EMBnet - EMBnet

В Европейская сеть молекулярной биологии (EMBnet) - международная научная сеть и группа заинтересованных сторон, цель которой биоинформатика услуг, объединив знания и возможности в области биоинформатики.[1] По состоянию на 2011 год у EMBnet 37 узлов в 32 странах. Узлы включают в себя связанные с биоинформатикой Университет отделы, исследовательские институты и национальные поставщики услуг.

Операции

Основная задача большинства узлов EMBnet - предоставить национальному научному сообществу доступ к банки данных биоинформатики, специализированный программного обеспечения и достаточные вычислительные ресурсы и опыт. EMBnet также работает в области обучения биоинформатике и разработка программного обеспечения. Примеры программного обеспечения, созданного членами EMBnet: EMBOSS, WEMBOSS,[2] УТОПИЯ.

EMBnet представляет широкую группу пользователей и тесно сотрудничает с производителями баз данных, такими как EMBL. Европейский институт биоинформатики (EBI), Швейцарский институт биоинформатики (Swiss-Prot ), Мюнхенский информационный центр белковых последовательностей (MIPS), чтобы обеспечить единообразное покрытие услуг во всем Европа. EMBnet зарегистрирована в Нидерланды как общественный фонд (Stichting ).

С момента своего создания в 1988 году EMBnet превратилась из неформальной сети лиц, отвечающих за поддержку биологические базы данных в единственную всемирную организацию, объединяющую профессионалов в области биоинформатики для совместной работы в расширяющихся областях генетика и молекулярная биология. Хотя EMBnet состоит преимущественно из академических узлов, она получает важное дополнительное измерение от своих промышленных участников. Успех EMBnet привлекает все большее количество организаций за пределами Европа присоединиться.

EMBnet имеет проверенную инфраструктуру для организации учебных курсов, оказания технической помощи и помощи своим членам эффективно взаимодействовать и реагировать на быстро меняющиеся потребности в биологических исследованиях так, как не может сделать ни один институт.

В 2005 году организация создала дополнительные типы узлов, позволяющие использовать более одного члена от страны. Новое название категории - «связанный узел».

Координация и организация

EMBnet управляется Ежегодными Общими собраниями (AGM) и координируется Исполнительным советом (EB), который курирует деятельность трех проектных комитетов:

  • Комитет по образованию и обучению (E&T). Образовательная поддержка включает серию курсов, организованных в странах-членах и на разных языках, комитет также работает над постоянной разработкой доступных в Интернете учебных материалов.
  • Комитет по рекламе и связям с общественностью (P&PR). Этот комитет отвечает за продвижение любого типа деятельности EMBnet, за рекламу продуктов и услуг, предоставляемых сообществом EMBnet, а также за предложение и разработку новых стратегий, направленных на повышение видимости EMBnet, и заботу о публичных отношениях с сообществами EMBnet. и соответствующие сети / общества.
  • Комитет технических менеджеров (TM). ПК TM обеспечивает помощь и практическую помощь участвующим узлам и их пользователям.

Достижения

EMBnet впервые суслик и Всемирная сеть серверы в биология (CSC BioBox)

EMBnet была первой, кто предложил решения для ежедневного обновления баз данных с использованием Интернета (NDT), распределенных вычислений (HASSLE), а также эффективного просмотра и связывания баз данных (Sequence Retrieval System, SRS).

Проект Ping был создан как средство для получения непрерывной информации об эффективности сети по всей Европа.

EMBnet стремится предоставить новейшее программное обеспечение алгоритмы пользователю бесплатно (Расширенная GCG или EGCG[3]) и продолжает разрабатывать современное общедоступное программное обеспечение (EMBOSS ).

EMBER: европейский образовательный ресурс по мультимедийной биоинформатике. EMBER был проектом, финансируемым Европейским Союзом (ЕС), направленным на разработку набора мультимедиа образовательные инструменты по биоинформатике [4]. EMBER включает в себя автономный, интерактивный Веб-руководство по биоинформатике и эквивалентный отдельный курс по CD-ROM.

