Информационный ресурс по арабидопсису - The Arabidopsis Information Resource

Информационный ресурс по арабидопсису (ТАИР)
Database.png
Содержание
Описаниересурс сообщества и онлайн база данных моделей организмов генетических и молекулярно-биологических данных для модельного растения Arabidopsis thaliana, широко известный как кресс-салат из мышиных ушей.
ОрганизмыArabidopsis thaliana
Связаться с нами
Исследовательский центрPhoenix Bioinformatics
Доступ
Интернет сайтhttps://www.arabidopsis.org/

Информационный ресурс по арабидопсису (ТАИР) - это ресурс сообщества и онлайн база данных моделей организмов генетических и молекулярно-биологических данных для модельного растения Arabidopsis thaliana, широко известный как кресс-салат из мышиных ушей.[1]

TAIR объединяет информацию о геноме Arabidopsis, генах, генных продуктах, природных вариантах, мутантных аллелях и фенотипах растений, а также исследовательскую литературу. Данные в TAIR можно получить с помощью простого и расширенного поиска, инструментов массового запроса и загрузки, а также в коллекциях подготовленных текстовых файлов. Геном и аннотации арабидопсиса можно визуализировать с помощью интерактивных инструментов SeqViewer и GBrowse. Биокураторы ТАИР несут ответственность за сбор и интеграцию данных из исследовательской литературы (функциональная аннотация)[2] а также за помощь сообществу в использовании данных и инструментов Arabidopsis. ТАИР сотрудничает с Консорциум биологических ресурсов арабидопсиса (ABRC), чтобы исследователи могли искать, просматривать и заказывать запасы семян и ДНК. Миссия ABRC состоит в том, чтобы приобретать, сохранять и распространять ресурсы семян и ДНК, которые могут быть полезны исследовательскому сообществу Arabidopsis. В сообществе ТАИРа более 28 000 зарегистрированных пользователей. [3] а сайт привлекает около 60 000 уникальных посетителей в месяц. [4]

ТАИР находится по адресу Phoenix Bioinformatics, и финансируется Подписки.

История финансирования ТАИР

С момента своего создания в 1999–2013 годах TAIR в основном финансировался Национальным научным фондом (грант № DBI-0850219). В ответ на прекращение финансирования NSF основная группа сотрудников TAIR основала некоммерческую организацию, Phoenix Bioinformatics, с целью поиска творческих решений для обеспечения устойчивости баз данных. В сентябре 2013 года при поддержке Phoenix TAIR перешла на доход от подписки. Абонентская плата используется для финансирования непрерывного контроля данных и улучшения базы данных и инструментов TAIR. TAIR предлагает множество вариантов подписки для доступа к полному актуальному ресурсу.[5]

Для обеспечения максимального доступа сообщества к данным и содействия повторному использованию данных, данные только для подписчиков в TAIR становятся общедоступными через год после их первоначального размещения на сайте TAIR.[6]

использованная литература

  1. ^ Lamesch, P; Берардини, Т.З .; Ли, Д; Swarbreck, D; Уилкс, С; Sasidharan, R; Muller, R; Дреер, К; Александр, DL; Гарсия-Эрнандес, М. Картикеян, АС; Ли, Швейцария; Нельсон, WD; Ploetz, L; Сингх, S; Wensel, A; Хуала, Э (2012). «Информационный ресурс по арабидопсису (TAIR): улучшенная аннотация генов и новые инструменты». Исследования нуклеиновых кислот. 40 (База данных): D1202-10. Дои:10.1093 / nar / gkr1090. ЧВК  3245047. PMID  22140109.
  2. ^ Берардини, Т.З .; Mundodi, S; Райзер, L; Huala, E; Гарсия-Эрнандес, М. Чжан, П; Мюллер, Луизиана; Юн, Дж; Дойл, А; Lander, G; Мосейко, Н; Yoo, D; Сюй, я; Zoeckler, B; Монтойя, М; Miller, N; Weems, D; Ри, SY (2004). «Функциональная аннотация генома Arabidopsis с использованием контролируемых словарей». Физиология растений. 135 (2): 745–55. Дои:10.1104 / стр. 104.040071. ЧВК  514112. PMID  15173566.
  3. ^ «Поиск сообщества ТАИР». ТАИР. Получено 11 мая 2015.
  4. ^ «ТАИР Google Analytics». Гугл Аналитика. Получено 12 мая 2015.
  5. ^ «Страница подписки ТАИР». ТАИР. Получено 12 мая 2015.
  6. ^ "Информационные новости ТАИРа". ТАИР. Получено 12 мая 2015.

внешние ссылки