Список РНК - List of RNAs

Рибонуклеиновая кислота (РНК) встречается в организме в разных формах и выполняет множество различных функций. Здесь перечислены типы РНК, сгруппированные по ролям. Перечислены и объяснены сокращения для различных типов РНК.

По роли

РНК, участвующие в синтезе белка
ТипСокр.ФункцияРаспределениеRef.
Посланник РНКмРНККоды для белкаВсе организмы
Рибосомная РНКрРНКПереводВсе организмы
Распознавание сигнала РНК частицы7SL РНК или SRP РНКМембранная интеграцияВсе организмы[1]
Передача РНКтРНКПереводВсе организмы
Трансфер-мессенджер РНКтмРНКСпасение застрявших рибосомБактерии[2]
РНК, участвующие в посттранскрипционной модификации или репликации ДНК
ТипСокр.ФункцияРаспределениеRef.
Малая ядерная РНКмяРНКСварка и другие функцииЭукариоты и археи[3]
Малая ядрышковая РНКsnoRNAНуклеотидная модификация РНКЭукариоты и археи[4]
SmY РНКSmYтранс-сплайсинг мРНКНематоды[5]
Малая РНК, специфичная для тельца КахаляскаРНКТип мяРНК; Нуклеотидная модификация РНК
Направляющая РНКгРНКмодификация нуклеотидов мРНККинетопластид митохондрии[6]
Рибонуклеаза PРНКаза Pсозревание тРНКВсе организмы[7]
Рибонуклеаза MRPРНКаза MRPсозревание рРНК, Репликация ДНКЭукариоты[8]
Y РНКОбработка РНК, репликация ДНКЖивотные[9]
Компонент теломеразной РНКTERCТеломер синтезБольшинство эукариот[10]
Сплайсированная лидерная РНКSL РНКтранс-сплайсинг мРНК, обработка РНК
Регуляторные РНК
ТипСокр.ФункцияРаспределениеRef.
Антисмысловая РНКаРНК, асРНКОслабление транскрипции / деградация мРНК / стабилизация мРНК / блок трансляцииВсе организмы[11][12]
Цис-естественный антисмысловой транскриптцис-NATГенная регуляция
CRISPR РНКcrRNAУстойчивость к паразитам за счет воздействия на их ДНКБактерии и археи[13]
Длинная некодирующая РНКднРНКРегуляция транскрипции генов, эпигенетическая регуляцияЭукариоты
МикроРНКmiRNAГенная регуляцияБольшинство эукариот[14]
Piwi-взаимодействующая РНКпиРНКЗащита транспозонов, возможно, другие функцииНаиболее животные[15][16]
Малая интерферирующая РНКмиРНКГенная регуляцияНаиболее эукариоты[17]
Короткая шпилька РНКshRNAГенная регуляцияНаиболее эукариоты[18]
Транс-действующая миРНКtasiRNAГенная регуляцияНаземные растения[19]
Повторить ассоциированную миРНКrasiRNAТип пиРНК; защита транспозонаДрозофила[20]
7SK РНК7СКотрицательно регулирующий комплекс CDK9 / циклин Т
Энхансер РНКэРНКГенная регуляция[21]
Паразитарные РНК
ТипФункцияРаспределениеRef.
РетротранспозонСамораспространяющийсяЭукариоты и некоторые бактерии[22]
Популярный геномИнформационный носительДвухцепочечные РНК-вирусы, вирусы с положительной РНК, вирусы с отрицательной РНК, много спутниковые вирусы и обратная транскрипция вирусов
ВироидСамораспространяющийсяЗараженные растения[23]
Спутниковая РНКСамораспространяющийсяЗараженные клетки
Другие РНК
ТипСокр.ФункцияРаспределениеRef.
РНК ХранилищавРНК, втРНКВысылка ксенобиотики (предположительно)[24]

