Список длинных баз данных некодирующих РНК - List of long non-coding RNA databases

Это Список базы данных длинных некодирующих РНК, которые предоставляют информацию о днРНК.[1][2]

База данных длинных некодирующих РНК

имяОписаниеиспользованная литература
deepBaseИдентификация, выражение, эволюция и функция длинные некодирующие РНК (LncRNAs), малые РНК и кольцевые РНК из данных глубокого секвенирования[3]
LNCipediaИсчерпывающий сборник человек длинные некодирующие РНК.[4][5]
lncRNAdbСправочная база данных для функциональных длинных некодирующих РНК.[6]
LncRNAWikiОснованная на википедии, общедоступная платформа с открытым контентом для сообщества, курирующего длинные некодирующие РНК человека (днРНК)[7]
LncBookИсчерпывающий набор из 270 044 днРНК человека и систематическое курирование аннотации днРНК за счет интеграции данных multi-omics, аннотации функций и ассоциации заболеваний[8]
MONOCLdbБаза данных MOuse NOnCode Lung предоставляет аннотации и профили экспрессии длинных некодирующих РНК мышей (днРНК), участвующих в грипп и SARS-CoV инфекции.
NONCODEИнтегрированная база данных знаний, посвященная нкРНК, особенно днРНК[9]
lncRNomeКомплексная биологически ориентированная база знаний с возможностью поиска длинных некодирующих РНК у людей.
NREDБаза данных экспрессии длинных некодирующих РНК.[10]
C-It-LociИнструмент для изучения и сравнения профилей экспрессии консервативных локусов в различных тканях трех организмов.

[11]

МиТранскриптомКаталог длинных полиаденилированных РНК-транскриптов человека, полученных в результате компьютерного анализа с высокой пропускной способностью. РНК -Seq данные из более чем 6500 образцов, охватывающих различные рак и ткань типы[12]
Slncky Браузер EvolutionЭтот сайт содержит сопоставления и эволюционные показатели консервативных днРНК.[13]
Перепись LncRNA рака (CLC)База данных длинных некодирующих РНК, вызывающих рак через in vivo, in vitro и другие доказательства.[14]
BIGTranscriptomeВысокая достоверность кодирующих и некодирующих транскриптомов, собранных с помощью сотен наборов данных псевдонитевых и однонитевых РНК-seq.[15]

