Длинная некодирующая РНК - Long non-coding RNA

Длинные некодирующие РНК (длинные нкРНК, днРНК) являются разновидностью РНК, определяемый как стенограммы длиной более 200 нуклеотиды которые не переводятся в белок.[1] Этот несколько произвольный предел отличает длинные нкРНК от мелких. некодирующие РНК Такие как микроРНК (миРНК), малые интерферирующие РНК (миРНК), Piwi-взаимодействующие РНК (пиРНК), малые ядрышковые РНК (мяРНК) и другие короткие РНК.[2] Длинные промежуточные / межгенные некодирующие РНК (lincRNA) представляют собой последовательности lncRNA, которые не перекрывают гены, кодирующие белок.[3]

Избыток

В 2007 году исследование показало, что только пятая часть транскрипция через человеческий геном связан с генами, кодирующими белок,[4] что указывает по крайней мере в четыре раза более длинные некодирующие последовательности, чем кодирующие последовательности РНК. Однако это масштабный комплементарная ДНК (кДНК) проекты секвенирования, такие как ФАНТОМ (Функциональная аннотация кДНК млекопитающих), которые раскрывают сложность этой транскрипции.[5] В рамках проекта FANTOM3 было идентифицировано ~ 35000 некодирующих транскриптов из ~ 10000 различных локусов, которые несут множество сигнатур мРНК, включая 5 ’кэппинг, сплайсинг и полиаденилирование, но практически не содержат открытая рамка чтения (ORF).[5] Хотя обилие длинных нкРНК было неожиданным, это число представляет собой консервативную более низкую оценку, так как в нем не учтены многие одиночные транскрипты и не-полиаденилированный стенограммы (мозаичный массив данные показывают, что более 40% транскриптов не полиаденилированы).[6] Однако однозначная идентификация нкРНК в этих библиотеках кДНК является сложной задачей, поскольку может быть трудно отличить кодирующие белок транскрипты от некодирующих транскриптов. В ходе многочисленных исследований было высказано предположение, что яички,[7] и нервные ткани экспрессируют наибольшее количество длинных некодирующих РНК из всех ткань тип.[8] Используя FANTOM5, в различных источниках от человека было идентифицировано 27 919 длинных нкРНК.[9]

Количественно днРНК демонстрируют примерно в 10 раз меньшую численность, чем мРНК в популяции клеток,[10][11] что объясняется более высокими межклеточными вариациями уровней экспрессии генов днРНК в отдельных клетках по сравнению с генами, кодирующими белок.[12] В целом, большинство (~ 78%) днРНК характеризуются как тканеспецифичные, в отличие от только ~ 19% мРНК.[10] В дополнение к более высокой тканевой специфичности днРНК характеризуются более высокой специфичностью стадии развития,[13] и специфичность подтипа клеток в гетерогенных тканях, таких как неокортекс человека.[14] В 2018 году комплексная интеграция днРНК из существующих баз данных, опубликованной литературы и новых сборок РНК, основанная на анализе данных РНК-seq, показала, что у человека имеется 270 044 транскрипта днРНК.[15]

По сравнению с млекопитающими относительно немного исследований было сосредоточено на распространенности днРНК в растениях. Однако обширное исследование с участием 37 видов высших растений и шести водорослей выявило ~ 200000 некодирующих транскриптов с использованием in-silico подход,[16] который также создал связанную базу данных Green Non-Coding (GreeNC ), хранилище растительных днРНК.

Геномная организация

В 2005 году ландшафт генома млекопитающих был описан как многочисленные «фокусы» транскрипции, разделенные длинными отрезками межгенный Космос.[5] Хотя длинные нкРНК расположены и транскрибируются внутри межгенных участков, большинство из них транскрибируются как сложные переплетенные сети перекрывающихся друг друга. смысл и антисмысл транскрипты, которые часто включают гены, кодирующие белок,[4] давая начало сложной иерархии перекрывающихся изоформ.[17] Геномные последовательности в этих очагах транскрипции часто являются общими для ряда различных кодирующих и некодирующих транскриптов в смысловом и антисмысловом направлениях.[18] Например, 3012 из 8961 кДНК, ранее аннотированных как усеченные кодирующие последовательности в FANTOM2, позже были обозначены как подлинные варианты нкРНК кДНК, кодирующей белок.[5] В то время как обилие и сохранность этих чередующихся структур предполагают, что они имеют биологическое значение, сложность этих очагов затрудняет простую оценку.

В GENCODE Консорциум собрал и проанализировал полный набор аннотаций днРНК человека и их геномную организацию, модификации, клеточные положения и профили экспрессии в тканях.[8] Их анализ показывает, что человеческие днРНК склонны к двухэкзонным транскриптам.[8]

Средства идентификации длинных некодирующих РНК

ИмяРазновидностьВеб серверРепозиторийВходной файлОсновная модель / алгоритмОбучающий наборГод публикацииСсылка
РНКсамбаВсеРНКсамбаРНКсамбаФАСТАНейронные сетиДА2020[19]
LGCРастение / ЖивотноеLGCFASTA / BED / GTFСвязь между длиной ORF и содержанием GCНЕТ2019[20]
CPATЧеловек / Муха / Мышь / ДаниоCPATCPATФАСТА / КРОВАТЬЛогистическая регрессияДА2013[21]
ПРИЕХАТЬРастение / Человек / Мышь / Муха / ЧервьПРИЕХАТЬПРИЕХАТЬGTFСбалансированный случайный лесДА2017[22]
lncRScan-SVMЧеловекNAFASTA / BED / GTF / GFFМашина опорных векторовДА2015[23]
CNCIРастение / ЖивотноеNAFASTA / GTFМашина опорных векторовНЕТ2013[24]
ПЛЕКПозвоночное животноеNAПЛЕКФАСТАМашина опорных векторовНЕТ2014[24]
FEELncВсеNAFEELncFASTA / GTFСлучайный лесДА2017[25]
PhyloCSFПозвоночные / Муха / Комары / Дрожжи / ЧервьNAФАСТАФилогенетическая модель кодонаДА2011[26]
ПЛИТРастениеNAФАСТАЛАССО / Случайный лесДА2018[27]
РНКплонРастениеNAФАСТАREPTreeДА2018[28]
PLncPROРастение / ЖивотноеNAФАСТАСлучайный лесДА2017[29]
CREMAРастение / ЖивотноеNAФАСТААнсамблевый подходДА2018[30]
SlnckyВсеNASlnckyФАСТА / КРОВАТЬЭволюционное сохранениеДА2016[31]

Перевод

Было много споров о том, были ли lncRNA неправильно аннотированы и действительно ли кодируют белки. Было обнаружено, что несколько днРНК фактически кодируют пептиды с биологически значимой функцией.[32][33][34] Исследования профилей рибосом показали, что от 40% до 90% аннотированных днРНК действительно транслируются,[35][36] хотя есть разногласия по поводу правильного метода анализа данных профилирования рибосом.[37] Кроме того, считается, что многие пептиды, продуцируемые днРНК, могут быть крайне нестабильными и не иметь биологической функции.[36]

Сохранение

Первоначальные исследования консервативности днРНК отметили, что как класс они были обогащены консервативными элементами последовательности,[38] исчерпаны коэффициенты замещения и вставки / удаления[39] и обеднен редкими частотными вариантами,[40] указывает на очищающий отбор, поддерживающий функцию днРНК. Однако дальнейшие исследования lncRNAs позвоночных показали, что хотя lncRNA консервативны в последовательности, они не консервативны при транскрипции.[41][42][7] Другими словами, даже если последовательность днРНК человека сохраняется у другого вида позвоночных, транскрипция днРНК в организме часто отсутствует. ортологичный геномная область. Некоторые утверждают, что эти наблюдения предполагают нефункциональность большинства днРНК,[43][44][45] в то время как другие утверждают, что они могут указывать на быстрый видоспецифический адаптивный отбор.[46]

Хотя оборот транскрипции днРНК намного выше, чем ожидалось изначально, важно отметить, что все же сотни днРНК сохраняются на уровне последовательности. Было предпринято несколько попыток очертить различные категории селективных сигнатур, наблюдаемых среди днРНК, включая: днРНК с сильной консервативностью последовательности по всей длине гена, днРНК, в которых только часть транскрипта (например, 5 ′ конец, сайты сращивания ) является консервативным, а днРНК, которые транскрибируются с синтенический области генома, но не имеют распознаваемого сходства последовательностей.[47][48][49] Кроме того, были попытки идентифицировать консервативные вторичные структуры в lncRNAs, хотя эти исследования в настоящее время уступили место противоречивым результатам.[50][51]

Функции

Крупномасштабное секвенирование кДНК библиотеки и, в последнее время, транскриптомное секвенирование секвенирование следующего поколения указывают на то, что количество длинных некодирующих РНК у млекопитающих составляет порядка десятков тысяч. Однако, несмотря на накопление доказательств того, что большинство из них, вероятно, функционируют,[52][53] только относительно небольшая часть была продемонстрирована как биологически значимая. По состоянию на январь 2016 г., 294 LncRNA были функционально аннотированы в LncRNAdb (база данных литературы, описывающая LncRNA),[54][55] при этом большинство из них (183 LncRNA) описано у людей. По состоянию на июнь 2018 года в общей сложности 1867 человеческих днРНК, которые с экспериментальными доказательствами были отобраны сообществом в LncRNAWiki (основанная на вики, общедоступная и открытая платформа для общественного курирования человеческих днРНК)[56] в отношении функциональных механизмов и ассоциаций болезней, к которым также можно получить доступ в LncBook.[15] Согласно описанию функциональных механизмов днРНК, основанному на литературных источниках, днРНК широко сообщается об участии в регуляции транскрипции.[15] Дальнейшее крупномасштабное исследование секвенирования предоставляет доказательства того, что многие транскрипты, которые считаются днРНК, на самом деле могут транслироваться в белки.[57]

В регуляции транскрипции генов

В ген-специфической транскрипции

У эукариот транскрипция РНК - это строго регулируемый процесс. NcRNA могут быть нацелены на различные аспекты этого процесса, нацеленные на активаторы или репрессоры транскрипции, различные компоненты реакции транскрипции, включая РНК-полимераза (РНКП) II и даже дуплекс ДНК для регулирования транскрипции и экспрессии генов.[58] В комбинации эти нкРНК могут составлять регуляторную сеть, которая, включая факторы транскрипции, тонко контролирует экспрессию генов в сложных эукариотах.

NcRNA модулируют функцию факторов транскрипции с помощью нескольких различных механизмов, включая функционирование самих себя в качестве ко-регуляторов, изменение активности факторов транскрипции или регулирование ассоциации и активности ко-регуляторов. Например, нкРНК Evf-2 действует как коактиватор для фактора транскрипции гомеобокса. Dlx2, который играет важную роль в развитии переднего мозга и нейрогенезе.[59][60] Соник ежик индуцирует транскрипцию Evf-2 из ультраконсервативный элемент расположен между Dlx5 и Dlx6 гены во время развития переднего мозга.[59] Evf-2 затем рекрутирует фактор транскрипции Dlx2 в тот же ультраконсервативный элемент, посредством чего Dlx2 впоследствии индуцирует экспрессию Dlx5. Существование других подобных ультраконсервативных или высококонсервативных элементов в геноме млекопитающих, которые транскрибируются и выполняют функции энхансеров, предполагает, что Evf-2 может быть иллюстрацией обобщенного механизма, который жестко регулирует важные гены развития со сложными паттернами экспрессии во время роста позвоночных.[61][62] Действительно, было показано, что транскрипция и экспрессия подобных некодирующих ультраконсервативных элементов являются аномальными при лейкемии человека и вносят вклад в апоптоз в клетках рака толстой кишки, предполагая их участие в онкогенезе.[63][64]

Локальные нкРНК также могут привлекать транскрипционные программы для регулирования экспрессии соседних генов, кодирующих белок. Например, дивергентные днРНК, которые транскрибируются в направлении, противоположном близлежащим генам, кодирующим белок (составляют значительную долю ~ 20% от общего числа днРНК в геномах млекопитающих), возможно, регулируют транскрипцию соседних соседних важных регуляторных генов развития в плюрипотентных клетках.[65]