Аббревиатуры РНК

Сокр.ИмяСемьяОписаниеRef.
нкРНКнекодирующая РНК-
яРНКне мессенджер РНК-синоним нкРНК
мРНКмалая РНК-синоним нкРНК
smnRNAмалая не мессенджер РНК-синоним нкРНК
тРНКпереносить РНКRF00005
мРНКрастворимая РНК-синоним тРНК
мРНКинформационная РНК-
pcRNAкодирующая белок РНК-синоним мРНК
рРНКрибосомная РНКнесколько семей
5S рРНК5S рибосомальная РНКRF00001
5.8S рРНК5.8S рибосомальная РНКRF00002
SSU рРНКмалая субъединица рибосомной РНКCL00111
LSU рРНКрибосомная РНК большой субъединицыCL00112
NoRC РНКРНК, связанная с комплексом ремоделирования ядрышкаRF01518
пРНКпромоторная РНКRF01518синоним NoRC РНК
6S РНК6S РНКRF00013
SsrS РНКRF00013синоним 6S РНК
аРНКантисмысловая РНК-синоним asRNA
asRNAантисмысловая РНК-
asmiRNAантисмысловая микро РНК-
цис-NATцис-природный антисмысловой транскрипт-Природные антисмысловые транскрипты транскрибируются из того же геномного локуса, что и их мишень, но из противоположной цепи ДНК, и образуют идеальные пары
crRNACRISPR РНК-
tracrRNAтрансактивирующая crRNA-
CRISPR РНКCRISPR-Cas РНКнесколько семей
DD РНКРНК ответа на повреждение ДНК-РНК, активирующая ответ на повреждение ДНК
диРНКDSB-индуцированные малые РНК-
дцРНКдвухцепочечная РНК-
эндо-миРНКэндогенная малая интерферирующая РНК-
exRNAвнеклеточная РНК-
гРНКнаправляющая РНК-
hc-siRNAгетерохроматическая малая интерферирующая РНК-
hcsiRNAгетерохроматическая малая интерферирующая РНК-синоним hc-siRNA
hnRNAгетерогенная ядерная РНК-синоним для пре-мРНК (в строгом смысле, он может включать транскрипты ядерной РНК, которые не превращаются в цитоплазматическую мРНК)
РНКиРНК-интерференция-Процесс, в котором РНК подавлять экспрессию генов или же перевод, путем нейтрализации целевых мРНК молекулы
линкРНКдлинная межгенная некодирующая РНК-
днРНКдлинная некодирующая РНК-
miRNAмикро РНКнесколько семей
мрпРНКмитохондриальная РНК, обрабатывающая рибонуклеазу-синоним РНКаза MRP
нат-миРНКестественная антисмысловая короткая интерферирующая РНК-синоним нациРНК
нациРНКприродная антисмысловая короткая интерферирующая РНК-Эндогенные регуляторы РНК длиной от 21 до 24 нуклеотидов образуются из комплементарных мРНК стенограммы, которые в дальнейшем обрабатываются в миРНК
OxyS РНКРНК реакции на окислительный стрессRF00035Небольшая некодирующая РНК, которая индуцируется в ответ на окислительный стресс у кишечная палочка
пиРНКpiwi-взаимодействующая РНКнесколько семейМалые РНК, которые образуют комплексы РНК-белок с Пиви белки в клетках животных
qiRNAQDE-2 интерферирующая РНК-
rasiRNAПовторить ассоциированную миРНК-Малая РНК, которая участвует в Путь интерференции РНК, тип пиРНК
РНКаза MRPмитохондриальная РНК, обрабатывающая рибонуклеазуRF00030
РНКаза Pрибонуклеаза PRF00010Тип рибонуклеазы, расщепляющей РНК.
скаРНКмалая РНК, специфичная для тельца КахаляRF00553
scnRNAРНК малого сканирования-
скРНКмалая цитоплазматическая РНК-
скРНКмалая условная РНК-
SgrS РНКсвязанная с транспортом сахара мРНКRF00534Малая РНК, которая активируется SgrR в кишечная палочка при глюкозо-фосфатном стрессе
shRNAкороткая шпилька РНК-
миРНКмалая интерферирующая РНК-
SL РНКсплайсированная лидерная РНКнесколько семей
SmY РНКмРНК транс-сплайсингRF01844Небольшие ядерные РНК, обнаруженные у некоторых видов нематодных червей, предположительно участвуют в транс-сплайсинге мРНК
snoRNAмалая ядрышковая РНКнесколько семей
мяРНКмалая ядерная РНКнесколько семей
snRNPмалые ядерные рибонуклеиновые белки-
SRP РНКсигнал распознавания частицы РНКCL00003
оцРНКодноцепочечная РНК-
стРНКмалая височная РНК-
tasiRNAтранс-действующая миРНК-
тмРНКТрансфер-мессенджер РНКRF00023Молекула бактериальной РНК с двойной тРНК-подобной и матричной РНК-подобными свойствами.
уРНКU-сплайсосомная РНКнесколько семей
вРНКхранилище РНК-синоним втРНК
втРНКхранилище РНКRF00006
Xist РНКX-неактивный специфический транскрипт
Y РНКY РНКRF00019Компоненты рибонуклеопротеиновой частицы Ro60, необходимые для репликации ДНК через взаимодействия с хроматином и инициирующими белками
NATестественные антисмысловые транскрипты-Природные антисмысловые транскрипты, закодированные в клетке, которые обладают комплементарностью транскриптов другим транскриптам РНК
пре-мРНКпредшественник матричной РНК-Незрелая одиночная цепь матричной РНК
circRNAкольцевая РНК-
мсРНКмногокопийная, одноцепочечная РНККомпонент ретронов[25]
cfRNAбесклеточная РНК

