Интеллектуальные системы для молекулярной биологии - Intelligent Systems for Molecular Biology
Интеллектуальные системы для молекулярной биологии | |
---|---|
Логотип ISMB 2016 | |
Частота | Ежегодно |
Местоположение (а) | Прага, Чехия (2017) |
Активные годы | 27 |
Предыдущее мероприятие | ISMB 2016 |
Следующее мероприятие | ISMB / ECCB 2017 |
Посещаемость | 2,000[1] |
Организовано | Тереза Пшитицка, Пьер Бальди (2016 стульев) |
Член | Международное общество вычислительной биологии |
Интернет сайт | www |
Интеллектуальные системы для молекулярной биологии (ISMB) является ежегодным научная конференция по вопросам биоинформатика и вычислительная биология организованный Международное общество вычислительной биологии (ISCB). Основное внимание на конференции уделяется разработке и применению передовых вычислительных методов для решения биологических проблем. Конференция проводится ежегодно с 1993 года и превратилась в одну из крупнейших и самых престижных встреч в этих областях, в которой в 2004 году приняли участие более 2000 делегатов.[1][2] С момента первой встречи ISMB проводился по всему миру; с 2007 года собрания попеременно проводились в Европе и Северной Америке. С 2004 г. европейские встречи проводятся совместно с Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB).
Основная конференция ISMB обычно длится три дня и состоит из презентаций, стендовые доклады и основные доклады. Большинство презентаций проходят в нескольких параллельных направлениях; тем не менее, основные доклады представлены в виде единого трека и выбраны для отражения выдающихся исследований в области биоинформатики. Среди известных основных докладчиков ISMB были восемь нобелевских лауреатов. Получатели ISCB Приз Овертона и Достижения ISCB, присуждаемые старшим ученым приглашены выступить с основными докладами в рамках программы. Материалы конференции в настоящее время публикуются в журнале. Биоинформатика.
История
Ранние встречи
Истоки конференции ISMB лежат в семинаре для искусственный интеллект исследователи, интересующиеся молекулярная биология состоялась в ноябре 1991 г.[3] Семинар был организован Американец Исследователь Лоуренс Хантер, затем директор проекта машинного обучения в США Национальные институты здоровья с Национальная медицинская библиотека (NLM) в Бетесда, Мэриленд.[4] Последующий семинар по той же теме, проведенный в 1992 г., организованный NLM и Национальный фонд науки, дал понять, что необходима регулярная международная конференция в этой области. Такая конференция будет посвящена молекулярной биологии как быстро развивающемуся применению искусственного интеллекта.[5] Успешно подав заявку на получение гранта от AAAI, Национальные институты здравоохранения США и Управление здравоохранения и окружающей среды Министерства энергетики США, первая конференция ISMB была проведена в июле 1993 года в NLM. Конференция проходила под председательством Хантера, Дэвид Сирлс (доцент кафедры Медицинский факультет Пенсильванского университета ) и Джуд Шавлик (доцент кафедры информатики в Университет Висконсина-Мэдисона ) и привлек более 200 участников из 13 стран,[4] подано 69 научных работ.[3]
Успех первой конференции вызвал объявление о второй конференции ISMB в конце встречи. ISMB 1994 изначально планировалось провести в Сиэтл. Однако конкурирующая встреча вынудила ISMB в короткие сроки сменить место проведения. Конференция проходила в г. Стэндфордский Университет в августе 1994 г. и был организован Расс Альтман, научный сотрудник Медицинский факультет Стэнфордского университета.[3] Чтобы подчеркнуть международный аспект конференции, ISMB 1995 был проведен в Колледж Робинсона, Кембридж. ISMB 1995 также ознаменовал смещение фокуса конференции. ISCB Член правления и директор Испанский национальный институт биоинформатики Альфонсо Валенсия заявил, что в 1995 году «конференция превратилась из конференции по информатике в точку, где все осознали, что если вы хотите добиться прогресса, необходимо больше внимания уделять биологии».[3]
Формирование ISCB и расширение