РНК-связывающий белок TLS связывает и ингибирует CREB-связывающий белок и p300 гистоновая ацетилтрансфереазная активность в отношении репрессированного гена-мишени, циклина D1. Привлечение TLS к промотору циклина D1 направляется длинными нкРНК, экспрессируемыми на низких уровнях и привязанными к 5 ’регуляторным областям в ответ на сигналы повреждения ДНК.[66] Более того, эти локальные нкРНК действуют совместно как лиганды, чтобы модулировать активность TLS. В широком смысле этот механизм позволяет клетке использовать РНК-связывающие белки, которые составляют один из крупнейших классов протеома млекопитающих, и интегрировать их функцию в программы транскрипции. Было показано, что возникающие длинные нкРНК увеличивают активность связывающего белка CREB, что, в свою очередь, увеличивает транскрипцию этой нкРНК.[67] Недавнее исследование показало, что днРНК в антисмысловом направлении аполипопротеина A1 (APOA1) регулирует транскрипцию APOA1 посредством эпигенетических модификаций.[68]

Недавние доказательства подняли возможность того, что транскрипция генов, которые избегают X-инактивации, может быть опосредована экспрессией длинной некодирующей РНК в убегающих хромосомных доменах.[69]

Регулирование базального аппарата транскрипции

NcRNAs также нацелены на общие факторы транскрипции, необходимые для RNAP II транскрипция всех генов.[58] Эти общие факторы включают компоненты комплекса инициации, которые собираются на промоторах или участвуют в удлинении транскрипции. НкРНК, транскрибируемая с вышестоящего минорного промотора дигидрофолатредуктаза (DHFR) ген образует стабильный триплекс РНК-ДНК внутри главного промотора DHFR, чтобы предотвратить связывание транскрипционного кофактора. TFIIB.[70] Этот новый механизм регуляции экспрессии генов может фактически представлять собой широко распространенный метод контроля использования промоторов, учитывая, что в хромосоме эукариот существуют тысячи таких триплексов.[71] НкРНК U1 может индуцировать инициацию транскрипции путем специфического связывания и стимуляции TFIIH фосфорилировать C-концевой домен RNAP II.[72] В отличие от ncRNA 7SK, она способна подавлять элонгацию транскрипции, в сочетании с HEXIM1 /2, образуя неактивный комплекс, препятствующий PTEFb общий фактор транскрипции от фосфорилирования C-концевого домена RNAP II,[72][73][74] тем самым подавляя глобальное удлинение в стрессовых условиях. Эти примеры, которые обходят специфические способы регуляции на отдельных промоторах, чтобы опосредовать изменения непосредственно на уровне инициации и удлинения транскрипционного аппарата, предоставляют средства быстрого воздействия на глобальные изменения в экспрессии генов.

Способность быстро опосредовать глобальные изменения также проявляется в быстрой экспрессии некодирующих повторяющихся последовательностей. Короткая вкрапленная ядерная (СИНУС ) Элементы Alu у человека и аналогичные элементы B1 и B2 у мышей преуспели в том, что они стали наиболее распространенными мобильными элементами в геномах, составляя ~ 10% генома человека и ~ 6% генома мыши, соответственно.[75][76] Эти элементы транскрибируются как нкРНК RNAP III в ответ на воздействие окружающей среды, например, тепловой шок,[77] где они затем связываются с РНКП II с высоким сродством и предотвращают образование активных комплексов до инициации.[78][79][80][81] Это обеспечивает широкое и быстрое подавление экспрессии генов в ответ на стресс.[78][81]

Анализ функциональных последовательностей в транскриптах Alu РНК построил модульную структуру, аналогичную организации доменов в факторах транскрипции белков.[82] РНК Alu содержит два «плеча», каждое из которых может связывать одну молекулу РНКП II, а также два регуляторных домена, которые отвечают за репрессию транскрипции РНКП II in vitro.[81] Эти два слабо структурированных домена могут даже быть сцеплены с другими нкРНК, такими как элементы B1, чтобы придать им репрессивную роль.[81] Обилие и распределение элементов Alu и подобных повторяющихся элементов по всему геному млекопитающих может быть частично связано с тем, что эти функциональные домены кооптировались в другие длинные нкРНК во время эволюции, при этом наличие доменов функциональных повторяющихся последовательностей является общей характеристикой нескольких известных длинных нкРНК. нкРНК, включая Kcnq1ot1, Xlsirt и Xist.[83][84][85][86]

В добавление к тепловой удар, выражение СИНУС элементов (включая РНК Alu, B1 и B2) увеличивается во время клеточного стресса, такого как вирусная инфекция[87] в некоторых раковых клетках[88] где они могут аналогичным образом регулировать глобальные изменения экспрессии генов. Способность Alu и B2 РНК напрямую связываться с RNAP II обеспечивает широкий механизм репрессии транскрипции.[79][81] Тем не менее, существуют определенные исключения из этого глобального ответа, когда Alu или B2 РНК не обнаруживаются на активированных промоторах генов, подвергающихся индукции, таких как гены теплового шока.[81] Эта дополнительная иерархия регуляции, которая освобождает отдельные гены от генерализованной репрессии, также включает длинную нкРНК, РНК-1 теплового шока (HSR-1). Утверждалось, что HSR-1 присутствует в клетках млекопитающих в неактивном состоянии, но при стрессе активируется, чтобы вызвать экспрессию генов теплового шока.[89] Авт. Обнаружили, что эта активация включает конформационные изменения в структуре HSR-1 в ответ на повышение температуры, тем самым позволяя его взаимодействие с активатором транскрипции HSF-1, который впоследствии подвергается тримеризации и индуцирует экспрессию генов теплового шока.[89] В широком смысле эти примеры иллюстрируют регуляторную цепь, вложенную в нкРНК, посредством чего РНК Alu или B2 репрессируют экспрессию общих генов, тогда как другие нкРНК активируют экспрессию конкретных генов.

Транскрибируется РНК-полимеразой III

Многие из нкРНК, которые взаимодействуют с общими факторами транскрипции или самой RNAP II (включая 7SK, Alu и B1 и B2 РНК), транскрибируются с помощью RNAP III,[90] тем самым разъединяя экспрессию этих ncRNAs из транскрипционной реакции RNAP II, которую они регулируют. RNAP III также транскрибирует ряд дополнительных новых нкРНК, таких как BC2, BC200 и некоторые микроРНК и мяРНК, в дополнение к высоко экспрессируемым инфраструктурным генам нкРНК «домашнего хозяйства», таким как тРНК, 5S рРНК и мяРНК.[90] Существование RNAP III-зависимого транскриптома нкРНК, который регулирует его зависимый от RNAP II аналог, было подтверждено недавним исследованием, в котором описан новый набор нкРНК, транскрибируемых RNAP III с последовательностью, гомологичной генам, кодирующим белок. Это побудило авторов постулировать функциональную регуляторную сеть «коген / ген»,[91] показывая, что одна из этих нкРНК, 21A, регулирует экспрессию своего антисмыслового гена-партнера, CENP-F в пер.

В посттранскрипционной регуляции

Помимо регуляции транскрипции, нкРНК также контролируют различные аспекты посттранскрипционного процессинга мРНК. Подобно малым регуляторным РНК, таким как микроРНК и мяРНК, эти функции часто включают комплементарное спаривание оснований с целевой мРНК. Образование дуплексов РНК между комплементарной нкРНК и мРНК может маскировать ключевые элементы внутри мРНК, необходимые для связывания транс-действующих факторов, потенциально влияя на любой этап посттранскрипционной экспрессии генов, включая процессинг пре-мРНК и сплайсинг, транспорт, трансляцию и деградацию.[92]

В сращивании

В сращивание мРНК может вызывать ее трансляцию и функционально разнообразить репертуар белков, которые она кодирует. В Зеб2 мРНК, которая имеет особенно длинный 5’UTR, требует сохранения интрона 5’UTR, который содержит внутренний сайт входа в рибосому для эффективной трансляции.[93] Однако удержание интрона зависит от экспрессии антисмыслового транскрипта, который дополняет интронный 5 ’сайт сплайсинга.[93] Следовательно, эктопическая экспрессия антисмыслового транскрипта подавляет сплайсинг и индуцирует трансляцию мРНК Zeb2 во время мезенхимального развития. Подобным образом экспрессия перекрывающегося антисмыслового транскрипта Rev-ErbAa2 контролирует альтернативный сплайсинг мРНК рецептора тироидного гормона ErbAa2 с образованием двух антагонистических изоформ.[94]

В переводе

NcRNA может также оказывать дополнительное регуляторное давление во время перевод, свойство, особенно используемое в нейронах, где дендритная или аксональная трансляция мРНК в ответ на синаптическую активность вносит вклад в изменения синаптической пластичности и ремоделирование нейронных сетей. РНКП III транскрибирует нкРНК BC1 и BC200, которые ранее происходили из тРНК, экспрессируются в центральной нервной системе мыши и человека, соответственно.[95][96] Экспрессия BC1 индуцируется в ответ на синаптическую активность и синаптогенез и специфически нацелена на дендриты в нейронах.[97] Комплементарность последовательностей между BC1 и регионами различных нейрон-специфичных мРНК также предполагает роль BC1 в направленной репрессии трансляции.[98] Действительно, недавно было показано, что BC1 связан с репрессией трансляции в дендритах, чтобы контролировать эффективность дофамина. D2 рецептор-опосредованная передача в полосатое тело[99] и мыши с удаленной РНК BC1 демонстрируют изменения в поведении с пониженным исследованием и повышенным беспокойством.[100]

В siRNA-направленной регуляции генов

Помимо маскировки ключевых элементов в одноцепочечной РНК, образование дуплексов двухцепочечной РНК может также обеспечивать субстрат для генерации эндогенных миРНК (эндо-миРНК) в ооцитах дрозофилы и мыши.[101] Отжиг комплементарных последовательностей, таких как антисмысловые или повторяющиеся области между транскриптами, образует дуплекс РНК, который может быть обработан Dicer-2 в эндо-миРНК. Кроме того, длинные нкРНК, которые образуют протяженные внутримолекулярные шпильки, могут быть процессированы в миРНК, что убедительно иллюстрируют транскрипты esi-1 и esi-2.[102] Эндо-миРНК, генерируемые из этих транскриптов, кажутся особенно полезными для подавления распространения мобильных транспозонных элементов в геноме зародышевой линии. Однако создание эндо-миРНК из антисмысловых транскриптов или псевдогены могут также заглушить экспрессию своих функциональных аналогов через эффекторные комплексы RISC, действуя как важный узел, который интегрирует различные способы регуляции длинной и короткой РНК, как показано на примере Xist и Tsix (см. выше).[103]

В эпигенетической регуляции

Эпигенетические модификации, включая метилирование гистонов и ДНК, ацетилирование и сумоилирование гистонов, влияют на многие аспекты биологии хромосом, в первую очередь включая регуляцию большого количества генов путем ремоделирования широких доменов хроматина.[104][105] Хотя уже давно известно, что РНК является неотъемлемым компонентом хроматина,[106][107] только недавно мы начали понимать, каким образом РНК участвует в путях модификации хроматина.[108][109][110] Например, Oplr16 эпигенетически индуцирует активацию стволовая клетка основные факторы путем координации внутрихромосомных зацикливание и набор ДНК-деметилаза TET2.[111]

У дрозофилы длинные нкРНК индуцируют экспрессию гомеотического гена Ubx, рекрутируя и направляя модифицирующие хроматин функции белка триторакса Ash1 на Hox регуляторные элементы.[110] Сходные модели были предложены для млекопитающих, где, как полагают, сильные эпигенетические механизмы лежат в основе эмбриональных профилей экспрессии Hox-генов, которые сохраняются на протяжении всего человеческого развития.[112][109] Действительно, гены Hox человека связаны с сотнями нкРНК, которые последовательно экспрессируются как по пространственной, так и по временной оси развития человека и определяют хроматиновые домены дифференциального метилирования гистонов и доступности РНК-полимеразы.[109] Одна нкРНК, названная HOTAIR, которая происходит из локуса HOXC, репрессирует транскрипцию в 40 kb локуса HOXD, изменяя состояние триметилирования хроматина. Считается, что HOTAIR достигает этого, управляя действием комплексов ремоделирования хроматина Polycomb в транс, чтобы управлять эпигенетическим состоянием клеток и последующей экспрессией генов. Компоненты комплекса Polycomb, включая Suz12, EZH2 и EED, содержат домены связывания РНК, которые потенциально могут связывать HOTAIR и, возможно, другие подобные нкРНК.[113][114] Этот пример хорошо иллюстрирует более широкую тему, посредством которой нкРНК задействуют функцию общего набора белков, модифицирующих хроматин, для конкретных локусов генома, подчеркивая сложность недавно опубликованных геномных карт.[105] В самом деле, преобладание длинных ncRNAs, связанных с генами, кодирующими белок, может вносить вклад в локализованные паттерны модификаций хроматина, которые регулируют экспрессию генов во время развития. Например, у большинства генов, кодирующих белок, есть антисмысловые партнеры, в том числе многие гены-супрессоры опухолей, которые при раке часто подавляются эпигенетическими механизмами.[115] Недавнее исследование обнаружило обратный профиль экспрессии гена p15 и антисмысловой нкРНК при лейкемии.[115] Детальный анализ показал антисмысловую нкРНК p15 (CDKN2BAS ) был способен вызывать изменения в гетерохроматине и статусе метилирования ДНК p15 с помощью неизвестного механизма, тем самым регулируя экспрессию p15.[115] Следовательно, неправильная экспрессия связанных антисмысловых нкРНК может впоследствии заставить замолчать ген-супрессор опухоли, способствующий развитию рака.

