н., Уильямсон Э.А., Ши Л.Я., Круг У., Кеттенбах А., Фермин А.С., Ройфман С.М., Кефлер HP (2003). «Характеристика миелоидной тирозинфосфатазы Lyp и ее роли в пути передачи сигнала Bcr-Abl». J. Biol. Chem. 278 (30): 27413–20. Дои:10.1074 / jbc.M304575200. PMID  12764153.
• Bottini N, Musumeci L, Alonso A, Rahmouni S, Nika K, Rostamkhani M, MacMurray J, Meloni GF, Lucarelli P, Pellecchia M, Eisenbarth GS, Comings D, Mustelin T (2004). «Функциональный вариант лимфоидной тирозинфосфатазы связан с диабетом I типа». Nat. Genet. 36 (4): 337–8. Дои:10,1038 / ng1323. PMID  15004560.
• Бегович А.Б., Карлтон В.Е., Хонигберг Л.А., Шроди С.Дж., Чоккалингам А.П., Александр Х.К., Ардли К.Г., Хуанг К., Смит А.М., Спирк Дж.М., Конн М.Т., Чанг М., Чанг С.И., Сайки Р.К., Катанезе Дж.Д., Леонг ДЮ, Гарсия В.Э. , Макаллистер Л.Б., Джеффри Д.А., Ли А.Т., Батливалла Ф., Реммерс Э., Крисуэлл Л.А., Селдин М.Ф., Кастнер Д.Л., Амос К.И., Снински Дж.Дж., Грегерсен ПК (2004). «Миссенс-однонуклеотидный полиморфизм в гене, кодирующем протеинтирозинфосфатазу (PTPN22), связан с ревматоидным артритом». Являюсь. J. Hum. Genet. 75 (2): 330–7. Дои:10.1086/422827. ЧВК  1216068. PMID  15208781.
• Kyogoku C, Langefeld CD, Ortmann WA, Lee A, Selby S, Carlton VE, Chang M, Ramos P, Baechler EC, Batliwalla FM, Novitzke J, Williams AH, Gillett C, Rodine P, Graham RR, Ardlie KG, Gaffney PM , Мозер К.Л., Петри М., Бегович А.Б., Грегерсен П.К., Беренс Т.В. (2004). «Генетическая ассоциация полиморфизма R620W протеинтирозинфосфатазы PTPN22 с СКВ человека». Являюсь. J. Hum. Genet. 75 (3): 504–7. Дои:10.1086/423790. ЧВК  1182029. PMID  15273934.
• Смит Д., Купер Дж. Д., Коллинз Дж. Э., Хьюард Дж. М., Франклин Дж. А., Хоусон Дж. М., Велла А., Натленд С., Ранс Х. Э., Майер Л., Барратт Б. Дж., Гуджа С., Ионеску-Тырговист С., Сэвидж Д. А., Дангер Д. Б., Видмер Б. Страчан Д.П., Ринг С.М., Уокер Н., Клейтон Д.Г., Твеллс Р.С., Гоф СК, Тодд Дж. А. (2004). «Репликация ассоциации между локусом лимфоидной тирозинфосфатазы (LYP / PTPN22) с диабетом 1 типа и доказательства его роли в качестве общего локуса аутоиммунитета». Сахарный диабет. 53 (11): 3020–3. Дои:10.2337 / диабет.53.11.3020. PMID  15504986.
• Ladner MB, Bottini N, Valdes AM, Noble JA (2005). «Ассоциация однонуклеотидного полиморфизма C1858T гена PTPN22 с диабетом 1 типа». Гм. Иммунол. 66 (1): 60–4. Дои:10.1016 / j.humimm.2004.09.016. PMID  15620463.
• Ороско Дж., Санчес Э., Гонсалес-Гей М.А., Лопес-Невот М.А., Торрес Б., Калис Р., Ортего-Сентено Н., Хименес-Алонсо Дж., Паскуаль-Сальседо Д., Бальса А., де Пабло Р., Нуньес-Ролдан А., Гонсалес -Escribano MF, Martín J (январь 2005 г.). «Ассоциация функционального однонуклеотидного полиморфизма PTPN22, кодирующего лимфоидную протеинфосфатазу, с ревматоидным артритом и системной красной волчанкой». Ревматоидный артрит. 52 (1): 219–24. Дои:10.1002 / арт.20771. PMID  15641066.
• Стир С., Лад Б., Грумли Дж. А., Кингсли Г. Х., Фишер С. А. (2005). «Связь R602W в гене протеинтирозинфосфатазы с высоким риском ревматоидного артрита в британской популяции: доказательства раннего начала / эффекта тяжести заболевания». Ревматоидный артрит. 52 (1): 358–60. Дои:10.1002 / арт.20737. PMID  15641088.
• Чжэн В., Она JX (2005). «Генетическая связь между лимфоидной тирозинфосфатазой (PTPN22) и диабетом 1 типа». Сахарный диабет. 54 (3): 906–8. Дои:10.2337 / диабет.54.3.906. PMID  15734872.
• Жернакова А., Эрлай П., Вейменга С., Баррера П., Роэп Б.О., Келеман Б.П. (2005). «Дифференциальная ассоциация варианта кодирования PTPN22 с аутоиммунными заболеваниями в голландском населении». Гены иммунной. 6 (6): 459–61. Дои:10.1038 / sj.gene.6364220. PMID  15875058.

внешняя ссылка

Обзор всей структурной информации, доступной в PDB за UniProt: Q9Y2R2 (Тирозин-протеинфосфатаза нерецепторного типа 22) на PDBe-KB.