Сообщество EMBnet участвовало в создании рецензируемого журнала. Брифинги по биоинформатике (БиБ). BiB также была поддержана образовательным грантом от EMBnet.

В Глобальная организация обучения, образования и подготовки в области биоинформатики (ГОБЛЕТ) была создана как некоммерческий фонд на ежегодном собрании EMBnet в 2012 году.[5][6]

Журнал

EMBnet.journal  
EMBnet.journal cover.jpg
ДисциплинаБиоинформатика
Языканглийский
Отредактировано отЭрик Бонгкам-Рудлофф
Детали публикации
История2010-настоящее время
Издатель
EMBnet
ЧастотаЕжеквартальный
да
Стандартные сокращения
ISO 4EMBnet.journal
Индексирование
ISSN2226-6089
Ссылки

С 1994 г. по 2009 г. выпускается EMBnet EMBnet.news.[7] Его основная цель заключалась в том, чтобы донести до сообщества пользователей информацию и отчеты о последних новостях и событиях в сети.

Создан в 2010 году как преемник EMBnet.news (при непрерывной нумерации томов), EMBnet.journal это рецензируемый открытый доступ научный журнал публикация оригинальных исследовательских и технических работ в биоинформатика.[8][9] Журнал содержит два основных раздела: один для исследовательских статей, обзоров и технических заметок, а другой - для нерецензируемых комментариев, репортажей, руководств пользователя, обучающей информации и новостей. EMBnet.journal публикует также материалы конференций и аннотации собраний в качестве приложений.

использованная литература

  1. ^ Доменика Д'Элия; Андреас Гизель; Нильс-Эйнар Эрикссон; Софья Косида; Киммо Маттила; Любос Клукар и Эрик Бонгкам-Рудлофф (2009). «20 лет EMBnet: 20 лет биоинформатики для сообщества наук о жизни». BMC Bioinformatics. 10: S1. Дои:10.1186 / 1471-2105-10-S6-S1. ЧВК  2697632. PMID  19534734.
  2. ^ Мартин Сарачу; Марк Колет (2005). «wEMBOSS: веб-интерфейс для EMBOSS». Биоинформатика. 21 (4): 540–541. Дои:10.1093 / биоинформатика / bti031. PMID  15388516.
  3. ^ «EGCG 8.0». cmgm.stanford.edu.
  4. ^ Т. К. Аттвуд; I.Selimas; Р. Буис; Р.Альтенбург; Р. Херзог; В.Ледент; В. Гита; П.Фернандес; И.Маркес; М. Бругман (2005). «Отчет о проекте EMBER - европейском образовательном ресурсе по мультимедийной биоинформатике». Электронный журнал Bioscience Education. 6–4. Архивировано из оригинал на 2011-12-09. Получено 2011-11-24.
  5. ^ "ГОБЛЕТ | EMBnet". www.embnet.org. Получено 26 августа 2016.
  6. ^ Этвуд, Тереза ​​К .; Бонгкам-Рудлофф, Эрик; Brazas, Michelle E .; Корпус, Мануэль; Годе, Паскаль; Льюиттер, Фрэн; Малдер, Никола; Palagi, Patricia M .; Шнайдер, Мария Виктория; van Gelder, Celia W. G .; Уэлч, Лонни (9 апреля 2015 г.). "GOBLET: Всемирная организация изучения, образования и обучения в области биоинформатики". PLOS вычислительная биология. 11 (4): e1004143. Дои:10.1371 / journal.pcbi.1004143. ЧВК  4391932. PMID  25856076.
  7. ^ "Архивы". journal.embnet.org.
  8. ^ Доменика Д'Элия; Андреас Гизель; Нильс-Эйнар Эрикссон; Софья Косида; Киммо Маттила; Любос Клукар и Эрик Бонгкам-Рудлофф (2009). «20 лет EMBnet: 20 лет биоинформатики для сообщества наук о жизни». BMC Bioinformatics. 10: S1. Дои:10.1186 / 1471-2105-10-S6-S1. ЧВК  2697632. PMID  19534734.
  9. ^ Дублин, Мэтью. "EMBnet.news превращается в новый журнал биоинформатики". genomeweb.com. Получено 14 января 2013.

внешние ссылки