Печать

Многие возникающие темы модификации хроматина, направляемой нкРНК, были впервые обнаружены в рамках феномена печать, при этом только один аллель гена экспрессируется либо из материнской, либо из отцовской хромосомы. В общем, импринтированные гены сгруппированы вместе на хромосомах, предполагая, что механизм импринтинга действует на локальные хромосомные домены, а не на отдельные гены. Эти кластеры также часто связаны с длинными нкРНК, экспрессия которых коррелирует с репрессией связанного гена, кодирующего белок, на том же аллеле.[116] В самом деле, подробный анализ выявил критическую роль ncRNAs Kcnqot1 и Igf2r / Air в управлении импринтингом.[117]

Почти все гены в локусах Kcnq1 наследуются по материнской линии, за исключением отцовской экспрессируемой антисмысловой нкРНК Kcnqot1.[118] Трансгенные мыши с укороченным Kcnq1ot не способны заставить замолчать соседние гены, это указывает на то, что Kcnqot1 является критическим для импринтинга генов на отцовской хромосоме.[119] Похоже, что Kcnqot1 способен управлять триметилированием лизина 9 (H3K9me3) и 27 гистона 3 (H3K27me3 ) к импринтирующему центру, который перекрывает промотор Kcnqot1 и фактически находится внутри смыслового экзона Kcnq1.[120] Подобно HOTAIR (см. Выше), комплексы Eed-Ezh2 Polycomb рекрутируются в отцовскую хромосому локусов Kcnq1, возможно, с помощью Kcnqot1, где они могут обеспечивать сайленсинг генов посредством репрессивного метилирования гистонов.[120] Дифференциально метилированный центр импринтинга также перекрывает промотор длинной антисмысловой нкРНК Air, которая отвечает за сайленсинг соседних генов в локусе Igf2r на отцовской хромосоме.[121][122] Присутствие аллель-специфичного метилирования гистонов в локусе Igf2r предполагает, что Air также обеспечивает молчание посредством модификации хроматина.[123]

Инактивация Xist и X-хромосомы

Инактивация Х-хромосомы у самок плацентарных млекопитающих направляется одной из самых ранних и наиболее хорошо охарактеризованных длинных нкРНК, Xist.[124] Экспрессия Xist из будущей неактивной Х-хромосомы и последующее покрытие им неактивной Х-хромосомы происходит во время ранней дифференцировки эмбриональных стволовых клеток. Экспрессия Xist сопровождается необратимыми слоями модификаций хроматина, которые включают потерю ацетилирования гистона (H3K9) и метилирования H3K4, которые связаны с активным хроматином, и индукция репрессивных модификаций хроматина включая гипоацетилирование H4, триметилирование H3K27,[124] Гиперметилирование H3K9 и монометилирование H4K20, а также моноубиквитилирование H2AK119. Эти модификации совпадают с подавлением транскрипции X-сцепленных генов.[125] Xist РНК также локализует гистоновый вариант macroH2A на неактивной Х-хромосоме.[126] Существуют дополнительные нкРНК, которые также присутствуют в локусах Xist, в том числе антисмысловой транскрипт Tsix, который экспрессируется из будущей активной хромосомы и способен подавлять экспрессию Xist путем генерации эндогенной миРНК.[103] Вместе эти нкРНК обеспечивают активность только одной Х-хромосомы у самок млекопитающих.

Теломерные некодирующие РНК

Теломеры образуют концевую область хромосом млекопитающих и необходимы для стабильности и старения, а также играют центральную роль в таких заболеваниях, как рак.[127] Теломеры долгое время считались транскрипционно инертными комплексами ДНК-белок, пока в конце 2000-х не было показано, что теломерные повторы могут транскрибироваться как теломерные РНК (TelRNA).[128] или же РНК, содержащие теломерные повторы.[129] Эти нкРНК неоднородны по длине, транскрибируются с нескольких субтеломерных локусов и физически локализуются в теломерах. Их ассоциация с хроматином, которая предполагает участие в регуляции специфичных для теломер модификаций гетерохроматина, подавляется белками SMG, которые защищают концы хромосом от потери теломер.[129] Кроме того, TelRNA блокируют активность теломеразы in vitro и, следовательно, могут регулировать активность теломеразы.[128] Хотя эти ранние исследования предполагают участие теломерных ncRNAs в различных аспектах биологии теломер.

В регуляции времени репликации ДНК и стабильности хромосом

Асинхронно реплицирующиеся аутосомные РНК (ASAR) - это очень длинные (~ 200 килобайт) некодирующие РНК, которые не подвергаются сплайсингу, не полиаденилированы и необходимы для нормального времени репликации ДНК и стабильности хромосом.[130][131][132] Делеция любого из генетических локусов, содержащих ASAR6, ASAR15 или ASAR6-141, приводит к такому же фенотипу отсроченного времени репликации и отсроченной митотической конденсации (DRT / DMC) всей хромосомы. DRT / DMC приводит к ошибкам сегрегации хромосом, которые приводят к увеличению частоты вторичных перестроек и нестабильности хромосомы. Подобно Xist, ASAR демонстрируют случайную моноаллельную экспрессию и существуют в доменах асинхронной репликации ДНК. Хотя механизм функции ASAR все еще исследуется, предполагается, что они работают с помощью механизмов, аналогичных Xist lncRNA, но на меньших аутосомных доменах, что приводит к аллель-специфическим изменениям в экспрессии генов.

При старении и болезнях

Недавнее признание того, что длинные нкРНК функционируют в различных аспектах клеточной биологии, привлекло повышенное внимание к их способности вносить вклад в этиологию заболевания. Более 80% (1502 из 1867 днРНК в LncBook ) экспериментально изученные днРНК, как сообщается, связаны с 462 заболеваниями и 28 терминами болезни MeSH, а 97 998 днРНК потенциально связаны с заболеваниями на основе данных multi-omics.[15] Несколько исследований показали, что длинные нкРНК участвуют в различных болезненных состояниях и поддерживают участие и сотрудничество при неврологических заболеваниях и раке.

Первое опубликованное сообщение об изменении количества днРНК при старении и неврологических заболеваниях человека было предоставлено Lukiw et al.[133] в исследовании с использованием коротких посмертных интервалов при болезни Альцгеймера и тканях, не связанных с деменцией Альцгеймера (НАД); эта ранняя работа была основана на предварительной идентификации специфичного для мозга приматов цитоплазматического транскрипта семейства Alu-повторов Уотсоном и Сатклиффом в 1987 году, известного как BC200 (мозг, цитоплазматический, 200 нуклеотидов).[134]

Длинные некодирующие РНК влияют на ключевые факторы биологии иммунных клеток, такие как NOTCH, PAX5, MYC и EZH2, и, таким образом, регулируют адаптивный и врожденный иммунитет.[135] LncRNA модулируют активацию лимфоцитов (NRON, NKILA, BCALM, GAS5, PVT1), регулируя пути, такие как NFAT, NFκB, MYC, интерферон и передачу сигналов TCR / BCR, а также эффекторные функции клеток (IFNG-AS1, TH2-LCR). Это также имеет значение для аутоиммунных заболеваний (рассеянный склероз, воспалительное заболевание кишечника, ревматоидный артрит) и биологии Т / В-клеточных лейкозов и лимфом (CLL, MCL, DLBCL, T-ALL).[135]

Хотя многие исследования ассоциации выявили необычную экспрессию длинных нкРНК при болезненных состояниях, мало известно об их роли в возникновении болезни. Анализ экспрессии, сравнивающий опухолевые клетки и нормальные клетки, выявил изменения в экспрессии нкРНК при нескольких формах рака. Например, при опухолях простаты PCGEM1 (одна из двух сверхэкспрессируемых нкРНК) коррелирует с повышенной пролиферацией и образованием колоний, что предполагает участие в регуляции роста клеток.[136] МАЛАТ1 (также известный как NEAT2) был первоначально идентифицирован как широко экспрессируемая нкРНК, которая активируется во время метастазирования немелкоклеточного рака легкого на ранней стадии, и ее сверхэкспрессия является ранним прогностическим маркером низкой выживаемости пациентов.[136] Совсем недавно было обнаружено, что высококонсервативный мышиный гомолог MALAT1 высоко экспрессируется при гепатоцеллюлярной карциноме.[137] Сообщалось также об интронных антисмысловых нкРНК, экспрессия которых коррелировала со степенью дифференцировки опухоли в образцах рака простаты.[138] Несмотря на то, что ряд длинных нкРНК имеет аберрантную экспрессию при раке, их функция и потенциальная роль в опухолеобразовании относительно неизвестны. Например, нкРНК HIS-1 и BIC участвуют в развитии рака и контроле роста, но их функция в нормальных клетках неизвестна.[139][140] Помимо рака, нкРНК также проявляют аберрантную экспрессию при других болезненных состояниях. Сверхэкспрессия PRINS связана с восприимчивостью к псориазу, причем экспрессия PRINS повышена в не вовлеченном эпидермисе псориатических пациентов по сравнению как с псориатическими поражениями, так и со здоровым эпидермисом.[141]

Полногеномное профилирование выявило, что многие транскрибируемые некодирующие ультраконсервативные области демонстрируют различные профили при различных состояниях рака человека.[64] Анализ хронического лимфолейкоза, колоректальной карциномы и гепатоцеллюлярной карциномы показал, что все три вида рака демонстрируют аберрантные профили экспрессии ультраконсервированных нкРНК по сравнению с нормальными клетками. Дальнейший анализ одной ультраконсервативной нкРНК показал, что она вела себя как онкоген, уменьшая апоптоз и впоследствии увеличивая количество злокачественных клеток при колоректальном раке.[64] Многие из этих транскрибированных ультраконсервативных сайтов, которые проявляют различные сигнатуры при раке, обнаруживаются в хрупких сайтах и ​​областях генома, связанных с раком. Кажется вероятным, что аберрантная экспрессия этих ультраконсервативных нкРНК в злокачественных процессах является результатом важных функций, которые они выполняют в нормальном развитии человека.

Недавно ряд ассоциативных исследований, изучающих однонуклеотидные полиморфизмы (SNP), связанные с болезненными состояниями, были сопоставлены с длинными нкРНК. Например, SNP, которые идентифицировали локус восприимчивости к инфаркту миокарда, сопоставлены с длинной нкРНК, MIAT (транскрипт, связанный с инфарктом миокарда).[142] Аналогичным образом, полногеномные ассоциативные исследования выявили область, связанную с заболеванием коронарной артерии.[143] который включает длинную нкРНК, АНРИЛ.[144] ANRIL экспрессируется в тканях и типах клеток, пораженных атеросклерозом.[145][146] и его измененная экспрессия связана с гаплотипом высокого риска ишемической болезни сердца.[146][147]

Сложность транскриптома и наше развивающееся понимание его структуры могут дать новую интерпретацию функциональной основы многих естественных полиморфизмов, связанных с болезненными состояниями. Многие SNP, ассоциированные с определенными болезненными состояниями, обнаруживаются в некодирующих областях, и сложные сети некодирующей транскрипции в этих областях делают особенно трудным выяснение функциональных эффектов полиморфизмов. Например, SNP как в усеченной форме ZFAT, так и в промоторе антисмыслового транскрипта увеличивает экспрессию ZFAT не за счет увеличения стабильности мРНК, а за счет подавления экспрессии антисмыслового транскрипта.[148]

