Информационный ресурс о белках - Protein Information Resource

В Информационный ресурс о белках (PIR), расположен в Джорджтаунский университет Медицинский центр (ГУМЦ), является интегрированным общественным биоинформатика ресурс для поддержки геномный и протеомный исследования и научные исследования, содержит базы данных последовательностей белков [1][2][3][4][5][6][7]

История

PIR был основан в 1984 году Национальным фондом биомедицинских исследований (NBRF) в качестве ресурса для помощи исследователям и клиентам в идентификации и интерпретации белковая последовательность Информация. До этого NBRF составил первую полную коллекцию макромолекулярных последовательностей в Атласе последовательности и структуры белков, опубликованном с 1964 по 1974 год под редакцией Маргарет Дейхофф. Дейхофф и ее исследовательская группа были первыми в разработке компьютерных методов для сравнения последовательностей белков, для обнаружения отдаленно связанных последовательностей и дупликаций внутри последовательностей, а также для вывода эволюционных историй из выравнивания последовательностей белков.[8]

Вайнона Баркер и Роберт Ледли взял на себя руководство проектом после смерти Dayhoff в 1983 году. В 1999 году Кэти Х. Ву присоединился к NBRF, а затем к GUMC, чтобы возглавить деятельность PIR по биоинформатике, и работал сначала в качестве главного исследователя, а с 2001 года - в качестве директора.[нужна цитата ]

За четыре десятилетия PIR предоставил множество баз данных белков и инструментов анализа, свободно доступных для научного сообщества, включая базу данных последовательностей белков (PSD), первую международную базу данных (см. PIR-International), которая выросла из Атласа последовательностей и структуры белков. .[нужна цитата ]

В 2002 году ПИР вместе со своими международными партнерами EBI (Европейский институт биоинформатики ) и SIB (Швейцарский институт биоинформатики ) - получили грант от NIH на создание UniProt, единую всемирную базу данных последовательностей и функций белков, путем объединения PIR-PSD, Swiss-Prot, и TrEMBL базы данных. По состоянию на 2010 г., PIR предлагает широкий спектр ресурсов, в основном ориентированных на содействие распространению и стандартизации аннотации белков: PIRSF,[9] iProClass и iProLINK.

Protein Ontology (PRO) - еще одна популярная база данных, выпущенная Protein Information Resource.[10][11]

Рекомендации

  1. ^ http://pir.georgetown.edu/ В архиве 2014-03-12 в Wayback Machine Официальный сайт ПИР Джорджтаунского университета.
  2. ^ Ву, Кэти; Неберт, Дэниел В. (2004). «Обновленная информация о завершении генома и аннотациях: информационный ресурс о белках». Геномика человека. 1 (3): 229–33. Дои:10.1186/1479-7364-1-3-229. ЧВК  3525084. PMID  15588483.
  3. ^ Ву, К. Х. (2003). «Ресурс информации о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 31 (1): 345–347. Дои:10.1093 / nar / gkg040. ЧВК  165487. PMID  12520019.
  4. ^ Wu, CH; Хуанг, Н; Армински, Л; Кастро-Альвеар, Дж; Чен, Y; Ху, ZZ; Ledley, RS; Льюис, KC; Mewes, HW; Оркатт, Британская Колумбия; Suzek, BE; Цугита, А; Винаяка, CR; Да, LS; Чжан, Дж; Баркер, WC (01.01.2002). «Ресурс информации о белках: интегрированный общедоступный ресурс функциональной аннотации белков». Исследования нуклеиновых кислот. 30 (1): 35–37. Дои:10.1093 / nar / 30.1.35. ISSN  1362-4962. ЧВК  99125. PMID  11752247.
  5. ^ Barker, W. C .; Garavelli, J. S .; Hou, Z .; Huang, H .; Ledley, R. S .; McGarvey, P. B .; Mewes, H.W .; Orcutt, B.C .; Pfeiffer, F .; Цугита, А .; Vinayaka, C.R .; Xiao, C .; Yeh, L. S .; Ву, К. (2001). «Ресурс информации о белках: ресурс сообщества для экспертной аннотации данных о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 29 (1): 29–32. Дои:10.1093 / nar / 29.1.29. ЧВК  29802. PMID  11125041.
  6. ^ Баркер, В. К. (2000). "Ресурс информации о белках (PIR)". Исследования нуклеиновых кислот. 28 (1): 41–44. Дои:10.1093 / nar / 28.1.41. ЧВК  102418. PMID  10592177.
  7. ^ Джордж, Д. Г .; Додсон, Р. Дж .; Garavelli, J. S .; Haft, D.H .; Хант, Л. Т .; Marzec, C.R .; Orcutt, B.C .; Сидман, К. Э .; Srinivasarao, G. Y .; Ага, Л.-С. L .; Армински, Л. М .; Ledley, R. S .; Цугита, А .; Баркер, В. К. (1997). "Ресурс информации о белках (PIR) и Международная база данных последовательностей белков". Исследования нуклеиновых кислот. 25 (1): 24–27. Дои:10.1093 / nar / 25.1.24. ЧВК  146415. PMID  9016497.
  8. ^ Изет, М (2016). «Самые влиятельные ученые в развитии медицинской информатики (13): Маргарет Белль Дейхофф». Акта Информ Мед. 24 (4).
  9. ^ Wu, C.H .; Никольская, А .; Huang, H .; Yeh, L. S .; Натале, Д. А .; Vinayaka, C.R .; Hu, Z. Z .; Mazumder, R .; Kumar, S .; Kourtesis, P .; Ledley, R. S .; Suzek, B.E .; Армински, Л .; Chen, Y .; Zhang, J .; Cardenas, J. L .; Chung, S .; Castro-Alvear, J .; Динков, Г .; Баркер, В. К. (2004). «PIRSF: Система классификации семей на информационном ресурсе о белках». Исследования нуклеиновых кислот. 32 (90001): 112D – 114. Дои:10.1093 / нар / gkh097. ЧВК  308831. PMID  14681371.
  10. ^ "GeorgeTown.edu - Белковая онтология". Архивировано из оригинал на 2011-03-10. Получено 2017-12-04.
  11. ^ Chicco, Davide; Массероли, Марко (2019). «Биологические и медицинские онтологии: белковая онтология (PRO)». Энциклопедия биоинформатики и вычислительной биологии. С. 832–837. Дои:10.1016 / B978-0-12-809633-8.20396-8. ISBN  9780128114322.