использованная литература

  1. ^ Rinn, J. L .; Чанг, Х. Ю. (2012). «Регуляция генома длинными некодирующими РНК». Ежегодный обзор биохимии. 81: 145–166. Дои:10.1146 / annurev-biochem-051410-092902. ЧВК  3858397. PMID  22663078.
  2. ^ Martin, L .; Чанг, Х. Ю. (2012). «Раскрытие роли геномной« темной материи »в болезнях человека». Журнал клинических исследований. 122 (5): 1589–1595. Дои:10.1172 / JCI60020. ЧВК  3336981. PMID  22546862.
  3. ^ Чжэн, LL; Ли, JH; Ву, Дж; Sun, WJ; Лю, S; Wang, ZL; Чжоу, H; Ян, JH; Qu, LH (4 января 2016 г.). «deepBase v2.0: идентификация, экспрессия, эволюция и функция малых РНК, LncRNA и кольцевых РНК по данным глубокого секвенирования». Исследования нуклеиновых кислот. 44 (D1): D196–202. Дои:10.1093 / нар / gkv1273. ЧВК  4702900. PMID  26590255.
  4. ^ Volders, P. -J .; Helsens, K .; Ван, X .; Menten, B .; Martens, L .; Gevaert, K ​​.; Vandesompele, J .; Местдаг, П. (2012). «LNCipedia: база данных аннотированных последовательностей и структур транскриптов днРНК человека». Исследования нуклеиновых кислот. 41 (Проблема с базой данных): D246 – D251. Дои:10.1093 / нар / gks915. ЧВК  3531107. PMID  23042674.
  5. ^ Волдерс, П. Дж .; Верхегген, К; Menschaert, G; Вандепоэле, К; Martens, L; Vandesompele, J; Местдаг, П. (2015). «Обновление LNCipedia: база данных аннотированных последовательностей днРНК человека». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Выпуск базы данных): D174–180. Дои:10.1093 / нар / gku1060. ЧВК  4383901. PMID  25378313.
  6. ^ Amaral, P.P .; Clark, M. B .; Гаскойн, Д. К .; Dinger, M.E .; Маттик, Дж. С. (2010). «LncRNAdb: справочная база данных для длинных некодирующих РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 39 (Проблема с базой данных): D146 – D151. Дои:10.1093 / nar / gkq1138. ЧВК  3013714. PMID  21112873.
  7. ^ Ма, Лина; Ли, Анг; Цзоу, Донг; Сюй, Синцзянь; Ся, Линь; Ю, Джун; Баич, Владимир Б .; Чжан, Чжан (2015). «LncRNAWiki: использование знаний сообщества в совместном культивировании длинных некодирующих РНК человека». Исследования нуклеиновых кислот. 43 (Проблема с базой данных): D187 – D92. Дои:10.1093 / нар / gku1167. ЧВК  4383965. PMID  25399417.
  8. ^ Ма, Лина; Цао, Цзябао; Лю, Линь; Ду, Цян; Ли, Чжао; Цзоу, Донг; Баич, Владимир Б .; Чжан, Чжан (2019). «LncBook: тщательно подобранная база знаний о длинных некодирующих РНК человека». Исследования нуклеиновых кислот. 47 (Проблема с базой данных): D128 – D134. Дои:10.1093 / nar / gky960. ЧВК  6323930. PMID  30329098.
  9. ^ Бу, Д .; Ю, К .; Sun, S .; Xie, C .; Skogerbø, G .; Miao, R .; Xiao, H .; Liao, Q .; Luo, H .; Zhao, G .; Zhao, H .; Liu, Z .; Liu, C .; Chen, R .; Чжао, Ю. (2011). "NONCODE v3.0: Интегративная аннотация длинных некодирующих РНК". Исследования нуклеиновых кислот. 40 (Проблема с базой данных): D210 – D215. Дои:10.1093 / нар / gkr1175. ЧВК  3245065. PMID  22135294.
  10. ^ Dinger, M.E .; Pang, K. C .; Mercer, T. R .; Crowe, M. L .; Grimmond, S.M .; Маттик, Дж. С. (2009). «NRED: база данных длинных экспрессий некодирующих РНК». Исследования нуклеиновых кислот. 37 (Проблема с базой данных): D122 – D126. Дои:10.1093 / nar / gkn617. ЧВК  2686506. PMID  18829717.
  11. ^ Weirick, T .; Дэвид, Дж .; Стефани, Д .; Учида, С. (2015). «C-It-Loci: база данных по локусам, обогащенным тканями». Биоинформатика. 31 (21): 3537–3543. Дои:10.1093 / биоинформатика / btv410. PMID  26163692.
  12. ^ Айер, Мэтью К .; Никнафс, Яшар С .; Малик, Рохит; Сингхал, Удит; Саху, Анирбан; Хосоно, Ясуюки; Барретт, Терренс Р .; Пренснер, Джон Р .; Эванс, Джозеф Р. (март 2015 г.). «Пейзаж длинных некодирующих РНК в транскриптоме человека». Природа Генетика. 47 (3): 199–208. Дои:10,1038 / нг.3192. ISSN  1546-1718. ЧВК  4417758. PMID  25599403.
  13. ^ Чен, Дженни; Шишкин, Александр А .; Чжу, Сяопэн; Кадри, Сабах; Маза, Итай; Гутман, Митчелл; Ханна, Джейкоб Х .; Регев, Авив; Гарбер, Мануэль (02.02.2016). «Эволюционный анализ млекопитающих выявил отдельные классы длинных некодирующих РНК». Геномная биология. 17: 19. Дои:10.1186 / s13059-016-0880-9. ISSN  1474-760X. ЧВК  4739325. PMID  26838501.
  14. ^ Карлеваро-Фита, Жоана; Лансос, Андрес; Фейербах, Ларс; Хонг, Чен; Мас-Понте, Дэвид; Скоу Педерсен, Якоб; Джонсон, Рори (2020). «Перепись LncRNA рака выявляет доказательства глубокой функциональной консервации длинных некодирующих РНК при онкогенезе». Биология коммуникации. 3. Дои:10.1038 / с42003-019-0741-7.
  15. ^ Ты, Бо-Хён; Юн, Санг-Хо; Нам, Джин-Ву (2017-06-01). «Карты транскриптомов с высокой степенью достоверности кодирования и без кодирования». Геномные исследования. 27 (6): 1050–1062. Дои:10.1101 / гр.214288.116. ISSN  1088-9051. ЧВК  5453319. PMID  28396519.