Способность длинных нкРНК регулировать ассоциированные гены, кодирующие белок, может вносить вклад в заболевание, если неправильная экспрессия длинной нкРНК нарушает регуляцию гена, кодирующего белок, имеющего клиническое значение. Аналогичным образом антисмысловая длинная нкРНК, которая регулирует экспрессию смыслового гена BACE1, критического фермента в этиологии болезни Альцгеймера, демонстрирует повышенную экспрессию в нескольких областях мозга у людей с болезнью Альцгеймера.[149] Изменение экспрессии нкРНК может также опосредовать изменения на эпигенетическом уровне, влиять на экспрессию генов и вносить вклад в этиологию заболевания. Например, индукция антисмыслового транскрипта генетической мутацией привела к метилированию ДНК и замалчиванию смысловых генов, вызывая у пациента бета-талассемию.[150]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ Перкель Дж. М. (июнь 2013 г.). «В гостях» некодарня"". Биотехнологии (бумага). 54 (6): 301, 303–4. Дои:10.2144/000114037. PMID  23750541. «Мы называем длинные некодирующие РНК классом, хотя на самом деле единственным определением является то, что они длиннее 200 п.н.», - говорит Ана Маркес, научный сотрудник Оксфордского университета, которая использует эволюционные подходы для понимания функции днРНК.
  2. ^ Ма Л., Баджик В.Б., Чжан З. (июнь 2013 г.). «О классификации длинных некодирующих РНК». РНК Биология. 10 (6): 925–933. Дои:10.4161 / rna.24604. ЧВК  4111732. PMID  23696037.
  3. ^ Джулия Д. Рансохофф, Юнинг Вэй и Пол А. Хавари (2018). «Функции и уникальные особенности длинной межгенной некодирующей РНК». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 19 (3): 143–157 (2018). Дои:10.1038 / nrm.2017.104. ЧВК  5889127. PMID  29138516.
  4. ^ а б Капранов П., Ченг Дж., Дике С., Никс Д.А., Дуттагупта Р., Виллингем А.Т., Штадлер П.Ф., Хертель Дж., Хакермюллер Дж., Хофакер И.Л., Белл I, Чунг Е., Дренков Дж., Дюмейс Е., Патель С., Хелт Дж., Ганеш М. , Ghosh S, Piccolboni A, Sementchenko V, Tammana H, Gingeras TR (июнь 2007 г.). «Карты РНК раскрывают новые классы РНК и возможную функцию всеобъемлющей транскрипции». Наука. 316 (5830): 1484–1488. Bibcode:2007Наука ... 316.1484K. Дои:10.1126 / science.1138341. PMID  17510325.
  5. ^ а б c d Карнинчи П., Касукава Т., Катаяма С., Гоф Дж., Фрит М.К., Маеда Н. и др. (Сентябрь 2005 г.). «Транскрипционный ландшафт генома млекопитающих». Наука. 309 (5740): 1559–1563. Bibcode:2005Наука ... 309.1559F. Дои:10.1126 / science.1112014. PMID  16141072.
  6. ^ Cheng J, Kapranov P, Drenkow J, Dike S, Brubaker S, Patel S, Long J, Stern D, Tammana H, Helt G, Sementchenko V, Piccolboni A, Bekiranov S, Bailey DK, Ganesh M, Ghosh S, Bell I , Герхард Д.С., Гингерас Т.Р. (май 2005 г.). «Транскрипционные карты 10 хромосом человека с разрешением 5 нуклеотидов». Наука. 308 (5725): 1149–1154. Bibcode:2005Наука ... 308.1149C. Дои:10.1126 / science.1108625. PMID  15790807.
  7. ^ а б Necsulea A, Soumillon M, Warnefors M, Liechti A, Daish T, Zeller U, Baker JC, Grützner F, Kaessmann H (январь 2014 г.). «Эволюция репертуаров днРНК и паттернов экспрессии у четвероногих». Природа. 505 (7485): 635–640. Bibcode:2014Натура.505..635N. Дои:10.1038 / природа12943. PMID  24463510.
  8. ^ а б c Дерриен Т., Джонсон Р., Буссотти Дж., Танцер А., Джебали С., Тилгнер Х, Гернек Дж., Мартин Д., Меркель А., Ноулз Д. Г., Лагард Дж., Вееравалли Л., Руан Х, Руан И., Лассманн Т., Карнинчи П., Браун Дж. Б. , Липович Л., Гонсалес Дж. М., Томас М., Дэвис К. А., Шихаттар Р., Гингерас Т. Р., Хаббард Т. Дж., Нотредейм С., Харроу Дж., Гиго Р. (сентябрь 2012 г.). "Каталог длинных некодирующих РНК человека GENCODE v7: анализ их генной структуры, эволюции и экспрессии". Геномные исследования. 22 (9): 1775–1789. Дои:10.1101 / гр.132159.111. ЧВК  3431493. PMID  22955988.
  9. ^ Hon CC, Ramilowski JA, Harshbarger J, Bertin N, Rackham OJ, Gough J, Denisenko E, Schmeier S, Poulsen TM, Severin J, Lizio M, Kawaji H, Kasukawa T., Itoh M, Burroughs AM, Noma S, Djebali S , Алам Т., Медведева Ю.А., Теста А.С., Липович Л., Ип К.В., Абугессайса И., Мендез М., Хасегава А., Тан Д., Лассманн Т., Хойтинк П., Бабина М., Уэллс Калифорния, Кодзима С., Накамура Ю., Судзуки Х, Дауб Колорадо, де Хун М.Дж., Арнер Э., Хаяшизаки Ю., Карнинчи П., Форрест А.Р. (март 2017 г.). «Атлас длинных некодирующих РНК человека с точными 5'-концами». Природа. 543 (7644): 199–204. Bibcode:2017Натура.543..199H. Дои:10.1038 / природа21374. ЧВК  6857182. PMID  28241135.
  10. ^ а б Кабили М.Н., Трапнелл С., Гофф Л., Козиол М., Тазон-Вега Б., Регев А., Ринн Д.Л. (сентябрь 2011 г.). «Интегративная аннотация больших межгенных некодирующих РНК человека раскрывает глобальные свойства и специфические подклассы». Гены и развитие. 25 (18): 1915–1927. Дои:10.1101 / gad.17446611. ЧВК  3185964. PMID  21890647.
  11. ^ Раваси Т., Сузуки Х, Пан К.С., Катаяма С., Фуруно М., Окуниши Р., Фукуда С., Ру К., Фрит М.С., Гонгора М.М., Гриммонд С.М., Хьюм Д.А., Хаяшизаки Ю., Маттик Дж. С. (январь 2006 г.). «Экспериментальная проверка регулируемой экспрессии большого количества некодирующих РНК из генома мыши». Геномные исследования. 16 (1): 11–19. Дои:10.1101 / гр.4200206. ЧВК  1356124. PMID  16344565.
  12. ^ Юнусов Д., Андерсон Л., ДаСильва Л. Ф., Высоцка Дж., Эзаши Т., Робертс Р. М., Верёвски-Алмейда С. (сентябрь 2016 г.). «HIPSTR и тысячи днРНК гетерогенно экспрессируются в человеческих эмбрионах, первичных половых клетках и стабильных клеточных линиях». Научные отчеты. 6: 32753. Bibcode:2016НатСР ... 632753Y. Дои:10.1038 / srep32753. ЧВК  5015059. PMID  27605307.
  13. ^ Ян Л., Ян М, Го Х, Ян Л., Ву Дж, Ли Р, Лю П, Лиан И, Чжэн Х, Янь Дж, Хуанг Дж, Ли М, Ву Х, Вэнь Л., Лао К, Ли Р, Цяо Дж. , Тан Ф (сентябрь 2013 г.). "Одноклеточная РНК-Seq профилирование доимплантационных эмбрионов человека и эмбриональных стволовых клеток". Структурная и молекулярная биология природы. 20 (9): 1131–1139. Дои:10.1038 / nsmb.2660. PMID  23934149.
  14. ^ Лю С.Дж., Новаковски Т.Дж., Пыльца А.А., Луи Дж.Х., Хорлбек М.А., Аттенелло Ф.Дж., Хе Д., Вайсман Д.С., Кригштейн А.Р., Диас А.А., Лим Д.А. (апрель 2016 г.). «Одноклеточный анализ длинных некодирующих РНК в развивающемся неокортексе человека». Геномная биология. 17: 67. Дои:10.1186 / s13059-016-0932-1. ЧВК  4831157. PMID  27081004.
  15. ^ а б c d Ма Л., Цао Дж., Лю Л., Ду Цюй, Ли З., Цзоу Д., Баджик В. Б. и Чжан З. (январь 2019 г.). «LncBook: тщательно подобранная база знаний о длинных некодирующих РНК человека». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (Проблема с базой данных): D128 – D134. Дои:10.1093 / nar / gky960. ЧВК  6323930. PMID  30329098.
  16. ^ Пайтуви Галларт А., Эрмосо Пулидо А., Ансар Мартинес де Лагран I, Сансеверино В., Айезе Цильяно Р. (январь 2016 г.). "GREENC: база данных растительных днРНК на основе Wiki". Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D1161–6. Дои:10.1093 / нар / gkv1215. ЧВК  4702861. PMID  26578586.
  17. ^ Капранов П., Уиллингем А.Т., Гингерас Т.Р. (июнь 2007 г.). «Полногеномная транскрипция и последствия для геномной организации». Природа Обзоры Генетика. 8 (6): 413–423. Дои:10.1038 / nrg2083. PMID  17486121.
  18. ^ Бирни Э., Стаматояннопулос Дж. А., Дутта А., Гиго Р., Джингерас Т. Р., Маргулиес Э. Х. и др. (Июнь 2007 г.). «Идентификация и анализ функциональных элементов в 1% генома человека в рамках пилотного проекта ENCODE». Природа. 447 (7146): 799–816. Bibcode:2007Натура.447..799Б. Дои:10.1038 / природа05874. ЧВК  2212820. PMID  17571346.
  19. ^ Камарго, Антонио П.; Сурков, Всеволод; Перейра, Гонсалу А.Г .; Караццолле, Марсело Ф (01.03.2020). «РНКсамба: оценка на основе нейронных сетей потенциала кодирования белков последовательностей РНК». НАР Геномика и биоинформатика. 2 (1): lqz024. Дои:10.1093 / наргаб / lqz024. ISSN  2631-9268.
  20. ^ Ван Г, Инь Х, Ли Б, Ю Ц, Ван Ф, Сюй Х, Цао Дж, Бао И, Ван Л, Аббаси А.А., Баджик В.Б., Ма Л., Чжан З. (январь 2019 г.). «Характеристика и идентификация длинных некодирующих РНК на основе отношения признаков». Биоинформатика. 41 (Проблема с базой данных): D246 – D251. Дои:10.1093 / биоинформатика / btz008. PMID  30649200.
  21. ^ Ван Л., Пак Х. Дж., Дасари С., Ван С., Кочер Дж. П., Ли В. (апрель 2013 г.). "CPAT: Инструмент оценки потенциала кодирования с использованием модели логистической регрессии без согласования". Исследования нуклеиновых кислот. 41 (6): e74. Дои:10.1093 / nar / gkt006. ЧВК  3616698. PMID  23335781.
  22. ^ Ху Л., Сюй З., Ху Б., Лу З. Дж. (Январь 2017 г.). «COME: надежный инструмент для расчета потенциала кодирования для идентификации и характеристики днРНК на основе нескольких функций». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (1): e2. Дои:10.1093 / нар / gkw798. ЧВК  5224497. PMID  27608726.
  23. ^ Сунь Л., Лю Х., Чжан Л., Мэн Дж. (2015). «lncRScan-SVM: инструмент для прогнозирования длинных некодирующих РНК с помощью машины опорных векторов». PLOS ONE. 10 (10): e0139654. Bibcode:2015PLoSO..1039654S. Дои:10.1371 / journal.pone.0139654. ЧВК  4593643. PMID  26437338.
  24. ^ а б Сунь Л., Ло Х, Бу Д, Чжао Г, Ю К., Чжан Ц., Лю И, Чен Р., Чжао И (сентябрь 2013 г.). «Использование внутренней композиции последовательности для классификации кодирующих белок и длинных некодирующих транскриптов». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (17): e166. Дои:10.1093 / nar / gkt646. ЧВК  3783192. PMID  23892401.