ISMB 1997 проходил в г. Халкидики, Греция и обозначил фундамент Международное общество вычислительной биологии (ISCB).[5] ISCB был сформирован с акцентом на управление всеми научными, организационными и финансовыми аспектами конференции ISMB и предоставить ученым форум для обсуждения растущей роли компьютеров в биологических науках. ISCB оказывает содействие в организации серии конференций ISMB с 1998 года.[2] Период после образования ISCB также ознаменовал рост числа посетителей ISMB: ISMB 2000 (проводится в Калифорнийский университет в Сан-Диего ) посетили более 1000 делегатов,[1] подана 141 научная работа.[3] Эта встреча также была последней, когда ISMB проводился в университете из-за ограничений по размеру.[1]
Партнерство с ECCB
В 2004 году ISMB проводился совместно с Европейская конференция по вычислительной биологии в первый раз. Конференция была также совмещена с конференцией Genes, Proteins and Computers. Эта встреча, состоявшаяся в Глазго, Великобритания, был самым большим биоинформатика конференция когда-либо проводилась,[6] приняли участие 2136 делегатов, представивших 496 научных работ.[7] Альфонсо Валенсия считает ISMB / ECCB 2004 важной вехой в истории ISMB: «это была первая конференция, на которой баланс между Европой и Штатами стал важной частью конференции. Именно здесь мы установили правила и пути и дух сотрудничества между американцами и европейцами ».[3] Успех совместной конференции проложил путь для будущих европейских встреч ISMB, которые будут проводиться совместно с ECCB.[3]
Недавние встречи
К концу 2006 г. ISCB испытывал финансовые затруднения. Две конференции (ISMB 2003, в Брисбен и ISMB 2006, в Форталеза ) резко сократило количество участников из-за их местоположения с соответствующим сокращением дохода.[8] Чтобы позволить присутствовать большему количеству делегатов, было решено ограничить места проведения конференций Северной Америкой и Европой. В январе 2007 года ISMB и ECCB договорились проводить совместные конференции в Европе раз в два года, начиная с ISMB / ECCB 2007.[2] ISMB будет проводиться в Северной Америке в период между совместными встречами. По состоянию на 2016 год[Обновить], было подтверждено, что эта модель сохранится как минимум до 2019 года. ISMB / ECCB 2007 (проводится в Вена, Австрия ) стал первой конференцией, за организацию которой ISCB взял на себя полную ответственность.[1] Вена стала первым городом, который дважды принимал ISMB вместе с ISMB / ECCB 2011. Этот «ответный визит» был экспериментом, направленным на то, чтобы уменьшить усилия, необходимые для поиска подходящих мест для проведения конференций. Хотя возвращение в Вену было сочтено лишь частично успешным из-за роста цен, Бостон (на котором размещались ISMB 2010 и 2014), как ожидается, станет «безопасным» сайтом, на который ISMB может периодически возвращаться.[1]
ISMB отпраздновал свою 20-ю встречу с ISMB 2012, проходившую в Лонг-Бич, Калифорния. Мероприятие собрало около 1600 делегатов,[1] подано 268 научных работ.[3] Ричард Х. Латроп и Лоуренс Хантер представили специальную программную презентацию, оглядываясь на предыдущие встречи ISMB и пытаясь предсказать, в какой области биоинформатика может отправиться в будущее.[9] ISMB / ECCB 2013 прошла в г. Берлин, Германия В нем приняли участие около 2000 делегатов, представивших 233 научных доклада.[10]
Формат
Основная конференция
Основная конференция ISMB обычно длится три дня и состоит из презентаций, стендовые доклады и основные доклады.[1]
Академические работы на ISMB традиционно были представлены в единственном треке.[3] Презентации на ISMB 1994 были разделены на три тематических дня, посвященных предсказание вторичной структуры белка, анализ последовательности и методы искусственного интеллекта и биохимические приложения, соответственно.