Смотрите также

Смотрите также: Категория: РНК.

Рекомендации

  1. ^ Грибальдо С., Брошье-Армане С. (2006). «Происхождение и эволюция архей: современное состояние». Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. 361 (1470): 1007–22. Дои:10.1098 / rstb.2006.1841. ЧВК  1578729. PMID  16754611.
  2. ^ Жилле Р., Фельден Б. (2001). «Новые взгляды на тмРНК-опосредованную маркировку белков и спасение рибосом». Молекулярная микробиология. 42 (4): 879–85. Дои:10.1046 / j.1365-2958.2001.02701.x. PMID  11737633.
  3. ^ Тор С., Майер С., Заутер С., Недели С., Сосать Д. (2003). «Кристаллические структуры Pyrococcus abyssi Sm Core и его комплекс с РНК ». J. Biol. Chem. 278 (2): 1239–47. Дои:10.1074 / jbc.M207685200. PMID  12409299.
  4. ^ Поцелуй Т (2001). «Небольшая ядрышковая РНК-управляемая посттранскрипционная модификация клеточных РНК». Журнал EMBO. 20 (14): 3617–22. Дои:10.1093 / emboj / 20.14.3617. ЧВК  125535. PMID  11447102.
  5. ^ Джонс Т.А., Отто В., Марз М., Эдди С.Р., Стадлер П.Ф. (2009). «Обзор SmY РНК нематод». РНК Биол. 6 (1): 5–8. Дои:10.4161 / rna.6.1.7634. PMID  19106623.
  6. ^ Альфонсо Дж. Д., Тиманн О., Симпсон Л. (1997). «Механизм редактирования вставки / делеции РНК U в кинетопластидных митохондриях». Исследования нуклеиновых кислот. 25 (19): 3751–59. Дои:10.1093 / nar / 25.19.3751. ЧВК  146959. PMID  9380494.
  7. ^ Паннуччи Дж. А., Хаас Е. С., Холл Т. А., Харрис Дж. К., Браун Дж. В. (1999). «РНК РНКазы P из некоторых архей каталитически активны». Proc Natl Acad Sci USA. 96 (14): 7803–08. Bibcode:1999ПНАС ... 96.7803П. Дои:10.1073 / pnas.96.14.7803. ЧВК  22142. PMID  10393902.
  8. ^ Вудхэмс, доктор медицины, Стадлер П.Ф., Пенни Д., Коллинз Л.Дж. (2007). «РНКаза MRP и каскад процессинга РНК у эукариотического предка». BMC Эволюционная биология. 7: S13. Дои:10.1186 / 1471-2148-7-S1-S13. ЧВК  1796607. PMID  17288571.
  9. ^ Perreault J, Perreault JP, Boire G (2007). «Ro-ассоциированные Y РНК у многоклеточных животных: эволюция и диверсификация». Молекулярная биология и эволюция. 24 (8): 1678–89. Дои:10.1093 / молбев / msm084. PMID  17470436.
  10. ^ Люстиг AJ (1999). «Кризисное вмешательство: роль теломеразы». Proc Natl Acad Sci USA. 96 (7): 3339–41. Bibcode:1999ПНАС ... 96.3339Л. Дои:10.1073 / пнас.96.7.3339. ЧВК  34270. PMID  10097039.
  11. ^ Брантл С (2002). «Регулирование антисмысловой РНК и РНК-интерференция». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Структура и экспрессия гена. 1575 (1–3): 15–25. Дои:10.1016 / S0167-4781 (02) 00280-4. PMID  12020814.
  12. ^ Брантл С (2007). «Регуляторные механизмы, используемые цис-кодируемыми антисмысловыми РНК». Curr. Мнение. Микробиол. 10 (2): 102–9. Дои:10.1016 / j.mib.2007.03.012. PMID  17387036.
  13. ^ Браунс С.Дж., Джор М.М., Лундгрен М. и др. (Август 2008 г.). «Малые РНК CRISPR направляют противовирусную защиту прокариот». Наука. 321 (5891): 960–4. Bibcode:2008Sci ... 321..960B. Дои:10.1126 / science.1159689. ЧВК  5898235. PMID  18703739.