  25. ^ Вухер, Валентин; Легеи, Фабрис; Хедан, Бенуа; Ризк, Гийом; Lagoutte, Lætitia; Лееб, Тоссо; Джаганнатан, Видхья; Кадье, Эдуард; Дэвид, Одри (5 мая 2017 г.). «FEELnc: инструмент для длинной некодирующей аннотации РНК и его применение к транскриптому собаки». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (8): e57. Дои:10.1093 / нар / gkw1306. ISSN  1362-4962. ЧВК  5416892. PMID  28053114.
  26. ^ Лин М.Ф., Юнгрейс I, Келлис М. (июль 2011 г.). «PhyloCSF: метод сравнительной геномики для различения кодирующих и некодирующих белков». Биоинформатика. 27 (13): i275 – i282. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr209. ЧВК  3117341. PMID  21685081.
  27. ^ Дешпанде С., Шаттлворт Дж., Ян Дж., Тарамонли С., Англия М. (февраль 2019 г.). «PLIT: вычислительный инструмент без выравнивания для идентификации длинных некодирующих РНК в наборах транскриптомных данных растений». Компьютеры в биологии и медицине. 105: 169–181. arXiv:1902.05064. Bibcode:2019arXiv190205064D. Дои:10.1016 / j.compbiomed.2018.12.014. PMID  30665012.
  28. ^ Negri TD, Alves WA, Bugatti PH, Saito PT, Domingues DS, Paschoal AR (2019). «Анализ распознавания образов на длинных некодирующих РНК: инструмент для прогнозирования у растений». Брифинги по биоинформатике. 20 (2): 682–689. Дои:10.1093 / bib / bby034. PMID  29697740.
  29. ^ Сингх У, Хемка Н., Раджкумар М.С., Гарг Р., Джайн М. (декабрь 2017 г.). «PLncPRO для прогнозирования длинных некодирующих РНК (днРНК) в растениях и его применение для открытия днРНК, реагирующих на абиотический стресс, в рисе и нуте». Исследования нуклеиновых кислот. 45 (22): e183. Дои:10.1093 / нар / gkx866. ЧВК  5727461. PMID  29036354.
  30. ^ Симопулос С.М., Веретильник Е.А., Голдинг Г.Б. (май 2018 г.). «Прогнозирование растительной днРНК с помощью ансамблевых классификаторов машинного обучения». BMC Genomics. 19 (1): 316. Дои:10.1186 / s12864-018-4665-2. ЧВК  5930664. PMID  29720103.
  31. ^ Чен Дж, Шишкин А.А., Чжу Х, Кадри С., Маза И., Гутман М., Ханна Дж. Х., Регев А., Гарбер М. (февраль 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявил отдельные классы длинных некодирующих РНК». Геномная биология. 17 (19). Дои:10.1186 / s13059-016-0880-9. ЧВК  4739325. PMID  26838501.
  32. ^ Андерсон Д.М., Андерсон К.М., Чанг С.Л., Макаревич, Калифорния, Нельсон Б.Р., Маканалли Дж. Р., Касарагод П., Шелтон Дж. М., Лиу Дж., Бассел-Дуби Р., Олсон Е. Н. (февраль 2015 г.). «Микропептид, кодируемый предполагаемой длинной некодирующей РНК, регулирует работу мышц». Клетка. 160 (4): 595–606. Дои:10.1016 / j.cell.2015.01.009. ЧВК  4356254. PMID  25640239.
  33. ^ Мацумото А., Пасут А., Мацумото М., Ямасита Р., Фунг Дж., Монтелеоне Е., Сагателиан А., Накаяма К. И., Клохесси Дж. Г., Пандольфи П. П. (январь 2017 г.). «mTORC1 и регенерация мышц регулируются полипептидом SPAR, кодируемым LINC00961». Природа. 541 (7636): 228–232. Bibcode:2017Натура.541..228М. Дои:10.1038 / природа21034. PMID  28024296.
  34. ^ Паули А., Норрис М.Л., Вален Е., Чу Г.Л., Ганьон Дж. А., Циммерман С., Митчелл А., Ма Дж., Дубрулле Дж., Рейон Д., Цай С. К., Джунг Дж. К., Сагателиан А., Шир А.Ф. (февраль 2014 г.) «Малыш: эмбриональный сигнал, который способствует движению клеток через рецепторы апелина». Наука. 343 (6172): 1248636. Дои:10.1126 / science.1248636. ЧВК  4107353. PMID  24407481.
  35. ^ Ingolia NT, Lareau LF, Weissman JS (ноябрь 2011 г.). «Профилирование рибосом эмбриональных стволовых клеток мыши раскрывает сложность и динамику протеомов млекопитающих». Клетка. 147 (4): 789–802. Дои:10.1016 / j.cell.2011.10.002. ЧВК  3225288. PMID  22056041.
  36. ^ а б Джи Зи, Сонг Р., Регев А., Струль К. (декабрь 2015 г.). «Многие днРНК, 5'UTR и псевдогены транслируются, и некоторые, вероятно, экспрессируют функциональные белки». eLife. 4: e08890. Дои:10.7554 / eLife.08890. ЧВК  4739776. PMID  26687005.
  37. ^ Гуттман М., Рассел П., Инголия Н. Т., Вайсман Дж. С., Ландер Е. С. (июль 2013 г.). «Профилирование рибосом свидетельствует о том, что большие некодирующие РНК не кодируют белки». Клетка. 154 (1): 240–251. Дои:10.1016 / j.cell.2013.06.009. ЧВК  3756563. PMID  23810193.
  38. ^ Guttman M, Amit I, Garber M, French C, Lin MF, Feldser D, Huarte M, Zuk O, Carey BW, Cassady JP, Cabili MN, Jaenisch R, Mikkelsen TS, Jacks T, Hacohen N, Bernstein BE, Kellis M , Регев А., Ринн Дж. Л., Лендер Е. С. (март 2009 г.). «Сигнатура хроматина позволяет выявить более тысячи высококонсервативных больших некодирующих РНК у млекопитающих». Природа. 458 (7235): 223–227. Bibcode:2009Натура.458..223G. Дои:10.1038 / природа07672. ЧВК  2754849. PMID  19182780.
  39. ^ Понявич Дж., Понтинг С.П., Лунтер Дж. (Май 2007 г.). «Функциональность или транскрипционный шум? Доказательства отбора в длинных некодирующих РНК». Геномные исследования. 17 (5): 556–565. Дои:10.1101 / гр. 6036807. ЧВК  1855172. PMID  17387145.
  40. ^ Хэрти В., Понтинг С.П. (май 2013 г.). «Мутации внутри днРНК эффективно отбираются у плодовых мух, но не у человека». Геномная биология. 14 (5): R49. Дои:10.1186 / gb-2013-14-5-r49. ЧВК  4053968. PMID  23710818.
  41. ^ Washietl S, Kellis M, Garber M (апрель 2014 г.). «Эволюционная динамика и тканевая специфичность длинных некодирующих РНК человека у шести млекопитающих». Геномные исследования. 24 (4): 616–628. Дои:10.1101 / гр.165035.113. ЧВК  3975061. PMID  24429298.
  42. ^ Каттер С., Ватт С., Стеффлова К., Уилсон М.Д., Гонсалвес А., Понтинг С.П., Одом Д.Т., Маркес А.С. (2012). «Быстрый оборот длинных некодирующих РНК и эволюция экспрессии генов». PLOS Genetics. 8 (7): e1002841. Дои:10.1371 / journal.pgen.1002841. ЧВК  3406015. PMID  22844254.
  43. ^ Brosius J (май 2005 г.). «Не тратьте, не хотите - избыток транскриптов у многоклеточных эукариот». Тенденции в генетике. 21 (5): 287–288. Дои:10.1016 / j.tig.2005.02.014. PMID  15851065.
  44. ^ Struhl K (февраль 2007 г.). «Транскрипционный шум и точность инициации РНК-полимеразой II». Структурная и молекулярная биология природы. 14 (2): 103–105. Дои:10.1038 / nsmb0207-103. PMID  17277804.
  45. ^ Палаццо А.Ф., Ли ES (26 января 2015 г.). «Некодирующая РНК: что функционально, а что нежелательно?». Границы генетики. 6: 2. Дои:10.3389 / fgene.2015.00002. ЧВК  4306305. PMID  25674102.
  46. ^ Капуста А., Фешотте С. (октябрь 2014 г.). «Неустойчивое развитие длинных репертуаров некодирующих РНК: механизмы и биологические последствия». Тенденции в генетике. 30 (10): 439–452. Дои:10.1016 / j.tig.2014.08.004. ЧВК  4464757. PMID  25218058.
  47. ^ Чен Дж, Шишкин А.А., Чжу Х, Кадри С., Маза И., Гутман М., Ханна Дж. Х., Регев А., Гарбер М. (февраль 2016 г.). «Эволюционный анализ млекопитающих выявил отдельные классы длинных некодирующих РНК». Геномная биология. 17: 19. Дои:10.1186 / s13059-016-0880-9. ЧВК  4739325. PMID  26838501.
  48. ^ Улицкий I (октябрь 2016 г.). «Эволюция приходит на помощь: использование сравнительной геномики для понимания длинных некодирующих РНК». Природа Обзоры Генетика. 17 (10): 601–614. Дои:10.1038 / nrg.2016.85. PMID  27573374.
  49. ^ Hezroni H, Koppstein D, Schwartz MG, Avrutin A, Bartel DP, Ulitsky I (май 2015 г.). «Принципы эволюции длинных некодирующих РНК, полученные из прямого сравнения транскриптомов у 17 видов». Отчеты по ячейкам. 11 (7): 1110–1122. Дои:10.1016 / j.celrep.2015.04.023. ЧВК  4576741. PMID  25959816.
  50. ^ Джонссон П., Липович Л., Грандер Д., Моррис К.В. (март 2014 г.). «Эволюционная консервация длинных некодирующих РНК; последовательность, структура, функция». Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Общие предметы. 1840 (3): 1063–1071. Дои:10.1016 / j.bbagen.2013.10.035. ЧВК  3909678. PMID  24184936.
  51. ^ Ривас Э., Клементс Дж., Эдди С.Р. (январь 2017 г.). «Статистический тест на консервативную структуру РНК показывает отсутствие доказательств структуры днРНК». Природные методы. 14 (1): 45–48. Дои:10.1038 / nmeth.4066. ЧВК  5554622. PMID  27819659.
  52. ^ Mercer TR, Dinger ME, Mattick JS (март 2009 г.). «Длинные некодирующие РНК: понимание функций». Природа Обзоры Генетика. 10 (3): 155–159. Дои:10.1038 / nrg2521. PMID  19188922.
  53. ^ Дингер М.Э., Амарал П.П., Мерсер Т.Р., Мэттик Дж.С. (ноябрь 2009 г.). «Всепроникающая транскрипция эукариотического генома: функциональные показатели и концептуальные последствия». Брифинги по функциональной геномике и протеомике. 8 (6): 407–423. Дои:10.1093 / bfgp / elp038. PMID  19770204.
  54. ^ Амарал П.П., Кларк МБ, Гаскойн Д.К., Динджер М.Э., Мэттик Дж.С. (январь 2011 г.). «lncRNAdb: справочная база данных для длинных некодирующих РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Выпуск базы данных): D146–51. Дои:10.1093 / nar / gkq1138. ЧВК  3013714. PMID  21112873.
  55. ^ Quek XC, Thomson DW, Maag JL, Bartonicek N, Signal B, Clark MB, Gloss BS, Dinger ME (январь 2015 г.). «lncRNAdb v2.0: расширение справочной базы данных для функциональных длинных некодирующих РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D168–73. Дои:10.1093 / нар / gku988. ЧВК  4384040. PMID  25332394.
  56. ^ Ма Л., Ли А., Цзоу Д., Сюй Х, Ся Л., Ю Дж, Баджик В. Б., Чжан З. (январь 2015 г.). «LncRNAWiki: использование знаний сообщества в совместном культивировании длинных некодирующих РНК человека». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D187–92. Дои:10.1093 / нар / gku1167. ЧВК  4383965. PMID  25399417.
  57. ^ Смит Дж. Э., Альварес-Домингес Дж. Р., Клайн Н., Хюин Н. Дж., Гейслер С., Ху В., Коллер Дж., Бейкер К. Э. (июнь 2014 г.). «Трансляция небольших открытых рамок считывания в неаннотированных транскриптах РНК в Saccharomyces cerevisiae». Отчеты по ячейкам. 7 (6): 1858–1866. Дои:10.1016 / j.celrep.2014.05.023. ЧВК  4105149. PMID  24931603.