[4] По мере увеличения посещаемости ISMB подход к единому треку становился все более неустойчивым, и на ISMB / ECCB 2004 были представлены два параллельных трека. Дальнейшее расширение означало, что к ISMB 2012 более 200 докладов были представлены в девяти параллельных треках[1] включая несколько судебное разбирательство дорожки, дорожка основных моментов и дорожка технологий. Введение параллельных путей в ISMB вызвало споры. Кристофер Роулингс (заведующий кафедрой вычислительной и системной биологии в Rothamsted Research и организатор ISMB 1995) сказал: «Было много людей, которые хотели закрепить это в модели интеллектуальных систем ИИ и провести собрание, на котором все пойдут на все. Но это стало слишком большим. Мы просто не могли т. "[3] По количеству представленных судебное разбирательство бумаг увеличилось, процент приема резко снизился, с 75% в 1994 году до 13% в 2012 году.[3] Протоколы ISMB 1993-2000 были опубликованы AAAI Press. Начиная с ISMB 2001, в журнале публикуются труды. Биоинформатика.[11][12] Количество плакатов, представленных на ISMB, также резко увеличилось. 25 плакатов были представлены на ISMB 1994;[4] На недавних встречах ISMB было представлено от 500 до 1000 плакатов в виде нескольких стендовых сессий.[1]
Ключевые доклады представлены в виде единого трека и обычно привлекают самую большую аудиторию.[2] Эти презентации выбраны, чтобы выделить выдающиеся исследования в области биоинформатика. Примечательный Основные докладчики ISMB включили восемь Нобелевские лауреаты: Ричард Дж. Робертс (основной докладчик в 1994, 2006 гг.), Джон Салстон (1995), Манфред Эйген (1999), Джеральд Эдельман (2000), Сидней Бреннер (2003), Курт Вютрих (2006), Роберт Хубер (2006) и Майкл Левитт (2015).[5][13][14]
По состоянию на 2012 год бюджет ISMB превышает 1,5 миллиона долларов, а по выручке он в четыре раза превышает аналогичный показатель других конференций ISCB (ISCB-Latin America, ISCB-Африка, ISCB-Asia, Конференция по биоинформатике Скалистых гор, CSHALS и Конференция по биоинформатике Великих озер) вместе взятые.[1] Стандартные регистрационные сборы (по состоянию на 2013 год) составляют около 1000 долларов для ученых, которые являются членами ISCB (1350 долларов для нечленов), с более низкими ставками для студентов и более высокими ставками для корпоративных делегатов соответственно. Скидки предоставляются при ранней регистрации.[15]
Спутниковые события
Обучающие программы перед конференцией сыграли важную роль в ISMB с момента первой конференции.[2] Учебники на ISMB 1994 включали введение в генетические алгоритмы, нейронные сети, AI для молекулярных биологов и молекулярная биология для компьютерных ученых.[4] Учебники по вычислительной масс-спектрометрии -основан протеомика и КОДИРОВАТЬ доступ к данным был представлен на ISMB / ECCB 2013.[16]
По мере роста посещаемости ISMB в конце 1990-х годов одновременно с основной конференцией образовалось несколько дополнительных встреч и встреч групп особых интересов (SIG). Заседания SIG проводятся за один или два дня до основной конференции и фокусируются на конкретной теме, что позволяет обсудить более детально, чем на основной конференции.[17] Известные встречи SIG включают Конференция по биоинформатике с открытым исходным кодом (BOSC), который проводится ежегодно с 2000 г.[18] и Bio-Ontologies, которая проводится ежегодно с 1998 года.[19] Сателлитные встречи обычно длятся два дня и проводятся совместно с ISMB. 12-я конференция CAMDA и 9-я встреча 3DSIG были проведены в качестве дополнительных встреч ISMB / ECCB 2013.[20][21]
Список конференций
Запланированные мероприятия
Конференция | Место расположения | Место проведения | Примечания |
---|---|---|---|
ISMB 2020 | Монреаль, Канада | Palais des congrès de Montréal | 12-16 июля |
ISMB / ECCB 2021 г. | Лион, Франция [48] | 25-29 июля, 20-е заседание ECCB. | |
ISMB 2022 | Мэдисон, Висконсин, Соединенные Штаты | 30-е заседание ISMB. | |
ISMB / ECCB 2023 г. | Ливерпуль, Соединенное Королевство | 16-20 июля |
Смотрите также
- Европейская конференция по вычислительной биологии (ECCB)
- Тихоокеанский симпозиум по биокомпьютингу (PSB)
- Исследования в области вычислительной молекулярной биологии (РЕКОМБ)
Рекомендации
- ^ а б c d е ж грамм час я j k Рост, Б .; Gaasterland, T .; Ленгауэр, Т .; Linial, M .; Маркель, С .; Morrison McKay, B.J .; Schneider, R .; Horton, P .; Келсо, Дж. (13 июля 2012 г.). «Прокладывая будущее: поиск подходящих площадок для ISMB». Биоинформатика. 28 (19): 2556–2559. Дои:10.1093 / биоинформатика / bts420. ЧВК 3463122. PMID 22796959.
