МЫШЦЫ (программное обеспечение для выравнивания) - MUSCLE (alignment software)

Сравнение нескольких последовательностей по логарифмическому ожиданию
Оригинальный автор (ы)Роберт С. Эдгар
Разработчики)drive5
изначальный выпуск2004; 16 лет назад (2004)
Стабильный выпуск
3.8.31 / 18 августа 2016 г.; 4 года назад (2016-08-18)
Репозиторий
Отредактируйте это в Викиданных
Операционная системаLinux, macOS, Windows
ПлатформаIA-32, x86-64
Доступно ванглийский
ТипМножественное выравнивание последовательностей
ЛицензияВсеобщее достояние
Интернет сайтwww.drive5.com/ мышца

Сравнение нескольких последовательностей по логарифмическому ожиданию (МЫШЦЫ) компьютер программного обеспечения за множественное выравнивание последовательностей из белок и нуклеотид последовательности. это лицензированный в качестве всеобщее достояние. Этот метод был опубликован Робертом К. Эдгаром в двух статьях в 2004 году. Первая статья, опубликованная в Исследования нуклеиновых кислот, представил алгоритм выравнивания последовательностей.[1] Вторая статья, опубликованная в BMC Bioinformatics, представлены более технические подробности.[2]

Алгоритм

Алгоритм MUSCLE состоит из трех этапов: проект прогрессивный, улучшенный прогрессивный, и уточнение этапы. в проект прогрессивный На этапе, алгоритм производит предварительное множественное выравнивание, делая упор на скорость важнее точности. в улучшенный прогрессивный этап, Кимура расстояние используется для переоценки двоичное дерево для создания уклона, что, в свою очередь, обеспечивает более точное множественное выравнивание. Финал уточнение stage уточняет улучшенное выравнивание, сделанное на шаге два. В конце каждого этапа доступно несколько выравниваний. На первых двух этапах алгоритма временная сложность является O (N2L + NL2), то космическая сложность является O (N2 + NL + L2). В уточнение этап добавляет к временной сложности еще один член, O (N3L).[1] МЫШЦЫ часто используются как замена Clustal, поскольку он обычно (но не всегда) дает лучшее выравнивание последовательностей в зависимости от выбранных вариантов. Кроме того, MUSCLE значительно быстрее, чем Clustal, в большей степени для больших выравниваний.[1][2]

Интеграция

МЫШЦА интегрирована в ДНАСТАР программное обеспечение Lasergene, Geneious и MacVector и доступен в Секвенсор, МЕГА, и UGENE как плагин. MUSCLE также доступен как веб-сервис через Европейская лаборатория молекулярной биологии (EMBL) -Европейский институт биоинформатики (EBI).[3] По состоянию на сентябрь 2016 года две статьи, описывающие MUSCLE, были процитированы более 19000 раз.[4]

Смотрите также

Рекомендации

  1. ^ а б c Эдгар RC (2004). «МЫШЦЫ: множественное выравнивание последовательностей с высокой точностью и высокой производительностью». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (5): 1792–97. Дои:10.1093 / нар / гх340. ЧВК  390337. PMID  15034147.
  2. ^ а б Эдгар RC (2004). «МЫШЦЫ: метод множественного выравнивания последовательностей с уменьшенной временной и пространственной сложностью». BMC Bioinformatics. 5 (1): 113. Дои:10.1186/1471-2105-5-113. ЧВК  517706. PMID  15318951.
  3. ^ «МЫШЦЫ <Выравнивание нескольких последовательностей . Получено 1 сентября 2014.
  4. ^ "Роберт С. Эдгар - цитирование ученых Google". Получено 1 сентября 2016.

внешняя ссылка