  58. ^ а б Гудрич Дж. А., Кугель Дж. Ф. (август 2006 г.). «Некодирующие РНК регуляторы транскрипции РНК-полимеразы II». Обзоры природы Молекулярная клеточная биология. 7 (8): 612–616. Дои:10.1038 / nrm1946. PMID  16723972.
  59. ^ а б Фэн Дж., Би К., Кларк Б.С., Мэди Р., Шах П., Кохц Дж. Д. (июнь 2006 г.). «Некодирующая РНК Evf-2 транскрибируется из ультраконсервативной области Dlx-5/6 и функционирует как коактиватор транскрипции Dlx-2». Гены и развитие. 20 (11): 1470–1484. Дои:10.1101 / gad.1416106. ЧВК  1475760. PMID  16705037.
  60. ^ Панганибан Г., Рубинштейн Дж. Л. (октябрь 2002 г.). «Функции развития генов гомеобокса Distal-less / Dlx». Разработка. 129 (19): 4371–4386. PMID  12223397.
  61. ^ Пеннаккио Л.А., Ахитув Н., Моисей А.М., Прабхакар С., Нобрега М.А., Шукри М., Миновицкий С., Дубчак И., Холт А., Льюис К.Д., Плайзер-Фрик И., Акияма Дж., Де Вал С., Афзал V, Блэк Б.Л., Куронн О. , Эйзен МБ, Визель А., Рубин Е.М. (ноябрь 2006 г.). «Энхансерный анализ человеческих консервативных некодирующих последовательностей in vivo». Природа. 444 (7118): 499–502. Bibcode:2006Натура.444..499П. Дои:10.1038 / природа05295. PMID  17086198.
  62. ^ Висел А., Прабхакар С., Акияма Дж. А., Шукри М., Льюис К. Д., Холт А., Плайзер-Фрик И., Афзал В., Рубин Е. М., Пеннаккио Л. А. (февраль 2008 г.). «Ультраконсервация выявляет небольшое подмножество чрезвычайно ограниченных энхансеров развития». Природа Генетика. 40 (2): 158–160. Дои:10,1038 / нг.2007,55. ЧВК  2647775. PMID  18176564.
  63. ^ Pibouin L, Villaudy J, Ferbus D, Muleris M, Prospéri MT, Remvikos Y, Goubin G (февраль 2002 г.). «Клонирование мРНК сверхэкспрессии в карциноме толстой кишки-1: последовательность сверхэкспрессируется в подмножестве карцином толстой кишки». Генетика и цитогенетика рака. 133 (1): 55–60. Дои:10.1016 / S0165-4608 (01) 00634-3. PMID  11890990.
  64. ^ а б c Калин Г.А., Лю К.Г., Феррацин М., Хислоп Т., Спиццо Р., Севиньяни К., Фаббри М., Чиммино А., Ли Э.Дж., Войчик С.Е., Шимицу М., Тили Е., Росси С., Такчиоли С., Пичиорри Ф., Лю Х, Зупо С. , Herlea V, Gramantieri L, Lanza G, Alder H, Rassenti L, Volinia S, Schmittgen TD, Kipps TJ, Negrini M, Croce CM (сентябрь 2007 г.). «Ультраконсервативные области, кодирующие нкРНК, изменяются при лейкозах и карциномах человека». Раковая клетка. 12 (3): 215–229. Дои:10.1016 / j.ccr.2007.07.027. PMID  17785203.
  65. ^ Луо С., Лу Дж.Й., Лю Л., Инь И, Чен С, Хань Х, Ву Б, Сюй Р, Лю В., Ян П, Шао В., Лу З, Ли Х, На Дж, Тан Ф, Ван Дж, Чжан Й. , Шен X (май 2016 г.). «Дивергентные днРНК регулируют экспрессию генов и дифференцировку клонов в плюрипотентных клетках». Стволовая клетка. 18 (5): 637–652. Дои:10.1016 / j.stem.2016.01.024. PMID  26996597.
  66. ^ Ван Икс, Араи С., Сонг Икс, Райхарт Д., Ду К., Паскуаль Г., Темпст П., Розенфельд М.Г., Гласс С.К., Курокава Р. (июль 2008 г.). «Индуцированные нкРНК аллостерически модифицируют РНК-связывающие белки в цис-системе, чтобы ингибировать транскрипцию». Природа. 454 (7200): 126–130. Bibcode:2008 Натур.454..126Вт. Дои:10.1038 / природа06992. ЧВК  2823488. PMID  18509338.
  67. ^ Адельман К., Иган Э. (март 2017 г.). «Некодирующая РНК: больше применений для геномного мусора». Природа. 543 (7644): 183–185. Bibcode:2017Натура.543..183A. Дои:10.1038 / 543183a. PMID  28277509.
  68. ^ Halley P, Kadakkuzha BM, Faghihi MA, Magistri M, Zeier Z, Khorkova O, Coito C, Hsiao J, Lawrence M, Wahlestedt C (январь 2014 г.). «Регуляция кластера генов аполипопротеинов длинной некодирующей РНК». Отчеты по ячейкам. 6 (1): 222–230. Дои:10.1016 / j.celrep.2013.12.015. ЧВК  3924898. PMID  24388749.
  69. ^ Рейниус Б., Ши С., Хэншо Л., Сандху К.С., Радомска К.Дж., Розен Г.Д., Лу Л., Кулландер К., Уильямс Р.В., Джазин Э. (ноябрь 2010 г.). «Смещенная к самкам экспрессия длинных некодирующих РНК в доменах, которые избегают X-инактивации у мышей». BMC Genomics. 11: 614. Дои:10.1186/1471-2164-11-614. ЧВК  3091755. PMID  21047393.
  70. ^ Мартианов I, Рамадасс А, Серра Баррос А, Чоу Н., Акулитчев А (февраль 2007 г.). «Репрессия гена дигидрофолатредуктазы человека некодирующим мешающим транскриптом». Природа. 445 (7128): 666–670. Дои:10.1038 / природа05519. PMID  17237763.
  71. ^ Ли Дж. С., Буркхолдер Г. Д., Латимер Л. Дж., Хауг Б. Л., Браун Р. П. (февраль 1987 г.). «Моноклональные антитела к триплексной ДНК связываются с эукариотическими хромосомами». Исследования нуклеиновых кислот. 15 (3): 1047–1061. Дои:10.1093 / nar / 15.3.1047. ЧВК  340507. PMID  2434928.
  72. ^ а б Квек К.Ю., Мерфи С., Фургер А., Томас Б., О'Горман В., Кимура Н., Праудфут Н.Дж., Акулитчев А. (ноябрь 2002 г.). «U1 мяРНК связывается с TFIIH и регулирует инициацию транскрипции». Структурная биология природы. 9 (11): 800–805. Дои:10.1038 / nsb862. PMID  12389039.
  73. ^ Ян С., Туттон С., Пирс Е., Юн К. (ноябрь 2001 г.). «Специфическая интерференция двухцепочечной РНК в недифференцированных эмбриональных стволовых клетках мыши». Молекулярная и клеточная биология. 21 (22): 7807–7816. Дои:10.1128 / MCB.21.22.7807-7816.2001. ЧВК  99950. PMID  11604515.
  74. ^ Йик Дж. Х., Чен Р., Нисимура Р., Дженнингс Дж. Л., Линк А. Дж., Чжоу К. (октябрь 2003 г.). «Ингибирование транскрипции киназы P-TEFb (CDK9 / Cyclin T) и РНК-полимеразы II за счет скоординированных действий HEXIM1 и 7SK snRNA». Молекулярная клетка. 12 (4): 971–982. Дои:10.1016 / S1097-2765 (03) 00388-5. PMID  14580347.
  75. ^ Lander ES, Linton LM, Birren B, Nusbaum C, Zody MC, Baldwin J и др. (Февраль 2001 г.). "Начальная последовательность и анализ человеческого генома". Природа. 409 (6822): 860–921. Bibcode:2001Натура.409..860л. Дои:10.1038/35057062. PMID  11237011.
  76. ^ Уотерстон Р.Х., Линдблад-То К., Бирни Э., Роджерс Дж., Абрил Дж. Ф., Агарвал П. и др. (Декабрь 2002 г.). «Первоначальное секвенирование и сравнительный анализ генома мыши». Природа. 420 (6915): 520–562. Bibcode:2002 Натур. 420..520Вт. Дои:10.1038 / природа01262. PMID  12466850.
  77. ^ Лю В.М., Чу В.М., Чоудари П.В., Шмид К.В. (май 1995 г.). «Ингибиторы клеточного стресса и трансляции временно увеличивают количество транскриптов SINE млекопитающих». Исследования нуклеиновых кислот. 23 (10): 1758–1765. Дои:10.1093 / nar / 23.10.1758. ЧВК  306933. PMID  7784180.
  78. ^ а б Аллен Э., Се З., Густафсон А.М., Сунг Г.Х., Спатафора Дж. У., Кэррингтон Дж. К. (декабрь 2004 г.). «Эволюция генов микроРНК путем инвертированной дупликации последовательностей генов-мишеней в Arabidopsis thaliana». Природа Генетика. 36 (12): 1282–1290. Дои:10,1038 / ng1478. PMID  15565108.
  79. ^ а б Эспиноза CA, Аллен Т.А., Hieb AR, Kugel JF, Goodrich JA (сентябрь 2004 г.). «B2 РНК напрямую связывается с РНК-полимеразой II, подавляя синтез транскриптов». Структурная и молекулярная биология природы. 11 (9): 822–829. Дои:10.1038 / nsmb812. PMID  15300239.
  80. ^ Эспиноза CA, Гудрич Дж. А., Кугель Дж. Ф. (апрель 2007 г.). «Характеристика структуры, функции и механизма B2 РНК, репрессора нкРНК транскрипции РНК-полимеразы II». РНК. 13 (4): 583–596. Дои:10.1261 / rna.310307. ЧВК  1831867. PMID  17307818.
  81. ^ а б c d е ж Mariner PD, Walters RD, Espinoza CA, Drullinger LF, Wagner SD, Kugel JF, Goodrich JA (февраль 2008 г.). «Человеческая Alu РНК представляет собой модульный репрессор транскрипции мРНК во время теплового шока». Молекулярная клетка. 29 (4): 499–509. Дои:10.1016 / j.molcel.2007.12.013. PMID  18313387.
  82. ^ Шамовский И., Нудлер Э. (февраль 2008 г.). «Модульная РНК нагревается». Молекулярная клетка. 29 (4): 415–417. Дои:10.1016 / j.molcel.2008.02.001. PMID  18313380.
  83. ^ Маттик JS (октябрь 2003 г.). «Бросая вызов догме: скрытый слой небелковых РНК в сложных организмах». BioEssays. 25 (10): 930–939. CiteSeerX  10.1.1.476.7561. Дои:10.1002 / bies.10332. PMID  14505360.
  84. ^ Мохаммад Ф., Пандей Р.Р., Нагано Т., Чакалова Л., Мондал Т., Фрейзер П., Кандури С. (июнь 2008 г.). «Некодирующая РНК Kcnq1ot1 / Lit1 опосредует подавление транскрипции путем нацеливания на перинуклеолярную область». Молекулярная и клеточная биология. 28 (11): 3713–3728. Дои:10.1128 / MCB.02263-07. ЧВК  2423283. PMID  18299392.
  85. ^ Wutz A, Rasmussen TP, Jaenisch R (февраль 2002 г.). «Хромосомное молчание и локализация опосредуются различными доменами Xist РНК». Природа Генетика. 30 (2): 167–174. Дои:10,1038 / ng820. PMID  11780141.
  86. ^ Зеарфосс Н.Р., Чан А.П., Клок М., Аллен Л.Х., Эткин Л.Д. (апрель 2003 г.). «Идентификация новых членов семейства Xlsirt в ооците Xenopus laevis». Механизмы развития. 120 (4): 503–509. Дои:10.1016 / S0925-4773 (02) 00459-8. PMID  12676327.
  87. ^ Сингх К., Кэри М., Сарагости С., Ботчан М. (1985). «Экспрессия повышенных уровней транскриптов малой РНК-полимеразы III, кодируемых повторами B2, в клетках мыши, трансформированных обезьяньим вирусом 40». Природа. 314 (6011): 553–556. Bibcode:1985Натура.314..553С. Дои:10.1038 / 314553a0. PMID  2581137.
  88. ^ Тан Р.Б., Ван Х.Й., Лу Х.Й., Сюн Дж., Ли ХХ, Цю XH, штаб-квартира Лю (февраль 2005 г.). «Повышенный уровень полимеразы III, транскрибированной Alu РНК в ткани гепатоцеллюлярной карциномы». Молекулярный канцерогенез. 42 (2): 93–96. Дои:10.1002 / mc.20057. PMID  15593371.
  89. ^ а б Шамовский И., Нудлер Э. (октябрь 2006 г.). «Контроль генов с помощью больших некодирующих РНК». STKE науки. 2006 (355): pe40. Дои:10.1126 / stke.3552006pe40. PMID  17018852.