- ^ а б c d е Linial, M .; Месиров, Дж. П .; Моррисон Маккей, Б. Дж .; Рост, Б. (2008). "ISMB 2008 Торонто". PLOS вычислительная биология. 4 (6): e1000094. Bibcode:2008PLSCB ... 4E0094L. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1000094. ЧВК 2427177. PMID 18584023.
- ^ а б c d е ж грамм час я j k Гибсон, Тодд А. (2012). «Корни биоинформатики в ISMB». PLOS вычислительная биология. 8 (8): e1002679. Bibcode:2012PLSCB ... 8E2679G. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1002679. ЧВК 3431341. PMID 22952443.
- ^ а б c d е Searls, D .; Shavlik, J .; Хантер, Л. (1994). «Первая международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии». Журнал AI. 15 (1): 12–13. Получено 16 сентября 2013.
- ^ а б c «Об ИСМБ». www.iscb.org. ISCB. Получено 16 сентября 2013.
- ^ «История ISCB». www.iscb.org. Получено 19 сентября 2013.
- ^ "ISMB / ECCB 2004". Получено 19 сентября 2013.
- ^ Рост, Б. (14 ноября 2013 г.). «ISCB: прошлое и настоящее для Международного общества вычислительной биологии». Биоинформатика. 29 (24): 3243–3245. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt629. ЧВК 5994947. PMID 24234004.
- ^ "Ключевые моменты". ISMB 2012. ISCB. Получено 26 августа 2013.
- ^ Бен-Тал, Н. (21 июня 2013 г.). «Редакция». Биоинформатика. 29 (13): i1 – i2. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt282. ЧВК 3694647. PMID 23812973.
- ^ "Протоколы ISMB". www.iscb.org. ISCB. Получено 3 октября 2013.
- ^ Brunak, S .; Крог, А. (1 июня 2001 г.). «ИСМБ 2001». Биоинформатика. 17 (Приложение 1): S1 – S4. Дои:10.1093 / биоинформатика / 17.suppl_1.S1.
- ^ Нешич, Горан; Bourne, Philip E .; Брунак, Сорен (1 января 2006 г.). «ИСМБ 2006». PLOS вычислительная биология. 2 (2): e11. Bibcode:2006PLSCB ... 2 ... 11N. Дои:10.1371 / journal.pcbi.0020011. ЧВК 1378106. PMID 16758006.
- ^ "Ключевые моменты". ISMB / ECCB 2015. ISCB. Получено 18 мая 2015.
- ^ "РЕГИСТР". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Получено 25 октября 2013.
- ^ "Учебники". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Получено 26 сентября 2013.
- ^ "SIGs & Satellite Meetings". ISMB / ECCB 2013. ISCB. Получено 26 сентября 2013.
- ^ «BOSC - Фонд открытой биоинформатики». Фонд открытой биоинформатики. Получено 26 сентября 2013.
- ^ Боденрейдер, Оливье; Стивенс, Роберт (2006). «Био-онтологии: современные тенденции и будущие направления». Брифинги по биоинформатике. 7 (3): 256–274. Дои:10.1093 / bib / bbl027. ЧВК 1847325. PMID 16899495.
- ^ «3DSIG 2013 - Структурная биоинформатика и вычислительная биофизика, Берлин 2013». 3DSIG 2013. Получено 26 сентября 2013.
- ^ «Конференция CAMDA 2013 - CAMDA 2013». CAMDA 2013. Получено 26 сентября 2013.
- ^ «Труды 1-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB - 93». Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 1: i – ix, 1–459. 1993 г. PMID 7584323.
- ^ "Труды 2-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB - 94". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 2: 1–384. 1994. PMID 7584376.
- ^ "Труды 3-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB - 95". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 3: i – xii, 1–415. 1995 г. PMID 7584424.
- ^ "Труды 4-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. ISMB-96". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 4: 1–262. 1996. PMID 9005023.
- ^ "Труды 5-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. Халкидики, Греция, 21-26 июня 1997 г.". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 5: 1–371. 1997. PMID 9410501.
- ^ "Труды 6-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. Монреаль, Квебек, Канада. 28 июня - 1 июля 1998 г.". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 6: 1–223. 1998. PMID 9867411.
- ^ "ISMB '99. Труды 7-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. Гейдельберг, Германия, 6-10 августа 1999 г.". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии: 1–307. 1999. PMID 10809579.