  14. ^ Лин С.Л., Миллер Д.Д., Инь С.Ю. (2006). «Интронная микроРНК (миРНК)». Журнал биомедицины и биотехнологии. 2006 (4): 1–13. Дои:10.1155 / JBB / 2006/26818. ЧВК  1559912. PMID  17057362.
  15. ^ Хорвич, доктор медицины, Ли К., Матранга С., Вагин В., Фарли Г., Ван П., Заморе П.Д. (2007). "The Дрозофила РНК-метилтрансфераза, DmHen1, модифицирует piRNAs зародышевой линии и одноцепочечные siRNAs в RISC ". Текущая биология. 17 (14): 1265–72. Дои:10.1016 / j.cub.2007.06.030. PMID  17604629.
  16. ^ Гильдиял М., Заморе П.Д. (февраль 2009 г.). «Малые сайленсирующие РНК: расширяющаяся вселенная». Nat. Преподобный Жене. 10 (2): 94–108. Дои:10.1038 / nrg2504. ЧВК  2724769. PMID  19148191.
  17. ^ Ахмад К., Хеникофф С. (2002). «Эпигенетические последствия динамики нуклеосом». Клетка. 111 (3): 281–84. Дои:10.1016 / S0092-8674 (02) 01081-4. PMID  12419239.
  18. ^ Ахмад К., Хеникофф С. (2002). «Эпигенетические последствия динамики нуклеосом». Клетка. 111 (3): 281–84. Дои:10.1016 / S0092-8674 (02) 01081-4. PMID  12419239.
  19. ^ Васкес Ф, Вошере Х (2004). «Эндогенные транс-действующие миРНК регулируют накопление мРНК Arabidopsis». Мол. Клетка. 16 (1): 69–79. Дои:10.1016 / j.molcel.2004.09.028. PMID  15469823.
  20. ^ Desset S, Buchon N, Meignin C, Coiffet M, Vaury C (2008). Вольф Дж (ред.). «У Drosophila melanogaster локус COM направляет соматическое молчание двух ретротранспозонов через Piwi-зависимые и независимые пути». PLOS ONE. 3 (2): e1526. Bibcode:2008PLoSO ... 3.1526D. Дои:10.1371 / journal.pone.0001526. ЧВК  2211404. PMID  18253480.
  21. ^ Ли, Вэнбо; Нотани, Ямочка; Розенфельд, Майкл Г. (07.03.2016). «Энхансеры как некодирующие единицы транскрипции РНК: недавние открытия и перспективы на будущее». Обзоры природы. Генетика. Springer Nature. 17 (4): 207–223. Дои:10.1038 / nrg.2016.4. ISSN  1471-0056. PMID  26948815.CS1 maint: ref = harv (связь)
  22. ^ Боке Дж. Д. (2003). «Необычное филогенетическое распространение ретротранспозонов: гипотеза». Геномные исследования. 13 (9): 1975–83. Дои:10.1101 / гр.1392003. PMID  12952870.
  23. ^ Флорес Р., Эрнандес К., Мартинес де Альба А. Э., Дарос Дж. А., Ди Серио Ф (2005). «Вироиды и взаимодействия вироидов с хозяином». Ежегодный обзор фитопатологии. 43: 117–39. Дои:10.1146 / annurev.phyto.43.040204.140243. PMID  16078879.
  24. ^ Гопинатх СК, Мацугами А, Катахира М, Кумар ПК (2005). «Некодирующие РНК, связанные со сводами человека, связываются с митоксантроном, химиотерапевтическим соединением». Нуклеиновые кислоты Res. 33 (15): 4874–81. Дои:10.1093 / нар / gki809. ЧВК  1201340. PMID  16150923.
  25. ^ Саймон, Рассвет М .; Циммерли, Стивен (12 ноября 2008 г.). «Разнообразие не охарактеризованных обратных транскриптаз в бактериях». Исследования нуклеиновых кислот. 36 (22): 7219–7229. Дои:10.1093 / nar / gkn867. ISSN  1362-4962. ЧВК  2602772. PMID  19004871.

внешняя ссылка