  90. ^ а б Dieci G, Fiorino G, Castelnuovo M, Teichmann M, Pagano A (декабрь 2007 г.). «Расширяющийся транскриптом РНК-полимеразы III». Тенденции в генетике. 23 (12): 614–622. Дои:10.1016 / j.tig.2007.09.001. PMID  17977614.
  91. ^ Пагано Дж. М., Фарли Б. М., Маккойг Л. М., Райдер С. П. (март 2007 г.). «Молекулярные основы распознавания РНК детерминантой эмбриональной полярности MEX-5». Журнал биологической химии. 282 (12): 8883–8894. Дои:10.1074 / jbc.M700079200. PMID  17264081.
  92. ^ Юн Дж. Х., Абдельмохсен К., Гороспе М. (октябрь 2013 г.). «Посттранскрипционная регуляция генов длинной некодирующей РНК». Журнал молекулярной биологии. 425 (19): 3723–3730. Дои:10.1016 / j.jmb.2012.11.024. ЧВК  3594629. PMID  23178169.
  93. ^ а б Бельтран М., Пуч И., Пенья С., Гарсия Дж. М., Альварес А.Б., Пенья Р., Бонилья Ф., де Эррерос А.Г. (март 2008 г.). «Природный антисмысловой транскрипт регулирует экспрессию гена Zeb2 / Sip1 во время эпителиально-мезенхимального перехода, вызванного Snail1». Гены и развитие. 22 (6): 756–769. Дои:10.1101 / gad.455708. ЧВК  2275429. PMID  18347095.
  94. ^ Манро С.Х., Лазар М.А. (ноябрь 1991 г.). «Ингибирование сплайсинга мРНК c-erbA природной антисмысловой РНК». Журнал биологической химии. 266 (33): 22083–22086. PMID  1657988.
  95. ^ Tiedge H, Чен В., Брозиус Дж. (Июнь 1993 г.). «Первичная структура, нервно-специфическая экспрессия и дендритная локализация человеческой РНК BC200». Журнал неврологии. 13 (6): 2382–2390. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.13-06-02382.1993. ЧВК  6576500. PMID  7684772.
  96. ^ Tiedge H, Fremeau RT, Weinstock PH, Arancio O, Brosius J (март 1991 г.). «Дендритное расположение нейральной РНК BC1». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 88 (6): 2093–2097. Bibcode:1991ПНАС ... 88.2093Т. Дои:10.1073 / pnas.88.6.2093. ЧВК  51175. PMID  1706516.
  97. ^ Муслимов И.А., Банкир Г., Брозиус Дж., Тидж Х. (июнь 1998 г.). «Зависимая от активности регуляция дендритной РНК BC1 в нейронах гиппокампа в культуре». Журнал клеточной биологии. 141 (7): 1601–1611. Дои:10.1083 / jcb.141.7.1601. ЧВК  1828539. PMID  9647652.
  98. ^ Ван Х, Якоанджели А., Лин Д., Уильямс К., Денман Р. Б., Хеллен К. У., Тидж Х (декабрь 2005 г.). «Дендритная РНК BC1 в механизмах контроля трансляции». Журнал клеточной биологии. 171 (5): 811–821. Дои:10.1083 / jcb.200506006. ЧВК  1828541. PMID  16330711.
  99. ^ Centonze D, Rossi S, Napoli I, Mercaldo V, Lacoux C, Ferrari F, Ciotti MT, De Chiara V, Prosperetti C, Maccarrone M, Fezza F, Calabresi P, Bernardi G, Bagni C (август 2007). «Цитоплазматическая РНК BC1 мозга регулирует опосредованную рецептором дофамина D2 передачу в полосатом теле». Журнал неврологии. 27 (33): 8885–8892. Дои:10.1523 / JNEUROSCI.0548-07.2007. ЧВК  6672174. PMID  17699670.
  100. ^ Леведжоханн Л., Скрябин Б.В., Саксер Н., Прен С., Хейдушка П., Танос С., Джордан У., Делл'Омо Г., Высоцкий А.Л., Плескачева М.Г., Липп Х.П., Тидж Х., Брозиус Дж., Прайор Х (сентябрь 2004 г.). «Роль нейрональной малой РНК без мессенджера: поведенческие изменения у мышей с удаленной РНК BC1». Поведенческие исследования мозга. 154 (1): 273–289. CiteSeerX  10.1.1.572.8071. Дои:10.1016 / j.bbr.2004.02.015. PMID  15302134.
  101. ^ Golden DE, Gerbasi VR, Sontheimer EJ (август 2008 г.). «Внутренняя работа для миРНК». Молекулярная клетка. 31 (3): 309–312. Дои:10.1016 / j.molcel.2008.07.008. ЧВК  2675693. PMID  18691963.
  102. ^ Чех B, Malone CD, Zhou R, Stark A, Schlingeheyde C, Dus M, Perrimon N, Kellis M, Wohlschlegel JA, Sachidanandam R, Hannon GJ, Brennecke J (июнь 2008 г.). «Эндогенный путь малой интерферирующей РНК у дрозофилы». Природа. 453 (7196): 798–802. Bibcode:2008 Натур.453..798C. Дои:10.1038 / природа07007. ЧВК  2895258. PMID  18463631.
  103. ^ а б Огава Й, Сун Б.К., Ли Дж. Т. (июнь 2008 г.). «Пересечение путей РНК-интерференции и X-инактивации». Наука. 320 (5881): 1336–1341. Bibcode:2008Научный ... 320.1336O. Дои:10.1126 / science.1157676. ЧВК  2584363. PMID  18535243.
  104. ^ Кифер JC (апрель 2007 г.). «Эпигенетика в развитии». Динамика развития. 236 (4): 1144–1156. Дои:10.1002 / dvdy.21094. PMID  17304537.
  105. ^ а б Миккельсен Т.С., Ку М., Яффе Д.Б., Иссак Б., Либерман Э, Джаннукос Г., Альварес П., Брокман В., Ким Т.К., Коче Р.П., Ли В., Менденхолл Э, О'Донован А., Прессер А., Расс С., Се Х, Мейснер А., Верниг М., Яениш Р., Нусбаум С., Ландер Е.С., Бернштейн Б.Е. (август 2007 г.). «Полногеномные карты состояния хроматина в плюрипотентных и клонально-коммитированных клетках». Природа. 448 (7153): 553–560. Bibcode:2007Натура.448..553М. Дои:10.1038 / природа06008. ЧВК  2921165. PMID  17603471.
  106. ^ Никерсон Дж. А., Крохмальник Г., Ван К. М., Пенман С. (январь 1989 г.). «Архитектура хроматина и ядерная РНК». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 86 (1): 177–181. Bibcode:1989ПНАС ... 86..177Н. Дои:10.1073 / пнас.86.1.177. ЧВК  286427. PMID  2911567.
  107. ^ Родригес-Кампос А., Азорин Ф (ноябрь 2007 г.). «РНК - неотъемлемый компонент хроматина, который способствует его структурной организации». PLOS ONE. 2 (11): e1182. Bibcode:2007PLoSO ... 2.1182R. Дои:10.1371 / journal.pone.0001182. ЧВК  2063516. PMID  18000552.
  108. ^ Chen X, Xu H, Yuan P, Fang F, Huss M, Vega VB, Wong E, Orlov YL, Zhang W, Jiang J, Loh YH, Yeo HC, Yeo ZX, Narang V, Govindarajan KR, Leong B, Shahab A , Ruan Y, Bourque G, Sung WK, Clarke ND, Wei CL, Ng HH (июнь 2008 г.). «Интеграция внешних сигнальных путей с основной транскрипционной сетью в эмбриональных стволовых клетках». Клетка. 133 (6): 1106–1117. Дои:10.1016 / j.cell.2008.04.043. PMID  18555785.
  109. ^ а б c Rinn JL, Kertesz M, Wang JK, Squazzo SL, Xu X, Brugmann SA, Goodnough LH, Helms JA, Farnham PJ, Segal E, Чанг ХЙ (Июнь 2007 г.). «Функциональное разграничение активных и молчащих доменов хроматина в локусах HOX человека некодирующими РНК». Клетка. 129 (7): 1311–1323. Дои:10.1016 / j.cell.2007.05.022. ЧВК  2084369. PMID  17604720.
  110. ^ а б Санчес-Эльснер Т., Гоу Д., Креммер Э., Зауэр Ф. (февраль 2006 г.). «Некодирующие РНК элементов ответа триторакса рекрутируют Drosophila Ash1 в Ultrabithorax». Наука. 311 (5764): 1118–1123. Bibcode:2006Научный ... 311.1118С. Дои:10.1126 / science.1117705. PMID  16497925.
  111. ^ Цзя Л., Ван И, Ван Ц, Ду З, Чжан С., Вэнь Х, Чжан С. (2020). «Oplr16 служит новым фактором хроматина для управления судьбой стволовых клеток путем модуляции плюрипотентно-специфичного образования петель хромосомы и TET2-опосредованного деметилирования ДНК». Исследования нуклеиновых кислот. 48 (7): 3935–3948. Дои:10.1093 / nar / gkaa097. ЧВК  7144914. PMID  32055844.
  112. ^ Мазо А., Ходжсон Дж. В., Петрук С., Седков Ю., Брок Х. В. (август 2007 г.). «Транскрипционная интерференция: неожиданный уровень сложности в регуляции генов». Журнал клеточной науки. 120 (Pt 16): 2755–2761. Дои:10.1242 / jcs.007633. PMID  17690303.
  113. ^ Денисенко О., Шнырева М., Сузуки Х, Бомштык К. (октябрь 1998 г.). «Точечные мутации в домене WD40 Eed блокируют его взаимодействие с Ezh2». Молекулярная и клеточная биология. 18 (10): 5634–5642. Дои:10.1128 / MCB.18.10.5634. ЧВК  109149. PMID  9742080.
  114. ^ Катаяма С., Томару Ю., Касукава Т., Ваки К., Наканиши М., Накамура М., Нисида Х., Яп СС, Сузуки М., Кавай Дж., Сузуки Х, Карнинчи П., Хаяшизаки Ю., Уэллс С., Фрит М., Раваси Т., Пан К. , Халлинан Дж., Мэттик Дж., Хьюм Д.А., Липович Л., Баталов С., Энгстрём П.Г., Мизуно Ю., Фагихи М.А., Санделин А., Чок А.М., Моттагуи-Табар С., Лян З, Ленхард Б., Валестедт С. (сентябрь 2005 г.). «Антисмысловая транскрипция в транскриптоме млекопитающих». Наука. 309 (5740): 1564–1566. Bibcode:2005Научный ... 309.1564R. Дои:10.1126 / science.1112009. PMID  16141073.
  115. ^ а б c Ю. В., Гиус Д., Оньянго П., Малдун-Джейкобс К., Карп Дж., Фейнберг А. П., Цуй Х. (январь 2008 г.). «Эпигенетическое подавление гена супрессора опухолей p15 с помощью его антисмысловой РНК». Природа. 451 (7175): 202–206. Bibcode:2008Натура.451..202л. Дои:10.1038 / природа06468. ЧВК  2743558. PMID  18185590.
  116. ^ Паулер FM, Кернер М.В., Барлоу Д.П. (июнь 2007 г.). «Молчание импринтированными некодирующими РНК: ответ на вопрос - транскрипция?». Тенденции в генетике. 23 (6): 284–292. Дои:10.1016 / j.tig.2007.03.018. ЧВК  2847181. PMID  17445943.
  117. ^ Braidotti G, Baubec T, Pauler F, Seidl C, Smrzka O, Stricker S, Yotova I, Barlow DP (2004). «Некодирующая РНК Air: импринтированный транскрипт цис-сайленсинга». Симпозиумы Колд-Спринг-Харбор по количественной биологии. 69: 55–66. Дои:10.1101 / sqb.2004.69.55. ЧВК  2847179. PMID  16117633.
  118. ^ Мицуя К., Мегуро М., Ли М.П., ​​Като М., Шульц Т.С., Куго Х., Йошида М.А., Ниикава Н., Фейнберг А.П., Осимура М. (июль 1999 г.). «LIT1, импринтированная антисмысловая РНК в локусе KvLQT1 человека, идентифицированная путем скрининга дифференциально экспрессируемых транскриптов с использованием монохромосомных гибридов». Молекулярная генетика человека. 8 (7): 1209–1217. Дои:10.1093 / hmg / 8.7.1209. PMID  10369866.
  119. ^ Манчини-Динардо Д., Стил С. Дж., Леворс Дж. М., Инграм Р. С., Тилман С. М. (май 2006 г.). «Удлинение транскрипта Kcnq1ot1 необходимо для геномного импринтинга соседних генов». Гены и развитие. 20 (10): 1268–1282. Дои:10.1101 / gad.1416906. ЧВК  1472902. PMID  16702402.
  120. ^ а б Умлауф Д., Гото Й., Цао Р., Серкейра Ф., Вагшал А., Чжан И., Фейл Р. (декабрь 2004 г.). «Импринтинг вдоль домена Kcnq1 на хромосоме 7 мыши включает репрессивное метилирование гистонов и рекрутирование комплексов группы Polycomb». Природа Генетика. 36 (12): 1296–1300. Дои:10,1038 / ng1467. PMID  15516932.