- ^ "Труды 8-й Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии (ISMB 2000). Сан-Диего, Калифорния, США. 19-23 августа 2000 г.". Ход работы. Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии. 8: 1–419. 2000. PMID 11221647.
- ^ «Труды Девятой международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии». Биоинформатика. 17: S1 – S331. Июнь 2001 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ "Труды Десятой Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии". Биоинформатика. 18 (приложение 1): S1 – S363. Июль 2002 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ Майерс, Г. (3 июля 2003 г.). «Одиннадцатая Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии, Брисбен, Австралия, 29 июня - 3 июля 2003 г.». Биоинформатика. 19 (приложение 1): i1 – i349. Дои:10.1093 / биоинформатика / btg1048. PMID 12855430. Получено 3 октября 2013.
- ^ «Труды Двенадцатой Международной конференции по интеллектуальным системам для молекулярной биологии / Третьей европейской конференции по компьютерной биологии 2004 г. Глазго, Великобритания, 31 июля - 4 августа 2004 г.». Биоинформатика. 20 (Приложение 1): i1 – i395. 4 августа 2004 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ «Протоколы ISMB 2005. Тринадцатая Международная конференция по интеллектуальным системам для молекулярной биологии, Детройт, 25-29 июня 2005 г.». Биоинформатика. 21 (Приложение 1): i1 – i510. 2005 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ "ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2006, 6-10 АВГУСТА, ФОРТАЛЕЗА, БРАЗИЛИЯ". Биоинформатика. 22 (14): e1 – e568. 15 июля 2006 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ "Ismb / Eccb 2007". Биоинформатика. 23 (13): i1 – i586. 13 июля 2007 г. Дои:10.1093 / биоинформатика / btm285. Получено 3 октября 2013.
- ^ «ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2008, 19-23 ИЮЛЯ 2008 ГОДА, ТОРОНТО». Биоинформатика. 24 (13): i1 – i423. 1 июля 2008 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ "ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB / ECCB 2009, С 27 ИЮНЯ ПО 2 ИЮЛЯ 2009 ГОДА, СТОКГОЛЬМ, ШВЕЦИЯ". Биоинформатика. 25 (12): i1 – i384. 15 июня 2009 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ «ПРОЦЕДУРА КОНФЕРЕНЦИИ ISMB 2010, С 11 ПО 13 ИЮЛЯ 2010 ГОДА, БОСТОН, МА, США». Биоинформатика. 26 (12): i1 – i408. 15 июня 2010 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ "Комитет по материалам дела Ismb / Eccb 2011". Биоинформатика. 27 (13): i1 – i411. 1 июля 2011 г. Дои:10.1093 / биоинформатика / btr298. ЧВК 2687993. Получено 3 октября 2013.
- ^ «КОМИТЕТ ПО ПРОИЗВОДСТВЕННЫМ ДОКУМЕНТАМ ISMB 2012, С 15 ПО 19 ИЮЛЯ 2012 ГОДА, ЛОНГ БИЧ, Калифорния, США». Биоинформатика. 28 (12): i1 – i301. 15 июня 2012 г.. Получено 3 октября 2013.
- ^ «Комитет по материалам заседаний ISMB / ECCB 2013». Биоинформатика. 29 (13): i1 – i371. 1 июля 2013 г. Дои:10.1093 / биоинформатика / btt281. ЧВК 4765877. Получено 3 октября 2013.
- ^ «КОМИТЕТ ПО ПРОИЗВОДСТВУ ДОКУМЕНТОВ ISMB 2014». Биоинформатика. 30 (12): i1 – i339. 15 июня 2014 г.. Получено 17 июля 2014.
- ^ «КОМИТЕТ ПО ПРОИЗВОДСТВЕННЫМ ДОКУМЕНТАМ ISMB / ECCB 2015, 10–14 ИЮЛЯ 2015 ГОДА, ДУБЛИН, ИРЛАНДИЯ». Биоинформатика. 31 (12): i1 – i386. 15 июня 2015 г.. Получено 29 декабря 2015.
- ^ «Программа предстоящих мероприятий - Пражский конгресс-центр». Получено 29 декабря 2015.
- ^ «Будущие даты ISMB». www.iscb.org. Получено 7 июля 2017.
- ^ «Об ИСМБ». www.iscb.org. Получено 4 декабря 2019.