  121. ^ Sleutels F, Zwart R, Barlow DP (февраль 2002 г.). «Некодирующая РНК воздуха необходима для подавления аутосомно импринтированных генов». Природа. 415 (6873): 810–813. Bibcode:2002Натура.415..810С. Дои:10.1038 / 415810a. PMID  11845212.
  122. ^ Zwart R, Sleutels F, Wutz A, Schinkel AH, Barlow DP (сентябрь 2001 г.). «Двунаправленное действие контрольного элемента импринта Igf2r на гены, импринтированные выше и ниже по течению». Гены и развитие. 15 (18): 2361–2366. Дои:10.1101 / gad.206201. ЧВК  312779. PMID  11562346.
  123. ^ Fournier C, Goto Y, Ballestar E, Delaval K, Hever AM, Esteller M, Feil R (декабрь 2002 г.). «Аллель-специфическое метилирование лизина гистонов маркирует регуляторные области на импринтированных генах мыши». Журнал EMBO. 21 (23): 6560–6570. Дои:10.1093 / emboj / cdf655. ЧВК  136958. PMID  12456662.
  124. ^ а б Wutz A, Gribnau J (октябрь 2007 г.). «X инактивация Xplained». Текущее мнение в области генетики и развития. 17 (5): 387–393. Дои:10.1016 / j.gde.2007.08.001. PMID  17869504.
  125. ^ Мори С., Наварро П., Дебранд Е., Авнер П., Ружель С., Клерк П. (февраль 2004 г.). «Область 3 'к Xist опосредует подсчет Х-хромосом и диметилирование H3 Lys-4 в гене Xist». Журнал EMBO. 23 (3): 594–604. Дои:10.1038 / sj.emboj.7600071. ЧВК  1271805. PMID  14749728.
  126. ^ Костанци С., Пирсон Дж. Р. (июнь 1998 г.). «Гистон macroH2A1 сконцентрирован в неактивной Х-хромосоме самок млекопитающих». Природа. 393 (6685): 599–601. Bibcode:1998Натура 393..599C. Дои:10.1038/31275. PMID  9634239.
  127. ^ Бласко М.А. (октябрь 2007 г.). «Длина теломер, стволовые клетки и старение». Природа Химическая Биология. 3 (10): 640–649. Дои:10.1038 / nchembio.2007.38. PMID  17876321.
  128. ^ а б Schoeftner S, Blasco MA (февраль 2008 г.). «Онтогенетически регулируемая транскрипция теломер млекопитающих с помощью ДНК-зависимой РНК-полимеразы II». Природа клеточной биологии. 10 (2): 228–236. Дои:10.1038 / ncb1685. PMID  18157120.
  129. ^ а б Аззалин К.М., Райхенбах П., Хориаули Л., Джулотто Е., Лингнер Дж. (Ноябрь 2007 г.). «Теломерный повтор, содержащий факторы наблюдения РНК и РНК на концах хромосом млекопитающих». Наука. 318 (5851): 798–801. Bibcode:2007Научный ... 318..798A. Дои:10.1126 / science.1147182. PMID  17916692.
  130. ^ Донли Н., Стоффреген Е.П., Смит Л., Монтанья С., Тайер М.Дж. (апрель 2013 г.). Бартоломей М.С. (ред.). «Асинхронная репликация, моноаллельная экспрессия и дальнодействующие цис-эффекты ASAR6». PLOS Genetics. 9 (4): e1003423. Дои:10.1371 / journal.pgen.1003423. ЧВК  3617217. PMID  23593023.
  131. ^ Донли Н., Смит Л., Тайер М.Дж. (январь 2015 г.). Бартоломей М.С. (ред.). «ASAR15, цис-действующий локус, который контролирует время репликации по всей хромосоме и стабильность хромосомы 15 человека». PLOS Genetics. 11 (1): e1004923. Дои:10.1371 / journal.pgen.1004923. ЧВК  4287527. PMID  25569254.
  132. ^ Хескетт МБ, Смит Л.Г., Спеллман П., Тайер М.Дж. (июнь 2020 г.). «Взаимная моноаллельная экспрессия генов днРНК ASAR контролирует время репликации хромосомы 6 человека». РНК. 26 (6): 724–738. Дои:10.1261 / rna.073114.119. PMID  32144193.
  133. ^ Лукив В.Дж., Хэндли П., Вонг Л., Крэппер Маклахлан Д.Р. (июнь 1992 г.). «BC200 РНК в нормальном неокортексе человека, деменции, не связанной с болезнью Альцгеймера (НАД), и сенильной деменции типа Альцгеймера (БА)». Нейрохимические исследования. 17 (6): 591–597. Дои:10.1007 / bf00968788. PMID  1603265.
  134. ^ Уотсон Дж. Б., Сатклифф Дж. Г. (сентябрь 1987 г.). "Специфический цитоплазматический транскрипт мозга приматов семейства Alu-повторов". Молекулярная и клеточная биология. 7 (9): 3324–3327. Дои:10.1128 / MCB.7.9.3324. ЧВК  367971. PMID  2444875.
  135. ^ а б Зени ПФ, Мраз М (ноябрь 2020 г.). «LncRNAs в адаптивном иммунитете: роль в физиологических и патологических состояниях». РНК Биология. Дои:10.1080/15476286.2020.1838783. PMID  33094664.
  136. ^ а б Фу Х, Равиндранат Л., Тран Н., Петрович Г., Шривастава С. (март 2006 г.). «Регулирование апоптоза с помощью некодирующего гена, специфичного и связанного с раком простаты, PCGEM1». ДНК и клеточная биология. 25 (3): 135–141. Дои:10.1089 / dna.2006.25.135. PMID  16569192.
  137. ^ Лин Р., Маэда С., Лю С., Карин М., Эджингтон Т.С. (февраль 2007 г.). «Большая некодирующая РНК является маркером гепатоцеллюлярных карцином мышей и целого ряда карцином человека». Онкоген. 26 (6): 851–858. Дои:10.1038 / sj.onc.1209846. PMID  16878148.
  138. ^ Reis EM, Nakaya HI, Louro R, Canavez FC, Flatschart AV, Almeida GT, Egidio CM, Paquola AC, Machado AA, Festa F, Yamamoto D, Alvarenga R, da Silva CC, Brito GC, Simon SD, Moreira-Filho CA , Leite KR, Camara-Lopes LH, Campos FS, Gimba E, Vignal GM, El-Dorry H, Sogayar MC, Barcinski MA, da Silva AM, Verjovski-Almeida S (август 2004 г.). «Уровни антисмысловой интронной некодирующей РНК коррелируют со степенью дифференцировки опухоли при раке простаты». Онкоген. 23 (39): 6684–6692. Дои:10.1038 / sj.onc.1207880. PMID  15221013.
  139. ^ Эйс П.С., Там В., Сан Л., Чедберн А., Ли З., Гомес М.Ф., Лунд Е., Дальберг Дж. Э. (март 2005 г.). «Накопление miR-155 и BIC РНК в В-клеточных лимфомах человека». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки. 102 (10): 3627–3632. Bibcode:2005PNAS..102.3627E. Дои:10.1073 / pnas.0500613102. ЧВК  552785. PMID  15738415.
  140. ^ Ли Дж., Витте Д.П., Ван Дайк Т., Аскью Д.С. (апрель 1997 г.). «Экспрессия предполагаемого протоонкогена His-1 в нормальных и неопластических тканях». Американский журнал патологии. 150 (4): 1297–1305. ЧВК  1858164. PMID  9094986.
  141. ^ Сонколи Э., Бата-Чорго З., Пиварчи А., Полянка Х., Кендересси-Сабо А., Молнар Г., Сентпали К., Бари Л., Мегьери К., Манди Й., Добозы А., Кемени Л., Селл М. (июнь 2005 г.). «Идентификация и характеристика нового гена PRINS, связанного с восприимчивостью к псориазу, некодирующая РНК» (PDF). Журнал биологической химии. 280 (25): 24159–24167. Дои:10.1074 / jbc.M501704200. PMID  15855153.
  142. ^ Исии Н., Одзаки К., Сато Х, Мизуно Х, Сайто С., Такахаши А., Миямото Ю., Икегава С., Каматани Н., Хори М., Сайто С., Накамура И., Танака Т. (2006). «Идентификация новой некодирующей РНК, MIAT, которая создает риск инфаркта миокарда». Журнал генетики человека. 51 (12): 1087–1099. Дои:10.1007 / s10038-006-0070-9. PMID  17066261.
  143. ^ Макферсон Р., Перцемлидис А., Каваслар Н., Стюарт А., Робертс Р., Кокс Д. Р., Хайндс Д. А., Пеннаккио Л. А., Тайбьерг-Хансен А., Фолсом А. Р., Бурвинкль Е., Хоббс Н. Х., Коэн Дж. К. (июнь 2007 г.). «Распространенный аллель хромосомы 9, связанный с ишемической болезнью сердца». Наука. 316 (5830): 1488–1491. Bibcode:2007Научный ... 316.1488M. Дои:10.1126 / science.1142447. ЧВК  2711874. PMID  17478681.
  144. ^ Pasmant E, Laurendeau I, Héron D, Vidaud M, Vidaud D, Bièche I (апрель 2007 г.). «Характеристика делеции зародышевой линии, включая весь локус INK4 / ARF, в семействе опухолей меланома-нервная система: идентификация ANRIL, антисмысловой некодирующей РНК, экспрессия которой совмещается с ARF». Исследования рака. 67 (8): 3963–3969. Дои:10.1158 / 0008-5472.CAN-06-2004. PMID  17440112.
  145. ^ Broadbent HM, Peden JF, Lorkowski S, Goel A, Ongen H, Green F, Clarke R, Collins R, Franzosi MG, Tognoni G, Seedorf U, Rust S, Eriksson P, Hamsten A, Farrall M, Watkins H (март 2008 г.) ). «Восприимчивость к ишемической болезни сердца и диабету кодируется отдельными, тесно связанными SNP в локусе ANRIL на хромосоме 9p». Молекулярная генетика человека. 17 (6): 806–814. Дои:10,1093 / hmg / ddm352. PMID  18048406.
  146. ^ а б Джаринова О., Стюарт А.Ф., Робертс Р., Уэллс Дж., Лау П., Наинг Т., Буэрки С., Маклин Б.В., Кук Р.С., Паркер Дж. С., Макферсон Р. (октябрь 2009 г.). «Функциональный анализ локуса риска ишемической болезни сердца на хромосоме 9p21.3». Артериосклероз, тромбоз и биология сосудов. 29 (10): 1671–1677. Дои:10.1161 / ATVBAHA.109.189522. PMID  19592466.
  147. ^ Лю Й., Санофф Х.К., Чо Х., Бурд С.Е., Торрис С., Мохлке К.Л., Ибрагим Дж. Г., Томас Н. Э., Шарплесс Н. Е. (апрель 2009 г.). «Экспрессия транскрипта INK4 / ARF связана с вариантами хромосомы 9p21, связанными с атеросклерозом». PLOS ONE. 4 (4): e5027. Bibcode:2009PLoSO ... 4,5027 л. Дои:10.1371 / journal.pone.0005027. ЧВК  2660422. PMID  19343170.
  148. ^ Ширасава С., Харада Х, Фуругаки К., Акамизу Т., Исикава Н., Ито К., Ито К., Тамай Х, Кума К., Кубота С., Хиратани Х., Цучия Т., Баба И., Ишикава М., Танака М., Сакаи К., Аоки М. , Ямамото К., Сасадзуки Т. (октябрь 2004 г.). «SNP в промоторе B-клеточного антисмыслового транскрипта, SAS-ZFAT, определяют предрасположенность к аутоиммунному заболеванию щитовидной железы». Молекулярная генетика человека. 13 (19): 2221–2231. Дои:10,1093 / hmg / ddh245. PMID  15294872.
  149. ^ Faghihi MA, Modarresi F, Khalil AM, Wood DE, Sahagan BG, Morgan TE, Finch CE, St Laurent G, Kenny PJ, Wahlestedt C (июль 2008 г.). «Экспрессия некодирующей РНК повышена при болезни Альцгеймера и способствует быстрой упреждающей регуляции бета-секретазы». Природа Медицина. 14 (7): 723–730. Дои:10,1038 / нм 1784. ЧВК  2826895. PMID  18587408.
  150. ^ Туфарелли С., Стэнли Дж. А., Гаррик Д., Шарп Дж. А., Айюб Х., Вуд РГ, Хиггс Д. Р. (июнь 2003 г.). «Транскрипция антисмысловой РНК, приводящая к молчанию и метилированию генов, как новая причина генетических заболеваний человека». Природа Генетика. 34 (2): 157–165. Дои:10.1038 / ng1157. PMID  12730694.